Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 2,528,814 | G→A | D464N (GAC→AAC) | ptsI → | PEP‑protein phosphotransferase of PTS system (enzyme I) |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,528,814 | 0 | G | A | 99.5% | 765.5 / NA | 198 | D464N (GAC→AAC) | ptsI | PEP‑protein phosphotransferase of PTS system (enzyme I) |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (109/88); minor base T (1/0); total (110/88) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 198 total aligned reads displayed.
CAATTGAAATCGGCGTAATGGTGGAAACACCGGCTGCCGCAACAATTGCACGTCATTTAGCCAAAGAAGTTGATTTCTTTAGTATCGGCACCAATGATTTAACGCAGTACACTCTGGCAGTTGACCGTGGTAATGATATGATTTCACACCTTTACCAGCCAATGTCACCGTCCGTGCTGAACTTGATCAAGCAAGTTATTGATGCTTCTCATGCTGAAGGCAAATGGACTGGCATGTGTGGTG > CP009273/2528692‑2528934 | cAATTGAAATCGGCGTAATGGTGGAAACACCGGCTGCCGCAACAATTGCACGTCATTTAGCCAAAGAAGTTGATTTCTTTAGTATCGGCACCAATGATTTAACGCAGTACACTCTGGCAGTTAAcc > 2:1474847/1‑126 (MQ=255) cAATTGAAATCGGCGTAATGGTGGAAACACCGGCTGCCGCAACAATTGCACGTCATTTAGCCAAAGAAGTTGATTTCTTTAGTATCGGCACCAATGATTTAACGCAGTACACTCTGGCAGTTAAcc > 1:49479/1‑126 (MQ=255) tGAAATCGGCGTAATGGTGGAAACACCGGCTGCCGCAACAATTGCACGTCATTTAGCCAAAGAAGTTGATTTCTTTAGTATCGGCACCAATGATTTAACGCAGTACACTCTGGCAGTTAACCGTgg > 1:1081296/1‑126 (MQ=255) tGAAATCGGCGTAATGGTGGAAACACCGGCTGCCGCAACAATTGCACGTCATTTAGCCAAAGAAGTTGATTTCTTTAGTATCGGCACCAATGATTTAACGCAGTACACTCTGGCAGTTAACCGTgg > 1:1143003/1‑126 (MQ=255) tGAAATCGGCGTAATGGTGGAAACACCGGCTGCCGCAACAATTGCACGTCATTTAGCCAAAGAAGTTGATTTCTTTAGTATCGGCACCAATGATTTAACGCAGTACACTCTGGCAGTTAACCGTgg < 1:3307558/126‑1 (MQ=255) tGAAATCGGCGTAATGGTGGAAACACCGGCTGCCGCAACAATTGCACGTCATTTAGCCAAAGAAGTTGATTTCTTTAGTATCGGCACCAATGATTTAACGCAGTACACTCTGGCAGTTAACCGTgg > 2:2792582/1‑126 (MQ=255) aTCGGCGTAATGGTGGAAACACCGGCTGCCGCAACAATTGCACGTCATTTAGCCAAAGAAGTTGATTTCTTTAGTATCGGCACCAATGATTTAACGCAGTACACTCTGGCAGTTAACCGTGGTAat > 1:2500966/1‑126 (MQ=255) aTCGGCGTAATGGTGGAAACACCGGCTGCCGCAACAATTGCACGTCATTTAGCCAAAGAAGTTGATTTCTTTAGTATCGGCACCAATGATTTAACGCAGTACACTCTGGCAGTTAACCGTGGTAat < 1:1534758/126‑1 (MQ=255) cGGCGTAATGGTGGAAACACCGGCTGCCGCAACAATTGCACGTCATTTAGCCAAAGAAGTTGATTTCTTTAGTATCGGCACCAATGATTTAACGCAGTACACTCTGGCAGTTAACCGTGGTAatga > 2:1119045/1‑126 (MQ=255) cGGCGTAATGGTGGAAACACCGGCTGCCGCAACAATTGCACGTCATTTAGCCAAAGAAGTTGATTTCTTTAGTATCGGCACCAATGATTTAACGCAGTACACTCTGGCAGTTAACCGTGGTAatga < 1:622336/126‑1 (MQ=255) ggCGTAATGGTGGAAACACCGGCTGCCGCAACAATTGCACGTCATTTAGCCAAAGAAGTTGATTTCTTTAGTATCGGCACCAATGATTTAACGCAGTACACTCTGGCAGTTAACCGTGGTAatgat < 1:2886539/126‑1 (MQ=255) cGTAATGGTGGAAACACCGGCTGCCGCAACAATTGCACGTCATTTAGCCAAAGAAGTTGATTTCTTTAGTATCGGCACCAATGATTTAACGCAGTACACTCTGGCAGTTAACAGTGGTAatgatat > 1:243844/1‑126 (MQ=255) cGTAATGGTGGAAACACCGGCTGCCGCAACAATTGCACGTCATTTAGCCAAAGAAGTTGATTTCTTTAGTATCGGCACCAATGAATTAACGCAGTACACTCTGGCAGTTAACCGTGGTAatgatat > 1:1984678/1‑126 (MQ=255) gTAATGGTGGAAACACCGGCTGCCGCAACAATTGCACGTCATTTAGCCAAAGAAGTTGATTTCTTTAGTATCGGCACCAATGATTTAACGCAGTACACTCTGGCAGTTAACCGTGGTAatgatatg > 1:305300/1‑126 (MQ=255) gTAATGGTGGAAACACCGGCTGCCGCAACAATTGCACGTCATTTAGCCAAAGAAGTTGATTTCTTTAGTATCGGCACCAATGATTTAACGCAGTACACTCTGGCAGTTAACCGTGGTAatgatatg < 1:1851096/126‑1 (MQ=255) tAATGGTGGAAACACCGGCTGCCGCAACAATTGCACGTCATTTAGCCAAAGAAGTTGATTTCTTTAGTATCGGCACCAATGATTTAACGCAGTACACTCTGGCAGTTAACCGTGGTAatgatatga < 2:2134961/126‑1 (MQ=255) 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ggCTGCCGCAACAATTGCACGTCATTTAGCCAAAGAAGTTGATTTCTTTAGTATCGGCACCAATGATTTAACGCAGTACACTCTGGCAGTTAACCGTGGTAATGATATGATTTCACACCTTTACCa > 2:1575378/1‑126 (MQ=255) gCCGCAACAATTGCACGTCATTTAGCCAAAGAAGTTGATTTCTTTAGTATCGGCACCAATGATTTAACGCAGTACACTCTGGCAGTTAACCGTGGTAATGATATGATTTCACACCTTTACCAGCCa > 2:2991029/1‑126 (MQ=255) cGCAACAATTGCACGTCATTTAGCCAAAGAAGTTGATTTCTTTAGTATCGGCACCAATGATTTAACGCAGTACACTCTGGCAGTTAACCGTGGTAATGATATGATTTCACACCTTTACCAGCCAAt > 2:338489/1‑126 (MQ=255) cGCAACAATTGCACGTCATTTAGCCAAAGAAGTTGATTTCTTTAGTATCGGCACCAATGATTTAACGCAGTACACTCTGGCAGTTAACCGTGGTAATGATATGATTTCACACCTTTACCAGCCAAt < 2:276155/126‑1 (MQ=255) cGCAACAATTGCACGTCATTTAGCCAAAGAAGTTGATTTCTTTAGTATCGGCACCAATGATTTAACGCAGTACACTCTGGCAGTTAACCGTGGTAATGATATGATTTCACACCTTTACCAGCCAAt < 1:3098552/126‑1 (MQ=255) gCAACAATTGCACGTCATTTAGCCAAAGAAGTTGATTTCTTTAGTATCGGCACCAATGATTTAACGCAGTACACTCTGGCAGTTAACCGTGGTAATGATATGATTTCACACCTTTACCAGCCAATg < 1:127925/126‑1 (MQ=255) caacaaTTGCACGTCATTTAGCCAAAGAAGTTGATTTCTTTCGTATCGGCACCAATGATTTAACGCAGTACACTCTGGCAGTTAACCGTGGTAATGATATGATTTCACACCTTTACCAGCCAATGt > 1:2632015/1‑126 (MQ=255) caacaaTTGCACGTCATTTAGCCAAAGAAGTTGATTTCTTTAGTATCGGCACCAATGATTTAACGCAGTACACTCTGGCAGTTAACCGTGGTAATGATATGATTTCACACCTTTACCAGCCAATGt > 1:648227/1‑126 (MQ=255) aacaaTTGCACGTCATTTAGCCAAAGAAGTTGATTTCTTTAGTATCGGCACCAATGATTTAACGCAGTACACTCTGGCAGTTAACCGTGGTAATGATATGATTTCACACCTTTACCAGCCAATGTc < 1:3237705/126‑1 (MQ=255) acaaTTGCACGTCATTTAGCCAAAGAAGTTGATTTCTTTAGTATCGGCACCAATGATTTAACGCAGTACACTCTGGCAGTTAACCGTGGTAATGATATGATTTCACACCTTTACCAGCCAATGTCa > 1:2520880/1‑126 (MQ=255) acaaTTGCACGTCATTTAGCCAAAGAAGTTGATTTCTTTAGTATCGGCACCAATGATTTAACGCAGTACACTCTGGCAGTTAACCGTGGTAATGATATGATTTCACACCTTTACCAGCCAATGTCa < 1:1443718/126‑1 (MQ=255) aaTTGCACGTCATTTAGCCAAAGAAGTTGATTTCTTTAGTATCGGCACTAATGATTTAACGCAGTACACTCTGGCAGTTAACCGTGGTAATGATATGATTTCACACCTTTACCAGCCAATGTCAcc < 1:2180548/126‑1 (MQ=255) aaTTGCACGTCATTTAGCCAAAGAAGTTGATTTCTTTAGTATCGGCACCAATGATTTAACGCAGTACACTCTGGCAGTTAACCGTGGTAATGATATGATTTCACACCTTTACCAGCCAATGTCAcc > 1:1458805/1‑126 (MQ=255) aTTGCACGTCATTTAGCCAAAGAAGTTGATTTCTTTAGTATCGGCACCAATGATTTAACGCAGTACACTCTGGCAGTTAACCGTGGTAATGATATGATTTCACACCTTTACCAGCCAATGTCAccg > 2:2451224/1‑126 (MQ=255) ttGCACGTCATTTAGCCAAAGAAGTTGATTTCTTTAGTATCGGCACCAATGATTTAACGGAGTACACTCTGGCAGTTAACCGTGGTAATGATATGATTTCACACCTTTACAAGCCAATGTCAccgt > 1:2153168/1‑126 (MQ=255) ttGCACGTCATTTAGCCAAAGAAGTTGATTTCTTTAATATCGGCATCAATGATTTAACGCAGTACACTCTGGCAGTTAACCGTGGTAATGATATGATTTCACACCTTTACCAGCCAATGTCAccgt > 2:3131380/1‑126 (MQ=255) cACGTCATTTAGCCAAAGAAGTTGATTTCTTTAGTATCGGCACCAATGATTTAACGCAGTACACTCTGGCAGTTAACCGTGGTAATGATATGATTTCACACCTTTACCAGCCAATGTGAccgtccg > 1:899628/1‑126 (MQ=255) cACGTCATTTAGCCAAAGAAGTTGATTTCTTTAGTATCGGCACCAATGATTTAACGCAGTACACTCTGGCAGTTAACCGTGGTAATGATATGATTTCACACCTTTACCAGCCAATGTCAccgtccg < 1:2411873/126‑1 (MQ=255) 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aagTTGATTTCTTTAGTATCGGCACCAATGATTTAACGCAGTACACTCTGGCAGTTAACCGTGGTAATGATATGATTTCACACCTTTACCAGCCAATGTCACCGTCCGTGCTGAACTTGATcaagc < 1:1056792/126‑1 (MQ=255) aagTTGATTTCTTTAGTATCGGCACCAATGATTTAACGCAGTACACTCTGGCAGTTAACCGTGGTAATGATATGATTTCACACCTTTACCAGCCAATGTCACCGTCCGTGCTGAACTTGATcaagc > 1:1405626/1‑126 (MQ=255) aagTTGATTTCTTTAGTATCGGCACCAATGATTTAACGCAGTACACTCTGGCAGTTAACCGTGGTAATGATATGATTTCACACCTTTACCAGCCAATGTCACCGTCCGTGCTGAACTTGATcaagc < 1:1948295/126‑1 (MQ=255) gTTGATTTCTTTAGTATCGGCACCAATGATTTAACGCAGTACACTCTGGCAGTTAACCGTGGTAATGATATGATTTCACACCTTTACCAGCCAATGTCACCGTCCGTGCTGAACTTGATcaagcaa > 1:450559/1‑126 (MQ=255) gTTGATTTCTTTAGTATCGGCACCAATGATTTAACGCAGTACACTCTGGCAGTTAACCGTGGTAATGATATGATTTCACACCTTTACCAGCCAATGTCACCGTCCGTGCTGAACTTGATcaagcaa < 1:3021060/126‑1 (MQ=255) ttGATTTCTTTAGTATCGGCACCAATGATTTAACGCAGTACACTCTGGCAGTTAACCGTGGTAATGATATGATTTCACACCTTTACCAGCCAATGTCACCGTCCGTGCTGAACTTGATcaagcaag < 2:790484/126‑1 (MQ=255) 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tGGCAGTTAACCGTGGTAATGATATGATTTCACACCTTTACCAGCCAATGTCACCGTCCGTGCTGAACTTGATCAAGCAAGTTATTGATGCTTCTCATGCTGAAGGCAAATGGACTGGCAtgtgtg < 2:2901998/126‑1 (MQ=255) ggCAGTTAACCGTGGTAATGATATGATTTCACACCTTTACCAGCCAATGTCACCGTCCGTGCTGAACTTGATCAAGCAAGTTATTGATGCTTCTCATGCTGAAGGCAAATGGACTGGCATGTgtgg < 1:2896082/126‑1 (MQ=255) ggCAGTTAACCGTGGTAATGATATGATTTCACACCTTTACCAGCCAATGTCACCGTCCGTGCTGAACTTGATCAAGCAAGTTATTGATGCTTCTCATGCTGAAGGCAAATGGACTGGCATGTgtgg > 1:256199/1‑126 (MQ=255) gCAGTTAACCGTGGTAATGATATGATTTCACACCTTTACCAGCCAATGTCACCGTCCGTGCTGAACTTGATCAAGCAAGTTATTGATGCTTCTCATGCTGAAGGCAAATGGACTGGCATGTgtggt < 1:541728/126‑1 (MQ=255) gCAGTTAACCGTGGTAATGATATGATTTCACACCTTTACCAGCCAATGTCACCGTCCGTGCTGAACTTGATCAAGCAAGTTATTGATGCTTCTCATGCTGAAGGCAAATGGACTGGCATGTgtggt > 2:3336840/1‑126 (MQ=255) gCAGTTAACCGTGGTAATGATATGATTTCACACCTTNACCAGCCAATGTCACCGTCCGTGCTGAACTTGATCAAGCAAGTTATTGATGCTTCTCATGCTGAAGGCAAATGGACTGGCATGTgtggt < 2:2666037/126‑1 (MQ=255) | CAATTGAAATCGGCGTAATGGTGGAAACACCGGCTGCCGCAACAATTGCACGTCATTTAGCCAAAGAAGTTGATTTCTTTAGTATCGGCACCAATGATTTAACGCAGTACACTCTGGCAGTTGACCGTGGTAATGATATGATTTCACACCTTTACCAGCCAATGTCACCGTCCGTGCTGAACTTGATCAAGCAAGTTATTGATGCTTCTCATGCTGAAGGCAAATGGACTGGCATGTGTGGTG > CP009273/2528692‑2528934 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |