Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 2,512,749 | G→A | intergenic (‑43/‑293) | mntH ← / → nupC | Mn(2(+))/Fe(2(+)): H(+) symporter MntH/nucleoside:H(+) symporter NupC |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,512,749 | 0 | G | A | 96.7% | 180.5 / NA | 60 | intergenic (‑43/‑293) | mntH/nupC | Mn(2(+))/Fe(2(+)): H(+) symporter MntH/nucleoside:H(+) symporter NupC |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (32/26); minor base T (1/1); total (33/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TAACCAATCGCCGCAATGAACGCAGGTCCCATTAATGCGAGCCTCATCTTGCGCGCCGCCCGTCCGCTGCTACTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGATTATGACTACGAAAAGATTGATGACTTGAATGTTATGGTTATGTTTAATGTTAGCACATTTACATAACTTTCA > NC_000913/2512612‑2512886 | tacccAATCGCCGCAATGAACGCAGGTCCCATTAATGCGAGCCTCATCTTGCGCGCCGCCCGTCCGCTGCTACTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATACCaaa < 2:35495/140‑1 (MQ=255) aCCAATCGCCGCAATGAACGCAGGTCCCATTAATGCGAGCCTCATCTTGCGCGCCGCCCGTCCGCTGCTACTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTGAACGATAGCTTTTGCTATGCTTCATGCTATACCAAACg > 2:871730/1‑143 (MQ=255) aCCAATCGCCGCAATGAACGCAGGTCCCATTAATGCGAGACTCAACTTGCGCGCCGCCCGTCCGCTGCTACTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATACCAACCg > 1:850274/1‑143 (MQ=255) gccgcAATGAACGCAGGTCCCATTAATGCGAGCCTCATCTTGCGCGCCGCCCGTCCGCTGCTACTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTTTTCCAAACCAGAATGa > 1:653003/1‑143 (MQ=255) ccgcAATGAACGCAGGTCCCATTAATGCGAGCCTCATCTTGCGCGCCGCCCGTCCGCTGCTACTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATACCAAACGAGAATGAt > 2:892535/1‑143 (MQ=255) ccgcAATGAACGCAGGTCCCATTAATGCGAGCCTCATCTTGCGCGCCGCCCGTCCGCTGCTACTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATACCAAACGAGAATGAt > 2:956177/1‑143 (MQ=255) gAACGCAGGTCCCATTAATGCGAGCCTCATCTTGCGCGCCGCCCGTCCGCTGCTACTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATACCAAACGAGAATGATTATCcaa > 2:1127664/1‑143 (MQ=255) aaCGCAGGTCCCATTAATGCGAGCCTCATCTTGCGCGCCGCCCGTCCGCTGCTACTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATATCCTTTGCTATGTTTCATGCTATACCAAACGAGAATGATTATCAAAt < 1:1142704/143‑1 (MQ=255) aaCGCAGGTCCCATTAATGCGAGCCTCATCTTGCGCGCCGCCCGTCCGCTGCTACTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATACCAAACGAGAATGATTATCAAAt > 1:644106/1‑143 (MQ=255) cccATTAATGCGAGCCTCATCTTGCGCGCCGCCCGTCCGCTGCTACTCTCAACGCGATAGTTCGGCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATACCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTaaa < 1:1107308/143‑1 (MQ=255) ccATTAATGCGAGCCTCATCTTGCGCGCCGCCCGTCCGCTGCTACTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATACCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAAt > 1:888659/1‑143 (MQ=255) aTTAATGCGAGCCTCATCTTGCGCGCCGCCCGTCCGCTGCTTCTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATACCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATgg > 1:808164/1‑143 (MQ=255) cGAGCCTCATCTTGCGCGCCGCCCGTCCGCTGCTACTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATACCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTgtgg > 1:496979/1‑143 (MQ=255) gCCTCATCTTGCGCGCCGCCCGTCCGCTGCTACTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATATCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGa < 1:576534/143‑1 (MQ=255) aTCTTGCGCGCCGCCCGTCCGCTGCTACTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATACCAAACGAGAATGGTTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTtct < 1:800577/143‑1 (MQ=255) aTCTTGCGCGCCGCCCGTCCGCTGCTACTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATACCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTtct < 1:555364/143‑1 (MQ=255) tCTTGCGCGCCGCCCGTCCGCTGCTACTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATACCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTtctc < 1:1078244/143‑1 (MQ=255) gatgccgcgcCGCCGGTCCGCTGCAACTCTCGACGCGATAGTTCGTCATCTAGTGCCTATAAAACATAGCCGCTGCTAGGTTGCATGCTATACCAAAAGAGAATGATTATCAAACTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTtctc < 2:146100/138‑1 (MQ=255) ctttggcgcCGACCGTTCGCTGCTTCTCTCGACGGGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATACCAGACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTctct < 2:726122/138‑1 (MQ=255) ctggcgcgcCGCCCGTCCGCTGCTACTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATACCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTctct < 1:1214867/140‑1 (MQ=255) tGCGCGCCGCCCGTCCGCTGCTACTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTACAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATACCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTctctaa > 2:241974/1‑141 (MQ=255) tGCGCGCCGCCCGTCCGCTGCTACTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATACCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGa < 2:230836/143‑1 (MQ=255) tGCGCGCCGCCCGTCCGCTGCTACTCTCAACGCGATAGTTAGGCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTGATGCTATACCACACGAGAATGCTTATCAAATTCATTTAAATGGAATGTGGTGATTTCTCTGa > 2:606623/1‑143 (MQ=255) cgcccgccCGCTGCTACCCTCAACGCGCTAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATACCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCa < 1:100378/143‑1 (MQ=255) cgccCGTCCGCTGCTACTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATACCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCa < 2:863991/143‑1 (MQ=255) gccCGTCCGCTGCTACTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATACCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAg < 2:1226386/143‑1 (MQ=255) tgctACTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATACCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGATTATGACt > 2:724524/1‑143 (MQ=255) tgctACTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATACCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGATTATGACt > 2:682647/1‑143 (MQ=255) aCTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATACCAAACGAGAATGATTATCAAATTAATTTAGATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGATTATGACTaagc > 2:37174/1‑140 (MQ=255) cgcgATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATACCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGATTATGACTACGAAAAGATtg > 1:85674/1‑143 (MQ=255) gcgATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATACCAAACGAGAATGTTTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGATTATGACTACGAAAAGATtga > 2:445687/1‑143 (MQ=255) gcgATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATACCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGATTATGACTACGAAAAGATtga > 2:722466/1‑143 (MQ=255) cgATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATACCAAACGAGAATAATTATCAAATTCATTTAAATCGCTTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGATTATGACTACGAAAACATggat > 2:1125411/1‑143 (MQ=255) cgATAGTTCGTCATCTTGTGCCGCTAAAACAGAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATACCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGATTATGACTACGAAAAGATtgat < 1:687584/143‑1 (MQ=255) aGTTTGTCATTTTGGGCTTATGAAACGTAGACTTTGCTATGTTTCATGCTATACCGAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGATTATGACTACGAAGATATTGATGACt < 2:923671/143‑1 (MQ=255) cGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATACCAAACGCGAATGATTATGAAATCCATTTAGATGCATAGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGATTATGACTGCGAAAAGATTGACGACGTgga > 2:717397/1‑141 (MQ=255) tCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATACCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGATTATGACTACGAAAAGATTGATGACTTGAATg < 1:887816/143‑1 (MQ=255) tCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATACCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGATTATGACTACGAAAAGATTGATGACTTGAATg > 1:868096/1‑143 (MQ=255) ttGTTCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATATTTCATGCTATACCAAACTAGAATTATTATCAAATTCATTTAAATGGATTATGGTTATTTCTCTGATAGACCAGGATTATGACTACGAAAAGATTGATGACTTGAATgttatg < 2:145595/143‑1 (MQ=255) ttGTGCTTCTAAAACATAGCCTTTACTATGTTTTATGATATACCCAACTAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGATTATGACTACGAAAAGATTGATGACTTGAATgttatg < 2:746385/143‑1 (MQ=255) ttGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATACCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGATTATGACTACGAAAAGATTGATGACTTGAATgttatg > 1:1049597/1‑143 (MQ=255) ttGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATACCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGATTATGACTACGAAAAGATTGATGACTTGAATgttatg < 1:361517/143‑1 (MQ=255) gCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATATGTCATTTTCAACCGAACGACAATGATTATCAAATTCATTTAAATTGATTCTGTATTGTCCTCTGATGTACCGAGATTATAACTACTAAATGATAGCGGACTTGAATtttctcgtta > 2:1153062/1‑143 (MQ=255) tctAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATACCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGATTATGACTACGAAAAGATTGATGACTTGAATGTTATGGTTATGt > 1:338850/1‑143 (MQ=255) tAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATACCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGATTATGACTACGAAAAGATTGATGACTTGAATGTTATGGTTCTGttt > 2:857771/1‑143 (MQ=255) tAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATACCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTACTCTGATAGACCAGGATTATGACTACGAAAAGTTTGAGGACTTGAATGTTATGGTTATGttt > 1:627377/1‑143 (MQ=255) tAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATACCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATGGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGATGATGACTACGAAAAGATTGATGACTTGAATGTTATGGTTATGttt > 1:198952/1‑143 (MQ=255) aaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATACCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGATTATGACTACGAAAAGATTGATGACTTGAATGTTATGGTTATGTTTAAt < 2:1159425/143‑1 (MQ=255) cATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATACCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGATTATGACTACGAAAAGATTGATGACTTTAATGTTATGGTTATGTTTAATGt < 2:850274/143‑1 (MQ=255) aGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATACCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATCGACCAGGATTATGACTACGAAAAGATTGATGACTTGAATGTTATGGTTATGTTTAATGTTAg > 2:312852/1‑143 (MQ=255) ccTTTGCTATGTTTCATGCTATACCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGATTATGACTACGAAAAGATTGATGACTTGAATGTTATGGTTATGTTTAATGTTAGca > 2:434660/1‑143 (MQ=255) cTATGTTTCATGCTATACCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGATTATGACTACGAAAAGATTGATGACTTGAATGTTATGGTTATGTTTAATGTTAGCACATTTa > 2:827992/1‑143 (MQ=255) cTATGTTTCATGCTATACCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGATTATGACTACGAAAAGATTGATGACTTGAATGTTATGGTTATGTTTAATGTTAGCACATTTa > 1:832152/1‑143 (MQ=255) tATGTTTCATGCTATACCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGATTATGACTACGAAAAGATTGATGACTTGAATGTTATGGTTATGTTTAATGTTAGCACATTTAc > 2:1231701/1‑143 (MQ=255) tttCATGCTATACCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGATTATGACTACGAAAAGATTGATGACTTGAATGTTATGGTTATGTTTAATGTTAGCACATTTACATaa > 2:783662/1‑143 (MQ=255) tttCATGCTATACCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGATTATGACTACGAAAAGATTGATGACTTGAATGTTATGGTTATGTTTAATGTTAGCACATTTACATaa < 1:956177/143‑1 (MQ=255) gttCATGCTATACCGAGCGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGATTATGACTACGAAAAGATTGATGACTTGAATGTTATGGTTATGTTTAATGTTAGCACATTTACATaa < 1:892535/142‑1 (MQ=255) aTGCTATTCCAAACGATAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGATTATGACTACGAAAAGATTGATGACTTGTATGTTATGGTTATGTTTAATGTTAGCACATTTACATAACttt < 2:49802/143‑1 (MQ=255) aTGCTATACCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGATTATGACTACGAAAAGATTGATGACTTGAATGTTATGGTTATGTTTAATGTTAGCACATTTACATAACttt < 2:85674/143‑1 (MQ=255) gCTATACCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGATTATGACTACGAAAAGATTGATGACTTGAATGTTATGGTTATGTTTAATGTTAGCACATTTACATAACTTTCa < 1:856696/143‑1 (MQ=255) | TAACCAATCGCCGCAATGAACGCAGGTCCCATTAATGCGAGCCTCATCTTGCGCGCCGCCCGTCCGCTGCTACTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCTGATAGACCAGGATTATGACTACGAAAAGATTGATGACTTGAATGTTATGGTTATGTTTAATGTTAGCACATTTACATAACTTTCA > NC_000913/2512612‑2512886 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |