| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,335,654 | T→A | 7.6% | intergenic (‑64/+40) | eptA ← / ← adiC | phosphoethanolamine transferase EptA/arginine:agmatine antiporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,335,654 | 0 | T | A | 7.6% | 150.1 / 4.6 | 53 | intergenic (‑64/+40) | eptA/adiC | phosphoethanolamine transferase EptA/arginine:agmatine antiporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (18/31); new base A (2/2); total (20/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.27e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.92e-01 | |||||||||||
ATAGAGATATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAG‑GGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATACATGGCGGTGATGACCATCAGGGTGACAAATG > NC_000913/4335514‑4335794 | aTAGAGATATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAG‑GGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTGCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCACAGCAAAATTAAGCCACCCTTAAGtta > 2:263963/1‑142 (MQ=255) gaTATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCGGGCGAGTAAA‑TAAATGTGTTTTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGAACTTAAg < 2:226818/143‑1 (MQ=255) ataAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAG‑GGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAgagt > 1:136230/1‑140 (MQ=255) aaaaaGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAG‑GGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGAACTTAAGGTTgg < 1:81612/143‑1 (MQ=255) 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2:36100/143‑1 (MQ=255) tAAATGCAAAGAG‑GGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCTAACAAAGTGCGCATATTCGCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTGTATGTTTGCTGTATTAAGGGTAAt < 1:207897/143‑1 (MQ=255) aTTCAAAGAG‑GGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGATGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAAACTTAGGTTCTTAAGGTTGACTTTTATGTTTACTGGATTAAGGAGAATTaa > 2:418174/1‑143 (MQ=255) aaGAG‑GGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCttt < 1:165255/143‑1 (MQ=255) agat‑GGTGTTTTTAGTACGAGCTTCAACACCACGTTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTg < 2:31379/143‑1 (MQ=255) agag‑GGTCTTTTTAGGAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTg < 2:471618/143‑1 (MQ=255) 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1:354556/143‑1 (MQ=255) cAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATAc > 1:143139/1‑143 (MQ=255) aTCACGGTGTTT‑CATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTCAAGTTCTTAAGGTTGGCGTTTATGTTTGCTGGAGTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGGTGCGGGtt > 1:340320/1‑143 (MQ=255) aTCACGGGGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGt < 1:104870/143‑1 (MQ=255) gtgtTTCCATCGAATAAAGTGAGTATATGTTAGAAAAGCAAAATTAAGCCAACGTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGTTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGTATATAAGGGATACGGGTTTTTAt < 2:258127/143‑1 (MQ=255) gtgtTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTTAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATCCGGGttt > 1:113363/1‑139 (MQ=255) gtgtTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTTAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGttt < 2:113363/139‑1 (MQ=255) tttCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTa > 1:410502/1‑143 (MQ=255) cATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTGTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCg > 1:362580/1‑143 (MQ=255) aTCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCgg < 1:246474/143‑1 (MQ=255) caaCAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTg < 2:173060/142‑1 (MQ=255) aaCAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGt > 1:75529/1‑143 (MQ=255) cAAAGGGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTaa < 1:112618/143‑1 (MQ=255) gTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAAGTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCa < 1:413404/143‑1 (MQ=255) tGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTACGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTGTTTATGTAGACGGTTGGCATTCAg > 1:14047/1‑143 (MQ=255) cATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCa > 1:155630/1‑143 (MQ=255) tCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTCTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAACTAATCTTTGCTTATTGCTCCATCTCAGGGAGCCGGGTTTCTCTGTAGCCGGGTGTAATTCAGCGCCTACaggc > 2:84835/1‑140 (MQ=255) 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1:267770/143‑1 (MQ=255) aaaTTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATACATGGCGGTGATGAc > 1:389716/1‑143 (MQ=255) aTTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATATAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATACATGGCGGTGATGACCa > 1:259823/1‑143 (MQ=255) gCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTACTTCAGCGCCTACATGGCGGTGATGAGCATCAgg > 1:26898/1‑143 (MQ=255) gCCAACCTTAAGAACTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTTGACGGTTGTACTTCAGCGCATACATGGCGGTGATGCCCAGCAgg > 2:518082/1‑143 (MQ=255) cAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATACATGGCGGTGATGACCATCAGGGt < 1:1241/143‑1 (MQ=255) cAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATACATGGCGGTGATGACCATCAGGGt < 2:169037/143‑1 (MQ=255) cAACCTTAAGAACTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTCATCTTTGCTTATTGGTGAATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGATTGTAATTCAGCGCATACATGGCGGTGATGACACTAAGGGt > 1:127385/1‑143 (MQ=255) aCCTTAAGTGCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATACATGGCGGTGATGACCATCAGGGTGa < 1:147994/143‑1 (MQ=255) tAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTGTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATACATGGCGGTGATGACCATCAGGGTGACaaa > 1:46103/1‑143 (MQ=255) aaGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATACATGGCGGTGATGACCATCAGGGTGACAAAt < 1:375800/143‑1 (MQ=255) aGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTGATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATACATGGCGGTGATGACCATCAGGGTGACAAATg < 2:27049/143‑1 (MQ=255) | ATAGAGATATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAG‑GGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATACATGGCGGTGATGACCATCAGGGTGACAAATG > NC_000913/4335514‑4335794 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |