New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | 1387008 = | 17 (0.500) | 6 (0.180) | 4/314 | 2.4 | 20.9% | coding (761/900 nt) | pgrR | murein peptide degradation regulator |
? | CP009273 | 1387230 = | 29 (0.870) | intergenic (+83/‑254) | pgrR/mppA | murein peptide degradation regulator/murein tripeptide (L‑ala‑gamma‑D‑glutamyl‑meso‑DAP) transporter subunit |
ATGGCTATTGTTGGCTCACCGGATTATTTTTCTCGCCGAAGTGTTCCAACGTCAGTGTCACAATTAATAGATCATCAGGCAATTAATTTGTATCTTCCCACATCGGGTACAGCAAATCGCTGGAGATTAATACGCGGTGGACGTGAAGTTCGTGTTCGCATGGAAGGTCAGCTTTTACTGAATACGATAGACCTGATCATTGATGCTGCAATTGATGGGCATGGATTGGCGTATCTACCTTATGATCAGGTTGAGCGGGCTATTAAAGAAAAAAAACTGATACGTGTTTTGGATAAATTCACACCAGATTTACCCGGTTATCACCTGTACTATCCACACCGTCGACATGCTGGCTCGGCATTCTCATTATTTATAGATAGGCTGAAGTATAAAGGTGCTGTTTAGCACTACTTGCTGATACATTAATTTAATTCTTCTCTTAACGTATTCTCAGTTCCTTTCAACGTTTTGGTCATTTTTTATTCTTCGTACAATGGC > CP009273/1386743‑1387240 | gagtgcttcataagtttccctctaaccgacattaaaattgatgcgtaattatttgtttcgccttaaagaaatgcaaacaacttccatcaaaaaagtgacaaaggaagcatcaaatgttttaagtatcaatatatcaaatcagatttagtgtaaataatagtctccaaaatgcggtaaagcacatagaactccgaacactacgttagggcttcgcacgttcaaaaccgttatcggtatcataaccagcagctgtcgccattntaccaaaaaaaaaa < 2:517257‑M1/10‑1 (MQ=255) tgatgcgtaattatttgtttcgccttaaagaaatgcaaacaacttccatcaaaaaagtgacaaaggaagcatcaaatgttttaagtatcaatatatcaaatcagatttagtgtaaataatagtctccaaaatgcggtaaagcacatagaactccgaacactacgttcgggcttcgcacgttcaaacccgttttcggtatcataatcagcatctgtcgccattgtacga > 1:603363‑M1/228‑228 (MQ=255) tAGATCATCAGGCAATTAATTTGTATCTTCCCACATCGGGTACAGCAAATCGCTGGAGATTAATACGCGGTGGACGTGAAGTTCGTGTTCGCATGGAAGGTCAGCTTTTACTGAATACGATAGACCTGATCATTGATGCTGCAATTGATGGGCATGGATTGGCGTATCTACCTTATGATCAGGTTGAGCGGGCTATTaa < 2:352934/199‑1 (MQ=255) tCCCACATCGGGTACAGCAAATCGCTGGAGATTAATACGCGGTGGACGTGAAGTTCGTGTTCGCATGGAAGGTCAGCTTTTACTGAATACGATAGACCTGATCATTGATGCTGCAATTGATGGGCATGGATTGGCGTATCTACCTTATGATCAGGTTGAGCGGGCTATTAAAGAAAAAAAACTGATAAGTGTTTTGGATAAATTCACACCAGATTTACCCGGTTATCACATGTACTATCCACACCGCAGACCAGCGGTCTGGGCTTtctcggggt > 2:563092/1‑270 (MQ=255) aGCAAATCGCTGTATATTAATACGTGTTGGACGTGAAGTTCGTGTTCGCATGGAAGGTCAGCTTTTACTGAATACGATAGACCTGATCATTGATGCTGCAATTGATGGGCATGGATTGGCGTATCTACCTTATGATCAGGTTGAGCGTGCTATTAAAGAAAAAAAACTGATACGTGTTTTGGATAAATTCACACCAGATTTACCCGGTTATCACCTGTACTATCCACACCGTCGACATGCTGGCTCGGCATTCTCATTATTTATAGATAGGCTg < 1:171609/274‑1 (MQ=255) gCAAATCGCTGGAGATTAATACGCGGTGGACGTGAAGTTCGTGTTCGCATGGAAGGTCAGCTTTTACTGAATACGATAGACCTGATCATTGATGCTGCAATTGATGGGCATGGATTGGCGTATCTACCTTATGATCAGGTTGAGCGGGCTATTAAAGAAAAAAAACTGATAAGTGTTTTGGATAAATTCACACCAGATTTACCAGGTTATCACCTGTACTATCCACACCGTCGACATGCTGGCTCGGCATTCTGATTATTTACACATAGGATg > 2:171607/1‑273 (MQ=255) aCCTGATCATTGATGCTGCAATTGATGGGCATGGATTGGCGTATCTACCTTATGATCAGGTTGAGCGGGCTATTAAAGAAAAAAAACTGATACGTGTTTTGGATAAATTCACACCAGATTTACCCGGTTATCACCTGTACTATCCACACCGTCGACATGCTGGCTCGGCATTCTCATTATTTATAGATAGGCTGAAGTATAAAGGTGCTGTTTAGCACTACTTGCTGATACATTAATTTAATTCTTCTCTTAACGTATTCTCAGTTCCTTTCAAc > 1:114488/1‑275 (MQ=255) ttGATGCTGCAATTGATGGGCATGGATTGGCGTATCTACCTTATGATCAGGTTGAGCGGGCTATTaa < 2:542127/67‑1 (MQ=255) tGATGCTGCAATTGATGGGCATGGATTGGCGTATCTACCTTATGATCAGGTTGAGCGGGCTATTAAAGAAAAAAAACTGATACGTGTTTTGGATAAATTCACACCAGATTTACCCGGTTATc > 2:279559/1‑122 (MQ=255) gctgcAATTGATGGGCATGGATTGGCGTATCTACCTTATGATCAGGTTGAGCGGGCTATTAAAGAAAAAAAACTGATACGTGTTTTGGATAAATTCACACCAGATTTACCCGGTTATCACCt < 1:279563/122‑1 (MQ=255) ctgcAATTGATGGGCATGGATTGGCGTATCTACCTTATGATCAGGTTGAGCGGGCTATTAAAGAAAAAAAACTGATACGTGTTTTGGATAAATTCACACCAGATTTAccc > 2:69768/1‑110 (MQ=255) ggcttcgaacgttcaaacccgttttcggtatcataatcagcatctgtcgccattgtacgAAGAAAAAAAACTGATACGTGTTTTGGATAAATTCACACCAGATTTACCAGGAGATCACCTGTAATATCCACACCGTCGACATGCTGGCACGGCATTCACATTATTGatagatag < 2:145954‑M1/115‑1 (MQ=255) aaTTGATGGGCATGGATTGGCGTATCTACCTTATGATCAGGTTGAGCGGGCTATTAAAGAAAAAAAACTGATACGTGTTTTGGATAAATTCACACCAGATTTACCCGGtt < 1:69769/110‑1 (MQ=255) tcgcacgttcaaacccgttttctgtatcataatcagcatctgtcgccattgtacgAAGAAAAAAAACTGATACGTGTTTTGGATAAATTCACACCAGATTTACCCGGTTATCACCTATACTATCCACACCGTCGACATGCTGGCTCGGCATTCTCATTATTTATAGATAGTCTg > 1:145955‑M1/56‑174 (MQ=255) tcgcacgttcaaacccgttttcggtatcataatcagcatctgtcgccattgtacgAAGAAAAAAAACTGATACGTGTTTTGGATAAATTCACACCAGATTTACCCGGTTATCACCTGTACTATCCACACCGTCGACATGCTGGCTCGGCATTCTCATTATTTATAGATAGGCTg > 2:285095‑M1/56‑174 (MQ=255) ttcaaacccgttttcggtatcataatcagcatctgtcgccattgtacgAAGAAAAAAAACTGATACGTGTTTTGGATAAATTCACACCAGATTTACCCGGTTATCACCTGTACTATCCACACCGTCGACATGCTGGCTCGGCATTCTCATTATTTatagatag < 1:277490‑M1/115‑1 (MQ=255) aacccgttttcggtatcataatcagcatctgttgccattgtacgAAGAAAAAAAACTGATACGTGTTTTGGATAAATTCACACCAGATTTACCCGGTTATCACCTGTACTATCCACACCGTCGACATGCTGGCTCGGCATTCTCATTATTTATAGATAGGCTg > 2:277486‑M1/45‑163 (MQ=255) gtttgtgttATTTAACTTTTGTTTAGTTTGAGCGTGCTATTAAAGAAAAAAAACTGATACGTGTTTTGGATAAATTCACACCAGATTTACCCGGTTATCACCTGTACTATCCACACCGTCGANATGCTGGCTCGGAATTCTCATTATTTATAGATAGGCTGAAGTATAAAGGTGCTGTTTAGCACTACTTGCTGATACATTAATTTAATTCTTCTCTTAACGTATTCTCAGTTCCTTTCAACGTTTTGGTCATTTTTTATTCTTCGTACAATGGc < 1:563101/267‑1 (MQ=255) tCAGGTTGAGCGGGCTATTAAAGAAAAAAAACTGATACGTGTTTTGGATAAATTc > 2:24610/1‑55 (MQ=255) gTTGAGCGGGCTATTAAAGAAAAAAAACTGATACGTGTTTTGGATAAATTCacac < 1:24611/55‑1 (MQ=255) aGCGGGCTATTAAAGAAAAAAAACTGATACGTGTTTTGGATAAATTCACACCAGATTTAccc > 2:368100/1‑62 (MQ=255) cGGGCTATTAAAGAAAAAAAACTGATACGTGTTTTGGATAAATTCACACCAGATTTACCCGGTTATCACCTGTACTATCCACACCGTCGACATGCTGGCTCGGCATTCTCATTATTTATCGATAGGCTGAAGTATAAAGGTGCTGTTTAGCact > 2:468270/1‑154 (MQ=255) ggCTATTAAAGAAAAAAAACTGATACGTGTTTTGGATAAATTCACACCAGATTTACCCGGtt < 1:368104/62‑1 (MQ=255) cTATTAAAGAAAAAAAACTGATACGTGTTTTGGATAAATTCACACCAGATTTACCCGGTTATCACCTGTACTATCCACACCGTCGACATTCTGCCTCGGCATTCTCATTATTTATAGATTGGCTGAACTATAAAGGTGCTGTTTAGCACTACtt < 1:468277/154‑1 (MQ=255) | ATGGCTATTGTTGGCTCACCGGATTATTTTTCTCGCCGAAGTGTTCCAACGTCAGTGTCACAATTAATAGATCATCAGGCAATTAATTTGTATCTTCCCACATCGGGTACAGCAAATCGCTGGAGATTAATACGCGGTGGACGTGAAGTTCGTGTTCGCATGGAAGGTCAGCTTTTACTGAATACGATAGACCTGATCATTGATGCTGCAATTGATGGGCATGGATTGGCGTATCTACCTTATGATCAGGTTGAGCGGGCTATTAAAGAAAAAAAACTGATACGTGTTTTGGATAAATTCACACCAGATTTACCCGGTTATCACCTGTACTATCCACACCGTCGACATGCTGGCTCGGCATTCTCATTATTTATAGATAGGCTGAAGTATAAAGGTGCTGTTTAGCACTACTTGCTGATACATTAATTTAATTCTTCTCTTAACGTATTCTCAGTTCCTTTCAACGTTTTGGTCATTTTTTATTCTTCGTACAATGGC > CP009273/1386743‑1387240 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |