| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 2,528,814 | G→A | D464N (GAC→AAC) | ptsI → | PEP‑protein phosphotransferase of PTS system (enzyme I) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,528,814 | 0 | G | A | 99.5% | 817.8 / NA | 213 | D464N (GAC→AAC) | ptsI | PEP‑protein phosphotransferase of PTS system (enzyme I) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (105/107); minor base C (1/0); total (106/107) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 214 total aligned reads displayed.
TCAATTGAAATCGGCGTAATGGTGGAAACACCGGCTGCCGCAACAATTGCACGTCATTTAGCCAAAGAAGTTGATTTCTTTAGTATCGGCACCAATGATTTAACGCAGTACACTCTGGCAGTTGACCGTGGTAATGATATGATTTCACACCTTTACCAGCCAATGTCACCGTCCGTGCTGAACTTGATCAAGCAAGTTATTGATGCTTCTCATGCTGAAGGCAAATGGACTGGCATGTGTGGTGAG > CP009273/2528691‑2528936 | cAATTGAAATCGGCGTAATGGTGGAAACACCGGCTGCCGCAACAATTGCACGTCATTTAGCCAAAGAAGTTGATTTCTTTAGTATCGGCACCAATGATTTAACGCAGTACACTCTGGCAGTTAAcc < 1:906683/126‑1 (MQ=255) aaTTGAAATCGGCGTAATGGTGGAAACACCGGCTGCCGCAACAATTGCACGTCATTTAGCCAAAGAAGTTGATTTCTTTAGTATCGGCACCAATGATTTAACGCAGTACACTCTGGCAGTTAACCg > 1:2111583/1‑126 (MQ=255) aaTTGAAATCGGCGTAATGGTGGAAACACCGGCTGCCGCAACAATTGCACGTCATTTAGCCAAAGAAGTTGATTTCTTTAGTATCGGCACCAATGATTTAACGCAGTACACTCTGGCAGTTAACCg > 1:15155/1‑126 (MQ=255) tGAAATCGGCGTAATGGTGGAAACACCGGCTGCCGCAACAATTGCACGTCATTTAGCCAAAGAAGTTGATTTCTTTAGTATCGGCACCAATGATTTAACGCAGTACACTCTGGCAGTTAACCGTgg < 1:2837581/126‑1 (MQ=255) 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tGGCAGTTAACCGTGGTAATGATATGATTTCACACCTTTACCAGCCAATGTCACCGTCCGTGCTGAACTTGATCAAGCAAGTTATTGATGCTTCTCATGCTGAAGGCAAATGGACTGGCAtgtgtg > 1:382171/1‑126 (MQ=255) tGGCAGTTAACCGTGGTAATGATATGATTTCACACCTTTACCAGCCAATGTCACCGTCCGTGCTGAACTTGATCAAGCAAGTTATTGATGCTTCTCATGCTGAAGGCAAATGGACTGGCAtgtgtg > 1:2162453/1‑126 (MQ=255) tGGCAGTTAACCGTGGTAATGATATGATTTCACACCTTTACCAGCCAATGTCACCGTCCGTGCTGAACTTGATCAAGCAAGTTATTGATGCTTCTCATGCTGAAGGCAAATGGACTGGCAtgtgtg < 1:1346964/126‑1 (MQ=255) cAGTTAACCGTGGTAATGATATGATTTCACACCTTTACCAGCCAATGTCACCGTCCGTGCTGAACTTGATCAAGCAAGTTATTGATGCTTCTCATGCTGAAGGCAAATGGACTGGCATGTgtggtg > 2:403802/1‑126 (MQ=255) aGTTAACCGTGGTAATGATATGATTTCACACCTTTACCAGCCAATGTCACCGTCCGTGCTGAACTTGATCAAGCAAGTTATTGATGCTTCTCATGCTGAAGGCAAATGGACTGGCATGTGTGGTGa > 1:2145591/1‑126 (MQ=255) gTTAACCGTGGTAATGATATGATTTCACACCTTTACCAGCCAATGTCACCGTCCGTGCTGAACTTGATCAAGCAAGTTATTGATGCTTCTCATGCTGAAGGCAAATGGACTGGCATGTGTGGTGAg < 2:818507/126‑1 (MQ=255) | TCAATTGAAATCGGCGTAATGGTGGAAACACCGGCTGCCGCAACAATTGCACGTCATTTAGCCAAAGAAGTTGATTTCTTTAGTATCGGCACCAATGATTTAACGCAGTACACTCTGGCAGTTGACCGTGGTAATGATATGATTTCACACCTTTACCAGCCAATGTCACCGTCCGTGCTGAACTTGATCAAGCAAGTTATTGATGCTTCTCATGCTGAAGGCAAATGGACTGGCATGTGTGGTGAG > CP009273/2528691‑2528936 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |