Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 3,981,102 | T→A | 6.2% | V72V (GTT→GTA) | yifK → | putative transporter YifK |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,981,102 | 0 | T | A | 6.2% | 271.5 / 8.6 | 99 | V72V (GTT→GTA) | yifK | putative transporter YifK |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (49/42); new base A (3/3); total (53/46) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.10e-02 |
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
GCGTCGGCCTGTTTATGGGGGCCGCCAGTACCCTGAAATGGGCCGGGCCATCCGTATTGTTGGCCTATATCATCGCCGGGCTGTTCGTCTTTTTCATCATGCGTTCAATGGGCGAAATGTTGTTCCTCGAACCGGTTACCGGTTCGTTCGCCGTTTATGCGCATCGTTATATGAGCCCGTTCTTTGGCTATCTCACCGCCTGGTCTTACTGGTTTATGTGGATGGCGGTGGGGATCTCTGAAATCACCGCCATTGGCGTTTATGTCCAGTTCTGGT > NC_000913/3980966‑3981241 | gCGTCGGCCTGTTTATGGGGGCCGCCAGTACCCTGAAATGGGCCGGGCCATCCGTATTGTTGGCCTATATCATCGCCGGGCTGTTCATCTTTTTCATCATGCGTTCAATGGGCGAAATGTTGTTCCTCGAaccggttaccggt < 2:52424/143‑1 (MQ=255) tgTCGCCCTGTTTTTGGGGTCCGCCAGTACCTTGAAATGGGCCGGGCCATCCGTATTGTTGGCCTATATCATCGCCGGGCTGTTCGTCTTTTTCATCATGCGTTCAATGGGCGAAATGTTGTTCCTCGAaccggttaccggtt < 1:1008547/142‑1 (MQ=255) gggCCTGTTTATGGGGGCCGCCAGTACCCTGAAATGGGCCGGGCCATCCGTATTGTTGGCCTATATCATCGCCGGGCTGTTCGTCTTTTTCATCATGCGTTCAATGGGCGAAATGTTGTTCCTCGAACCGGTAACCGgttcga < 2:367671/142‑2 (MQ=255) cGGCCTGTTTATGGGGGCCGCCAGTACCCTGAAATGGGCCGGGCCATCCGTATTGTTGGCCTATATCATCGCCGGGCTGTTCGTCTTTTTCATCATGCGTTCAATGGGCGAAATGTTGTTCCTCGAACCGGTAACCGgttcga < 2:1013781/143‑2 (MQ=255) 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2:1205662/142‑1 (MQ=255) tCCTCGAACCGGTTACCGGTTCGTTCGCCGTTTATGCGCATCGTTATATGAGCCCGTTCTTTGGCTATCTCACCGCCTGGTCTTACTGGTTTATGTGGATGGCGGTGGGGATCTCTGAAATCACCGCCATTGGCGTTTATGTc < 1:1062759/143‑1 (MQ=255) ccTCGAACCGGTTACCGGTTCGTTCGCCGTTTATGCGCATCGTTATATGAGCCCGTGCTTTGGCGATCTCACCGCCCGGTCTTACTGGCTTATGTGGATGGCGGTGGGGATCTATGAGATCACCGCCATTGGCGTTTATGTcc > 1:417783/1‑143 (MQ=255) cTCGAACCGGTTACCGGTTCGTTCGCCGTTTATGCGCATCGTTATATGAGCCCGTTCTTTGGCTATCTCACCGCCTGGTCTTACTGGTTTATGTGGATGGCGGTGGGGATCTCTGAAATCACCGCCATTGGCGTTTATGTCCa > 1:143018/1‑143 (MQ=255) tCGAACCGGTTACCGGTTCGTTCGCCGTTTATGCGCATCGTTATATGAGCCCGTTCTTTGGCTATCTCAACGCTTTGTCTTACTGGTTTGTGTGGATGGCTGTGGGGATCTCTGAAATCACCGCCATTGGCGTTTATGTcccg > 2:1038395/1‑141 (MQ=255) acGAACCGGTAACCGGTTCGTTCGCCGTTTATGCGCATCGTTATATGAGCCCGTTCTTTGGCTATCTCACCGCCTGGTCTTACTGGTTTATGTGGATGGCGGTGGGGATCTCTGAAATCACCGCCATTGGCGTTTATGTCCAg > 1:897918/2‑143 (MQ=255) 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ggttaccggttCGTTCGCCGTTTATGCGCATCGTTATATGAGCCCGTTCTTTGGCTATCTCACCGCCTGGTCTTACTGGTTTAGGTGGATGGCGGTGGGGATCTCTGAAATCACCGCCATTGGCGTTTATGTCCAGTTCTGGt < 1:1115405/143‑1 (MQ=255) | GCGTCGGCCTGTTTATGGGGGCCGCCAGTACCCTGAAATGGGCCGGGCCATCCGTATTGTTGGCCTATATCATCGCCGGGCTGTTCGTCTTTTTCATCATGCGTTCAATGGGCGAAATGTTGTTCCTCGAACCGGTTACCGGTTCGTTCGCCGTTTATGCGCATCGTTATATGAGCCCGTTCTTTGGCTATCTCACCGCCTGGTCTTACTGGTTTATGTGGATGGCGGTGGGGATCTCTGAAATCACCGCCATTGGCGTTTATGTCCAGTTCTGGT > NC_000913/3980966‑3981241 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |