| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,959,515 | T→A | 6.8% | intergenic (+70/+17) | ilvC → / ← ppiC | ketol‑acid reductoisomerase (NADP(+))/peptidyl‑prolyl cis‑trans isomerase C |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,959,515 | 0 | T | A | 6.8% | 302.2 / 12.6 | 108 | intergenic (+70/+17) | ilvC/ppiC | ketol‑acid reductoisomerase (NADP(+))/peptidyl‑prolyl cis‑trans isomerase C |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (64/34); new base A (3/4); total (70/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.51e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.67e-03 | |||||||||||
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
TGCGATTGAGCAGGTAGGTAAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCACCTTAATGATGTGATATCCGAACTGGGTGTGCAGCGGGCCGGTCGGCTCCAGTACCGGACAAGAGAAAACCACTTTATCGAACGCCGGAACCATCTGACCCTGGCGGA > NC_000913/3959373‑3959656 | tGCGATTGAGCAGGTAGGTAAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGGCCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCt > 1:131976/1‑143 (MQ=255)tGCGATTGAGCAGGTAGGTAAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGGAAACACTCAAGGCCTGCTCCt > 1:554949/1‑143 (MQ=255) gcttGAGCATGTAGGTAAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGAGATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGCCCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGga < 2:773708/141‑1 (MQ=255) aTTGAGCAGGTAGTTATGAAACTTCGCTTCTATATGACAGATTTGTAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCTCTCACCCAGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGgag < 1:49061/143‑1 (MQ=37) aTTGAGCAGGTAGGTAAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGgag < 1:48594/143‑1 (MQ=255) tGAGCAGTTAGGTAATAAGCTGCGCGGCTATATTACAGATATGACACGTCTTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCCCCCCGCCCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGGAGaa < 2:47683/143‑1 (MQ=37) aGCAGGTAGGTAAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTAATGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCCTAACCCGACCCTCTACCACAGGGAGAGAGAGAAAACCGCAAAGGCCTTCTCCCgggggaga > 2:460304/1‑137 (MQ=255) gCAGGTAGGTAAGAAACTGCGCGGCTCTATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGc < 1:870187/143‑1 (MQ=255) gCAGGTAGGTAAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGACCGTCTCCCCCCGGGAGGGGGAGAACACCCTCACGGCCTTCTCCTGGAGAAGGc > 2:702601/1‑143 (MQ=38) cAGGTAGGTAAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGACATGAAACGGATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGGTGCCCTCACCCCGACGCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGTCCTTCTCCAGGAGAAGGcc < 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taggtaAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATCAAACGCATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCAGGAGAAGGCCTTga < 1:930991/143‑2 (MQ=255) aggtaAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCt > 1:212987/1‑143 (MQ=255) gtaAGAATCTGCGCGTCCATATTACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTAt < 1:380522/143‑1 (MQ=255) taAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCCAGGCGTTCTCCTGGAGAGGGCCTTGCTAtt > 1:685452/1‑143 (MQ=255) aaGAAACTGCGCGGCTATATGACAGCTATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCTAGAGAAGGCCTTGCTATTa < 2:19052/143‑1 (MQ=255) aaCTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCGCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCCGGAGAAGGCCCTGCTATTAGGTg > 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cTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCCTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCAATTAGTTACGGTACAGCa > 2:153517/1‑143 (MQ=255) aCAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACCGGGAGAGGGAGAAAACACCCAAGGACTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCCCCTTAat > 2:217315/1‑143 (MQ=255) atatGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGGAGACGGCCTTGCTGTTAGTTGCGGTCAAGCACCTTAacgatg > 2:887744/1‑143 (MQ=38) aaaCGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGCTGCCCTCACCCCGACCCTCTACCACAGGGAGAGGGAGACAACACTCCAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTCCTATTGGTGGAGGTACTGCACCTCAatgatcagatc > 1:357945/1‑137 (MQ=255) aaaCGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTCCTAGTTCCGGTCCAGCCCCGTACCGATGTGata > 2:685211/1‑143 (MQ=37) aTTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCACCTTAATGAGGTGATATCGGaa > 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gcTGATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCACCTTAATGATGTGATATCCGAACTGGGCGTGCAGCGGGCCGGACgg > 2:45252/1‑143 (MQ=255) gacgctcTCACCCCGACCCTCTCCCATAGGGAGAGGGAGAAAACATTCAAGGTCTTCTTCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCACCTTAATGATGTGATATCCGAACTGGGTGTGCAGCGGGCCGGTCGGCTc < 1:493848/137‑1 (MQ=255) tGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGGATAAGGCCTCGCTATTAGTTCCGGTACAGCGCCTTAATGATGTGATATCCGCACTGGGTGTGGAACGGGCCGGTCGCCGCCa > 2:377926/1‑143 (MQ=38) tGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCACCTTAATGATGTGATATCCGAACTGGGTGTGCAGCGGGCCGGTCGGCTCCa < 1:707114/143‑1 (MQ=255) ccTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCACCTTACTGATGTGATATCCGAACTGGGTGTGCAGCGGGCCGGTCGGCGCCAGTa > 1:169263/1‑143 (MQ=255) ccTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCACCTTAATGATGTGATATCCGAACTGGGTGTGCAGCGCGCCGGTCGGCTCCAGTa > 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2:904973/1‑143 (MQ=255) gagaAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCACCTTAATGATGTCATATCCGAACTGGGTGTGCAGCGGGCCGGTCGGCTCCAGTACCGGACGAGAGCAAACCACTTTATCCAACGc > 2:338543/1‑143 (MQ=255) agaagcgacTCAGTGCCTTCTGCTGGAGGAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCACCTTAATGATGTGATATCCGAACTGGGTGTGCAGCGGGCCGGTCGGCTCCAGTACCGGACAAGAGAAAACCACTTTATCGAACGcc < 2:446888/136‑1 (MQ=255) gaAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCACCTTAATGATGTGATATCCGAACTGGGTGTGCAGCGGGCCGGTCGGCTCCAGTACCGGACACGCGACAACCCCTTTATCCACCGcca > 1:405808/1‑142 (MQ=255) gaAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCACCTTAATGATGTGATATCCGAACTGGGTGTGCAGCGGGCCGGTCGGCTCCAGTACCGGACAAGAGAAAACCACTTTATCGAACGCCg > 1:772369/1‑143 (MQ=255) gaAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCACCTTAATGAGGTGATATCCGAACTGGGTGTGCAGCGGGCCGGTCGGCTCCAGTACCGGACAAGAGAACAGCACCGTATCGGACGCCg > 1:854862/1‑143 (MQ=255) cTCCAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCACCTTAATGATGTGATATCCGAACTGGGTGTGCAGCGGGCCGGTCGGCTCCAGTACCGGACAAGAGAAAACCACTTTATCGAACGCCGGAACCAt < 1:67181/143‑1 (MQ=255) cTCAAGGCCTTCTCCCGACGAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCACCTTCATGATGTGATATCCGAACTGTGCGTGCAGCGGGCCAGTCCGTCACACTACCCCACAAGAAAAAACCACTCTAGGCAACGCCCGacacac > 2:215367/1‑138 (MQ=255) cTCAAGGCCTGCCCCTGGGGAAGGCCCTGCTATTAGTGGCGGTACAGCACCTTAATGATGTGATATCCGAACTGGGTGTGCAGCGGGCCGGTCGGCTCCAGTACCGGACAAGAGAAAACCACTTTATCGAACGCCGGAACCAt < 1:369268/143‑1 (MQ=255) tCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCACCTTAATGATGTGATATCCGAACTGGGTGTGCAGCGGGGCGGTCGGATGCAGTACGGGAGAAGAGAAACACAACGTATCGAACGCGGGAAccgac > 1:740638/1‑140 (MQ=255) cAATGCCTTCTCCTGTAGAATGTCTTGCTATTAGTTGCGGGACAGCACCTTAATGATGTGATATCCGAACTGGGTGTGCAGCGGGCCGGTCGGCTCCAGTACCGGACAAGAGAAAACCACTTTATCGAACGCCGGAACCATCt < 1:775444/143‑1 (MQ=255) cAAGGCCTTCTCCAGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCACCTTAATGATGTGATATCCGAACTGGGTGTGCAGCGGGCCGGTCGGCTCCAGTACCGGACAAGAGAAAACCACTTTATCGAACGCCGGAACCATCt > 1:847973/1‑143 (MQ=255) aGGCCTTCTCCAGGATAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCACCTTAATGATGTGATATCCGAACTGGGTGTGCAGCGGGCCGGTCGGCTCCAGTACCGGACGAGCGAAAACCACTTTATCGAACGGCGGAAGCATCTGa > 2:575864/1‑143 (MQ=255) aGGCCTTCTCCAGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCACCTTAATGATGTGATATCCGAACTGGGTGTGCAGCGGGCCGGTCGGCTCCAGTACCGGACAAGAGAAAACCACTTTATCGAACGCCGGAACCATCTGa > 1:707568/1‑143 (MQ=255) gCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCACCTTAATGATGTGATATCCGAACTGGGTGTGCAGCGGGCCGGTCGGCTCCAGTACCGGACAAGAGAAAACCACTTTATCGAACGCCGGGACCATCTGAcc > 1:341147/1‑143 (MQ=255) ccTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCACCTTAATGATGTGATATCCGAACTGGGTGTGCAGCGGGCCGGTCGGCTCCAGTACCGGACAAGAGCAAACCACTTTATCGAACGCCGGAACCATCTGAccc > 1:80173/1‑143 (MQ=255) ccTGCTCCTGGAGGAGGTCTGGCGATTAGTTGCGGTACAGCACCGGAATGATGTGATATCCGAACTGGGTGTGCAGCGGGCCGGTCGGCTCCAGTACCGGACAAGAGAAAACCACTTTATCGAACGCCGGAACCATCTGAccc < 1:88568/143‑1 (MQ=255) ttCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCACCTTAATGATGTGATATCCGAACTGGGTGTGCAGCGGGCCGGTCGGCTCCAGTACCGGACAAGAGGAAACCACTTTATCGAACGTCCGAACCATCTGACCCTg > 1:80802/1‑143 (MQ=255) ttCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCACCTTAATGATGTGATATCCGAACTGGGTGTGCAGCGGGCCGGTCGGCTCCAGTACCGGACAAGAGAAAACCACTTTATCGGACGCCTGCACCAGCTGACCCTg > 1:191827/1‑143 (MQ=255) ttCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCACCTTAATGATGTGATATCCGAACTGGGTGTGCAGCGGGCCGGTCGGCTCCAGTACCGGACAAGAGAAAACCACTTTATCGCACCCCGGAACCCTCTACCCCTg > 2:317592/1‑143 (MQ=255) ttCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCACCTTAATGATGTGATATCCGAACTGGGTGTGCAGCGGGCCGGTCGGCTCCAGTACCGGACAAGAGAAAACCACTTTATCGAACGCCGGAACCATCTGACCCTg > 1:311194/1‑143 (MQ=255) ttCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCACCTTAATGATGTGATATCCGAACTGGGTGTGCAGCGGGCCGGTCGGCTCCAGTACCGGACAAGAGAAAACCACTTTATCGAACGCCGGAACCATCTGACCCTg > 1:890126/1‑143 (MQ=255) ttCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCACCTTAATGATGTGATATACGAACTGGGTGTGCAGCGGGCCGGTCGGCTCCAGTAGCGGACAAGAGAAAACCACTTTAAAGAACGCCGGAACCATGTAACACTg > 2:329140/1‑143 (MQ=255) cTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCACCTTAATGATGTGATATCCGAACTGGGTGTGCAGCGGGCCGGTCGGCTCCAGTACCGGACAAGAGAAAACCACTTTATCGAACGCCGGAACCATCTGACCCTGGCGGa < 1:466998/143‑1 (MQ=255) cTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCACCTTAATGATGTGATATCCGAACTGGGTGTGCAGCGGGCCGGTCGGCTCCAGTACCGGACAAGAGAAAACCACTTTATCGAACGCCGGAACCATCTGACCCTGGCGGa > 1:781808/1‑143 (MQ=255) | TGCGATTGAGCAGGTAGGTAAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCACCTTAATGATGTGATATCCGAACTGGGTGTGCAGCGGGCCGGTCGGCTCCAGTACCGGACAAGAGAAAACCACTTTATCGAACGCCGGAACCATCTGACCCTGGCGGA > NC_000913/3959373‑3959656 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |