| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 2,885,943 | A→G | 9.7% | intergenic (+5/‑73) | queD → / → ygcN | 6‑pyruvoyl tetrahydrobiopterin synthase (PTPS)/putative oxidoreductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,885,943 | 0 | A | G | 9.7% | 128.9 / 2.8 | 46 | intergenic (+5/‑73) | queD/ygcN | 6‑pyruvoyl tetrahydrobiopterin synthase (PTPS)/putative oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (20/21); new base G (2/3); total (22/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.13e-01 | |||||||||||
ACTGGAAATTACCGGGGAAGTCGATCCGCATACGGGCTGGATTATCGATTTCGCTGAACTAAAAGCGGCGTTTAAACCAACCTACGAGCGCCTCGATCACCATTATCTCAATGATATTCCAGGTCTGGAAAACCCAACCAGCGAGGTTTTAGCAAAATGGATTTGGGATCAGGTTAAACCCGTTGTGCCGCTGTTAAGTGCGGTGATGGTAAAAGAAACCTGCACCGCAGGTTGTATCTATCGCGGCGAATGATAAGAGTGTGTCGGCGGTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTTGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATGGAAGACGACTGCGACATTATTATTATTGGTGCCGGTATTGCAGGCACCGCTTGCGCGTTACGCTGCGCGCGAGCGGGTTTATCCGTTTTGTTACTGGAACGCGCTGAAATCCCCGGCAGCAAAAATCTTTCCGGCGGGCGGTTATATACCCATGCACTCGCGGAACTCCTCCCGCAATTTCATCTGACCGCGC > CP009273/2885686‑2886211 | aCTGGAAATTACCGGGGAAGTCGATCCGCATACGGGCTGGATTATCGATTTCGCTGAACTAAAAGCGGCGTTTAAACCAACCTACGAGCGCCTCGATCACCATTATCTCAATGATATTCCAGGTCTGGAAAACCCAACCAGCGAGGTTTTAGCAAAATGGATTTGGGATCAGGTTAAACCCGTTGTGCCGCTGTTAAGTGCGGTGATGGTAAAAGAAACCTGCACCGCAGGTTGTATCTATCGCGGCGAATGATAAGAGTGTGTCGGCGGTCAAt < 1:210793/275‑1 (MQ=255)aCTGGAAATTACCGGGGAAGTCGATCCGCATACGGGCTGGATTATCGATTTCGCTGAACTAAAAGCGGCGTTTAAACCAACCTACGAGCGCCTCGATCACCATTATCTCAATGATATTCCAGGTCTGGAAAACCCAACCAGCGAGGTTTTAGCAAAATGGATTTGGGATCAGGTTAAACCCGTTGTGCCGCTGTTAAGTGCGGTGATGGTAAAAGAAACCTGCAACGCAGGTTGTAGCGATCGCGGCGAATGATAAGAGTGTGTCGGCGGtta > 2:373758/1‑271 (MQ=255) ggAAGTCGGTCCGCATACGGGCTGGATTATCGATTTCGCTGAACTAAAAGCGGCGTTTAAACCAACCTACGAGCGCCTCGATCACCATTATCTCAATGATATTCCAGGTCTGGAAAACCCAACCAGCGAGGTTTTAGCAAAATGGATTTGGGATCAGGTTAAACCCGTTGTGCCGCTGTTAAGTGCGGTGATGGTAAAAGAAACCTGCACCGCAGGTTGTATCTATCGCGGCGAATGATAAGAGTGTGTCGGCGGTCAATTTCCCTTAAGTAACg < 1:373761/275‑1 (MQ=255) aTACGGGCTGGATTATAGATTTCGCTGAACTAAAAGCGGCGTTTAAACCAACCTACGAGCGCCTCGATCACCATTATCTCAATGATATTCCAGGGCTGGAAAACCCAACCAGCGAGGTTTTAGCAAAATGGATTTGGGATCAGGTTAAACGCGTTGTGCCGCTGTTAAGGGCGGTGATGGTAAAAGAAACATGCACCGCAGGTTGTATCTATCGCGGCGAATGATAAGAGTGTGTCGGCGGTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGgtg < 1:160376/274‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aaTGATAAGAGTGTGTCGGCGGTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTTGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATGGAAGACGACTGCGACATTATTATTATTGGTGCCGGTATTGCAGGCa > 2:614718/1‑131 (MQ=255) gATATGGGTGTGTCGGCGGTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTTGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATGGAAGACGACTGCGACATTATTATTATTGGTGCCGGTATTGCAGGCACCGCTTGCGCGTTACGCTGCGCGCGAGCGGGTTTATCCGTTTTGTTACTGGAACGCGCTGAAATCCCCGGCAGCAAAAATCTTTCCGGCGGGCGGTTATATACCCATGCACTCGCGGAACTCCTCCCGCAATTTCATCTGACCgcgc < 1:53696/275‑1 (MQ=255) aTAAGAGTGTGTCGGCGGTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTTGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATGGAAGACGACTGCGACATTATTGTTATTGGTGCCGGTATTGCAGGCACCGc < 1:614724/131‑1 (MQ=255) | ACTGGAAATTACCGGGGAAGTCGATCCGCATACGGGCTGGATTATCGATTTCGCTGAACTAAAAGCGGCGTTTAAACCAACCTACGAGCGCCTCGATCACCATTATCTCAATGATATTCCAGGTCTGGAAAACCCAACCAGCGAGGTTTTAGCAAAATGGATTTGGGATCAGGTTAAACCCGTTGTGCCGCTGTTAAGTGCGGTGATGGTAAAAGAAACCTGCACCGCAGGTTGTATCTATCGCGGCGAATGATAAGAGTGTGTCGGCGGTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTTGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATGGAAGACGACTGCGACATTATTATTATTGGTGCCGGTATTGCAGGCACCGCTTGCGCGTTACGCTGCGCGCGAGCGGGTTTATCCGTTTTGTTACTGGAACGCGCTGAAATCCCCGGCAGCAAAAATCTTTCCGGCGGGCGGTTATATACCCATGCACTCGCGGAACTCCTCCCGCAATTTCATCTGACCGCGC > CP009273/2885686‑2886211 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |