| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,512,749 | G→A | 38.2% | intergenic (‑43/‑293) | mntH ← / → nupC | Mn(2(+))/Fe(2(+)): H(+) symporter MntH/nucleoside:H(+) symporter NupC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,512,749 | 0 | G | A | 38.2% | 28.7 / 29.1 | 39 | intergenic (‑43/‑293) | mntH/nupC | Mn(2(+))/Fe(2(+)): H(+) symporter MntH/nucleoside:H(+) symporter NupC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (10/14); new base A (10/5); total (20/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.91e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATAACCAATCGCCGCAATGAACGCAGGTCCCATTAATGCGAGCCTCATCTTGCGCGCCGCCCGTCCGCTGCTACTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGATTATGACTACGAAAAGATTGATGACTTGAATGTTATGGTTATGTTTAATGTTAGCACATTTACATAACTTTCAGCTT > NC_000913/2512611‑2512890 | ataACCAATCGCCGCAATGAACGCAGGTCCCATTAATGCGAGCCTCATCTTGCGCGCCGCCCGTCCGCTGCTACTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGCGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATACCaa > 1:225704/1‑143 (MQ=255) gaCCAATCGCCGCAATGAACGCAGGTCCCATTAATGCGAGCCTCATCTTGCGCGCCGCCCGTCCGCTGCTACTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAAc < 2:495509/142‑1 (MQ=255) gAACGCAGGTCCCATTAATGCGAGCCTCATCTTGCGCGCCGCCCGTCCGCTGCTACTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATACCAAACGAGAATGATTATCaaa > 2:49523/1‑143 (MQ=255) aGGTCCCATTAATGCGAGCCTCATCTTGCGCGCCGCCCGTCCGCTGCTACTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATACCAAACGAGAATGATTATCAAATTCAtt > 2:173705/1‑143 (MQ=255) aGGTCCCAGTAAGGCGAGCCTCATCTTGCGCGCCGCCCGTCCGCTGCTACTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCAtt < 2:19504/143‑1 (MQ=255) aGGGCCCATTGATGCGAGCCTCATCGTGCGCGCCGCCCGTCCGCTGCTACTCTCAACGCGATAGTGCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCAtt < 2:382325/143‑1 (MQ=255) ggTCCCATTAATGCGAGCCTCATCTTGCGCGCCGCCCGTCCGCTGCTACTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCCTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCAttt < 1:267320/143‑1 (MQ=255) gCGAGCCTCATCTTGCGCGCCGCCCGTCCGCTGCTACTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTCACTGGAGtgtg > 1:557278/1‑143 (MQ=255) ttGCGCGCCGCCCGTCCGCTGCTACTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATACCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTg > 1:630849/1‑143 (MQ=255) tGCGCGCCGCCCGTCCGCTGCTACTCTCAACGCGAGAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAACACAAAGCCTTTGCTATGTTTCTCGCTATACCAAACGAGAATGATTATCAGATTCATATAAATAGAGTGCGGTGCGATCTCTGa > 2:46256/1‑143 (MQ=255) ggcgcggCGCCCGTCCGCTGCCACTCGCGACGCGATAGTTCGGCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGa < 2:523276/142‑1 (MQ=255) cgccgcCCGTCCGCTGCTACTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGa < 1:82495/143‑1 (MQ=255) gccgccCGTCCGCTGCTACTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGAc > 1:440223/1‑143 (MQ=255) cgccCGTCCGCTGCTACTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATACCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCa < 2:183837/143‑1 (MQ=255) cgccCGTCCGCTGCTACTCTCAACCCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCa < 1:534794/143‑1 (MQ=255) gccCGTCCGCTGCTACTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAg < 1:404962/143‑1 (MQ=255) cccGTCCGCTGCTACTCTCAACGCGAGAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGCATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATCGTGGTGAATTCTCTGACAGACCAgg > 2:450157/1‑143 (MQ=255) tgctACTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGATTATGACt > 1:323175/1‑143 (MQ=255) aaCGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGATTATGACTACGAAAAGAt > 2:368303/1‑143 (MQ=255) gcgATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATACCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGATTATGACTACGAAAAGATtga > 1:140768/1‑143 (MQ=255) aGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGATTATGACTACGAAAAGATTGATGACt < 2:306281/143‑1 (MQ=255) gTCATCTTGTGCCTCTAAATCAGAGGCTTTGCTATGTTTCATGCGATGCCAAACGAGAATAATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGATTATGACTACGAAAAGATTGATGACTTGAAt < 2:492575/143‑1 (MQ=255) gTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGATTATGACTACGAAAAGATTGATGACTTGAAt < 1:591211/143‑1 (MQ=255) tCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATACCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGATTATGACTACGAAAAGATTGATGACTTGAATg > 2:552212/1‑143 (MQ=255) tCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATACCAAACGAGAATGATTATCAAATTACTTCAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGATTATGACTACGAAAAGATTGATGACTTGAATg > 2:203348/1‑143 (MQ=255) ttGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGATTATGACTACGAAAAGATTGATGACTTGAATgttatg < 1:330614/143‑1 (MQ=255) ccTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATACCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGATTATGACTACGAAAAGATTGATGACTTGAATgttatggttat < 1:594741/143‑1 (MQ=255) tctAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGATTATGACTACGAAAAGATTGATGTCTTGAATGTTATGGTTATGt > 1:265299/1‑143 (MQ=255) ctAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATACCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGAATGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGATTATGACTACGAAAAGATTGATGACTTGAATGTTATGGGTATGtt > 2:366396/1‑143 (MQ=255) tAGCCTTTTCTATTTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGATTATGACTACGAAAAGATTGATGACTTGAATGTTATGGTTATGTTTAATGTTa < 2:37184/143‑1 (MQ=255) aGCCTTTGCTATGTCTCATGCTATACCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGATTATGACTACGAAAAGATTGATGACTTGAATGTTATGGTTATGTTTAATGTTAg < 1:42198/143‑1 (MQ=255) cTATGTTTCATGCGATACCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGATTATGACTACGAAAAGATTGATGACTTGAATGTTATGGTTATGTTTAATGTTAGCACATTTa < 2:32980/143‑1 (MQ=255) aTGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGATTATGACTACGAAAAGATTGATGACTTGAATGTTATGGTTATGTTTAATGTTAGCACATTTACa > 1:220/1‑143 (MQ=255) aTGCTATACCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGATTATGACTACGAAAAGATTGATGACTTGAATGTTATGGTTATGTTTAATGTTAGCACATTTACATAACttt > 2:386773/1‑143 (MQ=255) gCTATACCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGATTATGACTACGAAAAGATTGATGACTTGAATGTTATGGTTATGTTTAATGTTAGCACATTTACATAACTTTCa < 1:173705/143‑1 (MQ=255) tATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGATTATGACTACGAAAAGATTGATGACTTGAATGTTATGGTTATGTTTAATGTTAGCACATTTACATAACTTTCAGc > 1:332100/1‑143 (MQ=255) tATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGATTATGACTACGAAAAGATTGATGACTTGAATGTTATGGTTATGTTTAATGTTAGCACATTTACATAACTTTCAGc > 2:60294/1‑143 (MQ=255) aTGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGATTATGACTACGAAAAGATTGATGACTTGAATGTTATGGTTATGTTTAATGTTAGCACATTTACATAACTTTCAGCt > 1:620984/1‑143 (MQ=255) tGCCAAGCGTGAATGATTATCAAATTCATTTCAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGATTATGACTACGAAAAGATTGATGACTTGAATGTTATGGTTATGTTTAATGTTAGCACATTTACATAACTTTCAGCtt < 2:590184/143‑1 (MQ=255) | ATAACCAATCGCCGCAATGAACGCAGGTCCCATTAATGCGAGCCTCATCTTGCGCGCCGCCCGTCCGCTGCTACTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGATTATGACTACGAAAAGATTGATGACTTGAATGTTATGGTTATGTTTAATGTTAGCACATTTACATAACTTTCAGCTT > NC_000913/2512611‑2512890 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |