Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 4,335,655 | T→A | 5.0% | intergenic (‑65/+39) | eptA ← / ← adiC | phosphoethanolamine transferase EptA/arginine:agmatine antiporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,335,655 | 0 | T | A | 5.0% | 363.7 / 8.9 | 136 | intergenic (‑65/+39) | eptA/adiC | phosphoethanolamine transferase EptA/arginine:agmatine antiporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (76/51); new base A (5/2); total (81/55) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.03e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.78e-02 |
Only 100 of 137 total aligned reads displayed.
AGATATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATACATGGCGGTGATGACCATCAGGGTGACAAATGAC > NC_000913/4335518‑4335796 | agaTATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGGGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCGTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAACGTGCGCATATGCTAGCAAAGGACAATTACGCCCACCTGAAGTTCTTaa > 2:599227/1‑143 (MQ=255) agaTATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTaa > 1:826344/1‑143 (MQ=255) tataAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCCCGCAACGCAACATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAggg > 2:889518/1‑142 (MQ=255) ataAAAGGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGtt < 2:375374/143‑1 (MQ=255) ataAAAATCTGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGTGTGTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCTAACCTTAAGTTCTTAAGGtt < 2:470571/143‑1 (MQ=255) aacaaGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTgg < 2:175305/140‑1 (MQ=255) tggCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTa < 2:480544/142‑1 (MQ=255) cGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACCAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTa < 1:140386/143‑1 (MQ=255) ggCCAACAATAGCTAGTCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCATCAACATCACGATGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTAGCAAAGCAAAATTAAGCAAACATTAAATTATTAAGTTAGGCTTTTAt > 2:174572/1‑143 (MQ=255) ggCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGACCAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAACTTAAGCAAGCCTTGATTTCTTAAGGTTCGCATTTAt > 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ctacaaTAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGGCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCGATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACATTAAGTTCTTCAGGTCGGCACTAATGtt > 2:364805/3‑143 (MQ=255) aacaaTAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAAGCTTCAGTTCTTAAGGTTGGCTTTCATGttg > 1:313570/1‑142 (MQ=255) gCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGACCAAAGTGCGCATATGCTCGCACAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGAt > 1:127942/1‑143 (MQ=255) ccAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTAGGTTTGCTGGAtt > 1:526857/1‑143 (MQ=255) aGGCGAGTAAATTCCCAGAGGGTCTTTTTAGTCGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCAATCGAAGAAACTGCTCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTaa < 2:64760/143‑1 (MQ=255) ggCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAg < 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tAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAAt > 1:490090/1‑143 (MQ=255) aaTTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTGGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTGTTATGTTTGCTGGATTAAGGGCAATTa > 1:894124/1‑143 (MQ=255) aaTTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTa > 1:858777/1‑143 (MQ=255) aTTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAATGGTTGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTaa > 1:980302/1‑143 (MQ=255) ttCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAAt < 1:55148/143‑1 (MQ=255) ttCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGCTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAAt < 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2:248053/1‑143 (MQ=255) aTTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATACATGGCGGTGATGACCa < 1:296079/143‑1 (MQ=255) tAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCACCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATACATGGCGGTGATGACCATc > 1:249093/1‑143 (MQ=255) aaGCCAACCTTAAGAACTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATAAGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGGAATACAGCGTACACATGGGGGTGATGACCATct > 2:880385/1‑142 (MQ=255) gCCATCCTTAATTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGTAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATACATGGCGGTGATGACCATCAgg < 1:399122/143‑1 (MQ=255) gCCAAGCTTAAGTGCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAGTTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATACATGGCGGTGATGACCATCAgg < 2:42455/143‑1 (MQ=255) 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1:443922/1‑141 (MQ=255) aaGTTGTTAAGGTGGGCTTTTAGGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTGATCGTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATCCGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATACATGGCGGTGATGACCATCAGGGTGACAAAt < 2:289273/143‑1 (MQ=255) ttCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATACATGGCGGTGATGACCATCAGGGTGACAAATGAc > 1:686878/1‑143 (MQ=255) | AGATATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATACATGGCGGTGATGACCATCAGGGTGACAAATGAC > NC_000913/4335518‑4335796 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |