Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 2,866,488 | G→C | 12.5% | intergenic (+23/+71) | ygbN → / ← rpoS | putative transporter YgbN/RNA polymerase, sigma S (sigma 38) factor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,866,488 | 0 | G | C | 12.5% | 99.5 / 5.4 | 37 | intergenic (+23/+71) | ygbN/rpoS | putative transporter YgbN/RNA polymerase, sigma S (sigma 38) factor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (17/15); new base C (2/3); total (19/18) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.60e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CCAAATATCTGGGGTTGTCGGTAGCAGACGGTCTGAAAACCTGGACAGTGTTAACGACCATTCTCGGTTTTACCGGATTCTTAATTACCTGGTGCGTATGGGCGGTAATTTGACCTTAATAAAAAGGTCCGATGGGCATCGGACCTTTTATTGTGCACAGAAAAGGCCAGCCTCGCTTGAGACTGGCCTTTCTGACAGATGCTTACTTACTCGCGGAACAGCGCTTCGATATTCAGCCCCTGCGTTTGCAGGATTTCGCGCAAACGGCGCAGG > NC_000913/2866353‑2866625 | ccAAATATCTGGGGTTGTCGGTAGCAGACGGTCTGAAAACCTGGACAGTGTTAACGACCATTCTCGGTTTTACCGGATTCTTAATTACCTGGTGCGTATGGGCGGTAATTTGACCTTAATAAAAAGGTCCGATGGGCATCGGa < 1:135755/143‑1 (MQ=255) ccgatatGTGGGGTTGTCTGTAGCAGGCGGTCTGAAACCCTGGACAGTGTTAACGACCATTCTCGGTTTTACCGGATTCTTAATTACCTGGTGCGTATGGGCGGTAATTTGACCTTAATAAAAAGGTCCGATGCCCATCGGAc < 2:53970/140‑1 (MQ=255) cAAATATCTGGGGTTGTCGGTAGCAGACGGTCTGAAAACCTGGACAGTGTTAACGACCATTCTCGGTTTTACCGGATTCTTAATTACCTGGTGCGTATGGGCGGTAATTTGACCTTAATAAAAAGGTCCGATGGGCATCGGAc < 1:595126/143‑1 (MQ=255) gatatCTGGGGTTGTCGGTAGCAGACGGTCTGAAAACCTGGACTGTGCTAACGACCATTCTCGGTTTTACCGGATTCTTAATTACCTGGTGCGTATGGGCGGTAATTTGACCTTAATAAAAAGGTCCGATGCCCATCGGACCt < 2:204849/142‑1 (MQ=255) tCTGGGGTTGTCGGTAGCAGACGGTCTGAAAACCTGGACAGTGTTAACGACCATTCTCGGTTTTACCGGATTCTTAATTACCTGGTGCGTATGGGCGGTAATTTGACCTTAATACAAAGGTCCGATGGCCATCGGACCTTTTa > 2:470437/1‑143 (MQ=255) tGGGGTTGTCGGTAGCCGACGGTCTGAAAACCTGGACAGTGTTAACGACCATTCTCGGTTTTACCGGCGTCTTGATTCCCTGGTGCGGATGGGCGGTGATTTGACCTTAATCAAACGGTCCGATGGGCATCGGAccgggcctt > 1:148635/1‑136 (MQ=255) tGGGGTTGTCGGTAGCAGACGGTCTGAAAACCTGGACAGTGTTAACGACCATTCTCGGTTTTACCGGATTCTTAATTACCTGGTGCGTATGGGCGGTAATTTGACCTTAATAAAAAGGTCCGATGGGCATCGGACCTTTTAtt < 1:379463/143‑1 (MQ=255) tGGGGTTGTCGGTAGCAGACGGTCTGAAAACCTGGACAGTGTTAACGACCATTCTCGGTTTTACCGGATTCGTAATTACCTGGTGCGTATGGGCGGTAATTTGACCTTAATAAAAAGGTCCGATGGGCATGGGACCTTTTAtc > 2:437010/1‑142 (MQ=255) ggggTTGTCGGTAGCAGACGGTCTGAAAACCTGGACAGTGTTAACGACCATTCTCGGTTTTACCGGATTCTTAATTACCTGGTGCGTATGGGCGGTAATTTGACCTTCATAAAAAGGTCCGAGGGGCATCGGACCTTTTATtg > 2:674908/1‑143 (MQ=255) gggTTGTCGGTAGCAGACGGTCTGAAAACCTGGACAGTGTTAACGACCATTCTCGGTTTTACCGGATTCTTAATTACCTGGTGCGTATGGGCGGTAATTTGACCTTAATAAAAAGGTCCGATGGGCATCGGACCTTTTATtgt < 1:278462/143‑1 (MQ=255) gTTGTCGGTAGCAGACGGTCTGAAAACCTGGACCGTGTTAACGACCATTCTCGGTTTTACCGGATTCTTAATTACCTGGTGCGTATGGGCGGTAATTTGACCTTAATAAAAAGGTCCGATGCCCATCGGACCtttttattaag < 2:507528/143‑8 (MQ=39) tCGGTAGCAGACGGTCTGAAAACCTGGACAGTGTTAACGACCATTCTCGGTTTTACCGGATTCTTAATTACCTGGTGCGTATGGGCGGTAATTTGACCTTAATAAAAAGGTCCGATGGGCATCGGACCTTTTATTGTGCACAg > 1:50924/1‑143 (MQ=255) gatAGCAGGCGGTCTGAAAACCTGGACAGTGTTAACGACCATTCTCGGTTTTACCGGATTCTTAATTACCTGGTGCGTATGGGCGGTAATTTGACCTTAATAAAAAGGTCCGATGGGCATCGGACCTTTTATCGTGCCCCGaa > 2:15855/3‑143 (MQ=255) aGCAGACGGTCTGATAACCTGGACAGTGTTACCGCCCATTCTCGGTTTTACCGGATTCTTAATTACCTGGTGCGTATGGGCGGTAATTTGACCTTAATAAAAAGGTCCGATGGGCATCGGACCTTTTATTGTGCACAGaaagg < 2:598149/143‑3 (MQ=255) gCAGACGGTCTGAAAACCTGGACAGTGTTAACGACCATTCTCGGTTTTACGGGATTCTTAATTACCTGGTGAGTATGGGCGGTAATTTGACCTTAATAAAAAGGTCCGATGGGCATCGGACCTCTTATTGTGCACCGGAAAgg > 1:266505/1‑143 (MQ=255) aaaaCCTGGACAGTGTTAACGACCATTCTCGGTTTTACCGGATTCTTAATTACCTGGTGCGTATGGGCGGTAATTTGACCTTAATAAAAAGGTCCGATGGGCATCGGACCTTTTATTGTGCACAGAAAAGGCCAGCCTCGCtt < 1:593988/143‑1 (MQ=255) gacgttgtTCACGTCCATTCTCGGTTTTACCGGATTCTTAATTACCTGGTGCGTATGGGCGGTAATTTGACCTTAATAAAAAGGTCCGATGGGCATCGGACCTTTTATTGTGCACAGAAAAGGCCAGCCTCGCTTGAGACTgg < 2:560078/138‑1 (MQ=255) aCAGTGTTAACGACCATTCTCGGTTTTACCCGACTCCTAATTACCTGGTGCGTATGGGCGGTAATTTGACCTTAATAAAAAGGTCCGATGGGCATCGGACCTTTTATTGTGCACAGAAAAGGCCAGCCTCGCTTGAGACTGGc < 1:22383/143‑1 (MQ=255) aGTGTTAACGACCATTCTCAGATTTACCGGATTCTTAATTACCTGGTGCGTATGGGCGGTAATTTGACATTAATAAAAAGGTCCGATGGGCATCGGACCTTTCATTATGCACCGAAACGGCAGACCTCGCTTAAGCCTgcaca > 2:454740/1‑139 (MQ=255) ttAACGACCATTCTCGGTTTTACCGTATTCTTAATTACCTGGTGCGTATGGGCGGTAATTTGACCTTAATAAAAAGGTCCGATGGGCATCGGACCTTTTATTGTGCACAGAAAAGGCCAGCCTCGCTTGAGACTGGCCTTTCt < 1:491937/143‑1 (MQ=255) gACCATTCTCGGTTTTACCGGATTCTTAATTACCTGGTGCGTATGGGCGGTAATTTGACCTTAATAAAAAGGTCCGATGGGCATCGGACCTTTTATTGTGCACAGAAAAGGCCAGCCTCGCTTGAGACTGGCCTTGCTGACAg > 1:119582/1‑143 (MQ=255) ctcGGTTTTACCGGATTCTTAATTACCTGGTGCGTATGGGCGGTAATTTGACCTTAATAAAAAGGTCCGATGGGCATCGGACCTTTTATTGTGCACAGAAAAGGCCAGCCTCGCTTGAGACTGGCCTTTCTGACAGATGctta < 2:385180/143‑1 (MQ=255) ttttACCGGATTCTTAATTACCTGGTGCGTATGGGCGGTAATTTGACCTTAATAAAAAGGTCCGATGGGCATCGGACCTTTTATTGTGCACAGAAAAGGCCAGCCTCGCTTGAGACTGGCCTTTCTGACAGGTGCttacttac > 1:564535/1‑143 (MQ=255) ttACCGGAGTATTAGTTACCTGGTGCGTATGGGCGTTAATTTGACCTTAAGAAAAAGGTCCGATGGGCATCGGACCTTTTATTGTGCACAGAAAAGGCCAGCCTCGCTTGAGACTGGCCTTTCTGACAGATGCTTACTTACTc < 2:226937/143‑1 (MQ=255) ccGGATACTTAATTACCTGGTGCGTATGGGCGGTAATTTGACCTTAATAAAAAGGTCCGATGGGCATCGGATCTTTTATTGTGCACAGAAAAGGCCAGCCTCGCTTGAGACTGGCCTTTCTGACAGATGCTTACTTACTcgcg < 1:655446/143‑1 (MQ=255) tCTTAATTACCTGGTGCGTATGGGCGGTAATTTGACCTTAATAAAAAGGTCCGATGGGCATCGGACCTTTTATTGTGCACAGAAAAGGCCAGCCTCGCTTGAGACTGGCCTTTCTGACAGATGCTTACTTACTCGCGGAACAg > 2:283535/1‑143 (MQ=255) ttgccTGGTGCGTATGGGCGGTAATTTGACCTTAATAAAAAGGTCCGATGGGCATCGGACCTTTTATTGTGCACAGAAAAGGCCAGCCTCGCTTGAGACTGGCCTTTCTGACAGATGCTTACTTACTCGCGGAACAGCGCTTc < 2:525079/140‑1 (MQ=255) cTGGTGCGTATGGGCGGTAATTTGACCTTAATAAAAAGGTCCGATGGGCGTCGGACCTTTTATTGTGCACAGAAAAGGCCAGCCTCGCTTGAGACTGGCCTTTCTGACAGATGCTTACTTACTCGCGGAACAGCGCTTCGata < 1:625250/143‑1 (MQ=255) cTGGTGCGTATGGGCGGTAATTTGACCTTAATAAAAAGGTCCGATGGGCATCGGACCTTTTATTGTGCACAGAAAAGGCCAGCCTCGCTTGAGACTGGCCTTTCTGACAGATGCTTACTTACTCGCGGAACAGCGCTTCGata > 1:588089/1‑143 (MQ=255) cTGGTGCGTATGGGCGGTAATTTGACCTTAATAAAAAGGTCCGATGGGCATCGGACCTTTTATTGTGCACAGAAAAGGCCAGCCTCGCTTGAGACTGGCCTTTCTGACAGATGCTTACTTACTCGCGGAACAGCGCTTCGata > 1:588230/1‑143 (MQ=255) ggTAATTTGACCTTAATAAAAAGGTCCGATGGGCATCGGACCTTCTATTGTGCACCGAAAAGCCCAGCCTCGCTTGAGACTGGCCTTTCTGACAGATGCTTACTTACTCGCGGCACACCGCTTCGACATTCCGCCCCTGCggt > 2:270462/1‑141 (MQ=255) ttAATAAAAAGGTCCGATGGGCATCGGACCTTTTATTGTGCACAGAAAAGGCCAGCCTCGCTTGAGACTGGCCTTTCTGACAGATGCTTACTTACTCGCGGAACAGCGCTTCGATATTGAGCCCCTGCGTTTGCAGGATTTcg > 1:56158/1‑143 (MQ=255) ttAATAAAAAGGTCCGATGGGCATCGGACCTTTTATTGTGCACAGAAAAGGCCAGCCTCGCTTGAGACTGGCCTTTCTGACAGATGCTTACTTACTCGCGGAACAGCGATTCGATATTCAGCCCCTGCGTTTGCAGGATTTcg > 1:35072/1‑143 (MQ=255) taaAAAGGTCCGATGGGCATCGGACCTTTTATTGTGCACAGAAAAGGCCAGCCTCGCTTGAGACTGGCCTTTCTGACAGATGCTTACTTACTCGCGGAACAGCGCTTCGATATTCAGCCCCTGCGTTTGCAGGATTTCGCGCa > 1:174899/1‑143 (MQ=255) ggTCCGATGCCCATCGGACCTTTTATTGTGCACAGAAAAGGCCAGCCGCGCTGGACACGGGCGGTTCTGACAGATGCTTACTTACTCGCGGAACCGCGCTTCGATATGCATCCCGCGCGCTTGCAGGAGTGCTCGCAGACCgc > 2:316967/1‑143 (MQ=255) cGATGGGCATCGGACCTTTTATTGTGCACAGAAAAGGCCAGCCTCGCTTGAGACTGGCCTTTCTGACAGATGCTTACTTACTCGCGGAACAGCGCTTCGATATTCAGCCCCTGCGTTTGCAGGATTTCGCGCAAACGgcgccg > 1:328759/1‑141 (MQ=255) gATGGGCATCGGACCTTTTATTGTGCACAGAAAAGGCCAGCCTCGCTTGAGACTGGCCTTTCTGACAGATGCTTACTTACTCGCGGAACAGCGCTTCGATATTCAGCCCCTGCGTTTGCAGGATTTCGCGCAAACGGCGCAgg < 1:290898/143‑1 (MQ=255) | CCAAATATCTGGGGTTGTCGGTAGCAGACGGTCTGAAAACCTGGACAGTGTTAACGACCATTCTCGGTTTTACCGGATTCTTAATTACCTGGTGCGTATGGGCGGTAATTTGACCTTAATAAAAAGGTCCGATGGGCATCGGACCTTTTATTGTGCACAGAAAAGGCCAGCCTCGCTTGAGACTGGCCTTTCTGACAGATGCTTACTTACTCGCGGAACAGCGCTTCGATATTCAGCCCCTGCGTTTGCAGGATTTCGCGCAAACGGCGCAGG > NC_000913/2866353‑2866625 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |