Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 3,591,646 | C→T | 100% | G101G (GGC→GGT) | panM → | PanD autocleavage accelerator, panothenate synthesis |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,591,646 | 0 | C | T | 100.0% | 134.7 / NA | 44 | G101G (GGC→GGT) | panM | PanD autocleavage accelerator, panothenate synthesis |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (18/26); total (18/26) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
TTAGCGACCAAGACCGGATTGACCTGCAAAAGATCTGGCCGGAGTATTCCCCTTCCTCGTTACAGGTTGACGATAACCACCGTATCTACGCCGCGCGTTTTAACGAGCGCCTGCTCGCTGCCGTGCGGGTAACCTTAAGCGGCACCGAGGGAGCACTGGATTCCCTGCGCGTGCGGGAAGTCACCCGCCGTCGCGGTGTGGGGCAATATCTGCTGGAAGAGGTTTTGCGTAACAATCCTGGCGTTTCATGCTGGTGGATGGCGGATGCAGGCGTGGAAGATCGCGGTGTGATGACGGCGTTTATGCAGGCGCTGGGGTTTACGGCACAACAGGGCGGCTGGGAGAAGTGTTAATCGTCAAGTTTGATTTCAAAAGTGATATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAATGTGTGTTGCAATTTACTGATTTCTTTGGATCTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCATGAAGCAACGTACTCGATATTAGCAATTTGGCGGCAAC > CP009273/3591375‑3591894 | ttAGCGAACACGAGNGGATTGACGTGAAAAAGACCTGGCCGGTGTATTCCCCTTCCGCGTTACAGGTTGACGATAACCACCGTATCTACGCCGCGCGTATTGACGGGCGCCTGCTCGCTGCCGTGCGGGTAACATTAAGCGGCACCGAGGGAGCACTGGATTCCCTGCGCGTGCGGGAAGCCACCCGCCGTCGCGGTGTGGGGCAATATCTGCTGGAAGAGGTTTTGCGTAACAATCCTGGCGTTTCATGCTGGTGGATGGCGGATGCAGGtgtg < 2:608090/275‑1 (MQ=255) gCGACCAAGACCGGATTGACCTGCAAAAGATCTGGCCGGAGTATTCCCCTTCCTCGTTACAGGTTGACGATAACCACCGTATCTACGCCGCGCGTTTTAACGAGCGCCTGCTCGCTGCCGTTCGGGTAACCTTAAGCGGCACCGAGGGAGCACTGGATTCCCTGCGCGTGCGGGCAGTCACCCGCCGTCGCGGTGTGGGGCAATTACTGCTGGCAGAGGTTTTGCGTAACAATCCTGGAGTTTCATGGTGGTGGGTGGGGGGTGAGGGTGTggtg > 2:780741/1‑273 (MQ=255) tATTCCCCTTCCTCGTTACAGGGTGCCGATAACCACCGGAGCTACGCCGCGCGTTTTAACGAGCGCTTGCTCGCTGCCGAGCGGGTAACCTTAAGCGTCACCGAGGGAGCAGTGGATTCCCTGCGCGTGCGGGAAGTCACCCGCCGTCGCGGTGTGGGGCAATATCTGCTGGAAGAGGTTGTGCGTAACAATCCTGGCGTTTCATGCTGGTGGATGGCGGATGCAGGTGTGGAAGATCGCGGTGTGATGACGGCGTTTATGCAGGCGCTGGGGtt < 1:426037/275‑1 (MQ=255) gtttAACGAGCGCCGGGTCGGTGCCGTGCGGGTAACCTGAAGCGGCACCGAGGNGGCACTGGATTCCCTGCGCGTGCGGGAAGTCACCCGCCGTCGCGGTGTGGGGCAATATCTGCTGGAAGAGGTTTTGCGTAACAATCCTGGCGTTTCATGCTGGTGGATGGCGGATGCAGGTGTGGAAGATCGCGGTGTAATGACGGCGTTTATGCAGGCGCTGGGGTTTACGGCACAACAggg < 1:610214/236‑1 (MQ=255) cgCCGGGCGGGGAACCGGGAACGGCGCCGAGGGAGCACTGGGTTCCCTGCGCGTGCGGGAGGTGTCCCGCCGTCGCGGTGTGGGGCGATATGTGCTGGAAGAGGTTTTGCGTAACAATCCTGGCGGTTCATGCTGGGGGATGGCGGATGCAGGTGTGGAAGAGCGCGGTGTGATGACGGCGTTTAGGCAGGCGCTGGGGTTTACGGCACAACAGGGCGGCTGGGAGAAGTGTTAATCGTCAAGTTTGATTTCAAAAGTGATATTGCCTGATgcg < 2:742608/273‑1 (MQ=255) tcaCCTTAAGCGGCACCGAGGGAGCACTCGATTCCCTGCGCGTGCGGGAAGTCCCCCGACGTCGCGGTGTGGGGCAATATCTGCTGGAAGTGGTTTTGCGTAACAATCCTGGCGTTTCATGCTGGTGGATGGCGGATGCAGGTGTGGAAGATCGCGGTGTGATGACGGCGTTTATGCAGGCGCTGGGGTTTACGGCACAACAggg < 1:363695/203‑1 (MQ=255) tAACCTTAGGCGGCACCGAGGGGGCACTGGATTCCCTGCGCGTGCGGGAAGTCACCCGCCGTCGCGGTGTGGGGCAATAACTGCTGGAAGAGGTTTTGCGTAACAATCCTGGCGTTTCATGCTGGTGGATGGCGGATGCAGGTGTGGAAGATCGCGGTGTGATGACGGCGTTTATGCAGGCGCTGGGGTTTACGGCACAACAGGGCGGCTGGGAGAAGTGTTAATCGTCAAGTTTGATTTCAAAAGTGATATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCa < 1:780747/275‑1 (MQ=255) ttgcccTGCGGGTGCGGGCAGTCACCCGGCGTCGCGGTGTGGGGCAATATCTGCTGGAAGAGGTTTTGCGTAACAATCCTGGCGTTTCATGCTGGTGGATGGCGGATGCAGGTGTGGAAGATCGCGGTGTGATGACGGCGTTTATGCAGGCGCTGGGGTTTACGGCACAACAGGGCGGCTGGGAGAAGTGTTAATCGTCAAGTTTGATTTCAAAAGTGATATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAATGTGTGTTGCAATTTACTGAt < 1:353134/272‑1 (MQ=255) ttCCCTGCGCGTGCGGGAAGTCACCCGCCGTCGCGGTGTGGGGCAATATCTGCTGGAAGAGGTTTTGCGTAACAATCCTGGCGTTTCATGCTGGTGGATGGCGGATGCAGGTGTGGAAGATCGCGGTGTGATGACGGCGTTTATGCAGGCGCTGGGGTTTACgg < 1:94303/164‑1 (MQ=255) gcgcGTGCGGGAAGTCACCCGCCGTCGCGGTGTGGGGCAATATCTGCTGGAAGAGGTTTTGCGTAACAATCCTGGCGTTTCATGCTGGTGGATGGCGGATGCAGGTGTGGAAGa > 1:175709/1‑114 (MQ=255) gcgcGTGCGGGAAGTCACCCGCCGTCGCGGTGTGGGGCAATATCTGCTGGAAGAGGTTTTGCGTAACAATCCTGGCGTTTCATGCTGGTGGATGGCGGATGCAGGTGTGGAAGATCGCGGTGTGATGACGGCGTTTATGCAGGCGCTGGGGTTTACGGCACAACAGGGCGGCTGGGAGAAGTGTTAATCGTCAAGTTTGATTTCAAAAGTGATATTGCCTGATgcgc > 1:353821/1‑227 (MQ=255) gcgcGTGCGGGAAGTCACCCGCCGTCGCGGTGTGGGGCAATATCTGCTGGAAGAGGTTTTGCGTAACAATCCTGGCGTTTCATGCTGGTGGATGGCGGATGCAGGTGTGGAAGATCGCGGTGTGATGACGGCGTTTATGCAGGCGCTGGGGTTTACGGCACAACAGGGCGGCTGGGAGAAGTGTTAATCGTCAAGTTTGATTTCAAAAGTGATATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAATGTGTGTTGCAATTTACTGATTTCTTTg > 1:378819/1‑275 (MQ=255) gcgTGCGGGAAGTCACCCGCCGTCGCGGTGTGGGGCAATATCTGCTGGCAGAGGTTTTGCGTAACAATCCTGGCGTTTCATGCTGGTGGATGGCGGATGCAGGTGTGGAAGATCGCGGTGTGATGACGGCGTTTATGCAGGCGCTGGGGTTTACGGCACAACAGGGCGGCTGGGAGAAGTGTTAATCGTCAAGTTTGATTTCAAAAGTGATATTGCCTGATGCGCTACGc > 1:33500/1‑230 (MQ=255) gTGCGGGAAGTCACCCGCCGTCGCGGTGTGGGGCAATATCTGCTGGAAGAGGTTTTGCGTAACAATCCTGGCGTTTCATGCTGGTGGATGGCGGATGCAGGTGTGGAAGATcgc < 2:175708/114‑1 (MQ=255) gTGCGGGAAGTCACCCGCCGTCGCGGTGTGGGGCAATATCTGCTGGAAGAGGTTTTGCGTAACAATCCTGGCGTTTCATGCTGGTGGATGGCGGATGCAGGTGTGGAAGATCGCGGTGTGATGACGGCGTTTATGCAGGCGCTGGGGTTTACGGCACAACAGGGCGGCTGGGAGAAGTGTTAATCGTCAAGTTTGATTTCAAAAGTGATATTGCCTGATGCGCTACg < 2:353818/227‑1 (MQ=255) gCGGGAAGTCACCCGCCGTCGCGGTGTGGGGCAATATCTGCTGGAAGNGGTTTTGCGTAACAATCCTGGCGTTTCATGCTGGTGGATGGCGGATGCAGGTGTGGAAGATCGCGGTGTGATGACGGCGTTTATGCAGGCGCTGGGGTTTACGGCACAACAGGGCGGCTGGGAGAAGTGTTAATCGTCAAGTTTGATTTCAAACGTGATATTGCCTGATGCGCTACGCTTATc < 1:578475/231‑1 (MQ=255) tattCACTCGCCGTTGCTGTGTGGGGCATTTTTTTCTGGAAGAGGTTTTGCGTAACAATCCTGGCGTTTCATGCTGGTGGATGGCGGATGCNGGTGTGGAAGATCGCGGTGTGATGACGGCGTTTATGCAGGCGCTGGGGTTTACGGCACAACAGGGCGGCTGGGAGAAGTGTTAATCGTCAAGTTTGATTTCAAAAGTGATATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAATGTGTGTTGCAATTATCTGATTTGTTTGGATCTTGTAgg < 1:579962/272‑1 (MQ=255) tCGCGGTGTGGGGCAATATCTGCTGGAAGAGGTTTTGCGTAACAATCCTGGCGTTTCATGCTGGTGGATGGCGGATGCAGGTGTGGAAGATCGCGGTGTGATGACGGCGTTTATGCAGGCGCTGGGGttt > 1:43807/1‑130 (MQ=255) ccaggTGTGGGGAAATATGTGCTTGATTAGGTTTTGGGTTACAATCTTGGCGTTTTATGCTGGTGGATGGCTGATGCAGGTGTGTAAGATCGCGGTGTGATGACGGCTGTTATGCCTGCTCTGGGGGTTACGGCACAACAGGGCGGCTGGGAGAAGTGTTAATCGTTAAGTTTGATTTCAAAAGTGATATTGCCTGATGCGCTACGCGTATCAGGGCTACAATGTGTGGTGCTATTTACTGATCTCGTTGGATCTTGTAGGCCGGGTAAGGCGtt < 2:723520/272‑1 (MQ=255) ggTGTGGGGCAATATCTGCTGGAAGAGGTTTTGCGTAACAATCCTGGCGTTTCATGCTGGTGGATGGCGGATGCAGGTGTGGAAGATCGCGGTGTGATGACGGCGTTTATGCAGGCGCTGGGGTTTACgg < 2:43807/130‑1 (MQ=255) tgGGGCAATATCTGCTGGAAGAGGTTTTGCGTAACAATCCTGGCGTTTCATGCTGGTGGATGGCGGATGCAGGTGTGGAAg > 2:735079/1‑81 (MQ=255) gCAATATCTGCTGGAAGAGGTTTTGCGTAACAATCCTGGCGTTTCATGCTGGTGGATGGCGGATGCAGGTGTGGAAGATcg < 1:735085/81‑1 (MQ=255) atttCTGCTGGGAGTGGTTTTGCGTAACAATCCTGGCGTTTCATGCTGGTGGATGGCGGGGGCAGGTGTGGAAGATCGCGGTGTGATGACNGCGTTTATGCAGGCGCTGGCGTTTACGGCACAACAGGGCAGCTGCGAGAAGTGTTAATCGTCAAGTTTGATTTCAAAAGTGATATTGCCTGATGCGATACGCTTATCAGGCCTACAATGTGTGTTGCAATTTACTGATTTCTTTGGATCTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCg < 1:630220/271‑1 (MQ=255) tatCTGCTGGAAGAGGTTTTGCGTAACAATCCTGGCGTTTCATGCTGGTGGATGGCGGATGCAGGTGTGGAAGATCGCgg > 1:408250/1‑80 (MQ=255) tatCTGCTGGAAGAGGTTTTGCGTAACAATCCTGGCGTTTCATGCTGGTGGATGGCGGATGCAGGTGTGGAAGATCGCGGTGTGATGACGGCGTTTATGCAGGCGCTGGGGTTTACGGCACAACAGGGCGGCTGGGAGAAGTGTTAATCGTCAAGTTTGATTTCAAAAGTGATATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAATGTGTGTTGCAATTTACTGATTTCTTTGGATCTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATcctgt > 1:723526/1‑272 (MQ=255) ttggtgggAAGAGGTTTTGGGTAACAATCCTGGCGTTTCTGGCTGGTGGATGGCGGATGCAGGTGTGGAAGATCGCGGTGTGATGACGGCGTTTATGCAGGCGCTGGGGTTTACGGCACAACAGGGCGGCTGGGAGAAGTGTTAATCGTCAAGTTTGATTTCAAAAGTGATATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAATGTGTGTTGCAATTTACTGATTTCTTTGGATCTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGc < 2:378816/267‑1 (MQ=255) tgctgGAAGAGGTTTTGCGTAACAATCCTGGCGTTTCATGCTGGTGGATGGCGGATGCAGGtgtg < 1:597926/65‑1 (MQ=255) tgctgGAAGAGGTTTTGCGTAACAATCCTGGCGTTTCATGCTGGTGGATGGCGGATGCAGGTGTGGAAGATCGCGGtgtg < 2:408247/80‑1 (MQ=255) tgctgGAAGAGGTTTTGCGTAACAATCCTGGCGTTTCATGCTGGTGGATGGCGGATGCAGGTGTGGAAGATCGCGGTGtga > 1:158283/1‑81 (MQ=255) ctgGAAGAGGTTTTGCGTAACAATCCTGGCGTTTCTGGCTCTTGGATGGTGGATGCAGGTGTGGa < 1:569768/65‑1 (MQ=255) ggAAGAGGTTTTGCGTAACAATCCTGGCGTTTCATGCTGGTGGATGGCGGATGCAGGTGTGGAAGATCGCGGTGTGATGAc < 2:158282/81‑1 (MQ=255) aaGAGGTTTTGCGTAACAATCCTGGCGTTTCATGCTGGTGGATGGCGGATGCAGGTGTGGa > 2:555836/1‑61 (MQ=255) ggTTTTGCGTAACAATCCTGGCGTTTCATGCTGGTGGATGGCGGATGCAGGTGTGGAAGAt < 1:555839/61‑1 (MQ=255) ggTTTTGCGTAACAATCCTGGCGTTTCATGCTGGTGGATGGCGGATGCAGGTGTGGAAGATCGCGGTGtga > 2:287760/1‑71 (MQ=255) ggTATTGCGTAACAATCCTGGCGTTTCATGCTGGTGGATGGCGGATGCAGGTGTGGAAGATCGCGGTGTGACGACGGCGTTTATAAAGGCTCTGGGGTTCAAGGCACAACAGGGCGGCTGGGAGAAGTGTTCATCGTCAAGTTTGATTACAAAAGTGATATTGCCTGATGCGCTAAGCTTATCAGGcc > 2:423869/1‑188 (MQ=255) ttGCGTAACACTCCTGGCGTTTCATGCTGGTGGATGGCGGATGCAGGTGTGGAAGAGCGCGGTGTGATGACGGCGTTTATGCAGGCGCTGGGGTTTACGGCACAACAGGGCGGCTGGGAGAAGTGTTAATCGTCAATTTTGATTTCAAAAGTGATATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACa < 1:423872/188‑1 (MQ=255) ttGCGTAACAATCCTGGCGTTTCATGCTGGTGGATGGCGTATGCAGGTGTGGAAGATCGCGGTGTGATGAc < 1:287763/71‑1 (MQ=255) tCCTGGCGTTTCATGCTGGTGGATGGCGGATGCAGGTGTGGAAGATCGCGGTGTGATGACGGCGTTTATGCAGGCGCTgg > 1:238964/1‑80 (MQ=255) cTGGCGTTTCATGCTGGTGGATGGCGGATGCAGGTGTGGAAGATCGCGGTGTGATGACGGCGTTTATGCAGGCGCTGGGGTTTACGGCACAACAGGGCGGCTg > 2:165613/1‑103 (MQ=255) ggCGTTTCATGCTGGTGGATGGCGGATGCAGGTGTGGAAGATCGCGGTGTGATGACGGCGTTTATGCAGGCGCTGGGGtt < 2:238961/80‑1 (MQ=255) cGTTTCATGCTGGTGGATGGCGGATGCAGGTGTGGAAGATCGCGGTGTGATGACGGCGTTTATGCAGGCGCTGGGGTTTACGGCACAACAGGGCGGCTGGgag < 1:165614/103‑1 (MQ=255) tCATGCTGGTGGATGGCGGATGCAGGTGTGGAAGATCGCGGTGtga > 1:88741/1‑46 (MQ=255) tCATGCTGGTGGATGGCGGATGCAGGTGTGGAAGATCGCGGTGTGATGACGGCGTTTATGCAGGCGCTGGGGTTTACGGCACAACAGGGCGGCTGGGAGAAGTGTTAATCGTCAAGTTTGATTTCAAAAGTGATATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAATGTGTGTTGCAATTTCCTGATTTCTTTGGATCTTGTAGTCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCATGAAGCAACGTACCCGATATTAGCAATATTGCGGCAAc > 2:51017/1‑275 (MQ=255) gCTGGTGGATGGCGGATGCAGGTGTGGAAGATCGCGGTGTGATGAc < 2:88741/46‑1 (MQ=255) ggATGGCGGATGCAGGTGTGGAAGATCGCGGTGTGATGACGGCGTTTATGCAGGCGCTGGGGTTTACGGCACAACAGGGCGGCTGGGAGAAGTGTTAATCGTCAAGTTTGATTTCAAAAGTGATATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAATGTGTGTTGCAATTTACTGATTTCt > 1:773045/1‑183 (MQ=255) ggCGGATGCAGGTGTGGAAGATCGCGGTGTGATGACGGCGTTTATGCAGGCGCTGGGGTTTACGGCACAACAGGGCGGCTGGGAGAAGTGTTAATCGTCAAGTTTGATTTCAAAAGTGATATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAATGTGTGTTGCAATTTACTGATTTCTTTgg < 2:773039/183‑1 (MQ=255) | TTAGCGACCAAGACCGGATTGACCTGCAAAAGATCTGGCCGGAGTATTCCCCTTCCTCGTTACAGGTTGACGATAACCACCGTATCTACGCCGCGCGTTTTAACGAGCGCCTGCTCGCTGCCGTGCGGGTAACCTTAAGCGGCACCGAGGGAGCACTGGATTCCCTGCGCGTGCGGGAAGTCACCCGCCGTCGCGGTGTGGGGCAATATCTGCTGGAAGAGGTTTTGCGTAACAATCCTGGCGTTTCATGCTGGTGGATGGCGGATGCAGGCGTGGAAGATCGCGGTGTGATGACGGCGTTTATGCAGGCGCTGGGGTTTACGGCACAACAGGGCGGCTGGGAGAAGTGTTAATCGTCAAGTTTGATTTCAAAAGTGATATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAATGTGTGTTGCAATTTACTGATTTCTTTGGATCTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCATGAAGCAACGTACTCGATATTAGCAATTTGGCGGCAAC > CP009273/3591375‑3591894 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |