| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 3944978 | NA (NA) | 6 (0.240) | 5/252 | NT | 23.0% | noncoding (1275/2904 nt) | rrlC | 23S ribosomal RNA |
| ? | NC_000913 | = 4038811 | 21 (0.790) | noncoding (1293/2905 nt) | rrlA | 23S ribosomal RNA | |||||
AAGCTGCGGCAGCGACACTATGTGTTGTTGGGTAGGGGAGCGTTCTGTAAGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGACCAAGGGTTCCTGTCCAACGTTAATCGGGGCAGGGTGAGTCGACCCCTAAGGCGAGGCCGAAAGGCGTAGTCGATGGGAAACAGGTTAATATTCCTGTACTTGGTGTTACTGCGAAGGGGGGACGGAGAA > NC_000913/4038673‑4038951 | aaGCTGCGGCAGCGACACTATGTGTTGTTGGGTAGGGGAGCGTTCTGTAAGCCTGTGAAGGTGTGCAGTGAGGCCTGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATACTGACACAAGTAACGATAAAGCGGGAGAAAAGAGCGCTCGcc > 2:181967/1‑143 (MQ=14) cGGCAGCGACACTATGTGTTGTTGGGTAGGGGAGCGTTCTGTAAGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGa > 2:36857/1‑143 (MQ=255) cGGCAGCGACACTATGTGTTGTTGGGTAGGGGAGCGTTCTGTAAGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGa > 1:266051/1‑143 (MQ=255) gCAGCGGCAGGATGTGTTGGTGGCGAGGGGTGCGTTCTGTAGGCCTGTGAAGGTGCGCTGTGAGGCATGCTGGGGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGAcc < 2:82335/143‑1 (MQ=11) aGCGACACTATGTGTTGTTGGGTAGGGGAGCGTTCTGTAAGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGACCaa > 1:364243/1‑143 (MQ=40) acTATGTGTTGTTGGGTAGGGGAGCGTTCTGTAAGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCTGGAGGTATCAGAAGCGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGACCAAGGGTTc < 1:168043/143‑1 (MQ=37) ttggtgtTGTTGTGTTGGGGCGCGTGCTGTATGCCTATCAATTCTTTCTGTGAGGCATGCTGGAGGTAGCAGAAGTGCGAATGCTGACATACGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGACCAAGGGTTCCt < 2:107245/140‑1 (MQ=11) tATGTGTTGTTGGGTAGGGGAGCGTTCTGTAAGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGACCAAGGGTTCCt > 2:409003/1‑143 (MQ=34) tgtgtgGTTGGGTAGGGGAGCGTTCTGTAAGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGACCAAGGGTTCCTGt < 2:218930/143‑1 (MQ=21) tgtgTTGTTGGGTAGGGGAGCGTTCTGTAGGCCTGTGGAGGTGGGCTGGGAGGCATGCTGGAGGTATCAGGAGTGCTAATGCTGACATAAGTGACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGACCAAGGGTTCCTGt < 2:75077/143‑1 (MQ=11) tgtggGGTAGGGGGGCGTTCTGGAAGCCGGTGAAGGTGTGCTGGGAGGCATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGACCAAGGGTTCCTGTCCAAc < 2:352495/143‑1 (MQ=11) ggggAGCGTTCTGTAACCCTTTTAAGGGGTGCGGTTAGGCATGCTGGAGGTATGAAAAGGGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGACCAAGGGTTCCTGTCCAACGTTAATCgg < 2:205734/143‑1 (MQ=11) gCGTTCTGTAAGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTCAAAAGCCCGCTCGCCAGAAGACCAAGGGTTCCGGTCCAACGTTAATCGGGGCAg > 1:357262/1‑143 (MQ=12) gCGGTCTGTAAGCCTGTGAAGGTGTGCTGGGAGGCATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAGCGCGGGTGAACAGCCCGCTCGCCGGAAGACCAAGGGTTCCTGTCCAACGTTAATCGGGGCAg < 2:392135/143‑1 (MQ=11) cGTTCTGTAAGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGACCAAGGGTTCCTGTCCAACGTTAATCGGGGCAgg > 1:457520/1‑143 (MQ=32) cGTTCTGTAAGCCTGTGAAGGTCTGCTGTTAGGCATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAACGCCAACGGCTCCTGCACAACGAGAATCGGGGCAgg > 2:383815/1‑143 (MQ=11) gataGCGTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCAGGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGACCAAGGGTTCCTGTCCAACGTTAATCGGGGCAGGGTGAGt < 1:91929/140‑1 (MQ=12) aaGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGACCAAGGGTTCCTGTCCAACGTTAATCGGGGCAGGGCGAGTCg > 2:322545/1‑143 (MQ=17) gCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGACCAAGGGTTCCTGTCCAACGTTAATCGGGGCAGGGTGAGTCGAc < 1:219294/143‑1 (MQ=32) ccTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGACCAAGGGTTCCTGTCCAACGTTAATCGGGGCAGGGTGAGTCGAcc < 1:389101/143‑1 (MQ=32) gtgAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGACCAAGGGTTCCTGTACACCGCTAACCGGGGCAGGGTGAGTCGGCCCCt > 2:500110/1‑143 (MQ=11) tgAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGACCAAAGGTTCCTGTCCAACGTTAATCGGGGCAGGGTGAGTCGCCCCCTa > 1:411002/1‑143 (MQ=11) gAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTttatcgttacttatgtcagcattcgcacttctgatacatccaccatgcctcacaccacaccttcgcaggcttccagaactctccccaacccaacaacgca < 2:478978‑M2/143‑101 (MQ=255) tGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTttatcgttacttatatcagcattcgcacttctgatacctccagcatgcgtcacagcaccccttcgcaggcttacagaccgccccccagccaaacaccgcacaaccg < 2:193195‑M2/143‑107 (MQ=255) cGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTttatcgttacttatgtcagcattagcacttctgatacctccagcatgcctcacagcacaccttcccaggcttacagaacgctcccccacccaaccacgcatacacgtcgctcccgcac < 2:423941‑M2/143‑119 (MQ=255) aTAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTttatcgttacttatgtcagcattcgcacttctgatacctccagcatgcctcacagcacaccttcgcaggcttacagcacgctcccctgcccaaccacgcataggcgtcgctgccgcagct < 1:24827‑M2/143‑121 (MQ=255) tAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTttatcgttacttatgtcagcattcgcacttctgatacctccagcatgcctcacagcccaccctcgcaggcttacagaacgctcccctacccaaccacgcctcagagccgctgccgcagctt < 2:233201‑M2/143‑122 (MQ=255) tAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTttatcgttacttatgtcagcattcgcacttctgatacctccagcatgcctcacagcacaccttcgcaggcttacagaacgctcccctacccaacaacgcataagcgtcgctgccccagctt < 1:310890‑M2/143‑122 (MQ=255) ccccgCTttatcgttacttatgtccgcattcgcacttctgatacctccagcatgcctcacagcacaccgtcgcaggcgtacagaacgctcccctacccaacaacgcataagcgtcgctgccgcagcttcggtgcatggtttag > 2:214217‑M2/2‑7 (MQ=255) cccGCTttatcgttacttatgtcagcattcgcacttctgatacctccagcatgcctcacagcacaccttcgcaggcttacagaacgctcccctacccaacaacgcataagcgtcgctgccgcagcttcggtgcatggtttagc > 1:57834‑M2/1‑6 (MQ=255) cccGCTttatcgttacttatgtcagcattcgcacttctgatacctccagcatgcctcacagcacaccttcgcaggcttacagaacgctcccctacccaacaacgcataagcgtcgctgccgcagcttcggtgcatggtttagc < 1:113882‑M2/143‑138 (MQ=255) cccGCTttatcgttacttatgtcagcattcgcacttctgatacctccagcatgcctcacagcacaccttcgcaggcttacagaacgctcccctacccaacaacgcataagcgtcgctgccgcagcttcggtgcatggtttagc > 2:456916‑M2/1‑6 (MQ=255) cccGCTttatcgttacttatgtaagcattcgcacttctgatacgtccagcatgcctcaccgcacaccttcgcaggcttacagaacgctcccctacccaacaacgcataagcgtcgctgccgcagcttcggtgcatggtttagc < 1:144670‑M2/143‑138 (MQ=255) ccGTTttatcgttacgtatgtcagcagtcgcacttctgatacctccagcatgcctcataccacaccttcgcaggcttacagaacgctcccctacccaacaacgcataagcgtcgctgccgcagcttcggtgcatggtttagcc > 2:309697‑M2/1‑5 (MQ=255) ccGCTttatcgttacttatgtcagcattcgcacttctgatacctccagcatgcctccccgcccaccttcgcaggcttacagaacgctcccctacccaacaacgcataagcgtcgctgccgcagcttcgggccatggtttagcc < 1:283792‑M2/143‑139 (MQ=255) ccGCTttatcgttacttatgtcagcattcgcacttctgatacctccagcatgcctcacagcacaccttcgcaggcttacagaacgcccccctacccaacaacgcgcgagcgtcgctgccccaccaccgctgcatggcatagac < 2:94423‑M2/143‑139 (MQ=255) cGCTttaccgttacttatgtcagcctgcgcacttctgatacctccagcatgcctcacagcacaccttcgcaggcttacagaacgctcccctacccaacagcgcataagcgtcgctgccgcagcttcggtgcatggtttagccc > 2:518117‑M2/1‑4 (MQ=255) gCTttatcgttacttatgtcatcattcgcacttctgctacctccagctggcctcacagcacaccttcgcaggcttacagaacgctccccttcccaacaacgcataagcgtcgctgccgcagcttcggtgcatggtttagcccc > 2:417458‑M2/1‑3 (MQ=255) | AAGCTGCGGCAGCGACACTATGTGTTGTTGGGTAGGGGAGCGTTCTGTAAGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGACCAAGGGTTCCTGTCCAACGTTAATCGGGGCAGGGTGAGTCGACCCCTAAGGCGAGGCCGAAAGGCGTAGTCGATGGGAAACAGGTTAATATTCCTGTACTTGGTGTTACTGCGAAGGGGGGACGGAGAA > NC_000913/4038673‑4038951 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |