| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,187,313 | T→C | 12.6% | intergenic (+15/+67) | rcnB → / ← yehA | periplasmic protein involved in nickel/cobalt export/putative fimbrial adhesin YehA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,187,313 | 0 | T | C | 12.6% | 68.7 / 4.0 | 32 | intergenic (+15/+67) | rcnB/yehA | periplasmic protein involved in nickel/cobalt export/putative fimbrial adhesin YehA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (14/14); new base C (2/2); total (16/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.85e-01 | |||||||||||
CCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGGCGCGTACGTGTTGATCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGTTATTAGTCGTATTTCACGTTGATTAATGCGGTTGCCTCCAGTGCGCCAGATTTAACTTTGTTTGTATCGTAGACGT > NC_000913/2187178‑2187453 | gcggCCCGCGCCTGAGGCCGGGGCGCAGTGGGCCTATATGGGTGGGGCGTACGGGTTGATCAGCGACGCCGACGGAAAACTCAGTTTAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAgg < 2:164336/140‑1 (MQ=255) cTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTAGATGGGTGGCGCGTACGTGTTGATCAGCGACACCGACGGTAAAATCGTTGAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAggg > 2:297637/1‑143 (MQ=255) ccTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGGCGCGTACGTGTTGATCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCa < 1:712141/143‑1 (MQ=255) ggACCTATATGGGTGGCGCGTACGTGTTGATCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCACCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTtta > 1:672395/1‑143 (MQ=255) ggACCTATATGGGTGGCGCGTACGTGTTGATCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCACCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTtta > 1:672398/1‑143 (MQ=255) cTATATGGGTGGCGCGTACGTGTTGATCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTttattat > 1:268553/1‑143 (MQ=255) cTATATGGGTGGCGCGTACGTGTTGATCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTttattat > 1:327668/1‑143 (MQ=255) tataTGGGTGGCGCGTACGTGTTGATCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAACAAAAGCCCCCTCATCATGAGCGGGAAATGCAGGCACCTCGTTATTTTttattatt > 2:469328/1‑143 (MQ=255) atatGGGTGGCGCGTACGTGTTGATCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTttattatta < 2:257334/143‑1 (MQ=255) tatGGGTGGCGCGTACGTGTTGATCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAg > 1:923325/1‑143 (MQ=255) gggTGGCGCGTACGTGTTGATCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCa < 1:762837/143‑1 (MQ=255) gcgcGTACGTGTTGATCAGAGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGc > 1:359496/1‑143 (MQ=255) gtTGATCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTcttgct < 2:537766/143‑1 (MQ=255) aGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGttatt > 1:233791/1‑143 (MQ=255) gCGACGCCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGttatta < 2:78023/143‑1 (MQ=255) gCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAATAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAGATGCTGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGttatta < 2:259480/143‑1 (MQ=255) ccGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCACTCATCATGAGGGGGAAATGCACACACCTCGTTATTTTTTATTCTTAGCCACTTGCGCGACTTGCTTGTTATTAGTCGTa > 2:35828/1‑143 (MQ=255) aaTCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCACCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGTTATTAGTCGTATTTTAAGTTg > 2:946506/1‑143 (MQ=255) tCACTAAAGCCTACTGCGGTTAGATTTTTTATCATCTCCAAAAATAGCCTCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACGCCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGTTATTAGTCGTATTTCACGTTGAt < 2:952792/143‑1 (MQ=255) acaccgGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGTTATTAGTCGTATTTCACGTTGATTAATGCGGTTGc < 1:71333/139‑1 (MQ=255) gacgGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCACCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGTTATTAGTCGTATTTCACGTTGATTAATGCGGTTGCCt < 2:672398/143‑1 (MQ=255) gacgGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCACCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGTTATTAGTCGTATTTCACGTTGATTAATGCGGTTGCCt < 2:672395/143‑1 (MQ=255) ggTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGTTATTAGTCGTATTTCACGTTGATTAATGCGGTTGCCTCCa < 2:671781/143‑1 (MQ=255) tGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGTTATTAGTCGTATTTCACGTTGATTAATGCGGTTGCCTCCAGt > 1:906760/1‑143 (MQ=255) gagaTTTCTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACGCTCTCGTCTTGCTTGTTATTAGTCGTATTTCACGTTGATTAATGCGGTTGCCTCCAGTg < 1:145303/143‑1 (MQ=255) tttATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTCATTATTCTTAGCCACTTGCTCGTATTGCTTGTTATTAGTCGTATTTAACGTTGATTAATGAGGTTGCCTCCAGTGCGCTAGa > 2:98139/1‑143 (MQ=255) catcGCTAAAAAAAGCCCTCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTCATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGTTATTAGTCGTATTTCACGTTGATTAATGCGGTTGCCTCCAGTGCGCCAGATTTaa < 2:591857/143‑1 (MQ=255) gCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGTTATTAGTCGTATTTCACGTTGATTAATGCGGTTGCCTCCAGTGCGCCAGATTTAACttt < 1:131365/143‑1 (MQ=255) cTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAATTGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGTTATTAGTCGTATTTCACGTTGATTAATGCGGTTGCCTCCAGTGCGCCAGATTTAACtttg > 2:646926/1‑143 (MQ=255) aaaaaaGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGTTATTAGTCGTATTTCACGTTGATTAATGCGGTTGCCTCCAGTGCGCCAGAGTTAACtttgttt > 1:733563/1‑143 (MQ=255) aaaaaGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGTTATTAGTCGTATTTCACGTTGATTAATGCGGTTGCCTCCAGTGCGCCAGATTTAACtttgtttg > 1:204838/1‑143 (MQ=255) aaGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGTTATTAGTCGTATTTCACGTTGATTAATGCGGTTGCCTCCAGTGCGCCAGATTTAACTTTGTTTGTAt < 1:890763/143‑1 (MQ=255) gcccggccatcatGAGGGGGAAAGGAAAACACCTTTTTATTTTTTATTATTAGTCACTTGCTCGTCTTGCTTGTTATGAGTCGTATTTCACGTTGATTAATGCGGTTGCCTCCAGTGCGCCAGATTTAACTTTGTTTGTATCg < 1:409523/136‑1 (MQ=255) catcatGAGGGGGAAATGCTGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGTTATTAGTCGTATTTCACGTTGATTAATGCGGTTGCCTCCAGTGCGCCAGATTTAACTTTGTTTGTATCGTAGACgt < 2:925475/143‑1 (MQ=255) | CCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGGCGCGTACGTGTTGATCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGTTATTAGTCGTATTTCACGTTGATTAATGCGGTTGCCTCCAGTGCGCCAGATTTAACTTTGTTTGTATCGTAGACGT > NC_000913/2187178‑2187453 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |