| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,270,142 | G→A | 5.8% | intergenic (+15/‑96) | aphA → / → yjbQ | acid phosphatase/phosphotransferase/UPF0047 protein YjbQ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,270,142 | 0 | G | A | 5.8% | 313.5 / 7.8 | 113 | intergenic (+15/‑96) | aphA/yjbQ | acid phosphatase/phosphotransferase/UPF0047 protein YjbQ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (54/52); new base A (3/4); total (57/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.16e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.29e-01 | |||||||||||
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
ATATTACCGCCGCACGCGATGTCGGCGCTCGTGGTATCCGCATTCTGCGCGCCTCCAACTCTACCTACAAACCCT‑TGCCACAAGCGGGTGCGTTTGGTGAAGAGGTGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCACACCTTTATCCTTTCGCTGTCTTGCTGCAAACTGATTAAGAGAGTTTTATCAAGGAGCAGCACATGTGGTATCAAAAGACGCTCAC‑GCTTAGCGCCAAATCTCGTGGGT > NC_000913/4270000‑4270283 | atatTACCGCCGCACGCGCTGTCGGCGCTCGTGGTATCCGCATTCTGCGCGCCTCCAACTCTACCTACAAACCCT‑TGCCACAAGCGGGTGCGTTTGGTGAAGAGGTGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCg < 2:374653/143‑1 (MQ=255) cttcccgccgCAGGCCATGTCGGCGCTCGTGCTATCCGCTTTCTGCGCGCCTCCAACTCTACCTACCAACCCT‑TGCCACAAGCGGGTGCGTTTGGTGAAGAGGTGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTg < 2:52759/139‑1 (MQ=255) ttACCGCCGCACGCGATGTCGGCGCTCGTGGTATCCGCATTCTGCGCGCCTCCAACTCTACCTACAAACCCT‑CGCCACCAGCGGGTGCGTTTGGTGAAGAGGCGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGa > 2:117564/1‑143 (MQ=255) tACCGCCGCACGCGATGTCGGCGCTCGTGGTATCCGCATTCTGCGCGCCTCCAACTCTACCTACAAACCCT‑TGCCACAAGCGGGTGCGTTTGGTGAAGAGGTGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGAt < 1:741595/143‑1 (MQ=255) 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aCTGACAGAGCGGGAGAGCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCACACCTTTATCCTTTCGCTGTCTTGCTGCAAACTGATTAAGAGAGTTTTATCAAGGAGCAGCACATGTGGTATCAAAAGACGCTCAC‑GCTTa < 1:86038/143‑1 (MQ=255) aCTGACAGAGCGGGAGAGCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGTTTTATTAATCACACCTTTATCCTTTCGCTGTCTTGCTGCACACTGATTTAGAGAGTTTTATCAAGGAGCCGACCATGTGGTAGCAACAGACACTCGC‑GCttt > 2:709873/1‑142 (MQ=255) cAGAGCGGGAGAGCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCACACCTTTATCCTTTCGCTGTCTTGCTGCAAACTGATTAAGAGAGTTTTATCAAGGAGCAGCACATGTGGTATCAAAAGACGCTCAC‑GCTTAGCGcc < 1:775391/143‑1 (MQ=255) cAGAGCGGGAGAGCGTGATGCTCCCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCACACCTTTATCCCTTCGCTGTCTTGCTGCAAACTGATTAAGAGAGTTTTATCAAGGAGCAGCACATGTGGTATCAAAAGACGCTCAC‑GCTTAGCGcc < 1:321326/143‑1 (MQ=255) agagCGGGAGAGCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCACACCTTTATCCTTTCGCTGTCTTGCTGCAAACTGATTAAGAGAGTTTTATCAAGGAGCAGCACATGTGGTATCAAAAGACGCTCAC‑GCTTAGCGCCa > 1:568834/1‑143 (MQ=255) attcGGGAGAGCATCACGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCACACCTTTATCCTTTCGCTGTCTTGCTGCAAACTGATTAAGAGAGTTTTCTCAAGAAGCAGACCAGCGGGTCTCAAAACACGCCCACAACTAAGCGCCa > 2:408108/4‑143 (MQ=255) ttcGGGAGAGCATCACGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCACACCTTTATCCTTTCGCTGTCTTGCTGCAAACTGATTAAGAGAGTTTTATCAAGGAGCAGCACATGTGGTATCAAAAGACGCTCAC‑GCTTAGCGCCaaa > 1:150266/3‑143 (MQ=255) agCGGGAGAGCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCACACCTTTATCTTTTCGTTGTCTTGCTGCAAACTGATTAAGAGAGTTTTATCAAGGAGTAGCACATGTAGTATCAAAATACGCTCAC‑GCTTAGCGCCaat > 1:293245/1‑142 (MQ=255) agCGGGAGAGCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCACACCTTTATCCTTTCGCTGTCTTGCTGCAAACTGATTAAGAGAGCTTTATCAAGGAGCAGCACATGTGGTATCATAACAATGTCAC‑GCTTAGCGCCaaa > 2:811688/1‑143 (MQ=255) gggAGAGCATCACGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCACACCTTTATCCTTTCGCTGTCTTGCTGCAACCTCATGAAGCGAGTTTTCTCGAGGCGCAGAACATTACGTAGCCAAAGACGCGCAC‑ACTGAGCCCCGAAtct > 2:111781/1‑143 (MQ=255) gagCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCACACCTTTATCCTTTCGCTGTCTTGCTGCAAACTGATTAAGAGAGTTTTATCAAGGAGCAGCACATGTGGTATCAAAAGACGCTCAC‑GCTTAGCGCCAAATCTCGTg > 1:693507/1‑143 (MQ=255) gagCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCACACCTTTATCCTTTCGCTGTCTTGCTGCAAACTGATTAAGAGAGTTTTATCAAGGAGCAGCACATGTGGTATCAAAAGACGCTCAC‑GCTTAGCGCCAAATCTCGTg < 1:217816/143‑1 (MQ=255) cGTGATGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCACACCTTTATCCTTTCGCTGTCTTGCTGCAAACTGATTAAGAGAGTTTTATCAAGGAGCAGCACATGTGGTATCAAAAGACGCTCAC‑GCTTAGCGCCAGATCTCGGGGGt > 1:309570/1‑143 (MQ=255) | ATATTACCGCCGCACGCGATGTCGGCGCTCGTGGTATCCGCATTCTGCGCGCCTCCAACTCTACCTACAAACCCT‑TGCCACAAGCGGGTGCGTTTGGTGAAGAGGTGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCACACCTTTATCCTTTCGCTGTCTTGCTGCAAACTGATTAAGAGAGTTTTATCAAGGAGCAGCACATGTGGTATCAAAAGACGCTCAC‑GCTTAGCGCCAAATCTCGTGGGT > NC_000913/4270000‑4270283 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |