| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,661,840 | A→C | C98G (TGC→GGC) | iscR ← | DNA‑binding transcriptional dual regulator IscR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,661,840 | 0 | A | C | 98.1% | 160.3 / ‑6.8 | 55 | C98G (TGC→GGC) | iscR | DNA‑binding transcriptional dual regulator IscR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base C (29/23); total (32/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.82e-01 | |||||||||||
TGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACCACCGCCTGGTCCACGTACGCTGGAAACCAGACCATTT > NC_000913/2661704‑2661979 | tGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGCGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGgccgccgcc > 1:334471/1‑143 (MQ=255) cTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGGCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCtt > 2:894734/1‑143 (MQ=255) tGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTGGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGACACCCAGTGCGCCGGTCGCTCAAATAACCCAACAGCGCGGGGGGCAGGCATTTACCGCCGCCCTCCCcgccgcacgg > 2:670740/1‑139 (MQ=255) acgacCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCtctcc > 2:812554/1‑139 (MQ=255) acgacCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTAc > 1:367482/1‑143 (MQ=255) aGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGAc > 1:195651/1‑143 (MQ=255) acaTCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACg < 1:1148363/143‑1 (MQ=255) tCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGt < 1:259384/143‑1 (MQ=255) cACTTCCTGGTTATTAACCAGTGCGCCTAAAGTAATGTTGTAGAGAAAGCCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATTGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCAt < 2:441492/143‑1 (MQ=255) cACTTCCGGGTTATTAACCAGCTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAACCCGGTGAGACGGTCACTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCAt < 2:1156097/143‑1 (MQ=255) ttCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTa > 1:920102/1‑143 (MQ=255) cTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATGTATCGCCGCCCTGGCTGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTGCAg > 1:362756/1‑143 (MQ=255) tGGTTATTACCCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGa < 1:206490/143‑1 (MQ=255) ttattaACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGTCGGTCGCGCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCAGTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACCACGGGTGGCATCTGCAGAtgc > 1:1186164/1‑141 (MQ=255) taACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCa < 2:114359/143‑1 (MQ=255) caCCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCaa < 1:490321/142‑1 (MQ=255) aCCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTCCCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAAc > 1:1167687/1‑143 (MQ=255) aGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGgc < 1:1163078/143‑1 (MQ=255) ttCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGgcgc > 2:967545/1‑143 (MQ=255) gCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAGAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTaa > 2:756305/1‑143 (MQ=255) gCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCGACGGCGCTaa > 1:5364/1‑143 (MQ=255) gCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTaa < 1:513094/143‑1 (MQ=255) cTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGAGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGCGTGGCATCCACAAACTAGTCAACGCCGTAAAtt > 2:1024192/1‑143 (MQ=255) tcaaGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGTTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCCTGGGTCAGGCAGTTATCGCCGCCCTCGCCGCCGCCTTTACCCTCACACCGGGCGGCATCTACAGATTCGTCACCGGCGCCAAtaa > 2:419544/3‑141 (MQ=255) tAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCCTCACACCGGCAGCGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTa > 2:546209/1‑143 (MQ=255) acgtgaTGTTGTCGAGCACACCGGTGAGACGGTCGCTCAACTCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACt < 2:414643/138‑1 (MQ=255) aGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATATACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACtt > 2:1223967/1‑143 (MQ=255) tAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACTGTCGCGCAAATCGCGCCACAGCGCGCGTGTAAGGCATTTCTCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTGCCCTGCCAACGCGTGGCATCTACAGATTCGTCCCCGGCGCTCACTAcagca > 2:882275/1‑139 (MQ=255) aTGTTGTTGAGAAAATCTGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGcc < 1:473572/143‑1 (MQ=255) aTGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGcc < 2:494511/143‑1 (MQ=255) tgttgtTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCGCACGCCTTTCGCCTGACAACGGGTGGCCTCTCCAGATTCGTCACCGGCGCTACGTACTTCGCCa > 1:572660/1‑143 (MQ=255) gttgttGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCaa > 2:1195506/1‑143 (MQ=255) ttgttgAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCACCGGCGCTACTTACTTCGCCAAc > 1:376074/1‑143 (MQ=255) ttgAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGCTGCGTCCACGGCGCTAATTACTGCGCCAACCGc > 2:851562/1‑143 (MQ=255) gagaAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGa > 1:1129606/1‑143 (MQ=255) agaAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCCGGCTCCTGTACCCTGACGACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCCACGGCGAt > 2:1006701/1‑143 (MQ=255) cGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGctgctg < 2:842516/143‑1 (MQ=255) gagaCGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCACGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGGCTGGCATCTAAAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACATAGCCAACGGCGATGCTGCTGGCAt > 1:553622/1‑143 (MQ=255) agaCGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCCAATTACCTCCCCAACGGCGATGctgctgccctc > 1:857298/1‑138 (MQ=255) cGGTCGCTCACATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCttt < 2:970410/143‑1 (MQ=255) gTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCACTAATACTGATAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGc < 1:967664/143‑1 (MQ=255) ctCGCTCACATCCCCCCACAGCGCGTGGATCAGCCCTTTATCCCCCCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGc < 1:856851/142‑1 (MQ=255) tCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTCAc > 1:664107/1‑143 (MQ=255) tCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAAc > 1:461787/1‑143 (MQ=255) ccACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCACCGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAaccac > 2:982041/1‑143 (MQ=255) aGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGCTTCGTCAACGGCGCTAATTCATACGCCATCGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACCACAGcc > 1:632721/1‑143 (MQ=255) cgcgTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACCACCGCCTg < 1:666624/143‑1 (MQ=255) gTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCTCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACCACCGCCTGGTc < 2:99393/143‑1 (MQ=255) gTGGGTCAGGCATTTAGCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACCACCGCCTGGTc < 1:96452/143‑1 (MQ=255) gCATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCCTCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAAGTACTTAGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTGACAGATGACCACCGCCTGGGCGACGTACGc > 1:778994/1‑143 (MQ=255) cATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACCACCGCCTGGTCCACGTACGCt < 1:546209/143‑1 (MQ=255) gccgccCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACCACCGCCTGGTCCACGTACGCTGGAAACCa < 1:756305/143‑1 (MQ=255) gccgccCGGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGGATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACTACCGCCTGGTCCACGTACGCTGGAAACCa < 2:1162045/143‑1 (MQ=255) ccgccCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATCCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACCACCGCCTGGTCCACGTACGCgggggcccag > 1:20408/1‑136 (MQ=255) cccTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACCCCCGCCTGGTCCACGGACCCTGGAAACCAGAcc > 2:1054476/1‑143 (MQ=255) tGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACCTCCGCCTGGTCCACGTACGCTGGAAACCAGACCAtt < 2:820185/143‑1 (MQ=255) ggCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCAAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACCACCGCCTGGTCCACGTACGCTGGAAACCAGACCAttt > 1:49142/1‑143 (MQ=255) | TGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACCACCGCCTGGTCCACGTACGCTGGAAACCAGACCATTT > NC_000913/2661704‑2661979 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |