Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 2,766,917 | A→G | 6.5% | I334V (ATT→GTT) | rnlA → | CP4‑57 prophage; RNase LS, toxin of the RnlAB toxin‑antitoxin system |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,766,917 | 0 | A | G | 6.5% | 189.8 / 2.3 | 77 | I334V (ATT→GTT) | rnlA | CP4‑57 prophage; RNase LS, toxin of the RnlAB toxin‑antitoxin system |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (36/33); new base G (3/2); total (42/35) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.79e-01 |
TCATTACATTCTGAAACCGCAATTTGCAGCTACTCTTAGACCGGAACAGATTAACATCATCAGCACAGCCTATACTTTTTTTAATGTGGAACGTCATTCTC‑TGTTCCACATGGAAACTGTGGTCGATGCCAGCCGTATGATTTCTGATATGGCCCGGTTGATGGGTAAAGCCACTAGAGCGTGGGGAATAATCAAGGACTTATATATTGTTTGAAATCACCGGAATTAACGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTATGGCGACCGGCTTCGAGAACCCT > NC_000913/2766778‑2767058 | tCATTACATTCTGAAACCGCAATTTGCAGCTACTCTTAGACCGGAACAGATTAACATCATCAGCACAGCCTATACTTTTTTTAATGTGGCACGTCATTCTC‑TGCTCCACGTGGAAACTGTGGTCGATGCCAGCAGTATCAttt > 1:406362/1‑143 (MQ=255) aTTACATTCTGAAACCGCAATTTGCAGCTACTCTTAGACCGGAACAGATTAACATCATCAGCACAGCCTATACTTTTTTTAATGTGGAACGTCATTCTC‑TGTTCCACATGGAAACTGTGGTCGATGCCAGCCGTATGATTTCt < 1:986805/143‑1 (MQ=255) aTTACATTCTGAAACCGCAATTTGCAGCTACTCTTAGACCGGAACAGATTAACATCATCAGCACAGCCTATACTTTTTTTAATGTGGAACGTCATTCTC‑TGTTCCACATGGAAACTGTGGTCGATGCCAGCCGTATGATTTCt < 1:515256/143‑1 (MQ=255) aTTCTGAAACCGCAATTTGCAGCTACTCTTAGACCGGAACAGATTAACATCATCAGCACAGCCTATACTTTTTTTGAGCTCGCACG‑CATACCCGCGATTCACATGGTACCTGTGGTCGATGCTAGCCGTATTATTTCTGatct > 2:906578/1‑141 (MQ=255) aTTCTGAAACCGCAATTTGCAGCTACTCTTAGACCGGAACAGATTAACATCATCAGCACAGCCTATACTTTTTTTAATGTGGAACGTCATTCTC‑TGTTCCACATGGAATCTGTGGTCGATGCCAGCCGTATGATTTCTGatat < 2:39758/143‑1 (MQ=255) aTTCTGAAACCGCAATTTGCAGCTACTCTTAGACCGGAACAGATTAACATCATCAGCACAGCCTATACTTTTTTTAATGTGGAACGTCATTCTC‑TGTTCCACATGGAAACTGTGGTCGATGCCAGCCGTATGATTTATGatgt > 2:721807/1‑141 (MQ=255) ttCTGAAACCGCAATTTGCAGCTACTCTTAGACCGGAACAGATTAACATCATCAGCACAGCCTATAC‑TTTTTTAATGTAGAACGTCATTCTC‑TGTTCCACATGGAAACTGTGGTCGATGCCAGCCGTATGATTTCTGATATgg > 1:1081121/1‑143 (MQ=255) tCTGAAACCGCAATTTGCAGCTACTCTTAGACCGGAACAGATTAACATCATCAGCACAGCCTATACTTTTTTTAATGTGGGACGTCATTCTC‑TGTTCCACATGGAAACTGTCGTCGCTGCTAGCCGTATGGTTTATGACATgg > 2:1070455/1‑143 (MQ=255) cTGGAAACGCAATAAGCAGAGACTCTGAGACCGGAACAGATTAACATCATCAGAACAGCCGATACTTTTTTTAATGTGGAACGTCATTATC‑TGGTCCACATGGAAACTGTGGTCGATGCCAGCCGTATGATTTCTGATATGGc < 1:79119/143‑1 (MQ=255) cTGAAACCGCAATTTGCAGCTACCCTTAGACCGGAACAGATTAACATCATCAGCACAGCCTATACTTTTTTTAATGTGGAACGTCATTCTC‑TGTTCCACATGGAAACTGTGGTCGATGCCAGCCGTATGATTTCTGATATGGc < 1:104092/143‑1 (MQ=255) tGAAACCGCAATTTGCAGCTACTCTTAGACCGGAACAGATTAACATCATCAGCACAGCCTATACTTTTTTTAATGTGGAACGTCATTCTC‑TGTTCCACATGGAAACTGTGTTCGATGCCAGCCGTATGATTTCTGttattgtc > 2:41092/1‑139 (MQ=255) aCCGCAATTTGCAGCTACTCTTAGACCGGAACAGATTAACATCATCAGCACAGCCTATACTTTTTTTAATGTGGAACGTCATTCTC‑TGTTTCACATGGAAACTGTGGTCGATGCCAGCCGTATGATTTCTGATATGGCCCgga > 1:993830/1‑142 (MQ=255) aCCGCAATTTGCAGCTACTCTTAGACCGGAACAGATTAACATCATCAGCACAGCCTATACTTTTTTTAATGTGGAACGTCATTCTC‑TGTTCCACATGGAAACTGTGGTCGATGCCAGCCGTATGATTTCTGATATGGCCCGGt > 2:51138/1‑143 (MQ=255) aCCGCAATTTGCAGCTACTCTTAGACCGGAACAGATTAACATCATCAGCACAGCCTATACTTTTTTTAATGTGGAACGTCATTCTC‑TGTTCCACATGGAAACTGTGGTCGATGCCAGCCGTATGATTTCTGATATGGCCCGGt < 1:1254095/143‑1 (MQ=255) ccGCAATTTGCAGCTACTCTTAGACCGGAACAGATTAACATCATCAGCACAGCCTATACTTTTTTTAATGTGGAACGTCATTCTC‑TGTTCCACATGGAAACTGTGGTCGATGGCAGCCGTATGATTTCTGATATGGCTCGCtt > 2:739760/1‑143 (MQ=255) 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< 2:307751/143‑1 (MQ=255) ctctTAGACCGGAACAGATTAACATCATCAGCACAGCCTATACTTTTTTTAATGTGGAACGTCATTCTC‑TGTTCCACATGGAAACTGTGGTCGATGCCAGCCGTATGATTTCTGATATGGCCCGGTTGATGGGTAAAGCCACt > 2:388451/1‑143 (MQ=255) ttAGACCGGAACAGATTAACATCATCAGCACAGCCTATACTTTTTTTAATGTGGAACGTCATTCTC‑TGTTCCACATGGAAACTGTGGTCGATGCCAGCCGTATGATTTCTGATATGGCCCGGTTGATGGGTAAAGCCACTaga > 1:411861/1‑143 (MQ=255) tAGACCGGAACAGATTAAGATCATCAGCACAGCCTATACTTTTTTTAATGTGGAACGTCATTCTC‑TGTTCCACATGGCAAGTCATCTGGATGCCAGCCGTATGATTTCTGATATGGCCCGGTTGATGGGTAAAGCCACTagag < 1:1212203/143‑1 (MQ=255) aGACCGGAACAGATTAACATCATCAGCACAGCCTATACTTTTTTTAATGTGGAACGTCATTCTC‑TGTTCCACATGGAAACTGTGGTCGATGCCAGCCGTATGATTTCTGATATGGCCCGGTTGATGGGTAAAGCCACTAGAGc > 1:918788/1‑143 (MQ=255) ccGTAACAGAGTAACAGCATCAGCACAGCCTATACTTTTTTTAATGTGGAACGTCATTCTC‑TGTTCCACATGGAAACTGTGGTCGATGCCAGCCGTATGATTTCTGATATGGCCCGGTTGATGGGTAAAGCCACTAGAGCGTg < 2:1279816/143‑1 (MQ=255) 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1:669974/143‑1 (MQ=255) aaCATCATCAGCACAGCCTATACTTTTTTTAATGTGGAACGTCATTCTC‑TGTTCCACATGGAAACTGTGGTCGATGCCAGCCGTATGATTTCTGATATGCCCCGGTCGATGGGGAAAGCCACTAGAGCGGTGTGAATACTCac > 2:1272838/1‑142 (MQ=255) aaCATCATCAGCACAGCCTATACTTTTTTTAATGTGCAACGTCATTCTC‑TGTTCCACATGGAAACTGTGGTCGATGCCAGCCGTATGATTTCTGATATGGCCCGGTTGTTGGGTACATCCACTAGAGCGTGGGGCATAATCaa > 2:223941/1‑143 (MQ=255) ataccttcaGCACAGCCTATACTTTTTTTAATGTGGAACTTCATTCTC‑TGTTCCACATGGAAACTGTGTTCGATGTCAGCCTTATGATTTCTGTTATGGCCCGGTTGATGGGTATAGCCTCTTGAGCGTGGGGAATCATCAAg > 2:854405/7‑143 (MQ=255) catcatCAGCACAGCCTATACTTTTTTTAATGTGGAACGTCATTCTC‑TGTTCCACATGGAAACTGTGGTCGATGCCAGCCGTATGATTTCTGATATGGCCCGGTTGATGGGTAAAGCCACTAGAGCGTGGGGAATAATCAAgg > 1:38691/1‑143 (MQ=255) atcaGCACAGCCTATACTTTTTTTAATGTGGAACGTCATTCTC‑TGTTCCACATGGAAACTGTGGTCGATGCCAGCCGTATGATTTCTGATATGGCCCGGTTGGTGGGTAAAGCCACTAGAGCGTGGGGAATAATCAAGGACtt > 1:721769/1‑143 (MQ=255) 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1:41092/143‑1 (MQ=255) tttAATGTGGAACGTCATTCTC‑TGTTCCACATGGAAACTGTGGTCGATGCCAGCCGTATGATTTCTGATATGGCGCGGTTGATGGGTAAAGCCACTAGAGCGTGGGGAATAATCAAGGACTTATATATTGTTTGAAATCACCg < 2:1217891/143‑1 (MQ=255) ttAATGTGGAACGTCATTCTC‑TGTTCCACATGGAAACTGTGGTCGATGCCAGCCGTATGATTCCTGATATGGCCCGGTTGATGGGTAAAGCCACTAGAGCGTGGGGAATAATCAAGGACTTATATATTGTTTGAAATCACCgg < 1:646748/143‑1 (MQ=255) tgtgGAACGTCATTCTC‑TGTTCCACATGGAAACTGTGGTCGATGCCAGCCGTATGATTTCTGATATGGCCCGGATGATGGGTAAAGCCACTAGAGCGTGGGGAATAATCAAGGACTTATATATTGTTTGAAATCACCGGAAtt > 2:964509/1‑143 (MQ=255) tgtgCAACTCCATTCTC‑TGTTCCACATGGAAACTGTGGTAGATGCCAGCCGTATGATTTCTGATATGGCCCGGTTTATGGGTAAAGCCACTAGAGCGTGGGGAATAATCAAGGACTTATATATTGTTTGAAATCACCGGAAtt < 1:209285/143‑1 (MQ=255) tgGAACGTCATTCTC‑TGTTCCACATGGAAACTGTGGTCGATGCCAGCCGTATGATTTATTATTTGGCCCGGTTGATGGGTAAAGCCACTAGAGCGTGGGGAATAATCAAGGACTTATATATTGTTTGAAATCACCGGAATTaa < 2:147368/143‑1 (MQ=255) ggAACGTCATTTTC‑TGCTCCACATGGAAACTGTGGTCGATGCCAGCCGTATGATTTCTGATATGGCCCGGTTGATGGGTAAAGCCACTAGAGCGTGGGGAATAATCAAGGACTTATATATTGTTTGAAATCACCGGAATTAAc < 2:780626/143‑1 (MQ=255) ggAACGTCATTCTC‑TGTTCCACATGGAAACTGTGGTCGATGCCAGCCGTATGATTTCGGATATGGCCCGGGTGATGGGTAAAGCCACTAGAGCGTGGGGAATCATCAAGGACTTATGTATTGGTTGAAATCACCGGCATTAAc > 1:1155792/1‑143 (MQ=255) aaggTCATTCTC‑TGTTCCACATGGAAACTGTGGTCGATGCCAGCCGTATGATTTCTGATATTGCCGGGTTGGTGGGTAAAGCCACTAGCGCGGGGGGAATAAGCAAGGACTGATATATTGTTTGTAATCACCGGACTTAACgg > 2:46976/4‑142 (MQ=255) gtcccACATGGAAACTGTGGTCGGTGCCAGCCGTATGATTTCTGATATGGCCCGGTTGATGGGTAAAGCCACTAGAGCGTGGGGAATAATCAAGGACTTATATATTGTTTGAAATCACCGGAATTAACGTCTCAGGGGCTCTa < 2:1272714/140‑1 (MQ=255) ttCCTCATGGATCCTGTGGTCGATGCCAGCCGTATGATTTCTGATATGGCCCGGTTGATGGGTAAAGCCACTAGAGCGTGGGGAATAATCAAGGACTTATATATTGTTTGAAATCACCGGAATTAACGTCTCAGGGGCTCTaa < 2:436907/143‑1 (MQ=255) cacaTGGAAACTGTGGTCGATGCCAGCCGTATGATTTCTGATATGGCCCGGTTGATGGGTAAAGCCACTAGCGCGTGGGGCATAATCAAGGACTCATAGATAGTTTGAAATCACCGGAATTAACGTCTCAGGGGCTCTAAAAg > 2:1160478/1‑143 (MQ=255) caTGGAAACTGTGGTCGATGCCAGCCGTATGATTTCTGATATGGCCCGGTTGGTGGGTAAAGCCACTAGAGCGTGGGGAATAATCAAGGACTTATATATTGTTTGAAATCACCGGAATTAACGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCt < 2:597692/143‑1 (MQ=255) aTGGAAACTGTGGTCGATGCCAGCCGTATGATTTCTGATATGGCCCGGTTGATGGGTAAAGCCACTAGAGCGTGGGGAATAATCAGGGGCTTAGATATTGTTTGATATCACCGTAATTAACGTCTCAGGGGCTCTAGAGGCTg > 1:81930/1‑143 (MQ=255) tggtatcTGGGGTCGATGCCAGCCGTATGATTTCTGATATGGCCCGGTTGATGGGTAAAGCCACTAGAGCGTGGGGAATAATCAAGGACTGATATATTGTTTGAAATCACCGGAATGAACGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGt < 2:96980/137‑1 (MQ=255) gAAACTGTGGTCGATGCCAGCCGTATGATTTCTGATATGGCCCGGTTGATGGGTAAAGCCACTAGAGCGTGGGGAATAATCAAGGACTTATATATTGTTTGAAATCACCGGAATTAACGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCg > 1:1227549/1‑143 (MQ=255) aaaCTGTGGTCGATGCCAGCCGTATGATTTCTGATATGGCCCGGTTGATGGGTAAAGCCACTAGAGCGTGGGGAATAATCAAGGACTTATATATTGTTTGAAATCACCGGAATTAACGTCTCAGGGGCTCTAAAAGAtgttgt > 1:987775/1‑143 (MQ=255) 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1:573622/143‑1 (MQ=255) tATGATTTCTGATATGGCCCGGTTGATGGGTAAAGCCACTAGAGCGTGGGGAATAATCAAGGACTTATATATTGTTTGAAATCACCGGAATTAACGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTATGGCGACCGGCTTCGAGAAc > 1:475700/1‑143 (MQ=255) tGATTTCTGATATGGCCCGGTTGATGGGTAAAGCCACTAGAGCGTGGGGAATAATCAAGGACTTATATATTGTTTGAAATCACCGGAATTAACGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTCTGCAGACCGGCTTCGAGAAcac > 2:1169071/1‑141 (MQ=255) tGATTTCTGATATGGCCCGGTTGATGGGTAAAGCCACTAGAGCGTGGGGAATAATCAAGGACTTATATATTGTTTGAAATCACCGGAATTAACGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTATGGCGACCGGCTTCGAGAAccc > 1:1083448/1‑143 (MQ=255) tGATTTCTGATATGGCCCGGTTGATGGGTAAAGCCACTAGAGCGTGGGGAATAATCAAGGACTTATATATTGTTTGAAATCACCGGAATTAACGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTATGGCGACCGGCTTCGAGAAccc < 1:388451/143‑1 (MQ=255) ggATATCTGATATGGCCCGTTTTATTGGTAAAGCAAATAGAGCGTGGGGAATAATCAAGGACGTATATATTTGTTGAAAACACCGGAATTAACGTCGCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTATGGCGACCGGCTTCGAGAAccc < 1:379502/142‑1 (MQ=255) gATTTCTGATATGGCCCGGTTGATGGGTAAAGCCACTAGAGCGTGGGGAATAATCAAGGAGTTATATATTGTTTGAAATCACCGGAATTAACGTCTCAGGGGCGCTAAAAGCTGTAGTTGTTGCGATCGGCTTCGAGAAACCt > 2:476923/1‑143 (MQ=255) | TCATTACATTCTGAAACCGCAATTTGCAGCTACTCTTAGACCGGAACAGATTAACATCATCAGCACAGCCTATACTTTTTTTAATGTGGAACGTCATTCTC‑TGTTCCACATGGAAACTGTGGTCGATGCCAGCCGTATGATTTCTGATATGGCCCGGTTGATGGGTAAAGCCACTAGAGCGTGGGGAATAATCAAGGACTTATATATTGTTTGAAATCACCGGAATTAACGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTATGGCGACCGGCTTCGAGAACCCT > NC_000913/2766778‑2767058 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |