New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | = 3615324 | NA (NA) | 4 (0.120) | 4/306 | 2.4 | 100% | coding (2773/4236 nt) | rhsB | Rhs family putative polymorphic toxin, putative neighboring cell growth inhibitor |
? | CP009273 | = 3615424 | 0 (0.000) | coding (2873/4236 nt) | rhsB | Rhs family putative polymorphic toxin, putative neighboring cell growth inhibitor |
CGAATCTGGATATCCGCATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGGCAGGCTGACAGAGAAAACCGACCTCATCCCGGAAGGGGTTATCCGCACGGATGATGAGCGGACTCACCGGTACCATTACGACAGTCAGCACCGGCTGGTGCACTACACGCGGACACAATATGAAGAGCCGCTGGTCGAAAGTCGCTATCTTTACGACCCGCTGGGCCGCAGGGTGGCAAAACGGGTGTGGCGGCGTGAACGGGACCTGACGGGCTGGATGTCGCTGTCACGGAAACCGCAAGTGACCTGGTACGGCTGGGACGGCGACCGGCTGACCACGATACAGAACGACAGGAGCCGCATCCAGACGATTT > CP009273/3615229‑3615693 | ccaatcTCGATATCTGCATCCCGTATTCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCCCCCGGACAGCACCCTCACCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGTCAGGCTGACAGAGAAAACCGACCTCATCCTGGAAGGGGTTATCCG > 1:306333‑M2/3‑196 (MQ=255) gATATCCGCATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGGCAGGCTGACAGAGAAAACCGACCTCATCCCGGAAGGGGTTATCCG > 1:336035‑M2/1‑188 (MQ=255) tGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGGCAGGCTGACAGAGAAAACCGACCTCATCCCGGAAGGGGTTATCCG > 1:523676‑M2/1‑81 (MQ=255) cAGAGAAAACCGACCTCATCCCGGAAGGGGTTATCCGgccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtc < 1:7928‑M2/77‑41 (MQ=255) gaAAACCGACCTCATCCCGGAAGGGGTTATCCGgccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcaggcggtta > 2:23689‑M2/1‑33 (MQ=255) gaAAACCGACCTCATCCCGGAAGGGGTTATCCGgccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggc > 2:7927‑M2/1‑33 (MQ=255) cgtatcgcgggccggggttagcgggccgcttgctggggggcgtgtccgggtgctgctccgggtcgggcaggcggttacctgcggggtctggggcatgcgggatgcggatagccagattcgctgcggtggtgggaacgccggtcagcctgccggtggtgctgtagctgtaactccgggtctggcgcgggctgctgatgcggatgagttcgccgttgtcgttccaggtgtaatcgcggtcagacagcaggctgttcaggtgctggctctgtaactg > 2:141828‑M2/14‑24 (MQ=255) gcgnggggcnnnnggtgatccggccgcaggcggatggtggtgtccgggtgccgctgcgggtcgggcaggctgtgtcttggcgggtttgtggcagacgggatgcggatatccggattcgctgcggtggtgtgagcgccggtcagcctgccggtggtgctgtagctgtaactccgggtctggcgcgggctgctgatgcggatgagttcgccgttgtcgttccaggtgtaatcgcggtcagacagcaggctgttcaggtgctggctctgtaactgcc > 2:63010‑M2/14‑22 (MQ=255) ggTTATCCGgccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcggacaggcggttacctgccgggtctgtggtatacgggatgcggatatccagatt > 1:582954‑M2/1‑9 (MQ=255) ttATCCGgccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcaggcggttacctgccgggtctgtggcatacgggatgcggatatccagattcgctgcggtggtgtgaacgccggtcagcctgccggtggtgctgtagctgtaactccgggtctggcgcggg < 1:63558‑M2/171‑165 (MQ=255) tATCCGgccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcaggcggttacctgccgggtctgtggcatacgggat < 1:217830‑M2/85‑80 (MQ=255) aTCCGgccgcatgttggtggtggtgtcctggggcagctccgggtcgggcaggcggttacctgcggggtctgtggcatacggggtgcggatatccagattcgctgcggtggtgtgaacgccggtcagcctgccggtggtgctgtagctgtaactccgggtctggcgcgggctgctgatgcggatgagttcgccgttgtcgttccaggtgtaatcgcggtcagacagcaggctgttcaggtgctggctctgtaactgcccggcaggggtataagcg > 1:72954‑M2/1‑5 (MQ=255) tCCGgccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcaggcggttacctgccgggtctgtggcatacgggatgcggatatccagattcgctgcggtggtgt < 1:54429‑M2/112‑109 (MQ=255) tCCGgccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcaggcggttacctgccgggtctgtggcatac < 1:427566‑M2/78‑75 (MQ=255) ccGgccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcaggcggttacctgccgggtctgtggcatacgggatgcggatatccagattcgctgcggtggtgtgaacgccggtcagcctgccggtggtgctgtagctgtaactccgggtctggcgcgggctgc > 2:63557‑M2/1‑3 (MQ=255) cGgccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcaggcggttacctgccgggtctgtggcatacgggatgcgg > 2:217828‑M2/1‑2 (MQ=255) cGgccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcaggcggt < 1:440105‑M2/53‑52 (MQ=255) | CGAATCTGGATATCCGCATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGGCAGGCTGACAGAGAAAACCGACCTCATCCCGGAAGGGGTTATCCGCACGGATGATGAGCGGACTCACCGGTACCATTACGACAGTCAGCACCGGCTGGTGCACTACACGCGGACACAATATGAAGAGCCGCTGGTCGAAAGTCGCTATCTTTACGACCCGCTGGGCCGCAGGGTGGCAAAACGGGTGTGGCGGCGTGAACGGGACCTGACGGGCTGGATGTCGCTGTCACGGAAACCGCAAGTGACCTGGTACGGCTGGGACGGCGACCGGCTGACCACGATACAGAACGACAGGAGCCGCATCCAGACGATTT > CP009273/3615229‑3615693 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |