| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,661,840 | A→C | 100% | C98G (TGC→GGC) | iscR ← | DNA‑binding transcriptional dual regulator IscR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,661,840 | 0 | A | C | 100.0% | 86.5 / NA | 31 | C98G (TGC→GGC) | iscR | DNA‑binding transcriptional dual regulator IscR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base C (16/15); total (16/15) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
ATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACCACCGCCTGGTCCACGTACGCTGGAAACCAGA > NC_000913/2661703‑2661973 | aTGGTGACGGCCAGACCCAGCCAGCACTCGCTGGTTATTACCCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGGGACGGTCGCTCAAATCACGCCGCAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCcgccgc < 2:647555/143‑1 (MQ=255)aTGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCcgccgc < 1:552284/143‑1 (MQ=255)aTGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGGAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAAGCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCcgccgc < 1:598461/143‑1 (MQ=255) tGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGgccgccgcc > 1:549844/1‑143 (MQ=255) 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2:584084/1‑143 (MQ=255) taACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCa > 1:602969/1‑143 (MQ=255) aaCCATTTCGCCTCGAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCaa < 2:608360/143‑1 (MQ=255) tccgaaaGTCATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGCCGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTaa < 1:252222/139‑1 (MQ=255) ccTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTCACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATACGTAAGCGGCCCTAAt > 2:460485/1‑143 (MQ=255) gttgttGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATAACGCCACAGCGCGTGGGTCAGAAAATTATCGCCGCACTAGCCGCCGCCTTTAACCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGATAATTGCTTCGCCaa > 1:144834/1‑143 (MQ=255) aaCCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGAtgctg > 1:235566/1‑143 (MQ=255) ccGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATgctgct > 1:382868/1‑143 (MQ=255) gaCGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCt < 1:584084/143‑1 (MQ=255) tCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAAc < 1:264630/143‑1 (MQ=255) tCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTCATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAAc < 1:352787/143‑1 (MQ=255) aaaTCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCTCACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCGAATTAATCCGCCAACGCCGATGCGGCTGGCATCGTGCCCTACCAg > 2:234389/1‑143 (MQ=255) aTCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTAACCTGACAACGGGTGGCATATACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGAt > 1:298748/1‑143 (MQ=255) cacaGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGGTAgccacc > 1:337748/1‑143 (MQ=255) aTTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACCACCGCCTGCTCCACGTACGCTg > 2:530034/1‑143 (MQ=255) aTTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACACTGACAACGGGTGGAATATAAAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACCACCGCCTGGTCCACGTACGCTg > 1:449231/1‑143 (MQ=255) ttATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACCACGGGTTACTCCAACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACCACCGCCTGGTCCACGTACGCTGGa < 1:151496/143‑1 (MQ=255) gccgccCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACCACCGCCTGGTCCACGTACGCTGGAAACCa < 1:405398/143‑1 (MQ=255) ccgccCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACCACCGCCTGGTCCACGTACGCTGGAAACCAg > 1:668014/1‑143 (MQ=255) cgccCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACCTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCGTTGCCTAACAGATAACCACCGCCTGGTCCACGTACGCTGGAAACCAGa < 2:549844/143‑1 (MQ=255) | ATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACCACCGCCTGGTCCACGTACGCTGGAAACCAGA > NC_000913/2661703‑2661973 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |