| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,560,996 | 0 | G | T | 26.2% | 184.9 / 19.7 | 103 | intergenic (+98/‑372) | yffL/yffM | CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein YffL/CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein YffM |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (47/29); new base T (10/17); total (57/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.15e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
GGAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAATTATTTCGCC > NC_000913/2560850‑2561144 | ggAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGtt < 1:2261944/149‑1 (MQ=255) gAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGtt < 1:2261945/148‑1 (MQ=255) aGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTaa < 1:2261947/149‑1 (MQ=255) aGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTaa < 2:2261946/149‑1 (MQ=255) tGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAgg < 2:2261948/149‑1 (MQ=255) gCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGTTGGGTCAAAAGTTGACGtgtagga > 2:2262140/1‑143 (MQ=255) aCGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTggg < 2:2261949/149‑1 (MQ=255) aCGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTAAAATGTTGCAGTTAAGGTggg > 2:2262071/1‑149 (MQ=255) cGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGTGTAAAAATTTGCCGTTTAGGtttgt > 2:2262103/1‑145 (MQ=255) cGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTgg < 1:2261950/147‑1 (MQ=255) aaTACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATCACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGATAGTGGTGTGTCCAAGGTTGCCGTGTAGGAgggggc > 2:2262124/1‑146 (MQ=255) aaTACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCa < 2:2261952/149‑1 (MQ=255) aaTACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAATGTTGTGTAAAAAGTTGCCGTTAAggagactcc > 2:2262126/1‑142 (MQ=255) aTACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAATGTTGCCGTGAAGGAGGGTCaa > 2:2262004/1‑149 (MQ=255) aTACCAGGTATTATTCAAGCCGTACAACCTGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCGTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCaa < 2:2261953/149‑1 (MQ=255) tACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGCATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTGAGTGGTGGGGCCAAAGTTGCAGTAAAGGGGGGTaaaa > 2:2262141/1‑149 (MQ=255) tACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAATGTTGGGTCAAAAGTTGCCTTAAAGGAGGGTCaaa > 2:2262078/1‑149 (MQ=255) aGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAATTTTGCCGTTAAGGAGTGTaaaatttt > 2:2262130/1‑145 (MQ=255) aGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGtt < 1:2261956/149‑1 (MQ=255) aGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGtt < 1:2261955/149‑1 (MQ=255) tattatTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGTTGGGTCATAAGTTGCCTTTAAGGAGGGTCAAAATTTgaa > 2:2262095/1‑147 (MQ=255) attattCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTGAGTGGTGGGTCCAAATTTGCCTTTAAGGAGGGGCaaaattagaat > 2:2262086/1‑142 (MQ=255) tattCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGtt < 1:2261957/149‑1 (MQ=255) attCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAATGGTGGGTCAAAGGTTGCGTTTAAGGTGGGGCATAATTTGTAGTTa > 2:2262104/1‑149 (MQ=255) ttCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTATTGTTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGAGGGTCAAAATTTgaatttaa > 1:2262021/1‑142 (MQ=255) tCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCAGTTAAGGAGGGTCAAATTTTGCAGtatag > 2:2262051/1‑145 (MQ=255) tCAACCAGTAGAAGATGAAATCACGGACTCCGGCGTGCATTGTTTCCGCCTTTTCTTTTCCTTAATTACATGAATTCAGGTGGGGCAAAAGTTGGCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAg < 2:2261962/149‑1 (MQ=25) cAAGCAGGACACCAAGAAATTACGGTCTCCGTCTGCCATTTTTCCCGCCTTTTCTATGCCTTAATTCCAGGACTTCAGGTGGGGCAAAATTGCCCGTTACTGGTGGGTAAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAgg < 2:2261970/149‑1 (MQ=16) aaGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGt < 2:2261958/149‑1 (MQ=255) acaacaTTAACTAACGGACTACGTCTGGCAATTTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCAGGAATTCAGGTGGGCCAAAAGTCGGCGTTAGTGGTGGGTAAAAAGGCGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCaa < 2:2261969/149‑1 (MQ=25) caacaTGAAATAACGGAATCAGCCCGGCAATGATCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGGTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCaaa < 2:2261959/149‑1 (MQ=255) ttcaTGAAATATCGGAATCAGGCTGGCATTTTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTTATTACATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAATAGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCaaaa < 2:2261960/147‑1 (MQ=38) tcaTGAATTTACGGAAACAGCCTGGCAATTATACCGCCTTTTGTATTCCTTAAATACATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGCCGGCCTTATTTGTGGGTCAATAGATGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAg < 2:2261974/148‑1 (MQ=16) caTGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCaaaa < 1:2261961/147‑1 (MQ=255) aTGAAATTATGGAATCCGTCGGGCACTTTTCCCGCCTTTTCTTTTCCTTAATTCCATGAATTCATGTGGGTCAAAATTTGCCGTTATGGGTGGGTAAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGtt < 2:2261963/149‑1 (MQ=25) aTGAAATAACTTACTACGTCGGGCATTCATCCAGCCATTTGTTTTCCTTAAATCCATGAATTCAGTTGGGTCAAAATTTGCCCTTATGGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGtt < 2:2261973/149‑1 (MQ=18) aTGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGATGCCGTTAGGGGTGGGTCAATTGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGt < 1:2261964/148‑1 (MQ=255) aTGAAACTACGGACTCCGACGCGCACTTATCCCGCCTTACGTATCCCTTAAATCCATGAATTCCGGCGGGCCTAAAGCCGGCGTTATGGGGGGGTCAAAACACGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGtt < 2:2262002/149‑1 (MQ=12) gAAATAACGGAATCAGTCGGGCATTGTTCCCGCCTTTTCTATGCCTTAAATCAATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGCAGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAACATGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGc < 1:2261965/149‑1 (MQ=37) tatcgactCAGTCGGGCAATGTTCCCGCCTTTACTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGTGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGt < 2:2261968/142‑1 (MQ=38) aaCGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTAAAAAGTTGCCGTTAAGGAGGGTCAAAATTTGAAGTTTAGGGGGGGGAAAATTTgaagagg > 2:2262108/1‑143 (MQ=255) tCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAATTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGGCGTTAAGGTGGGTCAAAATTTGCCGAGAAAGAAtt > 2:2262137/1‑149 (MQ=255) ccgttgggCATTTTTCCCGCCTTAGCTTTTCCTTAAATAAATGAATTCTTTTGGGCATAAAGAAGCCTTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCTTTAAGTTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTc < 2:2261977/144‑1 (MQ=16) cAGCCGCGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTCCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTAGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTc < 1:2261966/149‑1 (MQ=255) ttgggCATTTTTCCAGCCTTTTGTTTTCCTTAATTCATTGAATTCTGTTTTCTTAAAATATCCGTTTATTGGTGGCTCTTTACAAGCCTTTTAGTTGGGTAAAAAGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTctac < 2:2262029/147‑1 (MQ=255) cGGGCATTTTTCCAGCCTTTTGTTTGCCTTTATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAATTTGGCGTTATTGGGGGGTCAAATGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTctact < 2:2261967/149‑1 (MQ=25) gggCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTAAAAAGTTGCCTTGAAGGTGGGTCAAAATTTGAAGTTAAGGTGGGGGTAATGTTGAGGAGAAAGGATTctaaaa > 2:2262146/1‑146 (MQ=25) tgcgTTCCCCCCCTTTCTTTTCCTTACTTCCCGGAATTCAGCTTGGTGAATTCTCGCCGTTTGTTTTGGTTCAAATCTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTaa < 2:4172435/146‑1 (MQ=16) atttatCCAGCCTTATCTTTGCCTTTATTAAATGAATTCTGTTGGGTCAAAAGTTGCCTTTAGGTGTGGGTAAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCGGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTaa < 1:2261971/144‑1 (MQ=25) gTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCTTTAAGGAGGGTCAAAAGTTGAAGTTAAGGTGGGTCAAAATTTGCCGAGTAAGCATTGTACAATTAAGaa > 2:2262188/1‑149 (MQ=37) tCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAAt > 1:2262165/1‑148 (MQ=255) ccagCCTTTTGTTTTCCTTATATCAATGAATTCAGTTTTCTTTAAATTTGGCCTTATTGGTGGGTAAAAAGCTGCCTTTAATGTGGGTCAAAAGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTc < 2:2261979/146‑1 (MQ=16) ccGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTATTGTTGGGTAAAATGTTGCCGTTAAGGAGGCTCAAAATTTTGCGTAAACGTGGGTGAAATGTTGCCGAGAAAGTATTATACTATTATGAATTCt > 2:2262182/1‑149 (MQ=25) ccTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAATTTGCCTTTAAGGAGGGTCAAAATTTGACGTATAGGGGGCGCTAAAGTTGACGAGTAAGGAGTGTACAATTAGGAATTATAgg > 2:2262075/1‑149 (MQ=21) cTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGc > 1:2262033/1‑149 (MQ=255) cTTTCCTTTGCCTTATTTCCATGCATTCAGGGGGGGCAAAAGCACCGCTTAGTGGTGGGACAAAACATGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGc < 1:2261972/149‑1 (MQ=25) tttGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGTTGGGTAAAAATTTGCCTTTAAGGAGGGTCAAAATTTGAAGTAAACGTGTGTCAAAATTAGACTAGAAAGAATTATACAATTAAAAATAATACGCGACggg > 2:2262131/1‑149 (MQ=19) tttGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTTAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACggg > 1:2262216/1‑149 (MQ=255) ccattaatCCAGGAATTCAGGCTGGTCTAAAGACGCCGTTCTTGGTGGGTAATTTCTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAATGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGtt < 2:2261997/142‑1 (MQ=25) cTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGATGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGAAGGTGTCTCAAAAGTTGCCGAGAAAGAATTCTACAATAAAGAATTCAAGGCGACCGGAGatt > 2:2262211/1‑149 (MQ=25) aaTTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCTTAAAGGTGGGTCAAAAGTTGACGTGTAGGTGGGGCAAATGTTGACTAGTAAGAATTAGACTATTAAGATTTCTAGGCGGCGGGAGtgtttt > 2:2262199/1‑149 (MQ=25) aTTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGt > 1:2262227/1‑143 (MQ=255) attcATGAATTCTGCGTGGTATAAAGATGGCTTTAATGGTGGGTAAATAGTAGCCTTTAAGTTGGGTAAAAAGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAg < 2:2262006/146‑1 (MQ=25) ccATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGAGGTGGGTCAAATGATGCCGTTTAGGAGGGGCAAAAGTTTACGATAAGGGGGCGCAAAAGTAGCCGAGGAAGAAGTCTACAAGTATGAATACTACGCGACGGGAGTTTTGTAgag > 2:2262238/1‑147 (MQ=16) ggTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTAGCCGAGTAAGAATTCTACAATTATGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTAAGCCTACcggtcggt > 2:2262191/1‑149 (MQ=37) tCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCAt > 2:2262080/1‑146 (MQ=255) aaaGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAATTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATagagag > 1:2262219/1‑149 (MQ=255) aaGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTAAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGACGAGTAAGAATTCTACAATTAAGAATTCAAGGCGTCGGGAGTTTATTAGACAACCGGTCGGTCATagagatt > 2:2262198/1‑147 (MQ=37) tGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTg > 1:2262160/1‑60 (MQ=255) gCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCt > 2:2262142/1‑149 (MQ=255) gCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCAGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCGACTATTAACAATTCTATGCGACGGGAGTTTATAAGCCTACCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCt > 2:2262190/1‑149 (MQ=37) ccGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTa > 1:2262189/1‑149 (MQ=255) ctttcttgggggGTCAATTGGTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTag < 2:2261999/143‑1 (MQ=38) tttATTGGTGGGTTAAATCTTGCCTTTTAGTTGGGTCAATTGCTGCCTTTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTaga < 2:2262099/148‑1 (MQ=255) gTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCg > 1:2262147/1‑103 (MQ=255) gTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCt > 1:2262170/1‑146 (MQ=255) gTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCt > 1:2262174/1‑146 (MQ=255) ttAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTg > 1:2262187/1‑55 (MQ=255) ttAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTagag > 1:2262252/1‑149 (MQ=255) ttAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGGCAAAAGTTGCCGAGATAGCATTCTGCTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGGCTCGCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTagag > 2:2262168/1‑149 (MQ=37) tAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGt > 2:2262156/1‑149 (MQ=255) tgggtggGTAATAACCTGCCTTTACGTTGGGTCAAAAGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTa < 2:2262025/147‑1 (MQ=38) atgttggGTAAATAGTTGCCTTTAAGTTGGGTAAAATGTTTCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTa < 2:2261987/145‑1 (MQ=255) ggtggGTCATAAGCTGCCTTTAAGTTGGGTCAAATGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTaaa < 2:2261981/149‑1 (MQ=39) ggtggGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTATCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTaaa > 1:2262212/1‑149 (MQ=255) ggtggGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTaa > 1:2262228/1‑148 (MQ=255) ggtggGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGACAAAAGTTGACGAGTAAGAATTCTACTATAAAGAATTCTAGGCGACGGGACTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTaaa > 1:2262177/1‑149 (MQ=255) ggtggGTCAAAACCTGCCGTTACGGTGGGTCAAAAGTCGCAGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTaaa < 2:2261982/149‑1 (MQ=38) gggTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTAAAAAGTTTCCGAGTAAGGATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGGTTTTTAGACTCCCGGTAGGTAATAGATAGTCGACTAGAGTTAAACaa > 2:2262161/1‑148 (MQ=37) ggTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGATAAGGTGTGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTctacta > 1:2262223/1‑77 (MQ=255) aaaaGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAgaagaa > 2:2262181/1‑149 (MQ=255) aaaaGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAgaagaa > 2:2262179/1‑149 (MQ=255) ttaGTTGCCTTTAAGGTGGGTAAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAGTTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAat < 2:2261988/147‑1 (MQ=255) aaGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAatt > 1:2262155/1‑149 (MQ=255) aGTTGCCTTTAAGTTGGGTCAATAGTTGCAGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAatta < 2:2261991/149‑1 (MQ=255) aGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAatta > 2:2262280/1‑149 (MQ=255) tGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTCGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAattatt > 1:2262237/1‑148 (MQ=255) gCCTTTTAGGTGGGTCAAAAGGTGCCGTTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAATTATTTc < 2:2262000/149‑1 (MQ=255) gCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAATTATTTc > 1:2262169/1‑149 (MQ=255) gTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCATCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCGTAGAGTTAAACAGAAGAATAATTAcgcc > 2:2262225/1‑149 (MQ=255) | GGAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAATTATTTCGCC > NC_000913/2560850‑2561144 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |