| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,672,639 | A→C | 8.4% | Q198P (CAG→CCG) | hcaD → | putative 3‑phenylpropionate/cinnamate dioxygenase ferredoxin reductase subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,672,639 | 0 | A | C | 8.4% | 106.7 / 2.2 | 44 | Q198P (CAG→CCG) | hcaD | putative 3‑phenylpropionate/cinnamate dioxygenase ferredoxin reductase subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (17/22); new base C (2/2); total (20/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.30e-01 | |||||||||||
TGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTAAGGTGACAGTGATTGAACTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAACATGTGGTCGATGGTGAAAAAGTAGAACTGACGCTGCAAAGTGGGGAAACGCTTCAGGCTGATGTGGTGATTTACGGTATTGGTATCAGCGCCAACGAG > NC_000913/2672499‑2672775 | tGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTAAGGTGACAGTGATTGAACTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAgg < 1:907397/143‑1 (MQ=255) ggAACTATTCGTCTGGAACTCACTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTAACCTGACAGTGCATGACCTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGACAGTGCAACGCGACCTTTTCCAGCGC‑CACCAGAAGGcccg > 2:98293/1‑140 (MQ=255) aaCTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTAAGGTGACAGTGATTGAACTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGgtg > 1:1182865/1‑143 (MQ=255) ttttGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTAAGGTGACAGTGATTGAACTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCCTGCTGgtggcg < 2:747620/141‑4 (MQ=255) tATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTAAGGTGACAGTGATTGAACTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTAGCTTTTACAGCGC‑CACCACCAGGCTGGTGTgc > 2:1185357/1‑143 (MQ=255) aTTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTAAGGTGACAGTGATTGAACTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGCACACCAGCCTGCTGgtggcg < 1:968234/143‑4 (MQ=255) tGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCACGCGGCGCAGATGTAAGGTGACAGTGATTGAACTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCa < 1:445626/143‑1 (MQ=255) tGGAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTAAGGTGACAGTGATTGAACTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCCGGTGGGCGCATTCTg > 2:304458/1‑143 (MQ=255) cgggcggcCAGCGCCACGCAGCGCGGATGTAAGGTGACAGTGATTGAACTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCaa < 2:1220075/141‑1 (MQ=255) gCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTAAGGTGACAGTGATTGAACTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGCGTGCGCACTCCGCTCaataa > 2:499592/1‑143 (MQ=255) cgcCACGCAGCGCAGATGTAAGGTGACAGTGATTGAACTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAGTAATGCCATTg > 1:138895/1‑143 (MQ=255) cACGCAGCGCAGATGTAAGGTGACAGTGATTGAACTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACCGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAACGCCATTGAAc > 1:948487/1‑143 (MQ=255) gcgcagATGTAAGGTGACAGTGATTGAACTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAACATGTgg < 1:1116116/143‑1 (MQ=255) agATGTAAGGTGACGGTGATTGGACTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAACATGTGGTCGa < 2:1152493/143‑1 (MQ=255) agATGTAAGGTGACAGTGATTGAACTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACGACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAGTGCCATTGACCCTGTGGTCGa > 1:732398/1‑143 (MQ=255) gATGTAAGGTGACAGTGATTGAACTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATCATGCCATTGAACCTGTGGTCGAt > 2:282811/1‑143 (MQ=255) gATGTAAGGTGACAGTGATTGAACTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAACATGTGGTCGAt < 2:927945/143‑1 (MQ=255) aTGTAAGGCGACAGTGACTGAACTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAACATGTGGTCGATg < 1:514843/143‑1 (MQ=255) tGACAGTGATTGCACGGGCGGCAACCGTCACGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCCGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAACATGTGGTCGATGGTGaaaaa < 2:813166/143‑1 (MQ=255) tGACAGTGATTGAACTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAACATGTGGTCGATGGTGaaaaa < 1:610185/143‑1 (MQ=255) tGACAGTGATTGAACTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAACATGTGGTCGATGGTGaaaaa < 1:398933/143‑1 (MQ=255) tGATTGAACTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCTGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGCACACGGGGTCCATGGTGACCAAGTAGac > 2:1034130/1‑142 (MQ=255) ggagcTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAACATGTGGTCGATGGTGAAAAAGTAGAACTGa < 2:624944/139‑1 (MQ=255) aaCTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAACATGGGGTCGATGGTGAAAAAGTAGAACTGACg > 1:329190/1‑143 (MQ=255) cTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAACATGTGGTCGATGGTGAAAAAGTAGAACTGAc > 1:209591/1‑140 (MQ=255) cTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAACATGTGGTCGATGGTGAAAAAGTAGAACTGAc < 2:209591/140‑1 (MQ=255) cTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCGAGCTTTGACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGCGTGGGCGTGCGGCGAAATAAGGCCGTCGAAGAGGTGGGTGATGGGGAAACAGTAGAAGTGACGCt > 2:1067141/1‑143 (MQ=255) gcggcAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGACCGTGAAACGCTAGCTTTTACCGCGC‑CACCAGCCGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCGATAAAGCCGTTGAACAAGGGGCCGATGCTGAAACAGCAGAAAGGACGcagga > 2:913248/1‑139 (MQ=255) aCCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAACATGTGGTCGATGGTGAAAAAGTAGAACTGACGCTGCAAAGTgg < 1:756770/143‑1 (MQ=255) aTGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCCCAACAATGCCATTGAACATGTGGTCGCTGGTGAACCAGTAGAACTGCCGCTGCACCGTCCGGAAAc > 1:295153/1‑143 (MQ=255) gCCGTAATGCGCCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCAGTCTGCTCACTAATGCCATTGAACATGTGGTCGATGGTGAAAAAGTAGAACTGACGCTGCAAAGTGGGGAAACGCtt < 1:1045950/143‑1 (MQ=255) ccGTAATGCACCGCCGCCCGTGCAACGCTATCTCTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAACATGTGGTCGATGGTGAAAAAGTAGAACTGACGCTGCAAAGTGGGGAAACACTTc < 2:1126734/143‑1 (MQ=255) cGTAATGCAGCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAACCTGTGGTCGATTGTGAAAAAGTAGAACTGACGCTGCAAAGTGGGGAAACGCTTCa < 1:541493/143‑1 (MQ=255) gCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAACATGTGGTCGATGGTGAAAAAGTAGAACTGACGCTGCAAAGTGGGGAAACGCTTCAGGCTGATGTGGTGATTTACg < 1:1014186/143‑1 (MQ=255) aaCGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAACATGTGGTCGATGGTGAAAAAGTAGAACTGACGCTGCAAAGTGGGGAAACGCTTCAGGCTGATGTGGTGATTTACGGt > 1:324281/1‑143 (MQ=255) aCGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAACATGTGGTCGATGGTGAAAAAGTAGAACTGACGCTGCAAAGTGGGGAAACGCTTCAGGCTGATGTGGTGATTTACGGTa < 1:724285/143‑1 (MQ=255) cGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAACATGTGGTCGATGGTGAAAAAGTAGAACTGACGCTGCAAAGTGGGGAAACGCTTCAGGCTGATGTGGTGATTTACGGTAt > 2:348110/1‑143 (MQ=255) cTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGACCATGTGGTCGATGGTGAAAAAGTAGAACTGACGCTGCAAAGTGGGGAAACGCTTCAGGCTGATGTGGTGATTTACGGTATTg < 2:941432/143‑1 (MQ=255) tCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCCTTCTGCTCAACAATGCCATTGAACAGGTGGTCGATGGTGAAAAAGTAGAACTGACGCTGCAAAGTGGGGAAACGCTTCAGGCTGATGTGGTGATTTACGGTATTGGTa < 1:43474/143‑1 (MQ=255) ttttACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAACATGTGGTCGATGGTGAAAAAGTAGAACTGACGCTGCAAAGTGGGGAAACGCTTCAGGCTGATGTGGTGATTTACGGTATTGGTATc < 1:953366/143‑1 (MQ=255) ttttACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAACATGTGGTCGATGGTGAAAAAGTAGAACTGACGCTGCAAAGTGGGGAAACGCTTCAGGCTGATGTGGTGATTTACGGTATTGGTATc > 1:842654/1‑143 (MQ=255) ccAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAACATGTGGTCGATGGTGAAAAAGTAGAACTGACGCTGCAAAGTGGGGAAACGCTTCAGGCTGATGTGGTGATTTACGGTATTGGTATCAgcg < 1:965327/142‑1 (MQ=255) cacaccaGCCTGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAACATGTGGTCGATGGTGAAAAAGTAGAACTGACGCTGCAAAGTGGGGAAACGCTTCAGGCTGATGTGGTGATTTACGGTATTGGTATCAGCGCCAAc > 1:216229/3‑143 (MQ=255) caccaGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAACATGTGGTCGATGGTGAAAAAGTAGAACTGACGCTGCAAAGTGGGGAAACGCTTCAGGCTGATGTGGTGATTTACGGTATTGGTATCAGCGCCAACGa > 1:978637/1‑143 (MQ=255) tccggcagGGTGGGGTGCGGGTTCTGCGCAACAATGCCATTGGACATGTGGTCGATGGGGAAAAAGTAGAACTGGCGCTGCGAAGTGGGGAAACGCTTCAGGCTGATGTGGTGATTTACGGTATTGGTATCAGCGCCAACGAg < 2:449572/139‑1 (MQ=255) | TGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTAAGGTGACAGTGATTGAACTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAACATGTGGTCGATGGTGAAAAAGTAGAACTGACGCTGCAAAGTGGGGAAACGCTTCAGGCTGATGTGGTGATTTACGGTATTGGTATCAGCGCCAACGAG > NC_000913/2672499‑2672775 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |