| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,184,543 | C→A | 100% | P1100Q (CCG→CAG) | rpoB → | RNA polymerase subunit beta |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,184,543 | 0 | C | A | 100.0% | 422.4 / ‑6.7 | 145 | P1100Q (CCG→CAG) | rpoB | RNA polymerase subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/2); new base A (78/62); total (80/65) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 145 total aligned reads displayed.
CTGGCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCCGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCATCCAG > NC_000913/4184404‑4184682 | cgggCGGTTAAGCGCCGGATACCGCCTGGTGACAAGAGGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCt < 2:889779/141‑1 (MQ=255) ggCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTCCGGAACCAGCTgg > 2:464696/1‑143 (MQ=255) gCGGTTACAGGCCGGATCCAGCCTGGGGACAGGATAGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAAGTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTggg < 2:590293/143‑1 (MQ=255) gCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCgggg > 2:658266/1‑143 (MQ=255) gCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTggg > 2:1149094/1‑143 (MQ=255) cGGTTAAACGCGGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGGAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCGAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGc < 2:1038907/143‑1 (MQ=255) cGGGTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGc < 1:317599/143‑1 (MQ=255) ggTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCg > 1:144969/1‑143 (MQ=255) tAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTAc < 1:1184434/143‑1 (MQ=255) 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ccGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGtctc < 2:1267377/143‑1 (MQ=255) cgcaTCCAGGCTAGCGACAAGATGGCAGGTCGACACGGTAACAAGGTTGTTCTTTCTACGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCg < 2:1086753/140‑1 (MQ=255) gTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGCCAT‑CGTACTGCACCAGCTGGGCGTGCCGACCCGt > 1:336904/1‑143 (MQ=255) gTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGt > 1:897370/1‑143 (MQ=255) tATCCAGCCTTGTGACACGATGTCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCGAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTa < 2:36530/143‑1 (MQ=255) agccAGCGTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCAGGGTAACAAGGGTGTAATTTCGAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑AGTAACGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTAt < 2:1119579/141‑1 (MQ=255) aTCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTAt > 2:188716/1‑143 (MQ=255) aTCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCCACCGCAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTCCGCCGGCAGACAT‑CGGACTGAGCAAGCAGCGCGTACCGTCTCGtct > 2:1063368/1‑141 (MQ=255) ccAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCCGGGCGTACCGTCTCGTATGa > 1:166708/1‑143 (MQ=255) gtgctcggTGACGACATGGCAGGTCGTCACTGTAACAAGGGTGTAATGTGTAAGATCGACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAGACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGaa < 2:1042665/137‑1 (MQ=255) cacccTGGTGACAATACGGCGGGTAGTCACGGTAACAAGTGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATCCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGaa < 1:973640/140‑1 (MQ=255) 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< 1:1060124/143‑1 (MQ=255) aaGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTgg < 2:62329/112‑1 (MQ=255) gATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGAGTCCTGCATATTAACAACCCGATCGAAGATAGGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGTGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGGCAGATcc > 2:774224/1‑143 (MQ=255) tGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTc < 1:218298/143‑1 (MQ=255) tGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGACGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTc < 1:375794/143‑1 (MQ=255) gCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTATCGGATGAACGTCGGTCAGATCCTCGa > 2:1171604/1‑143 (MQ=255) cAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGaa > 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> 2:583565/1‑141 (MQ=255) ttACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAAc > 2:856653/1‑143 (MQ=255) aggAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAAcagcag < 1:802774/141‑1 (MQ=255) tGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTAGCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAACCagccgc > 1:1165603/1‑143 (MQ=255) aaaaCGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCaa < 2:1052780/143‑1 (MQ=255) atcGGTACGGCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCGGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCaaga < 2:654200/141‑1 (MQ=255) ggTACGCCAGTAGCAAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGt < 2:1234334/143‑1 (MQ=255) cGGTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGaaa < 1:440135/143‑1 (MQ=255) gTAGACAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACt > 1:891885/1‑143 (MQ=255) aCAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGGAACTgcgc > 1:493186/1‑143 (MQ=255) cAT‑CGTACTGAACCAGCTGGGGGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAACGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCCTGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGAGCAACTGcgcg > 2:780968/1‑143 (MQ=255) t‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCCCCCGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGaa < 1:175138/143‑1 (MQ=255) t‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGaa < 1:707331/143‑1 (MQ=255) t‑CGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCACGTATGAACATCGGTCAGAGCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCCGAAACAGCAGCAAGCAGTCGCGACACCGCGCGaa > 1:245291/1‑143 (MQ=255) gcGTACTCAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACCGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGaa < 1:297234/142‑1 (MQ=255) cGTACTGCCCCGGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAAt < 2:371908/143‑1 (MQ=255) tACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTCTGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTc < 1:617791/143‑1 (MQ=255) tGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCATc < 1:633651/143‑1 (MQ=255) aaCCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCATCCa > 1:1047075/1‑143 (MQ=255) aaCCAGCTGGGCGTACCGTCTCGCATGAACATCGGTCAGCTCCTCGACACCCACCTGGGTATGGCTGCGAACGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGACACAGCAGCAAGACGTCGCGAAACTGCCCGAAtccatcca > 2:497071/1‑143 (MQ=255) | CTGGCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACAT‑CGTACTGAACCCGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCATCCAG > NC_000913/4184404‑4184682 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |