| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | NC_000913 | 1,979,486 | IS5 (+) +4 bp | intergenic (‑271/‑264) | insA‑5 ← / → uspC | IS1 protein InsA/universal stress protein C |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 1979486 = | 1 (0.020) | 51 (1.020) | 26/284 | 1.0 | 98.0% | intergenic (‑271/‑267) | insA‑5/uspC | IS1 protein InsA/universal stress protein C |
| ? | NC_000913 | 2101749 = | NA (NA) | noncoding (1195/1195 nt) | IS5 | repeat region | |||||
| * | ? | NC_000913 | = 1979489 | 1 (0.020) | 46 (0.920) | 32/284 | 0.5 | 97.8% | intergenic (‑274/‑264) | insA‑5/uspC | IS1 protein InsA/universal stress protein C |
| ? | NC_000913 | = 2290113 | NA (NA) | noncoding (1/1195 nt) | IS5 | repeat region | |||||
TATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/1979609‑1979486‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑G‑GAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTT‑CTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCA > NC_000913/2101749‑2101890 TATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTCTTTAATTAGG‑GAAGTTGCGAATAAGCGG > 2:536701/1‑143TATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGG‑GAAGGTGCGAATAAGCGG > 2:745882/1‑143 ATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGG‑GAAGGTGCGAATAAGCGGG < 2:565079/143‑1 taTCAAATGAAAATATAAGAAAATAGCGTACTGATTCTCCGCATTAAAAAAATGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGG‑GAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAA < 1:116807/141‑1 CAAATGTAATTATAAGAAAAGAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGG‑GAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTC < 2:842020/143‑1 AATTATAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGG‑GAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTT‑CTCGG < 2:259527/143‑1 GAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGG‑GAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTT‑CTCGGCTGACTCA > 2:202876/1‑143 GTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGG‑GAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTT‑CTCGGCTGACTCAGTCATTT > 2:728731/1‑143 GTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGG‑GAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTT‑CTCGGCTGACTCAGTCATTT < 1:591723/143‑1 ATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGG‑GAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTT‑CTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTT < 2:828034/143‑1 CGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGG‑GAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTT‑CTCGGCTGATTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTT > 2:344061/1‑143 CGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGG‑GAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTT‑CTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTT > 1:844635/1‑143 CGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTGGTATTTAATTAGG‑ACAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTT‑CTCGGCTAACTCAGTCATTTCATTTCTCCCTGTT > 2:295807/1‑143 GCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGG‑GAAGGTGCGAATAAGCGGGGAGATTCTT‑CTCGGCTGACTCAGTAATTTCATTTCTTCATGATT > 2:341529/1‑143 TAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGG‑GAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTT‑CTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGC > 1:245280/1‑143 GTGGTTAAAATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGG‑GAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTT‑CTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTT < 1:509219/143‑1 TTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGG‑GAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTT‑CTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCT < 2:841580/143‑1 TAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGG‑GAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTT‑CTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTC < 1:180070/143‑1 cTATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGG‑GAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTT‑CTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCC < 1:824192/142‑1 ACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGG‑GAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTT‑CTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTT < 1:638055/143‑1 CATTAACATTACGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGCGGATGT‑CTAATAAGCGGGGAAATTCTT‑CTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAGTCA < 1:169278/143‑1 CATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGG‑GAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTT‑CTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCA < 1:174882/143‑1 CATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGG‑GAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTT‑CTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCA < 2:380765/143‑1 ATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGC‑GAAGTGGCTAATAAGCGGGGAAATTCTT‑CTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTACATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAG < 2:399490/143‑1 TTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGG‑GAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTT‑CTCGGCTGACTCAGTCACTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTT < 2:655643/143‑1 TTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGG‑GAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTT‑CTCGGCTGACTCAGTCATCTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATCTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTCTTTAGtgc > 2:754424/1‑140 GATTGTTGCCTTTTTTTGTATTTAATTAGG‑GAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTT‑CTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGT < 2:318841/143‑1 GATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGG‑GAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTT‑CTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGT < 2:322087/143‑1 GCCTTTCTTTGTATTTAATTAGG‑GAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTT‑ATCAGAAAATGCTGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCG < 1:207048/143‑1 CCTTTCTTTGTATTTAATTAGG‑GAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTT‑CTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGC > 1:430600/1‑143 CCTTTCTTTGTATTTAATTAGG‑GAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTT‑CTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTCTTTCGC > 2:257633/1‑143 gcgtctcTTAGG‑GAAGGTGCGAATAAGCGGGTAAATTCTT‑CTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGC < 2:605661/136‑1 TATTTAATTAGG‑GAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTT‑CTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGC < 1:728731/143‑1 TTTAATTAGG‑GAAGGTGCGAATAAGCGGGG‑ACTTCTTGCGCTGCGGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGT < 2:397271/143‑1 AATTAGG‑GAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTT‑CTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAACCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCAGTGACGGCGCTAT > 2:816605/1‑143 ttgAGG‑GAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTT‑CTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATC < 2:693979/140‑1 ATTTGG‑GAAGGTGCGAATAAGCTTGGAAATTCTT‑CTCGGCTGACTCAGTCATTTCTTTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATC < 1:678833/143‑1 tgAGG‑GAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTT‑CTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCC < 1:8328/141‑1 TTAGG‑GAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTT‑CTCGTCTGACTCAGTCATTTTATTTCTTCATGTTTGAGCTGATTTTTTCTCCCGTAAGTGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCC < 2:330045/143‑1 TTAGG‑GAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTT‑CTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACGGTTTCTTCGCCATTTAAGGGGTTATCC > 2:502128/1‑143 TTAGG‑GAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTT‑CTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCC > 1:787818/1‑143 TTAGG‑GAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTT‑CTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAACGCGGTATCa > 2:528348/1‑142 TTAGA‑GAAGGTGCTGATAAGCGGGGAAATTCTT‑CTCGGCTGACTCAGTCAGTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCC < 2:590511/143‑1 TAGG‑GAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTGTT‑CTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCGGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCC < 1:34893/143‑1 TAGG‑GAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTT‑CTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCTTTTAAGGCGTTATCCC > 2:276155/1‑143 TAGG‑GAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTT‑CTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCC > 1:427859/1‑143 TAGG‑GAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATGCTT‑CTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTGCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCC < 2:327307/143‑1 AGG‑GAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTT‑CTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCC < 1:362333/143‑1 AGG‑GAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTT‑CTCGGCTGACGCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTGATCCCC > 2:794158/1‑143 GG‑GAAGGTGCGAATAAGCGGGGAACTTCTT‑CTCGGCTGACTCAGTCATCTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCACGTAAGGCGCTATCCCCA > 2:673042/1‑143 GG‑GAAAGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTT‑CTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCA < 2:777659/143‑1 TATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/1979609‑1979486‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑G‑GAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTT‑CTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCA > NC_000913/2101749‑2101890 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |