| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 4,332,871 | A→C | 5.2% | S134R (AGT→AGG) | basS ← | sensory histidine kinase BasS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 4,332,871 | 0 | A | C | 5.2% | 318.3 / 4.4 | 127 | S134R (AGT→AGG) | basS | sensory histidine kinase BasS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (59/55); new base C (7/4); total (67/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.38e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 128 total aligned reads displayed.
GTGCCACTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCAGATGCAAACGCACCCCCGCCAGTGGCGTTCGCAGTTCGTGCGCGACGTCAGCGGTAAACAACCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAGCGGGCGGGTGATGCGGCGT > NC_000913/4332729‑4333009 | gTGCCAGTACCGGTGCTACAGCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCAGATGCAAACGCACCCCCGCCAGTGGCGTTCGCAGTTCGTGCGCGACGTCAGCGGTAAACAACCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGa < 2:1012461/143‑1 (MQ=255) gcACTATCGGTGCTAGGTAAAAGTGAGGCGGGTGCGACAGGAGTTCCAGATGCAAACGCACCGCCGCCGGGGGCGTGCGCAGTTCGTGCGCGACGTCAGCGGTAAACAACCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTg < 1:1001711/142‑1 (MQ=255) cACTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCAGATGCAAACGCACCCCCGCCAGTGGCGTTCGCAGTTCGTGCGCGACGTCAGCGGTAAACCACCTTTCGTTATCCACCGTGCTGGTCAGGCGCCTgc > 1:1098688/1‑142 (MQ=255) aCTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCAGATGCAAACGCACCCCCGCCAGTGGCGTTCGCAGTTCGTGCGCGACGTCAGCGGTAAACAACCTTCCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGAc > 2:337539/1‑143 (MQ=255) taccGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCAGATGCAAACGCACCCCCGCCAGTGGCGTTCGCAGTTCGTGCGCGACGTCAGCGGTAAACAACCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGTCGCCTGACCa < 2:181444/140‑1 (MQ=255) tAACGGTGCCACATCAATGTGATGCGTCTTCGCCAGCAGTTCCAGATGCAAACGCACCCCCGCCAGTGGCGTTCGCAGTTCGTGCGCGACGTCAGCGGTAAACAACCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCa < 1:2389/143‑1 (MQ=255) aCGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCAGATGCAAACGCACCCCCGCCAGTGGCGTTCGCAGTTCGTGCGCGACGTCAGCGGTAAACAACCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGCCTGACCAgc > 1:1198654/1‑142 (MQ=255) cGGTGCACCATCAAGTTCATTCGTTTTCGCCAGCAGTTCCAGATGCAAACGCACCCCCGCCAGTGGCGTTCGCAGTTCGTGCGCGACGTCAGCGGTAAACAACCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGAt < 1:791248/143‑1 (MQ=255) cGGGGCTACATCAACGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTCCCGGATGCAAGCGCACCCCCGCCAGTGGCGTTCGCAGTTCGTGCGCGACGTCAGCGGTAAACAACCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGAt < 2:74679/143‑1 (MQ=255) ggTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCAGATGCAAACGCACCCCCGCCAGTGGCGTTCGCAGTTCGTGCGCGACGTCAGCGGTAAACAACCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGagc > 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cgttCGTTATCCAGCGTGCTGCGCAGGCGACTGGCCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTc < 2:880974/141‑1 (MQ=255) tttCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCGCTTTTTGCAGCTcc > 1:469808/1‑143 (MQ=255) gTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCa > 2:1112358/1‑143 (MQ=255) ttATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCGATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAg < 1:243377/143‑1 (MQ=255) tATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTcagccagc > 1:551211/1‑143 (MQ=255) cAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGCATGGCAACGGGCGCTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCCTCTTGCAGCTGCGCCAgcgggc > 2:96617/1‑143 (MQ=255) cgatcTGGTCAGTCGCCTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCGGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAGcgggcggg > 1:445136/5‑143 (MQ=255) cGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTCTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATCGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAGcgggcggg < 2:575324/143‑1 (MQ=255) gggCTGGGCGGGCGACTGACCAGATCGTTTAAGGCCGAAACCACCGCTTGGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGGGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAGCGGGCGGGt < 1:1226362/141‑1 (MQ=255) gatcTGGTCAGTCGCCTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAGCGGGCGGGt > 1:61545/4‑143 (MQ=255) gatcTGGTCAGTCGCCTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATCTCGAGGGAGGCGCTGTGAAAGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGGCGTGCCCGCTACCAGCTCTATTTAAAGCCCCGACAGcgggcgggg > 2:509278/4‑142 (MQ=255) gCTGGTCAGGCGACTGACCAGGTCGTTTAACGCCGAAGCCCCCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAGCGGGCGGGTGa < 2:403602/143‑1 (MQ=255) cTGGTCAGGCGACTGAACAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAGCGGGCGGGTGAt > 1:1250200/1‑143 (MQ=255) tGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAGCGGGCGGGTGATg < 1:549788/143‑1 (MQ=255) ggTCAGTCGCCTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAGCGGGCGGGTGATgc > 1:464920/1‑143 (MQ=255) gTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAGCGGGCGGGTGCTgcg > 2:485766/1‑143 (MQ=255) gTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAGCGGGCGGGTGATgcg > 1:699995/1‑143 (MQ=255) gTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATAGCAATAGGCATGAAATTGTAGGTAGTGCTGGCTTCCAGCGCTTTTTGCAGCCCCGCCCGCGCGCGGCTGAGgcg > 2:1244308/1‑143 (MQ=255) acAGGCGACGGAACAAATCGTATAACGCCGAAAGCACCGCTTCGATTTCGATGATGGCGCTGTGAATGGCAATGGTCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGTTCTTCCAGCTCTTTTTGCTGCTCCGTCAGCGGGCGGGTGATgcgg < 1:389478/142‑1 (MQ=255) | GTGCCACTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCAGATGCAAACGCACCCCCGCCAGTGGCGTTCGCAGTTCGTGCGCGACGTCAGCGGTAAACAACCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAGCGGGCGGGTGATGCGGCGT > NC_000913/4332729‑4333009 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |