| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 781369 = | 158 (0.600) | 43 (0.160) +G |
20/290 | 21.7 | 26.8% | noncoding (1/76 nt) | lysZ | tRNA‑Lys |
| ? | NC_000913 | = 2521128 | 79 (0.300) | intergenic (+2/‑45) | valX/valY | tRNA‑Val/tRNA‑Val | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
TTGCTAACGCAACGTTATCCTTCACGTTCTCTACCAGTAACCACCTTTAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGAC‑CC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/781496‑781369‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACTTCTCAATTTCTTGCTACACGGCGGAGACTACATAAAGTAGTTGGTG < NC_000913/2521128‑2521002 ||| TTGCTAACGCAACGTTATCCTTCACGTTCTCTACCAGTAACCACCTTTAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGAC‑CC‑G‑AGTGGTGGGTGATGACGGGA > 2:681249/1‑149 TAACGCAACGTTATCCTTCACGTTCTCTACCAGTAACCACCTTTAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGAC‑CC‑G‑AGAGGTGGGTGAAGAAGGGATCGA > 2:681243/1‑149 TTATCCTTCACGTTCTCTACCAGTAACCACCTTTAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGAC‑CC‑G‑AGGGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACC > 2:681242/1‑149 TCACGTTCTCTACCAGTAACCACCTTTAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGAC‑CC‑G‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCT < 2:681274/149‑1 TCTACCAGTAACCACCTTTAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGAC‑CC‑G‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGG > 2:681052/1‑149 TTTAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGAC‑CC‑G‑AGAGGTGGGTGATGACGGGATAGAACCTCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGAACTCCC > 2:681038/1‑145 AAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGAC‑CC‑G‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACC < 1:681251/108‑1 AAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGAC‑CC‑G‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACC < 1:681243/108‑1 AAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGAC‑CC‑G‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAAC < 1:681249/107‑1 AAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGAC‑CC‑G‑AGGGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCC < 1:681242/142‑1 ATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGAC‑CC‑G‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCT < 1:681052/149‑1 TGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGAC‑CC‑G‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAA > 1:681031/1‑149 TGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGAC‑CC‑G‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAA < 1:681130/149‑1 TGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGAC‑CC‑G‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCC < 1:681038/137‑1 GGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGAC‑CC‑G‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAAT < 2:681119/149‑1 GTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCACCTGCTCTACCAACTGCGCTAACGAC‑CC‑G‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACC < 1:681166/148‑1 GTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGAC‑CC‑G‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCC < 1:681131/149‑1 GTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGAC‑CC‑G‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCC < 1:681070/149‑1 TCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGAC‑CC‑GAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACTTCTCAATT > 2:2226576/1‑149 GAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGAC‑CC‑GAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACTTCTCAATTTC > 2:2226566/1‑149 cttCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGATCAACCCAATGAGCTAAGGCCACT‑A‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACTTCTCAATTTCTTGC < 1:2226650/146‑1 GACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGAC‑CC‑G‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGT < 2:681253/93‑1 CAATTTATTTAAAGTCAACTGCTCTACCTAATGAGATAAGGAC‑CCTA‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACTTCTCAATTTCTTGCTACACGG < 2:2226626/149‑1 AATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGAC‑CC‑GAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACTTCTCAAATTCATGCTAAACGGC > 2:2226567/1‑149 TGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGAC‑CC‑G‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGC < 1:681045/111‑1 AAAGTCAACTGATCTACCAACTTATCTATCGAC‑CC‑GAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACTTCTCAATTTCTTGCTACACGGCGGAGACTAC < 2:2226581/149‑1 TCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGAC‑CC‑G‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGA < 2:681245/82‑1 TCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGAC‑CC‑G‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGA < 2:681244/82‑1 AACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGAC‑CC‑GAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACTTCTCAATTTCTTGCTA < 2:2226589/128‑1 ACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGAC‑CC‑G‑AGTGGTGGG < 2:681246/38‑1 CTGCTCTACCAACTGAGCTAACGAC‑CC‑G‑AGTGGTGGGTGATG < 1:681241/42‑1 TGCTCTACCAACTGAGCTAACGAC‑CC‑GAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACTTCTCAATTTCTAGATAAACGGag > 2:2226586/1‑130 TGCTCTACCAACTGAGCTAACGAC‑CC‑GAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACTTCTCAATTTCT > 2:2226457/1‑120 GCTCTACCAACTGAGCTAACGAC‑CC‑G‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCAC > 1:681030/1‑102 CTCTACCAACTGAGCTAACGAC‑CC‑G‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACC < 1:681183/52‑1 TCTACCAACTGAGCTAACGAC‑CC‑G‑AGTGGTGGGTGAT < 2:681254/37‑1 CTACCAACTGAGCTAACGAC‑CC‑G‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGA < 1:681172/47‑1 ACCAACTGAGCTAACGAC‑CC‑GAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACTTCTCAATTTCTTTATAAACGGCGGACACTACATAAAGTAGTTGGTG > 2:2226570/1‑149 CCAACTGAGCTAACGAC‑CC‑G‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCC < 1:681240/57‑1 GAGCTAACGAC‑CC‑GAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACTTCTCAAGTTCATCCTACACGGCGGAGACTACATA > 2:2226569/1‑130 GAGCTAACGAC‑CC‑G‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCC > 2:681050/1‑49 CTAACGAC‑CC‑G‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGG > 2:681037/1‑60 ACGAC‑CC‑GAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACTTCTCAATTTCTTGCTACACGGCGGAGACTACATAAAGTAGTT > 2:2226454/1‑132 ||| TTGCTAACGCAACGTTATCCTTCACGTTCTCTACCAGTAACCACCTTTAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGAC‑CC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/781496‑781369‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACTTCTCAATTTCTTGCTACACGGCGGAGACTACATAAAGTAGTTGGTG < NC_000913/2521128‑2521002 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |