New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 3967703 | 53 (1.520) | 4 (0.130) | 4/240 | NT | 7.3% | intergenic (+27/‑213) | rho/rfe | transcription termination factor Rho/UDP‑N‑acetylglucosamine‑‑undecaprenyl‑phosphate N‑acetylglucosaminephosphotransferase |
? | NC_000913 | = 3967707 | 53 (1.670) | intergenic (+31/‑209) | rho/rfe | transcription termination factor Rho/UDP‑N‑acetylglucosamine‑‑undecaprenyl‑phosphate N‑acetylglucosaminephosphotransferase |
CAAAATCATTCACCCGATGGGCGAAATCGATGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCAAATGGTTAATTTTTGCACAGGACTGGTGGGTTTGGAACGGA > NC_000913/3967568‑3967847 | cAAAATCATTCACCCGATGGGCGAAATCGATGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTacg > 2:677855‑M2/1‑140 (MQ=255) aaaTCATTCACCCGATGGGCGAAATCGATGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAACAACGCCACGTGTTTacgtg < 1:406694‑M2/143‑6 (MQ=255) aaTCATTCACCCGATGGGCTAAAGCGATGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTacgtgg > 2:303287‑M2/1‑137 (MQ=255) aaTCATTCACCCGATGGGCGAAATCGATGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTacgtgg < 1:362001‑M2/143‑7 (MQ=255) tCATTCACCCGATGGGCGAAATCGATGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTacgtggcg > 1:79711‑M2/1‑135 (MQ=255) ggCGAAATCGATGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTatat < 1:363779/143‑1 (MQ=255) cGAAATCGATGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCt > 2:220980/1‑143 (MQ=255) cGAAATCGATGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCt > 1:220888/1‑143 (MQ=255) gAAATCGATGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCACGACCAAACACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTg < 2:479727/143‑1 (MQ=255) gAAATCGATGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCAAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAACCGACACGTGTTTACGTGGCATTTTGCTTTTATATCTg > 2:255639/1‑143 (MQ=255) aaTCGATGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTa > 1:63046/1‑143 (MQ=255) tCGATGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAAAGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAAt > 1:288645/1‑143 (MQ=255) gATGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCt > 1:656544/1‑143 (MQ=255) tGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGATACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTAGATCTGTAATCTTa > 2:271533/1‑143 (MQ=255) tGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTa < 2:619793/143‑1 (MQ=255) aaTGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAGCGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATg < 2:202750/143‑1 (MQ=255) aaTGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATg > 2:435048/1‑143 (MQ=255) tGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGcc > 2:417480/1‑143 (MQ=255) tGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTGTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGcc > 1:355437/1‑143 (MQ=255) ttCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCt < 2:451000/143‑1 (MQ=255) ccTCATTAATAAACTGGCAATGCCCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTAAAAAATTAATCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTgg > 1:435114/1‑143 (MQ=255) cATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGa < 2:220888/143‑1 (MQ=255) aTTCATAAACTAGCAATCACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGAt < 2:622598/143‑1 (MQ=255) taataaACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGt < 2:559032/143‑1 (MQ=255) aataaACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGACTCATCAAAATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGtt > 2:476763/1‑143 (MQ=255) ataaACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGGTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTCTAATCTTAATGCCGCGCTGACGATGCTa > 1:497967/1‑143 (MQ=255) aaaCTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAgg > 1:549548/1‑143 (MQ=255) gCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAAtt < 1:375970/143‑1 (MQ=255) cagaccaagaccaaTGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAGAATTCCt < 1:644259/141‑1 (MQ=255) aTGAGCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCt < 1:382443/143‑1 (MQ=255) accaagaccaaTGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAGTTCCTggc > 1:410413/1‑142 (MQ=255) ccaagaccaaTGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCTGGaa < 1:110518/143‑1 (MQ=255) ccaagaccaaTGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTCTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAGATTCGTGGaa > 2:441957/1‑143 (MQ=255) aagaccaaTGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCTGGAAtt > 2:512528/1‑143 (MQ=255) agaccaaTGACGATTTCTTCGAAATGATGAAGCGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCTGGAAttt < 2:394000/143‑1 (MQ=255) gaccaaTGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCTGGAATTTg < 1:300711/143‑1 (MQ=255) caaTGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCATGGAATTTGCTg > 2:524296/1‑143 (MQ=255) tGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCAGCGCTGGCGATGTTAGGAGAATTCCTGGAATTTGCTGGCa > 1:122309/1‑143 (MQ=255) aTTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTacgtggcgtttttggcataagacaaatttatgagcgtttcatcatttcggagaaatcggcattggtgttggtcattgcgagtt < 2:332548‑M2/143‑84 (MQ=255) aTTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCTGGAATTTGCTGGCATGTTa < 1:350458/143‑1 (MQ=255) ttcttcGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCTGGAATATGCTGGCATGTTATg > 1:44563/1‑143 (MQ=255) ttcGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCaa > 2:313062/1‑143 (MQ=255) gAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAAttt < 2:394670/143‑1 (MQ=255) atgatgAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCa < 1:615195/143‑1 (MQ=255) tgaAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTacgtggcgtttttggcataaaacaaatttatgagcgtttcatcatttcgaagaaatcgtcattggtcttggtgattactagtatattaatgagaaata < 2:415828‑M2/143‑99 (MQ=255) gaAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAAGTTGCATATCa > 1:39744/1‑143 (MQ=255) cGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCAAATg < 1:675039/143‑1 (MQ=255) ggtacgaaaTTTGTATTATGCAAAAAACGCGACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCAAATgg < 1:155195/137‑1 (MQ=255) aTAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCAAATGGTTaa < 1:512528/143‑1 (MQ=255) aTAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCTGGAATTTGCTGCCATGTTTTGCATTTTGCATATCAAATGGTTaa > 1:238174/1‑143 (MQ=255) aTAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTGAGGCAAATTCCTGGAATTGGCTGGCATGTTATGCAATTTGGATATCAAGTGGTTaa > 2:256043/1‑143 (MQ=255) ttGTCTTATGCCCAAAACCCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCAAATGGTTAATTTTTg < 1:187509/143‑1 (MQ=255) ttGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCAAATGGTTAATTTTTg < 1:371809/143‑1 (MQ=255) ttGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCCGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCAAATGGTTAATTTTTg < 1:58906/143‑1 (MQ=255) ttGTCGTATGCCAAAAACGCCACGTGGTTACGTGGCCTTGTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCAAATGGTTAATTTTTg < 2:169559/143‑1 (MQ=255) gTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCAAATGGTTAATTTTTGca < 2:549548/143‑1 (MQ=255) tCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCTGGTATTTGCTTGCATGTTATGCACTTTTCATATCAAATGATTAATTATTGcaa > 1:485125/1‑142 (MQ=255) cAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCAAATGGTTAATTTTTGCACAGGACtgg > 2:673717/1‑143 (MQ=255) aaaaaCGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTTCCCCCCGAATCGTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCAAATGGTTAATTTTTGCACAGGACtggt < 2:656544/143‑1 (MQ=255) aCGCCACGTGTTTacgtggcgtttttggcataagacaaatttatgagcgtttcatcatttcgaagaaatcgtcattggtcttggtcattgccagtttattaatgaggaattccattgcatcgatttcgcccatcgggtgactg < 2:669390‑M2/143‑131 (MQ=255) gCCACGTGTTTacgtggcgtttttggcataagacaaatttatgagcgtttcatcatttcgaagaaatcgtcattggtcttggtcattgccagtttattaatgaggaattcgattgcatcgatttcgcccatcgggtgaatgat < 1:403343‑M2/143‑133 (MQ=255) gCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCAAATGGTTAATTTTTGCACAGGCCTGTTGGGttt > 2:254678/1‑143 (MQ=255) ggtTTGCGCGGCGTTTTGCTGTTAGATCTGTAATCTGAAGGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATGCCTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCAAATGGTTAGTTTTTGCACAGGACTGGTGGGTTTGGAACg < 2:69318/142‑1 (MQ=255) tttACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCTGGAATTTGCTGGCATGTTGTGCAATTTGCATATCAAATGGTTAGTTGTTGCACAGGACTGGTGGGTTTGGGACGGa > 1:337767/1‑143 (MQ=255) tttACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCAAATGGTTAATTTTTGCACAGGACTGGTGGGTTTGGAACGGa < 1:154453/143‑1 (MQ=255) | CAAAATCATTCACCCGATGGGCGAAATCGATGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCAAATGGTTAATTTTTGCACAGGACTGGTGGGTTTGGAACGGA > NC_000913/3967568‑3967847 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |