| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,333,767 | G→A | 6.7% | A20T (GCA→ACA) | ispB → | all‑trans‑octaprenyl‑diphosphate synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,333,767 | 0 | G | A | 6.7% | 148.0 / 2.7 | 60 | A20T (GCA→ACA) | ispB | all‑trans‑octaprenyl‑diphosphate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (23/33); new base A (2/2); total (25/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.86e-01 | |||||||||||
ACAATCACCCTATATTCCTAACCATAAACCCTAAGTTGCCTTTGTTCACAGTAAGGTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTATTACATCGTCAGCGGCGGCGGTAAACGTATTCGTCCGATGATTGCTGTACTGGCTGCACGAGCTGTTGGCTATGAGGGAAATGCGCAT > NC_000913/3333625‑3333907 | aCAATCACCCTATATTCCTAACCATAAACCCTAAGTTGCCTTTGTTCACAGTAAGGTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGCGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCgg < 1:727944/143‑1 (MQ=255)aCAATCACCCTATATTCCTAACCATAAACCCTAAGTTGCCTTTGTTCACAGTAAGGTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCgg < 1:733340/143‑1 (MQ=255) aTCACCCTATATTCCTAACCATAAACCCTAAGTTGCCTTTGTTCACAGTAAGGTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTCACCGCGCAAGATATGGCGGCTGTAAATTCGGCaa > 2:824466/1‑143 (MQ=255) aCCCTATATTCCTAACCATAAACCCTAAGTTGACTTTGTTCACAGTAAGGTAATCGAGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCACGATATGGCGGGTGATAATGCggaggagc > 2:310855/1‑137 (MQ=255) 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1:749564/1‑143 (MQ=255) tCCTAACCATAAACCCTAAGTTGCCTTTGTTCACAGTAAGGTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGagcagc < 1:117982/143‑1 (MQ=255) cATAAACCCTAAGTTGCCTTTGTTCACAGTAAGGTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTc < 1:693885/143‑1 (MQ=255) tgacgccTAAGTTGCCTTTGTTCACGGTAAGGTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCGATCCTTGAGCAGCTTAATTCCg < 2:121934/138‑1 (MQ=255) aaaCCCTAAGTTGCCTTTGTTCACAGTAAGGTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGa < 2:141752/143‑1 (MQ=255) aaaCCCTAAGTTGCCTTTGTTCACAGTAAGGTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGa < 2:688168/143‑1 (MQ=255) 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1:442103/1‑143 (MQ=255) tttGTTCACAGTAAGGTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATAAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGAGTTAAAACGGCACTCCTTGCGCAGATTAATTACGAGGACCAACTGatcaa > 2:612077/1‑143 (MQ=255) ggTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTAtt < 2:222188/143‑1 (MQ=255) ggTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTAtt > 1:726964/1‑143 (MQ=255) ggTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCCTGAGCAGCCTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTGGGatatg > 2:780109/1‑142 (MQ=255) ggTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAACCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTAtt > 1:243699/1‑143 (MQ=255) 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1:748276/1‑143 (MQ=255) cGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGACAAGCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTATTACATCGTCAgc > 1:605406/1‑143 (MQ=255) aaaaGCCCGTCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTATTACATCGTCAgcgg < 1:739589/143‑1 (MQ=255) aaaaGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTATTACATCGTCAgcgg < 1:957755/143‑1 (MQ=255) caGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTATTACATCGTCAgcggcg < 1:135708/142‑1 (MQ=255) aaGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCACGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGCTCACTCAGTTAGGCTATTACATCGTCAtcggag > 2:889753/1‑141 (MQ=255) 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2:242849/1‑143 (MQ=255) ttAAAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCTACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTATTACATCGTCAGCGGCGGCGGTAAACGTATTCGTCCgat < 2:626777/143‑1 (MQ=255) aaaaaTCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTATTACATCGTCAGCGGCGGCGGTAAACGTATTCGTCCGATGATTg < 1:946663/143‑1 (MQ=255) aaaTCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTATTACATCGTCAGCGGCGGCGGTAAACGTATTCGTCCGTTGATTGCt > 1:494400/1‑143 (MQ=255) aTGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTATTACATCGTCAGCGGCGGCGGTAAACGTATTCGTCCGATGATTGATGAACTg > 1:655570/1‑143 (MQ=255) tGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGACAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTATTACATCGTCAGCGGCGGCGGTAAACGTATTCGTCCGATGATTGCTGTACTgg < 2:605406/143‑1 (MQ=255) tGAGTGAACCGCGCAAGAGAGGGCGGGTGTTAATGCGACAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCGATTGCATCGTCAGCGGCGGCGGTAAACGTATTCGTCCGATGATTGCTGTACTgg < 2:748276/143‑1 (MQ=255) gTTGACGGCGGAAGATGGGGCGGGTGTTAATGCAGCAACCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGCCCAACGGATCAATCAGTTAGGCTATTACCGCGTCCGCCGCTTCCGCAAACGTATTCGTCCGATGATTGCTGTACTGGCTg < 2:442103/143‑1 (MQ=255) tAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTATTACATCGTCAGCGGCGGCGGTAAACGTATTCGTCCGATGATTGCTGTACTGGCTGCa < 1:763733/143‑1 (MQ=255) aaCCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTGGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTATTACATCGTCAGCGGCGGCGGTAAACGTATTCGTCCGATGATTGCTGTACTGGCTGCAc < 1:684383/143‑1 (MQ=255) aCCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTATTCCATCGTCAGCGGCGGCGGTAAACGTATTCGTCCGCTGCTTTCTGTGCTCGCTGCACg > 1:524233/1‑143 (MQ=255) ccGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTATTACATCGTCAGCGGCGGCGGTAAACGTATTCGTCCGATGATTGCTGTACTGGCTACACGa < 2:822513/143‑1 (MQ=255) aggaaGGTATGGTGGGTGTTATTGCGGTGTTCCTTGAGCAGCTTAATTTCGACGACCTTCTGATCAAATCGTGCGGCTATTAGATCGTCAGCGGCGGCGGTAAACGTATTCGTGTGATGATTGCTGTACTGGCTGCACGAGCt < 2:246960/140‑1 (MQ=255) atctatGCCGTGTGTTAATGCGGCAATACGTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTATTGCATCTTCAGCGGCGGCGGTAAACGTATTCGTCCGATGATTGCTGTACTGGCTGCACGAGCTGTTg < 2:413189/140‑1 (MQ=255) cGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTGAATCCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTATTACATCGTCAGCGGCGGCGGTAAACGTATTCGTCCGATGATGGCTGTACTGGCTGCACGAGCTGTTGGCTATGAg < 2:69694/143‑1 (MQ=255) tAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTATTACATCGTCAGCGGCGGCGGTAAACGTATTCGTCCGATGATTGCTGTACTGGCTGCACGAGCTGTTGGCTATGAGGGAAATg > 1:98426/1‑143 (MQ=255) aaTGCGGCAATCCTTGACCAGCTGAATGCCGACGTCCAACTGACCAATCAGGTAGGCGATTACATCGCCAGCGGCGGCGGTAAACGTATTCGTCCGATGACTGCTGTACTGGCTGCACGAGCTGTTGGCTATGAGGGAAATgc < 1:43255/143‑1 (MQ=255) tGCGGCACTCCTTGAGCAGCTTAATGCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTATGCCATTACATCGTCAGCGGCGGCGGTAAACGTATTCGTCCGATGATTGCGTTACTGGCTGCACGAGCTGTTGGCTATGAGGGAAATgcgc < 1:120427/143‑1 (MQ=255) tGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTATTACATCGTCAGCGGCGGCGGTAAACGTATTCGTCCGATGATTGCTGTACTGGCTGCACGAGCTGTTGGCTATGAGGGAAATgcgc < 1:336277/143‑1 (MQ=255) tGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTATTACATCGTCAGCGGCGGCGGTAAACGTATTCGTCCGATGATTGCTGTACTGGCTGCACGAGCTGTTGGCTATGAGGGAAATgcgc < 1:341712/143‑1 (MQ=255) cGGCAATCCGTGGGCGGCGTGATTCCGACGTCCAACTGAGCAATCAGTTAGGCTATTACATCGTCAGCGGCGGCGGTAAACGTATGCGTCCGATGATTGCTGTACTGGCTGCACGAGCTGTTGGCTATGAGGGAAATGCGCAt < 2:764917/143‑1 (MQ=255) | ACAATCACCCTATATTCCTAACCATAAACCCTAAGTTGCCTTTGTTCACAGTAAGGTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTATTACATCGTCAGCGGCGGCGGTAAACGTATTCGTCCGATGATTGCTGTACTGGCTGCACGAGCTGTTGGCTATGAGGGAAATGCGCAT > NC_000913/3333625‑3333907 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |