Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 3,904,085 | G→T | 7.6% | T267T (ACC→ACA) | pstS ← | periplasmic phosphate binding protein, high‑affinity |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,904,085 | 0 | G | T | 7.6% | 206.2 / 2.2 | 65 | T267T (ACC→ACA) | pstS | periplasmic phosphate binding protein, high‑affinity |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (33/26); new base T (2/3); total (35/30) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.51e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.09e-01 |
TACCCGGCCTGGAGTTTTATTAGTACAGCGGCTTACCGCTACTGTCTTTAATATTGGTCTTCCACGCAGCGCGAACCTGTTCAACTACACTATCCGGCAGGCTGGCGTAATCCAGGTCGTTCGCCTGTTTAGCCCCGGTTTTGTACGCCCAGTCGAAGAATTTCAGCACTTCTGTGCCTTGTTCTGGTTTCTTCTGATCTTTGTGGATCAGAATGAACGTGGTAGAGGTAATAGGCCATGCATCTTCGCCTTTCTGGTTGGTCAGATCCTGAGCGAAGGTTTTGCTCCAGTCTGCACCTTTTGCTGCATTAGCGAAGTTTTCTTCGGTCGGACTAACCGGTTTACCATCAGCGGAGATCAGTTTGGTGTACGCCAGGTTGTTCTGCTTCGCGTAAGCATATTCAACATAACCAATTGCACCCGGCAGACGCTGAACGAACGCGGCGATACCGTCGTTACCTTTACCGCCCAGACCGATCGGCCATTTTACGGTAGAGCCAGTACCAACGTTGTTTTTCCACTCTTCGTTCAC > CP009273/3903826‑3904357 | tACCCGGCCTGGAGTTTTATTAGTACAGCGGCTTACCGCTACTGTCTTTAATATTGGTCTTCCACGCAGCGCGAACCTGTTCAACTACACTATCCGGCAGGCTGGCGTAATCCAGGTCGTTCGCCTGTTTAGCCCCGGTTTTGTACGCCCAGTCGAAGAATTTCAGCACTTCTGTGCCTTGTTCTGGTTTCTTCTGATCTTTGTGGATCAGAATGAACGTGGTAGAGGTAATAGGCCATGCATCTTCGCCTTTCTGGTTGGTCAGATCCTGAGCg > 1:279906/1‑275 (MQ=255) tGGTCTTCCACGCAGCGCGAACCTGTTCAACTACACTATCCGGCAGGCTGGCGTAATCCAGGTCGTTCGCCTGTTTAGCCCCGGTTTTGTACGCCCAGTCGACGAATTTCAGCACTTCTGTGCCTTGTTCTGGTTTCTTCTGATCTTTGTGGATCAGAATGAACGTGGTAGAGGTAATAGGCCATGCATCTTCGCTTTTCTGGTTGGTCAGATCCTGAGCGAAGGTTTTGCTCCAGTCTGCCCCTTTTGCTGCCTTAGCGAAGTTTTCTtctgtc > 2:295288/1‑275 (MQ=255) ccACGCAGCGCGAACCTGTTCAACTACACTATCCGGCAGGCTGGCGTAATCCAGGTCGTTCGCCTGTTTAGCCCCGGTTTTGTACGCCCAGTCGAAGAATTTCAGCACTTCTGTGCCTTGTTCTGGTTTCTTCTGATCTTTGTGGATCAGAATGAACGTGGTAGAGGTAATAGGCCATGCATCTTCGCCTTTCTGGTTGGTCAGATCCTGAGCGAAGGTTTTGCTCCAGTCTGCACCTTTTGCTGCATTAGCGAAGTTTTCTTCGGTCGGACTaa < 1:295291/275‑1 (MQ=255) ttCAACTACACTATACGGCCGACTGGCGAAATACATGACGTTTGCCTGTTTAGCCCCGATTTTGTCCGCGCGGCCTCAGCTTTTCAGCGCTCCTGTTCGTTGTCCTCGTTTCTTCTGATCTCTGTGGATCATCATAATCTTGCTACAGGTAATAGGCTATACATCTTCGCCTTTCTGGTTGCTCATATCCTGAGCGTAGGTTTTGCTCCAGTCTGCACCTGTTGCTGCATGAGCGCCGTTTGGTTATGTCGGGCTAACTTTTTTACCAACatttt > 2:407639/1‑271 (MQ=255) cTATCCGGCAGGCTGGCGTAATCCAGGTCGTTCGCCTGTTTAGCCCCGGTTTTGTACGCCCAGTCGAAGAATTTCAGCACTTCTGTGCCTTGTTCTGGTTTCTTCTGATCTTTGTGGATCAGAATGAACGTGGTAGAGGTAATAGGCCATGCATCTTCGCCTTTCTGGTTGGTCAGATCCTGAGCGAAGGTTTTGCTCCAGTCTGCACCTTTTGCTGCATTAGCTAAGTGTTCGTCTGGCGGACTAACCGGTTTTCTATCAGCGTGGATCAGtgt > 2:347738/1‑273 (MQ=255) cTATCCGGCAGGCTGGCGTAATCCAGGTCGTTCGCCTGTTTAGCCCCGGTTTTGTACGCCCAGTCGAAGAATTTCAGCACTTCTGTGCCTTGTTCTGGTTTCTTCTGATCTTTGTGGATCAGAATGAACGTGGTAGAGGTAATAGGCCATGCATCTTCGCCTTTCTGGTTGGTCAGATCCTGAGCGAAGGTTTTGCTCCAGTCTGCACCTTTTGCTGCATTAGCGAAGTTTTCTTCGGTCGGACTAACCGGTTTACCATCAGCGGAGATCAGttt > 1:355855/1‑275 (MQ=255) cGGCAGGTGGTCGTAATCCAGGTTTGTCGCCTGTGTAGCCCCGGTTTTGTAAGGCCAGTCTAAGTATTTCAGCACTTCTGTGCCTTGTTCTGGTTTCTTCTGAGCTTTGTGGATCAGAATGAACGTGGTAGAGGTAATAGGCCATGCATCTTCGCCTTTCTGGTTGGTCAGATCCTGAGCGAAGGTTTTGCTCCAGTCTGCACCTTTTGCTGCATTAGCGAAGTTTTCTTCGGTCGGACTAACCGGTTTACCATCAGCGGAGATCAGTTTGgtgt < 2:279903/275‑1 (MQ=255) caagCTGGCGTAATCCAGGTCGTTCGCCTGTTTAGCCCCGGTTTTGTACGCCCCGTCGAAGAATTTCAGCACTTCTGTGCCTGCTTCTGGTTTCTTCTGATCTTTGAGGACCAGAATGAACGTGGTAGAGGTAATAGCCCATGCATCTTCGCCTTCCTTGTTGGTCAGATCCTGAGCGAAGGTTTTGCTCCAGTCTGCACCTTTTGCTGCATCAGCGAAGTTGTCTTCGGTCGGAGTAAGAGGTTTCACATCAGCGGAGATCAGCTTGGTGTACg > 2:752305/4‑275 (MQ=255) gCTGGCGTAATCCAGGTCGTTCGCCTGTTTAGCCCCGGTTTTGTACGCCCAGTCGAAGAATTTCAGCACTTCTGTGCCTTGTTCTGGTTTCTTCTGATCTTTGTGGATCAGAATGAACGTGGTAGAGGTAATAGGCCATGCATCTTCGCCTTCCTGGTTGGTCAGATCCTGAGCGAAGGTTTTGCTCCAGTCTGCACCTTTTGCTGCATTAGCGAAGTTTTCTTCGGTCGGACTAACCGGTTTACCATCAGCGGAGATCAGTTTGGTGTACGCCa > 1:722200/1‑275 (MQ=255) tGGCGTAATCCAGGTCGTTCGCCTGTTTCGTCCCGGTTTTGTTCGCCCAGTCGAAGTATTTCAGCACTTCTGTGCCTTGTTCTGGTTTCTTCTGATCTTTGTGGATCAGAATGAACGTGGTAGAGGTAATAGGCCATGCATCTTCGCCTTTCTGGTTGGTCAGATCCTGAGCGAAGGTTTTGCTCCAGTCTGCACCTTTTGCTGCATTAGCGAAGTTTTCTTCGGTCGGACTAACCGGTTTACCATCAGCGGAGATCAGTTTGGTGTACGCCAgg < 2:355852/275‑1 (MQ=255) tGGCGTAATCCAGGTCGTTCGCCTGTTTAGCCCCGGTTTTGTACGCCCAGTCGAAGAATTTCAGCACTTCTGTGCCTTGTTCTGGTTTCTTCTGATCTTTGTGGATCAGAATGAACGTGGTAGAGGTAATAGGCCATGCATCTTCGCCTTTCTGGTTGGTCa > 2:156868/1‑162 (MQ=255) gTAATCCAGGTCGTTCGCCTGTTTAGCCCCGGTTTTGTACGCCCAGTCGAAGAATTTCAGCACTTCTGTGCCTTGTTCTGGTTTCTTCTGATCTTTGTGGATCAGAATGAACGTGGTAGAGGTAATAGGCCATGCATCTTCGCCTTTCTGGTTGGTCAGATc < 1:156869/162‑1 (MQ=255) ttCGCCGGTTTAGCTGCGGTTTTGTACGGCCAGTCGAAGCATTTAAGCACTTCTGTGCCTTGTTCTGGTTTCTTCTGATCTTTGTGGATCAGAATGAACGTGGTAGAGGTAAGAGGCCATGCATCTTCGCCTTTCTGGTTGGTCAGATCCTGAGCGAAGGTTTTCCTCCAGTCTGCACCTTTTNCTGCATTAGCGAAGTTTTCTTCGGTCGGACTAACCGGTTTACCATCAGCGGAGATCAGTTTGGTGTACGCCAGGTTGTTCTGCTTCGCGTa > 1:620595/1‑275 (MQ=255) gCCTGTTTAGCCCCGGTTTTGTACGCCCAGTCGAAGAATTTCAGCACTTCTGTGCCTTGTTCTGGTTTCTTCTGATCTTTGTGGATCAGAATGAACGTGGTAGAGGTAATAGGCCANGCATCTTCGCTCTTCTGGTTGGTCAGATCCTGAGCGAAGGTTTTGCTCCAGTCTGCACCTTTTGCTGCATTAGCGAAGTTTTCTTCGGTCGGACTAACCGGTTTACCATCAGCGGAGATCAGTTTGGTGTACGCCAGGTTGTTCTGCTTCGCGTAAGc < 1:752311/275‑1 (MQ=255) gTTTTGTACGCCCAGTCGAAGAATTTCAGCACTTCTGTGCCTTGTTCTGGTTTCTTCTGATCTTTGTGGATCAGAATGAACGTGGTAGAGGTAATAGGCCATGCATCTTCGCCTTTCTGGTTGGTCAGATCCTGAGCGAAGGttt > 1:398911/1‑145 (MQ=255) tGTACGCCCAGTCGAAGAATTTCAGCACTTCTGTGCCTTGTTCTGGTTTCTTCTGATCTTTGTGGATCAGAATGAACGTGGTAGAGGTAATAGGCCATGCATCTTCGCCTTTCTGGTTGGTCAGATCCTGAGCGAAGGTTTTGCt < 2:398908/145‑1 (MQ=255) ttCTGGTTTCTTCTGATCTTTGTGGATCAGAATGAACGTGGTAGAGGTAATAGGCCATGCATCTTCGCCTTTCTGGTTGGTCAGATCCTGAGCGAAGGTTTTGCTCCAGTCTGCACCTTTTGCTGCATTAGCGAAGTTTTCTTCGGTCGGACTAACCGGTTTACCATCAGCGGAGATCAGTTTGGTGTACGCCAGGTTGTTCTGCTTcgc > 1:46366/1‑210 (MQ=255) cTGGTTTCTTCTGATCTTTGTGGATCAGAATGAACGTGGTAGAGTTAATAGGCCATGCATCTTCGCCTTTCtggttggt < 2:363208/79‑1 (MQ=255) ggTTTCTTCTGATCTTTGTGGATCAGAATGAACGTGGTAGAGGTAATAGGCCATGCATCTTCGCCTTTCTGGTTGGTCAGATCCTGAGCGAAGGTTTTGCTCCAGTCTGCACCTTTTGCTGCATTAGCGAAGTTTTCTTCGGTCGGACTAACCGGTTTACCATCAGCGGAGATCAGTTTGGTGTACGCCAGGTTGTTCTGCTTCGCGTaa < 2:46366/210‑1 (MQ=255) ttctGATCTTTTTGTATCAGAATGAACGTGGTAGAGGTCATCGGCCATGCATCTTCGCCTTTCTGGTTTGTc > 2:715522/1‑72 (MQ=255) ttctGATCTTTGTGGATCAGAATGAACGTGGTAGAGGTAATAGGCCATGCATCTTCGCCTTTCTGGTTGGTCAGATCCTGAGCGAAGGTTTTGCTCCAGTCTGCACCTTTTGCTGCATTAGCGAAGTTTTCTTCGGTCGGACTAACCGGTTTACCATCAGCGGAGATCGGTTTGGTGTACGCCAGGTTGTTCTGCTTCGCGTAAGCATATTCAACATAACAAATGTAATCCGGAAGACGCTGAAGGAACCGGGCGATACCTTCCTTCCCtttc > 2:591959/1‑272 (MQ=255) ttctGATCTTTGTGGATCAGAATGAACGTGGTAGAGGTAATAGGCCATGCATCTTCGCCTTTCTGGTTGGTCAGATCCTGAGCGAAGGTTTTGCTCCAGTCTGCACCTTTTGCTGCATTAGCGAAGTTTTCTTCGGTCGGACTAACCGGTTTACCATCAGCGGAGATCAGtt > 1:356362/1‑172 (MQ=255) gATCTTTGTGGATCAGAATGAACGTGTTAGAGGTAATAGGCCATGCATCTTCGCCTTTCTGGTTTGTCAGAt < 1:715528/72‑1 (MQ=255) gATCTTTGTGGATCAGAATGAACGTGGTAGAGGTAATAGGCCATGCATCTTCGCCTTTCtggttggt < 2:804566/67‑1 (MQ=255) gATCTTTGTGGATCAGAATGAACGTGGTAGAGGTAATAGGCCATGCATCTTCGCCTTTCTGGTTGGTCAGATCCTGAGCGAAGGTTTTGCTCCAGTCTGCACCTTTTGCTGCATTAGCGAAGTTTTCTTCGGTCGGACTAACCGGTTTACCATCAGCGGAGATCAGTTTGgt < 2:356359/172‑1 (MQ=255) tgATCAGAATGAACGTGGTAGAGGTAATAGGCCATGCATCTTCGCCTTTCTGGTTGGTCAGATCCTGAGCGAAGGTTTTGCTCCAGTCTGCACCTTTTGCTGCATTAGCGAAGTTTTCTTCGGTCGGACTAACCGGTTTACCATCAGCGGAGATCAGTTTGGTGTACGCCAGGTTGTTCTGCTTCGCGTAAGCATATTCAACATAACCAATTGCACCCGGCAGACGCTGAACGAACGCGGCGATACCGTCGTTACCTTTACCGCCCAGACCGATc < 1:347741/274‑1 (MQ=255) tCAGAATGAACTTGGTAGAGGTAATAGGCCATGCATCTTCGCCTTTCTGGTTTGTCAGATCCTGAGCGAAGGTTTTGCTCCAGTCTGCATCTTTTGCTGCATTAGCGAAGTTTTCTTCGGTCGGACTAACCGGTTGACCATCAGCGTAGATCAGTTTGGTGTACGCCAGGTTGTTCTGCTTCGCGTAAGCATATTCACCATAACCATTTGCACCCGGCAGACGCTGAACGAACGCGGCGATACCGTCGTTACCTTTACCGCCCAGTCCGATCGGc < 1:407642/275‑1 (MQ=255) aaTGAACGTGGTAGAGGTAATAGGCCATGCATCTTCGCCTTTCTGGTTGGTCAGATCCTGAGCGAAGGTTTTGCTCCAGTCTGCACCTTTTGCTGCATTAGCGAAGTTTTCTTCGGTCGGACTAACCGGTTTACCATCAGCGGAGATCAGTTTGGTGTACGCCAGgt > 1:389406/1‑167 (MQ=255) aaCGTGGTAGAGGTAATATGCCATGCATCTTCGCCTTTCTGGTTGGTCAGATCCTGAGCGAAGGTTTTGCTCCAGTCTGCACCTTTTGCTGCATTAGCGAAGTTTTCTTCGGTCGGACTAACCGGTTTACCATCAGCGGAGATCAGTTTGGTGTACGCCAGgttgtt < 2:389403/167‑1 (MQ=255) gTAGAGGTAATAGGCCGTGCATCTTCGCCTTTCTGGTTGGTCAGATCCTGAGCGAAGGTTTTGCTCCAGTCTGCACCTTTTGCTGCATTAGCGAAGTTTTCTTCGGTCGGACTAACCGGTTTACCATCAGCGGAGATCAGTTTGGTGTACGCCAGGTTGTTCTGCTTCGCGTAAGCATATTCANCATAACCAATTGCACCCGGCAGACGCTGAACGAACGCGGCGATACCGTCGTTACCTTTACCGCCCAGACCGATCGGCCa > 1:617547/1‑263 (MQ=255) gTAGAGGTAATAGGCCATGCATCTTCGCCTTTCTGGTTTGTCAGATCCTGAGCGAAGGTTTTGCTCCa > 1:253364/1‑68 (MQ=255) gTAGAGGTAATAGGCCATGCATCTTCGCCTTTCTGGTTGGTCAGATCCTGAGCGAAGGttt > 2:745993/1‑61 (MQ=255) gTAGAGGTAATAGGCCATGCATCTTCGCCTTTCTGGTTGGTCAGATCCTGAGCGAAGGTTTTGCTCCAGTCTGCACCTTTTGCTGCATTAGCGAAGTTTTCTTCGGTCGGACTAACCGGTTTACCATCAGCgg > 1:630251/1‑133 (MQ=255) gTAGAGGTAATAGGCCATGCATCTTCGCCTTTCTGGTTGGTCAGATCCTGAGCGAAGGTTTTGCTCCAGTCTGCACCTTTTGCTGCATTAGCGAAGTTTTCTTCGGTCGGACTAACCGGTTTACCATCAGCGGAGATCAGtt > 2:322744/1‑142 (MQ=255) gTAGAGGTAATAGGCCATGCATCTTCGCCTTTCTGGTTGGTCAGATCCTGAGCGAAGGTTTTGCTCCAGTCTGCACCTTTTGCTGCATTAGCGAAGTTTTCTTCGGTCGGACTAACCGGTTTACCATCAGCGGAGATCAGTTTGGTGTACGCCAGGTTGTTc > 1:304473/1‑162 (MQ=255) gTAGAGGTAATAGGCCATGCATCTTCGCCTTTCTGATTGGTCAAATCCTGAGCGAAGGttt > 1:755113/1‑61 (MQ=255) gTAGAGGTAAGAGGCCATGCATCTTCGCCTTTCTGGTTGGTCAGATCCTGAGCGAAGGTTTTGCTCCAGTCTGCACCTTTTGCTGCATTAGCGAAGTTTTCTTCGGTCGGACTAACCGGTTTACCATCAGCgg > 1:800959/1‑133 (MQ=255) agGTAATAGTGTATGCATCCTCGCATTTCTGGTTGGACAGATCCTAGGCGAAGGTTTGGCGCCAGTCTGCACCGTTTGCTGCATTCGCGACGTTTTCTTCGGTCGGACTAACCGGTTTCCCATCAGCGGGGAt < 2:630245/133‑1 (MQ=255) agGTAATAGGCCATGCATCTTCGCCTTTCTGGTTTGTCAGATCCTGAGCGAAGGTTTTGCTCCAGTCt < 2:253361/68‑1 (MQ=255) agGTAATAGGCCATGCATCTTCGCCTTTCTGGTTGGTCAGATCCTGAGCGAAGGTTTTGCt < 1:745999/61‑1 (MQ=255) agGTAATAGGCCATGCATCTTCGCCTTTCTGGTTGGTCAGATCCTGAGCGAAGGTTTTGCTCCAGTCTGCACCTTTTGCTGCATTAGCGAAGTTTTCTTCGGTCGGACTACCCGGTTTACCAGCAGCGGAGATCAGTTTGGTGTACGCCAGGTTGTTCTGCTTCGCGTAAGCATATTCATCATAACCAATTGCACCCGGCAGACGCTGAACGAACgcgg < 1:205616/219‑1 (MQ=255) agGTAATAGGCCATGCATCTTCGCCTTTCTGGTTGGTCAGATCCTGAGCGAAGGTTTTGCTCCAGTCTGCACCTTTTGCTGCATTAGCGAAGTTTTCTTCGGTCGGACTAACCGGTTTACCATCAGCGGAGAt < 2:800953/133‑1 (MQ=255) agGTAATAGGCCATGCATCTTCGCCTTTCTGGTTGGTCAGATCCTGAGCGAAGGTTTTGCTCCAGTCTGCACCTTTTGCTGCATTAGCGAAGTTTTCTTCGGTCGGACTAACCGGTTTACCATCAGCGGAGATCAGTTTGgt < 1:322747/142‑1 (MQ=255) agGTAATAGGCCATGCATCTTCGCCTTTCTGGTTGGTCAGATCCTGAGCGAAGGTTTTGCTCCAGTCTGCACCTTTTGCTGCATTAGCGAAGTTTTCTTCGGTCGGACTAACCGGTTTACCATCAGCGGAGATCAGTTTGGTGTACGCCAGGTTGTTCTGCt < 2:304470/162‑1 (MQ=255) aTAGGCCATGCATCTTCGCCTTTCTGGTTGGTCAGATCCTGAGCGAAGGTTTTGCTCCAGTCTGCACCTTTTGCTGCATTAGCGAAGTTTTCTTCGGTCGGACTAACCGGTTTACCATCAGCGGAGATCAGTTTGGTGTACGc > 1:625155/1‑143 (MQ=255) aTAGGCCATGCATCTTCGCCTTTCTGGTTGGTCAGATCCTGAGCGAAGGTTTTGCTCCAGTCTGCACCTTTTGCTGCATTAGCGAAGTTTTCTTCGGTCGGACTAACCGGTTTACCATCAGCGGAGATCAGTTTGGTGTACGCCAGGTTGTTc > 2:157818/1‑153 (MQ=255) aTAGACCATGCATCTTCGCCTTTCTGGTTGGTCAGATCCTGAGCGAAGGTTTTGCTCCAGTCTGCACCTTTTGCTGCATTAGCGAAGTTTTCTTCGGTCGGACTAACCGGTTTACCATCAGCGGAGATCAGtt > 1:807519/1‑133 (MQ=255) tAGGCCATGCATCTTCGCCTTTCTGGTTGGTCAGATCCTGAGCg > 2:237164/1‑44 (MQ=255) aGGCCATGCATCTTCGCCTTTCTGGTTGGTCAGATCCTGAGCGAAGGttt > 1:210550/1‑50 (MQ=255) aGGCCATGCATCTTCGCCTTTCTGGTTGGTCAGATCCTGAGCGAAGGTTTTGCTCCAGTCTGCACCTTTTGCTGCATTAGCGAAGTTTTCTTCGGTCGGACTAACCGGTTTACCATCAGCGGAGATCAGTTTGGTGTACGCCAGGTTGTTCTGCTTCGCGTAAg > 1:808992/1‑164 (MQ=255) gCCATGCATCTTCGCCTTTCTGGTTGGTCAGATCCTGAGCGAAGGTTTTGCTCCAGTCTGCACCTTTTGCTGCATTAGCGAAGTTTTCTTCGGTCGGACTAACCGGTTTACCATCAGCGGAGATCAGTTTGgt < 2:807512/133‑1 (MQ=255) gCCATGCATCTTCGCCTTTCTGGTTGGTCAGATCCTGAGCGAAGGTTTTGCTCCAGTCTGCACCTTTTGCTGCATTAGCGAAGTTTTCTTCGGTCGGACTAACCGGTTTACCATCAGCGGAGATCAGTTTGGTGTACGCCAgg < 2:625149/143‑1 (MQ=255) gCCATGCATCTTCGCCTTTCTGGTTGGTCAGATCCTGAGCGAAGGTTTTGCTCCAGTCTGCACCTTTTGCTGCATTAGCGAAGTTTTCTTCGGTCGGACTAACCGGTTTACCATCAGCGGAGATCAGTTTGGTGTACGCCAGGTTGTTCTGCt < 1:157819/153‑1 (MQ=255) ccATGCATCTTCGCCTTTCTGGTTGGTCAGATCCTGAGCGAAgg < 1:237167/44‑1 (MQ=255) ccATGCATCTTCGCCTTTCTGGTTGGTCAGATCCTGAGCGAAGGTTTTGCTCCAGTCTGCACCTTTTGCTGCATTAGCGAAGTTTTCTTCGGTCGGACTAACCGGTTTACCATCAg > 1:262126/1‑116 (MQ=255) cATGCATCTTCGCCTTTCTGGTTGGTCAGATCCTGAGCGAAGGTTTTGCt < 2:210547/50‑1 (MQ=255) cATGCATCTTCGCCTTTCTGGTTGGTCAGATCCTGAGCGAAGGTTTTGCTCCAGTCTGCACCTTTTGCTGCATTAGCGAAGTTTTCTTCGGTCGGACTAACCGGTTTACCATCAGCGGAGATCAGTTTGGTGTACGCCAGGTTGTTCTGCTTCGCGTAAGCata < 2:808985/164‑1 (MQ=255) aTGCATCTTCGCCTTTCTGGTTGGTCAGATCCTGAGCGAAGGTTTTGCTCCAGTCTGCACCTTTTGCTGCATTAGCGAAGTTTTCTTCGGTCGGACTAACCGGTTTACCATCCGCGGAGATCAGTTTGGTGTACGCCAGGTTGTTCTGCTTCGCGTAAGCATATTCAACATAACCACTTGCACCCGGAAGACGCTGAACGAACGCGGCGATACCGTAGTTACCTTTACCGACCAGACCGATCGGCCACTTGACGGTAGAAccgcccccacgggtt > 2:717530/1‑262 (MQ=255) tGCATCTTCGCCTTTCTGGTTGGTCAGATCCTGAGCGAAGGTTTTGCTCCAGTCTGCACCTTTTGCTGCATTCGCGAAGTTTTCTTCGGTCGGAc > 1:530828/1‑95 (MQ=255) tGCATCTTCGCCTTTCTGGTTGGTCAGATCCTGAGCGAAGGTTTTGCTCCAGTCTACACCTTTTGCTGCCTTAGCGAAGTTTTCTTCGGTCGGACTAACCGGTTTACCATCAGCGGCGATCAGTTTGGTGCACGCCAGGTTGTTCTGCTTCGCGTAAGCATATTCAACATACGAAATTGAACCCCGCAGACGCTGACCGAACGCGGCTATACCGTCGATACCGCTACCGCCCACACCGATCGGCCAGTTACCGGAAGAGCCAGTAcaaccat > 2:780404/1‑266 (MQ=255) gCATCTTCGCCTTTCTGGTTGGTCAGATCCTGAGCGAAGGTTTTGCTCCAGTCTGCACCTTTTGCTGCATTAGCGAAGTTTTCTTCGGTCGGACTAACCGGTTTACCATCAGCGga < 2:262123/116‑1 (MQ=255) tCTTCGCCTTTCTGGTTGGTCAGATCCTTAGCGAAGGTTTTGCTCCAGTCTGCACCTTTTGCTGCATTATCGAAGTTTTCTTCGGTCGGACTAACCGGTTTACCATCAGCGGAGATCAGTTTGGTGTACGCCAGGTTGTTCTGCTTCGCGTAAGCATATTCAACATAACCAATTGCCCCCGGCAGACGCTGAACGAACGCGGCGATa < 1:341064/207‑1 (MQ=255) tCTTCGCCTTTCTGGTTAGTCAGATCCGGAGCGAAGGTATTGCTCCAGTCTGTACCTTTTGCTGCATTAGCGAAGTTTTCTTCGGTCGGACTAAc < 2:530825/95‑1 (MQ=255) cTTCGCCTGTCTGGGTGGTCAGATCCTGAGCGAAGGTTTTGCTTCAGTCTGCACCTTTTGCTGCATTAGCGAAGTTTTCTTCGGTCGGACTAACCGGTTTACCATCAGCGGAGATCAGTTTGGTGTACGCCAGGTTGTTCTGCTTCGCGTAAGCATATTCAACATAACCAATTGCACCCGGCAGACGCTGAGCGAACGCGGCGATACCGTCGTTACCTTTACCGCCCAGACCGATCGGc < 1:784855/239‑1 (MQ=255) ttCGCCTTTCTGGTTGGTCAGATCCTGAGCGAAGGTTTTGCTCCAGTCTGCACCTTTTGCTGCATTAGCGAAGTTTTCTTCGGTCGGACTAAc > 1:768730/1‑93 (MQ=255) ccTTTCTGGTTGGTCAGATCCTGAGCGAAGGTTTTGCTCCAGTCTGCACCTTTTGCTGCATTAGCGAAGTTTTCTTCGGTCGGACTAACCGGt < 2:768724/93‑1 (MQ=255) ttCTGGTTGGTCAGATCCTGAGCGAAGGTTTTGCTCCAGTCTGCACCTTTTGCTGCATTAGCGAAGTTTTCTTCGGTCGGACTAACCGGTTTACCATCAGCGGAGATCAGttt > 1:338301/1‑113 (MQ=255) ggttggtCAGATCCTGAGCGAAGGTTTTGCTCCAGTCTGCACCTTTTGCTGCATTAGCGAAGTTTTCTTCGGTCGGACTAACCGGTTTACCATCAGCGGAGATCAGTTTGgtg < 2:338298/113‑1 (MQ=255) gttggtCAGATCCTGAGCGAAGGTTTTGCTCCAGTCTGCACCTTTTGCTGCATTAGCGAAGTTTTCTTCGGTCGGACTAACCGGTTTACCATCAGCGGAGATCAGTTTGGTGTACGCCAGGTTGTTCTGCTTCGCGTAAg > 2:451961/1‑140 (MQ=255) caggtCAGATCCTGAGCGATGTTTTTGCTCCAGTCTGCACCTTTTGCTGCATTAGCGAAGTTTTCTTCGGTCGGACTAACCGGTTTACCATCAGCGGAGATCAGTTTGGTGTACGCCAGGTTGTTCTGCTTCGCGTAAGCATATTCAACATAACCAATTGCACCCGGCAGACGCTGAACGAACGCGGCGATACCGTCGTTACCTTTACCGCCCAGACCGATCGGCCATTTTACGGTAGAGCCAGTACCAACGTTGTTTTTCCACTCTTCGTTCAc < 1:378775/273‑1 (MQ=255) | TACCCGGCCTGGAGTTTTATTAGTACAGCGGCTTACCGCTACTGTCTTTAATATTGGTCTTCCACGCAGCGCGAACCTGTTCAACTACACTATCCGGCAGGCTGGCGTAATCCAGGTCGTTCGCCTGTTTAGCCCCGGTTTTGTACGCCCAGTCGAAGAATTTCAGCACTTCTGTGCCTTGTTCTGGTTTCTTCTGATCTTTGTGGATCAGAATGAACGTGGTAGAGGTAATAGGCCATGCATCTTCGCCTTTCTGGTTGGTCAGATCCTGAGCGAAGGTTTTGCTCCAGTCTGCACCTTTTGCTGCATTAGCGAAGTTTTCTTCGGTCGGACTAACCGGTTTACCATCAGCGGAGATCAGTTTGGTGTACGCCAGGTTGTTCTGCTTCGCGTAAGCATATTCAACATAACCAATTGCACCCGGCAGACGCTGAACGAACGCGGCGATACCGTCGTTACCTTTACCGCCCAGACCGATCGGCCATTTTACGGTAGAGCCAGTACCAACGTTGTTTTTCCACTCTTCGTTCAC > CP009273/3903826‑3904357 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |