New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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? | NC_000913 | 3774261 = | NA (NA) | noncoding (25/29 nt) | other | REPv271a |
Only 100 of 175 total aligned reads displayed.
AGTCCGTCATCGAGCGTCTGGCACACACCACCAGCGTGGATGAAGTGCTGGAACTGCTGGCAGGTCGTAAGTAATCCAATCCCACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGAGGGTTTGGGTGAGGGAAAAGCCTCACCCCAGCCCTCTCGGGTAAAA > NC_000913/3774121‑3774402 | aGTCCGTCATCGAGCGTCTGGCACACACCACCAGCGTGGATGAAGTGCTGGAACTGCTGGCAGGTCGTAAGTAATCCAATCCCACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTa > 1:882550/1‑143 (MQ=255) gTCCGTCATCGAGCGTCTGGCACACACCACCAGCGTGGATGAAGTGCTGGAACTGCTGGCAGGTCGTAAGTAATCCAATCCCACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTAc > 2:348928/1‑143 (MQ=255) ccGTCATCGAGCGTCTGGCACACACCACCAGCGTGGATGAAGTGCTGGAACTGCTGGCAGGTCGTAAGTAATCCAATCCCACCCTCTCCTCATTGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAg < 2:514359/143‑1 (MQ=255) ccGTCATCGAGCGTCTGGCACACACCACCAGCGTGGATGAAGTGCTGGAACTGCTGGCAGGTCGTAAGTAATCCAATCCCACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAg < 2:687279/143‑1 (MQ=255) cGTCATCGAGCGTCTGGCACACACCACCAGCGTGGATGAAGTGCTGGAACTGCTGGCAGGTCGTAAGTAATCCAATCCCACCCTCTCCACCAGCAGAAGGGGAAGCTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAgg > 2:903025/1‑143 (MQ=38) cGTCATCGAGCGTCTGGCACACACCACCAGCGTGGATGAAGTGCTGGAACTGCTGGCAGGTCGTAAGTAATCCAATCCCACCCTCTCCACATGGAGCAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAgg > 2:994418/1‑143 (MQ=255) gtgctCGAGCGTCTGGCACACACCCCCAGCGTGGATGAAGTGCTGGAACTGCTGGCAGGTCGTAAGTAATCCAATCCCACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGa < 1:658438/139‑1 (MQ=255) cATCGCGCGTCTGGCACACACCACCGGCGTGGATGAAGTGCTGGAACTGCTGGCAGGTCGTAAGTAATCCAATCCCACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATg < 2:443325/143‑1 (MQ=255) ttccctggTCTGGCACACCTCACCGGCGTGGAGCAAGTGCGTGAACTGCTGGCAGGGCGTAAGTAATCCGATCCCTCGTTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTTATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGc < 2:488789/136‑1 (MQ=25) aTCGAGCGTCTGGCACACACCACCAGCGTGGATGAAGTGCTGGAACTGCTGGCAGGTCGTAAGTAATCCAAGCCCACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGCGATTAATTGCCTGATCCGCTACGCTAATCAGCCCTGCAGGCTGc > 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cacacaCCTCCAGCGTGGATGAAGTGCGGGCTCTGCTGGCAGGTCGTTAGTAATCCAATCCCCCCTTCGCCACTTGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACATGATGCATCACAATttgtt < 2:567132/143‑1 (MQ=37) cacacaCCACCAGCGTGGATGAAGTGCTGGAACTGCTGGCAGGTCGTAAGTAATCCAATCCCACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATttgtt < 1:607531/143‑1 (MQ=255) ccaccaGCGTGGATGGAGTGCTGGAACTGCTGGCAGGTCGTAAGTAATCCAATCCCACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAAttt < 1:262552/143‑1 (MQ=255) caccaGCGTGGATGAAGTGCTGGAACTGCTGGCAGGTCGTAAGTAATCCAATCCCACCCTCTCCACGTGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTg > 2:592252/1‑143 (MQ=255) caccaGCGTGGATGAAGTGCTGGAACTGCTGGCAGGTCGTAAGTAATCCAATCCCACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACATTTTGTTGTCTTTg > 1:529048/1‑143 (MQ=255) caccaGCGTGGATGAAGTGCTGGAACTGCTGGCAGGTCGTAAGTAATCCAATCCCACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGAGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGAATCACAATTGGTTGAATTTg > 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ctgctgGCAGGTCGTAAGTAATCCAATCCCACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGgc < 1:161699/143‑1 (MQ=255) gCAGGTCGTAAGTAATCCAATCCCACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTAc > 2:339525/1‑143 (MQ=255) gTCGTAAGTAATCCAATCCCACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTAcgccg > 1:574389/1‑143 (MQ=255) gTCGTAAGTAATCCAATCCCACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGGTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTGcgccg > 2:170131/1‑143 (MQ=255) tCGTAAGTAATCCAATCCCACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTAcgccgc > 1:886015/1‑143 (MQ=255) tCGTAAGTAATCCAATCCCACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTAcgccgc > 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2:543738/1‑141 (MQ=255) gTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGCCGCTGCCCCTCCCCCCACCGAGAGGGCTTGGGTGAggg > 2:1162484/1‑143 (MQ=37) aTTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGAGGGTTTGGGTGAggctttt < 2:135775/143‑6 (MQ=255) ttGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAACTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGAGGGTTTGGGTGAGGGAAAAg > 1:666293/1‑143 (MQ=255) tGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGAGGGTTTGGGTGAGGGAAAAGc > 1:738096/1‑143 (MQ=255) tGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGAGGGTTTGGGTGAGGGAAAAGc < 1:194409/143‑1 (MQ=255) CCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGAGGGTTTGGGTGAGGGAAAAGCCt < 2:70088‑M1/143‑1 (MQ=255) ctgataagcgtagcgcatcaggcCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGAGGGTTTGGGTGAGGGAAAACCCTc > 2:1098135‑M2/24‑143 (MQ=255) gGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCAGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGAGGGTTTGGGTGAGGGAAAAGCCTCa > 1:671909‑M1/2‑143 (MQ=255) TGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGAGGGTTTGGGTGAGGGAAAAGCCTCa > 2:886015‑M1/1‑143 (MQ=255) GATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCGTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGAGGGTTTGGGTGAGGGAAAAGCCTCAc > 2:211255‑M1/1‑143 (MQ=255) ctcTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGAGGGTTTGGGTGAGGGAAAAGCCTCACCCCa < 1:1058444/141‑1 (MQ=255) gcTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGAGGGTTTGGGTGAGGGAAAAGCCTCACCCCAg < 1:323349/143‑1 (MQ=255) gcTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTACGCCAGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCGCCTCCTCACGGAGAGGGTTTGGGTGCGGGAAAAGCCTCAccccgg > 2:398964/1‑141 (MQ=37) gcTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTGGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCATACGCGGCAGCCGGCGCTGCGCCTCTACTCACGCAGAGGGTTCAGGCGAGCGAAAAGCGTCAGCTCAg > 2:1059116/1‑143 (MQ=21) cTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGAGGGTTTGGGTGAGGGAAAAGCCTCACCCCAGc > 1:128583/1‑143 (MQ=255) tACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAGGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGAGGGTTTGGGTGAGGGAAAAGCCTCACCCCAGcc > 1:18847/1‑143 (MQ=255) gCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGAGGGTTTGGGTGAGGGCAAAGCCTCACCCCAGCCctc > 2:824221/1‑143 (MQ=255) tATCAGGCCTACAGGATGCAGCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCTCGGCTTCTCTTCTCACGGAGGGGGTTTGGGTGAGGGAAAAGCCTCACCCCAGCCCTCTCg < 1:419581/143‑1 (MQ=37) tcaggcCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGGATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGAGGGTTTGGGTGAGGGAAAAGCCTCACCCCAGCCCTCTCggg > 1:1229010‑M2/7‑143 (MQ=255) aggcCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGAGGGTTTGGGTGAGGGAAAAGCCTCACCCCAGCCCCCTCGGGTa > 1:774021‑M2/5‑143 (MQ=255) aggcCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTCACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGGGAGGGTTTGGGGGCCGGCACAGCCTCACCCCAGTCCTCGAGGgtg > 1:1150125‑M2/5‑142 (MQ=255) gcCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGAGGGTTTGGGTGAGGGAAAAGCCTCACCCCCGCCCGCCCGGGTcaa > 2:1166862‑M2/3‑143 (MQ=255) gCCTACAGGATGCATCACAATTTGGTGAATTTGCACGCTCTTGTCGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCCTCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGCGGGTGTGGGTGAGGGAAACGCCTCACCCCAGCCCTATCGGGCaaa > 2:1216065/1‑143 (MQ=255) | AGTCCGTCATCGAGCGTCTGGCACACACCACCAGCGTGGATGAAGTGCTGGAACTGCTGGCAGGTCGTAAGTAATCCAATCCCACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGAGGGTTTGGGTGAGGGAAAAGCCTCACCCCAGCCCTCTCGGGTAAAA > NC_000913/3774121‑3774402 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |