| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,918,304 | A→G | 6.0% | intergenic (‑39/+12) | atpG ← / ← atpA | ATP synthase F1 complex subunit gamma/ATP synthase F1 complex subunit alpha |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,918,304 | 0 | A | G | 6.0% | 444.8 / 11.2 | 164 | intergenic (‑39/+12) | atpG/atpA | ATP synthase F1 complex subunit gamma/ATP synthase F1 complex subunit alpha |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (70/79); new base G (7/5); total (78/86) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.53e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.11e-01 | |||||||||||
Only 100 of 165 total aligned reads displayed.
GATTTACGCATTTTGGAAGCGGCGACCATCTCCATCGCTTTAGTGATCTTTTGCGTGTTCTGGACGCTTGCGATCTTACTACGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATGCCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCAACGGAGCGTGATCACGGTCGACGTAAGCCAG > NC_000913/3918162‑3918444 | aTTTACGCATTTTGGAAGCGGCGACCATCTCCATCGCTTTAGTGATCTTTTGCGTGTTCTGGACGCTTGCGATCTTACTACGTATCTCTTTTGCGCCGGCCAGGGGCTTCCCCTTAATGCCTTGCGGCCTGCCCCAAGGCGAg > 2:958486/1‑143 (MQ=255) ttACGCATTTTGGAAGCGGCGACCATCTCCAGCGCTTTAGTGATCTTTTGCGTGTTCTGGACGCTTGCGATCTTACTACGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCTTGCCTTAGGGCAGgcc < 1:1184343/143‑1 (MQ=255) aCGCATTTTGGAAGCGGCGACCATCTCCATCGCTTTAGTGATCTTTTGCGTGTTCTGGACGCTTGCGATCTTACTACGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAgccgc > 1:67659/1‑143 (MQ=255) gCATTTTGGAAGCGGCGACCATCTCCATCGCTTTAGTGATCTTTTGCGTGTTCTGGACGCTTGCGATCTTACTACGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCCTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCa < 2:157913/143‑1 (MQ=255) gCATTTTGGAAGCGGCGACCATCTCCATCGCTTTAGTGAGCTTTTGCGTGTTCTGGACGCTTGCGATCTTACTACGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCa < 1:1266035/143‑1 (MQ=255) cATTTTGGAAGCGGCGACCATCTCCATCGCTTTAGTGATCTTTTGCGTGTTCTGGACGCTTGCGATCTTACTACGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCTTGCCTTAGGGCAGGCCGCAAg < 1:703502/143‑1 (MQ=255) aTTTTGGAGGCGGCGACCATCCGCATCGCTTTAGTGTTCGTTTGCGTGTTCTGGACGCTTGCGATCTTACTACGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGa < 2:1075193/143‑1 (MQ=255) aTTTTGGAAGCGGCGACCATCTCCATCGCTTTAGTGATCTTTTGCGTGTTCTGGACGCTTGCGATCTTACTACGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGa > 1:1070375/1‑143 (MQ=255) aTTTTGGAAGCGGCGACCATCTCCATCGCTTTAGTGATCTTTTGCGTGTTCTGGACGCTTGCGATCTTACTACGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTTATCCTGACTGCCTTCAAGCCTGCGCTAAGGCAGgccgcaggc > 1:533143/1‑139 (MQ=255) ttttGGAAGCGGCGACTGTCTCCATCGCTTTAGTGATCGTTTGCGTGTTCTGGACGCTTGCGATCTTACTACGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGAc < 1:995271/143‑1 (MQ=255) cgggcggcgATCATCTCCATCGCTTTAGTGATCTTTTGCGTGTTCTGGACGCTTGCGATCTTACTACGTAGCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTAc < 2:254964/140‑1 (MQ=255) gcggcgACCATCTCCATCGCTTTAGTGATCTTTTGCGTGTTCTGGACGCTTGCGATCTTACTACGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAg < 1:1182942/143‑1 (MQ=255) cgACCATCTTCATCGCTTTAGTGATCTTTTGCGTGTGCTGGACGCTTGCGATCTTACTACGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGAtt < 2:1020475/143‑1 (MQ=255) ccATCTCCATCGGTTTAGTGATCTTTTGCGTGTTCTGGACGCTTGCGATCTTACTACGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTggg < 2:1136990/143‑1 (MQ=255) ccATCTCCATCGCTTTAGTGATCTTTTGCGTGTTCTGGACGCTTGCGATCTTACTACGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTggg < 1:518332/143‑1 (MQ=255) ccATCTCCATCGCTTTAGTGATCTTTTGCGTGTTCTGGACGCTTGCGATCTTACTACGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTggg < 1:1029834/143‑1 (MQ=255) cacctctATCGCTTTAGTGATCTTTTGCGTGTGCTGGACGCTTGCGATCTTACTACGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCGGGCAGACGTTACCAGGATTGGGt < 2:1262663/140‑1 (MQ=255) ctCGCTTTAGTGATCTTTTGCGTGTTCTGGACGCTTGCGATCTTACTTTGTATCTCTTTTGCGCCGGCCAGGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTg < 2:939087/142‑1 (MQ=255) aTCGCTTTAGTGATCTTTTGCGTGTTCTGGACGCTTGCGATCTTACTACGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGGTACCAGGCTTGGGTTGCTTTg > 1:765364/1‑143 (MQ=255) ctcTTTAGTGATCGTCTGCGTGTGCCGGACGCTGGCGATCTTCCTACGTATCTCTGTTGCGCCGGCCATGAGCTTCCCCTCAATGTCCTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGaa < 1:116996/141‑1 (MQ=255) cGCTTTAGTGATCTTTTGCGTGTTCTGGACGCTTGCGATCTTACTCCGTATCGCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTGCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGaa < 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tGATCTTTTGCGTGTTCTGGACGCTTGCGATCTTACTACGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGa < 1:1254293/143‑1 (MQ=255) tGATCTTTTGCGTGTTCTGGACGCTTGCGATCTTACTACGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGa > 1:219848/1‑143 (MQ=255) tGATCTTTTGCGTGTTCTGGACGCTTGCGATCTTACTACGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAACTTCGCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGACTCGa > 1:481318/1‑143 (MQ=255) tCTTTTGCGCGTTCTGGACGCCTGCGATCTTACTACGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGa < 1:1010362/143‑1 (MQ=255) cTTTTGCGTGTTCTGGACGCTTGCGATCTTACTACGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGAt > 1:335687/1‑143 (MQ=255) ttttGCGTGTTCTGGGCGCTTGCGATCTTACTACGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACACGGATCGGGCTGCGTTCAAGACATCgggcgag > 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gtgcTCTGGAGGCGTGCGATCTTACTATGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGGCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATGCCTTTc < 2:539049/143‑1 (MQ=255) tgtTCTGGGCGCTGGCGAGCTTACTACGTTTCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTGCTCCTGAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATGCCTTTCa < 2:259990/143‑1 (MQ=255) gtTCTGGACGCTTGCGATCTTACTACGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTCAAGGAACACAGGATGCCTTTcgg > 2:526440/1‑141 (MQ=255) ttCTGGACGCTTGCGATCTTACTACGTATCTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTCTTCTCCTCAATGCCTTGCCGCCTTTCCTTAGGCAAGCCGCCACACGTTACCCGGTTTCGGTTGTTTTGTAGGCATCGTGGATTCCTTTctcc > 2:479377/1‑140 (MQ=255) ttCTGGACGCTTGCGATCTTACTACGTATCTCTTTTCCGCCGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCGAGGGCAGGCCGCCAGACGTTACCAGTATTGTGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATGCCTTTCAGc < 1:883274/143‑1 (MQ=255) tGGACGCTTGCGATCTTACTACGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATGCCTTTCAGCTTg > 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gtcGATCTTACTCCCTATCTCTTTTGCGCCGGCCACGAGCTCCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATGCCTTTCAGCTTGCCTTCGAt < 2:782282/141‑1 (MQ=255) gATCTTACTACGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTTCCCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTACGGCAAGCCGCCAGACGTTACCCGGAGTGGGTTACCTTGAAGGAATCGAGGAGGCCTTTCAGCTTGCGTTGGATTtc > 2:90230/1‑143 (MQ=255) ttACTACGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATGCCTTTCAGCTTGCCTTCGATTtcgtcg > 1:317894/1‑143 (MQ=255) agtacGTATCCCTTGTGCTGCGGCCATGAGCTGCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATGCCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGtt < 1:329343/141‑1 (MQ=255) actacGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATGCCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGtt > 1:476841/1‑143 (MQ=255) tacGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGCTTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATGCCCTTCAGCTTGCCTTCGCTTTCGTCGttct > 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1:682783/1‑143 (MQ=255) tcAATGCCTTGCGACCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATGCCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCAACGGa < 2:305316/143‑1 (MQ=255) cAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCCTTGAAGGCATCGAGGATGCCTTTCAGCTCGCCTTCGATTTCGTCGTTGTACCCACCGCGGTTGTTGTTCTCTTGCGTCGTCGGAg > 1:157125/1‑143 (MQ=255) aaTGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATGCCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCAACGGacc > 1:522347/1‑141 (MQ=255) aaTGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATGCCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTGGATCTCTTGCATCAACGGAGc > 1:953494/1‑143 (MQ=255) gttgggcccTGCCCTAAGGCAAGCGGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGTATCGAGGATGCCTTTCAGCTTGCCGTCGATTTCGTCGTTGTAGCTACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCAACGGAGCGTGAt < 2:636513/136‑1 (MQ=255) cgtGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATGCCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCAACGGAGCGTGAt < 2:38374/141‑1 (MQ=255) ttGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATGCCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCAACGGAGCGTGATc > 1:1230858/1‑143 (MQ=255) ttGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATGCCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGGCTGGTTGATCTCTTGCATCAACGGAGCGTGATc > 2:965035/1‑143 (MQ=255) tggCGGCTTGCCTTAGGGCAGGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATGCCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCGCCGGTCTGGCTGATCTCTTGCATCAACGGAGCGTGATc > 2:814176/3‑143 (MQ=255) tggCGGCTTGCCTTAGGGCAGGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATGCCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCAACGGAGCGTGAtg > 1:846156/3‑142 (MQ=255) gCGGCTTGCCTTAGGGCAGGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATGCCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTGGCATCAACGGAGCGTGATCAc > 1:811753/1‑143 (MQ=255) cGGCTTGCCTTAGGGCAGGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATGCCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCAACGGAGCGTGATCACg > 1:522681/1‑143 (MQ=255) cGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATGCCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCAACGGAGCGTGATCACg < 1:305684/143‑1 (MQ=255) cTGCCTTAAGTCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATGCCTTTCAGCTTGTCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCAACGGAGCGTGATCACGGTCg < 2:321765/143‑1 (MQ=255) cTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATGCCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCAACGGAGCGTGATCACGGTCg > 1:1105363/1‑143 (MQ=255) tGCCCTAAGGCAAGGCGGCGGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATGCCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCAACGGAGCGTGATCACGGTCGa < 2:829428/143‑1 (MQ=255) 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1:359861/1‑143 (MQ=255) gCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCGTTGCAGGAATCGAGGCTGCCTGTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGGTGTAGCCACCGGTCTGGCTGATCTCTTGCATCAACGGAGCGTGATGAGGGTCGACGTAATCca > 2:1251160/1‑143 (MQ=255) cAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATGCCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCAACGGAGCGTGATCACGGTCGACGTAAGCcag > 2:854617/1‑143 (MQ=255) | GATTTACGCATTTTGGAAGCGGCGACCATCTCCATCGCTTTAGTGATCTTTTGCGTGTTCTGGACGCTTGCGATCTTACTACGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATGCCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCAACGGAGCGTGATCACGGTCGACGTAAGCCAG > NC_000913/3918162‑3918444 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |