Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 4,287,423 | 1 | . | T | 98.8% | 231.4 / ‑6.0 | 81 | intergenic (‑52/‑341) | acs/nrfA | acetyl‑CoA synthetase (AMP‑forming)/cytochrome c552 nitrite reductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/0); major base T (51/29); minor base A (1/0); total (52/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.84e-01 |
ATTGTTGATACATCGCCTCGTACTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATG‑TAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGT‑CAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTATGC > NC_000913/4287281‑4287559 | aTTGTTGATACATCGCCTCGTACTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATg > 1:436783/1‑143 (MQ=255) tgATACATCGCCTCGTACTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATG‑ttagg > 1:323254/1‑139 (MQ=255) aTCGCCTCGTACTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGCTGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCGTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAACGTTAGGGGTAtt > 2:578098/1‑143 (MQ=255) tCGCCTCGTACTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGCTGTTGGCAGGAATGGTGTGGTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAAGAATATGTGGTTTATGTGTGAATTGTTGGGGGTATTg > 2:602045/1‑143 (MQ=255) tCGCCTCGTACTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGACTTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCGTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTTAGGGGGAtgg > 2:138191/1‑141 (MQ=255) tCGCCTCGTACTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTCGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGGATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATGAGCGTTAAATGTTAGGGGTATTg > 2:669182/1‑143 (MQ=255) cGCCTCGTACTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTTAGGGGTATTgg > 1:721296/1‑143 (MQ=255) cggTAGTGCTGAGGGTGTTTCGGGCATCGGTCTGGCTTGTGGGGAGGTATGGTGTGTTTGTGAATCTGGCTCATGCTTTGGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGAGGCATATGCGTTAAATGTTAGGGGTATTGGCAGt < 2:290869/141‑1 (MQ=255) gtgctgctgAGGGTTTATCAGGCGACGGTCTGCGATGGTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTTAGGGGTATTGGCAGttt < 1:462480/140‑1 (MQ=255) tatgcgtgAGGGTTCATCAGGCATCGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTTAGGGGTATTGGCAGtttt < 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< 2:165856/143‑1 (MQ=255) tgGCATAAGCGTTAAATGTTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGT‑CAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAAc > 1:10157/1‑143 (MQ=255) gCATAAGCGTTAAATGTTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTCTTTGGGCGAGAGATCAAGCACGAGTAGAATTGTGCAAAGAACCGGCAGGGCAATTGTTCAAGGT‑CAGCAACAAAAGTGGATTAATGCTTTGAGGagcct > 2:273822/1‑139 (MQ=255) tAAGCGTTAAATGTTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGCATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTCATTTTTGAAGGT‑CAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAAGATGcg > 1:295365/1‑142 (MQ=255) tAAGCGTTAAATGTTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAGGGTAGAGCGGGAAAA‑ATGATTAATTTTTTGAGGAACATGCa < 2:323254/143‑1 (MQ=255) tAAGCGTTAAATGTTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGT‑CAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCa < 2:134624/143‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |