| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 4,332,871 | A→C | 6.2% | S134R (AGT→AGG) | basS ← | sensory histidine kinase BasS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 4,332,871 | 0 | A | C | 6.2% | 309.4 / 5.7 | 126 | S134R (AGT→AGG) | basS | sensory histidine kinase BasS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (59/56); new base C (5/5); total (65/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
GTGCCACTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCAGATGCAAACGCACCCCCGCCAGTGGCGTTCGCAGTTCGTGCGC‑GACGTCAGCGGTAAACAACCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAGCGGGCGGGTGATGCGGCGTACC > NC_000913/4332729‑4333012 | gTGCCACTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTGCCAGATGCAAACGCACCCCCGCCAGTGGCGTTCGCAGTTCGTGCGC‑GACGTCAGCGGTAAACAACCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGa < 2:299584/143‑1 (MQ=255) tagcACTACCGGTGCTACATCAATGTGCGCCGTTTTCGACGTCACTAGCAGATGGAAACGCACCCCCGCCAGTGGCGTTCGCAGTGCGTGCGC‑GACGTCAGCGGTAAACAACCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGAc < 2:764676/140‑1 (MQ=255) ccccTAACGGTGCTACACCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCAGATGCAAACGCGCCCCCGCCAGTGGCGTTCGCAGTTCGTGCGC‑GACGTCAGCGGTAAACAACCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTg < 2:197158/140‑1 (MQ=255) ccACTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCAGATGCAAACGCACCCCCGCCAGTGGCGTTCGCAGTTCGTGCGC‑GACGTCAGCGGTAAACAACCTTTCGGTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTg > 1:657819/1‑143 (MQ=255) 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1:295739/1‑143 (MQ=255) aacaacCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTg > 1:613385/1‑143 (MQ=255) aacaacCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCAACTGACCAAATCGTTTAACGCCGAGACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGCTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTg > 1:490095/1‑143 (MQ=255) actatcTTTCGTTGTCCAGCGTGCTGGGCAGGCGACTGCCCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGc < 1:9976/138‑1 (MQ=255) accacCCTTCGTTATCCAGCCTGCGGCACAGGTGCCTGACCACAGCGTGTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGc < 2:622056/140‑1 (MQ=255) acaacCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGc < 1:541857/143‑1 (MQ=255) ccTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCATGCGCCTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCACATCAATAAAGAGGGAGAAGCTGAGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCt > 1:275004/1‑143 (MQ=255) ttCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATATCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTTCAGCTCCg > 2:264273/1‑143 (MQ=255) ttATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAATCCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAg < 1:453362/143‑1 (MQ=255) tgtCCAGCCTGCTGGTCACGCGCCTGACCAGATCGGTGAACGCCGACACCACCGCTTCTATTTCGAGGGGGTCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAgc < 2:184313/141‑1 (MQ=255) cAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCGTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGGCAATGCCAATGGGCGCTAACTCGTCGGCGGTGCGCCCCTCCCGCTCTTCTTCCACCTCCGCACgcgggc > 2:667943/1‑143 (MQ=255) aGCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAgcgggcg > 2:210233/1‑143 (MQ=255) aGCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGCGCGCGCTTCCAGCTCTTGTTGCAGCTCCGCCAgcgggca > 2:86327/1‑142 (MQ=255) aGCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAAAGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGATAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTAGCAGCCCCGCCAgctggcg > 2:725170/1‑143 (MQ=255) aGCGTGATTGGCAGTGGACTGACGAGATCGTTTAACGCCGAAACCAACGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCAGTTAATGGAAACGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGAGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAgcgggcg < 1:273628/143‑1 (MQ=255) gTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGAACGCAAAGCTCCGAACCCACCGCTTCGATCCCGAGGGAGGCGCTGGGAATGGCACAGGGCGCCAAGTTGCCGGCGAGGCACGCGCGCAGCTGATTTGGCCGCTCCGCCGGggagcgggc > 2:673755/1‑142 (MQ=255) tGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAAAGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAGCGGGCGGGTg > 1:142028/1‑143 (MQ=255) gCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGGTTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAGCGGGCGGGTGa > 1:584666/1‑143 (MQ=255) gCTGGCCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAGCGGGCGGGTGa < 1:263857/143‑1 (MQ=255) tGGTCAGTCGCCTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCCATTCCGCGGGTGGCGCTGTGAATGGCACTGGGCGTTCAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCCCCCGCGCGCGGGTGCTg > 2:187654/1‑143 (MQ=255) tGGTCAGGCGACTGAACAGATCGTTTAACGGCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAGCGGGCGGGTGATg < 1:675314/143‑1 (MQ=255) gTCAGTCGCCTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGCATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTAGGTGGGTCGCGCGTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCAAGCGGGCGGGTGATgcg > 1:603544/1‑143 (MQ=255) gTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGGTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAGCGGGCGGGTGAGgcg > 1:52700/1‑143 (MQ=255) gCGACGGATCAGGTCGCTTGACCCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGTGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAGCGGGCGGGTGATGCGGCGTa < 2:330961/143‑1 (MQ=255) cGAATGCCCAGATCGTTTAACGCCGACACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTC‑TTTTGACGCTCTGCCAGCGGGCGGGTGATGCGGCGTAcc < 2:673870/143‑1 (MQ=255) | GTGCCACTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCAGATGCAAACGCACCCCCGCCAGTGGCGTTCGCAGTTCGTGCGC‑GACGTCAGCGGTAAACAACCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAGCGGGCGGGTGATGCGGCGTACC > NC_000913/4332729‑4333012 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |