| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,661,840 | A→C | C98G (TGC→GGC) | iscR ← | DNA‑binding transcriptional dual regulator IscR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,661,840 | 0 | A | C | 97.6% | 112.5 / ‑6.4 | 41 | C98G (TGC→GGC) | iscR | DNA‑binding transcriptional dual regulator IscR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base C (22/18); total (23/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.42e-01 | |||||||||||
ATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACCACCGCCTGGTCCACGTACGCTGGAAACCAGACC > NC_000913/2661703‑2661975 | aTGCCGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCcgccgc < 1:473374/143‑1 (MQ=255) gCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTGATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCt < 2:592514/143‑1 (MQ=255) gCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCt > 1:605996/1‑143 (MQ=255) tGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCttt > 1:291160/1‑143 (MQ=255) acgacCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTAc > 1:676058/1‑143 (MQ=255) cAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAACGAATGTTGTTGAGAAAAACGGTGAGATGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGCCCGCCCCCTTTACCCTgc > 2:594621/1‑142 (MQ=255) gACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGCGACGACCCAGTTAATTTGGTTCGAGACCACAACGCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACa > 2:515406/1‑143 (MQ=255) caTCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCGTGAcccgcg > 1:591769/1‑138 (MQ=255) tCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGt < 1:596295/143‑1 (MQ=255) tctgggTTAGGAACCAGTGCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAACCCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCCCGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTAc < 1:386393/139‑1 (MQ=255) tGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACACCGGGTGGCATCtcccga > 1:693716/1‑138 (MQ=255) attaACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACACCGGGTGGGATCTGCAGATCCGt > 1:141726/1‑143 (MQ=255) attaACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGt < 1:257883/143‑1 (MQ=255) ttgaCCAGTTCGCCTACAGTAATGTTGTTGGGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTc < 1:147349/140‑1 (MQ=255) acgcAGGTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCaa < 2:281068/140‑1 (MQ=255) ccAGTTCGCCTAAAGTAGTGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACg > 2:45454/1‑143 (MQ=255) aGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGCCATCTGCAGATTCGTCACCGgc > 1:110286/1‑143 (MQ=255) gTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCATCGgcg < 2:605996/143‑1 (MQ=255) tAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCACCGGCGCTCAttc > 1:399634/1‑142 (MQ=255) gagaAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACCGGTGGCATCTACTGATACGTCAACGGTCCTCAGTACTTCGCCAACAGcac > 2:504428/1‑141 (MQ=255) agaAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATAAGGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTCATCGCCGCACTGACAGAGTTTTTTTCCGTTACAATAGGTGGCATGCACAGACTCGCGAACGGCTCGAATTTCTTCGCCAACGGCGac > 2:217719/1‑142 (MQ=255) cgccgggTGCGCCGGTCGCTCAAATCCCGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGAtgct < 2:507677/138‑1 (MQ=255) ccGGGGGGACGGTTGCTCGAATCACGCCGCGGTGCGGGCGTCAGGATCTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAAGGGGTGGCATCGACAGATTCGTCAACGTCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATgctgct < 2:116646/143‑1 (MQ=255) cGGTGAGACGGTCGCTCAGATCACGCCACAGCGCGGGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGctgctg < 2:494016/143‑1 (MQ=255) tGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTCCCGCTTCGCCAACGCCGCTATCCACTTCGCCACCGGCGctgctgctgccg > 2:645162/1‑140 (MQ=255) cGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCttt < 1:45454/143‑1 (MQ=255) cTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTaa > 1:669821/1‑143 (MQ=255) cAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAAcc > 1:32938/1‑142 (MQ=255) gtCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACATATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGAt < 2:139840/142‑1 (MQ=255) aGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTGCAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACCACCGcc > 1:496802/1‑143 (MQ=255) cgcgTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACCACCGCCTg < 1:142362/143‑1 (MQ=255) gTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACCACCGCCTGGTCCACg < 1:74715/143‑1 (MQ=255) gTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACAGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTCCGGGCATCTTTGCCTAACAGATAAACACCGCCTGGTCCACg > 2:659828/1‑143 (MQ=255) gCATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACCACCGCCTGGTCCACGTACGc > 1:688064/1‑143 (MQ=255) gCATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACCACCGCCTGGGCCACGTACGc > 1:419865/1‑143 (MQ=255) aTCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACCACCGCCTGGTCCACGTACGCTGGaca > 1:454769/1‑141 (MQ=255) aTCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTAGCAAACGGCGATGATGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAAACACCGGCTGGTACACGTAAGCTGGaaa > 2:383087/1‑143 (MQ=255) tCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACCACCGCCTGGTCCACGTACGCTGGAAAc < 1:383087/143‑1 (MQ=255) gccgccCTGGCCGCCGCCTTTACCATGAACACGGGTGGAATATAACGGTTCCACATCGATGATAGTAGCTTAGCAAACGGCGATGCTGCTGCCAGCGGAGCCTACTATGTCACAATCGCCTGGTCCACGTACGCTGGAAACCa < 2:676058/143‑1 (MQ=255) ccgccCTCGCCGCCGCGTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACCACCGCCTGGTCCACGTACGCTGGAAACCAg < 2:387184/143‑1 (MQ=255) gccCTGGCCGACGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACCACCGCCTGGTCCACGTACGCTGGAAACCAGAc < 1:493627/143‑1 (MQ=255) cccTGGCCGACGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACCACGGCCTGGTAGATGTAGGCTGGAAACCAGccc > 1:450617/1‑143 (MQ=255) | ATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACCACCGCCTGGTCCACGTACGCTGGAAACCAGACC > NC_000913/2661703‑2661975 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |