| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 4,270,146 | T→C | 6.1% | intergenic (+19/‑92) | aphA → / → yjbQ | acid phosphatase/phosphotransferase/UPF0047 protein YjbQ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,270,146 | 0 | T | C | 6.1% | 310.9 / 7.2 | 110 | intergenic (+19/‑92) | aphA/yjbQ | acid phosphatase/phosphotransferase/UPF0047 protein YjbQ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (53/49); new base C (3/4); total (57/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.11e-01 | |||||||||||
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Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
TACCGCCGCACGCGATGTCGGCGCTCGTGGTATCCGCATTCTGCGCGCCTCCAACTCTACCTACAAACCCTTGCCACAAGCGGGTGCGTTTGGTGAAGAGGTGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCACACCTTTATCCTTTCGCTGTCTTGCTGCAAACTGATTAAGAGAGTTTTATCAAGGAGCAGCACATGTGGTATCAAAAGACGCTCAC‑GCTTAGCGCCAAATCTCGTGGGTTTC > NC_000913/4270004‑4270286 | tACCGCCGCACTCGATGTCGGCGCTCGTGGTATCCGCCTTCTGCGCGCCTCCAACTCTCCCTACAAACCCTAGCCACAAGCGGGTGCGTTTGGTGAAGAGGTGATCGGCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGAt < 1:668836/143‑1 (MQ=255)tACCGCCGCACGCGATGTCGGCGCTCGTGGTATCCGCATTCTGCGCGCCTCCAACTCTACCTACAAACCCTTGCCACAAGCGGGTGCGTTTGGTGAAGAGGTGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGAt < 1:741595/143‑1 (MQ=255) acggccgcACGCGATGTCGGAGCCCGTGGTAGCCGCATGCTGCGCGCCTCCAGCTCTACCTACAAACCCGTGCCACAAGCGGGTGCGTTTGGTGAAGAGGTGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGATg < 1:364555/140‑1 (MQ=255) ccgccgAACGCGATGTCGGCGGTCGGGGTGTCCGCATTCTGCGCGCCTCCAACTCTACCTACAAACCCTTGCCACAAGCGGGTGCGTTTGGTGACGAGGAGACCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGCGCGCGTGATGc > 2:316939/1‑143 (MQ=255) 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ttCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCACACCTTTATCCTTTCGCTGTCTTGCTGCAAACTGATTAAGAGAGTTTTATCAAGGAGCAGCACATGTGGTATCAAAAGACGCt > 1:110086/1‑143 (MQ=255) ttCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCACACCTTTATCCTTTCGCTGTCTTGCTGCAAACTGATTAAGAGAGTTTCATCAAGGAGCCGCACATGTGGTATTAAAAGACGCt > 2:115366/1‑143 (MQ=255) ttCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGATGCGCTCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCACACCTTTATCCTTTCGCTGTCTTGCTGCAAACTGATTAAGAGAGTTTTATCAAGGAGCAGCACATGTGGTATCAAAAGACGCt < 1:376058/143‑1 (MQ=255) cAGCATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTCATGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCACACCTTTATCCTGTCGCTGTCTTGCTGCAAACTGATTAAGAGAGTTTTATCAAGGAGCAGCACATGTGGTATCAAAAGACGCTCa < 2:327559/143‑1 (MQ=255) aTACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGATGCTCTCCCGAAGGCTGTGTTTTTAATCACACCTTTATCCTTTCGCTGTCTTGCTGCAAACTGATTAAGAGAGTTTTATCAAGGAGCAGCACATGTGGTATCAAAAGACGCTCAC‑GCt < 2:605247/143‑1 (MQ=255) aCTGACAGAGCGGGAGAGCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCACACCTTTATCCTTTCGCTGTCTTGCTGCAAACTGATTAAGAGAGTTTTATCAAGGAGCAGCACATGTGGTATCAAAAGACGCTCAC‑GCTTa < 1:86038/143‑1 (MQ=255) aCTGACAGAGCGGGAGAGCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGTTTTATTAATCACACCTTTATCCTTTCGCTGTCTTGCTGCACACTGATTTAGAGAGTTTTATCAAGGAGCCGACCATGTGGTAGCAACAGACACTCGC‑GCttt > 2:709873/1‑142 (MQ=255) agagCGGGAGAGCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCACACCTTTATCCTTTCGCTGTCTTGCTGCAAACTGATTAAGAGAGTTTTATCAAGGAGCAGCACATGTGGTATCAAAAGACGCTCAC‑GCTTAGCGCCa > 1:568834/1‑143 (MQ=255) attcGGGAGAGCATCACGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCACACCTTTATCCTTTCGCTGTCTTGCTGCAAACTGATTAAGAGAGTTTTCTCAAGAAGCAGACCAGCGGGTCTCAAAACACGCCCACAACTAAGCGCCa > 2:408108/4‑143 (MQ=255) ttcGGGAGAGCATCACGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCACACCTTTATCCTTTCGCTGTCTTGCTGCAAACTGATTAAGAGAGTTTTATCAAGGAGCAGCACATGTGGTATCAAAAGACGCTCAC‑GCTTAGCGCCaaa > 1:150266/3‑143 (MQ=255) agCGGGAGAGCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCACACCTTTATCTTTTCGTTGTCTTGCTGCAAACTGATTAAGAGAGTTTTATCAAGGAGTAGCACATGTAGTATCAAAATACGCTCAC‑GCTTAGCGCCaat > 1:293245/1‑142 (MQ=255) agCGGGAGAGCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCACACCTTTATCCTTTCGCTGTCTTGCTGCAAACTGATTAAGAGAGCTTTATCAAGGAGCAGCACATGTGGTATCATAACAATGTCAC‑GCTTAGCGCCaaa > 2:811688/1‑143 (MQ=255) gggAGAGCATCACGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCACACCTTTATCCTTTCGCTGTCTTGCTGCAACCTCATGAAGCGAGTTTTCTCGAGGCGCAGAACATTACGTAGCCAAAGACGCGCAC‑ACTGAGCCCCGAAtct > 2:111781/1‑143 (MQ=255) gagCGTGATGCTCTCCTGAATGCTGTTTTTTTAATCACACCTTTATCCTTTCGCTGTCTTGATGCCAACTGATTAAGAGAGTTTTATCAAGGCGCAGCACATGTTGTATCAAACGTCGCTCAC‑GCTTAGCGCCAAATCTCGTg < 2:465688/143‑1 (MQ=255) gagCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCACACCTTTATCCTTTCGCTGTCTTGCTGCAAACTGATTAAGAGAGTTTTATCAAGGAGCAGCACATGTGGTATCAAAAGACGCTCAC‑GCTTAGCGCCAAATCTCGTg < 1:217816/143‑1 (MQ=255) gagCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCACACCTTTATCCTTTCGCTGTCTTGCTGCAAACTGATTAAGAGAGTTTTATCAAGGAGCAGCACATGTGGTATCAAAAGACGCTCAC‑GCTTAGCGCCAAATCTCGTg > 1:693507/1‑143 (MQ=255) cGTGATGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCACACCTTTATCCTTTCGCTGTCTTGCTGCAAACTGATTAAGAGAGTTTTATCAAGGAGCAGCACATGTGGTATCAAAAGACGCTCAC‑GCTTAGCGCCAGATCTCGGGGGt > 1:309570/1‑143 (MQ=255) gATGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCACACCTTTATCCTTTCGCTGTCTTGCTGTAAACTGATTATTAGAGTTTTATCAAGTAGCAGCACATATGGTATCAAAAAACGTTTAC‑GCTTCACGCCAAATCTCGTGGCtttt > 2:780682/1‑142 (MQ=255) | TACCGCCGCACGCGATGTCGGCGCTCGTGGTATCCGCATTCTGCGCGCCTCCAACTCTACCTACAAACCCTTGCCACAAGCGGGTGCGTTTGGTGAAGAGGTGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCACACCTTTATCCTTTCGCTGTCTTGCTGCAAACTGATTAAGAGAGTTTTATCAAGGAGCAGCACATGTGGTATCAAAAGACGCTCAC‑GCTTAGCGCCAAATCTCGTGGGTTTC > NC_000913/4270004‑4270286 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |