| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 284,666 | C→A | 11.5% | E70* (GAG→TAG) | yagI ← | CP4‑6 prophage; putative DNA‑binding transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 284,666 | 0 | C | A | 11.5% | 79.2 / 2.5 | 35 | E70* (GAG→TAG) | yagI | CP4‑6 prophage; putative DNA‑binding transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (10/21); new base A (2/2); total (12/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.94e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.93e-01 | |||||||||||
GATAGCCCTCCAGCAGGGCGTTCAGCTCGGCCTCGCCCAGCCAGGCAATCAACACCTTGCCGATGGCGGTGGCGTGCACCGGCAGGCGGCGGCCGATGCGTGAATAGGCGATGGCGGCCAGCTTGCCTTCAATCTTCTCGATATAGACCCCTTCACGCCCGTCCAGGATCCCCAGATGGGTGGTCTGCCCGGTCCGCCGGGACAGCTCCGTCAGCCAGCCTTTTGCCTTCTGCCGAATATCGATGGAGCCCACGACAAAATGGCCGCGCTCGACCAGCTTCATGCCGAGGCGATACTTGCCGTTCTCCGGGTTCTGATCGATATAGCCGTGAAGCTGCAGGGTTTTTAGCAGCGAGTGGAGGGTACTCTTGCTCAGCCCCATCAGTTTGCTGATGTCGGTGATCTTAAGCTCGGTGGCCTGCTCGTTGAACAGGTCGAGGATCTGCAACGCACGTTCAACAGACTGAATAATCGGCATAATGCTGGCATGTCCACGCTGGAATTAAGGCGAAAACGTACCTTTTTCGGGATGAAAAATCA > CP009273/284396‑284935 | gATAGCCCTCCAGCAGGGCGTTCAGCTCGGCCTCGCCCAGCCAGGCAATCAACACCTTGCCGATGGCGGTGGCGTGCACCGGCAGGCGGCGGCCGATGCGTGAATAGGCGATGGCGGCCAGCTTGCCTTCAATCTTCTCGATATAGACCCCTTCACGCACGGCCAGGATCCCCAGATGGGTGGTCTGCCCGGTCCGCCGGGATAGCTCCGTCAGCCAGCCTTTTGCCTTCTGCCGAATATCGATGGAGCCCACGACAAAATGGCACCGCTcaccc > 1:101994/1‑271 (MQ=255) gCCCTCCAGCAGGGCGTTCAGCTCGGCCTCGCCCAGCCAGGCAATCAACACCTTGCCGATGGCGGTGGCGTGCACCGGCAGGCGGCGGCCGATGCGTGAATAGGCGATGGCGGCCAGCTTGCCTTCAATCTTCTCGATATAGACCCGTTCACGCCCGTNCAGGATCCCCAGATGGGTGGTCTGCCCGGTACGCCGGGACAGCTCCGTCAGCCAGCCTTTTGCCTTCTGCCGAATATCGATGGAGCCCACGACAAAATGGCCGCGCACGAACAGCt > 1:747454/1‑275 (MQ=255) ccAGCAGGGCGTTCAGCTCGGCCTCGCCCAGCCAGGCAATCAACACCTTGCCGATGGCGGTGCCGTGCACCGGCAGGCGGCGGCCGATGCGTGAATAGGCGATGGCGGCCCGCTTGCCTTCAATCTTCTCGATATAGACCCCGTCACGCCCGTCCAGGATCCCCAGATGGATGGTCTGCCCGGNCCGCCGGGNCGGCTCCGTCAGCCAGCCCTTTGCCTTCTGCCGAATATCGATGGAGCCCACGACAAAATGGCCGCCCGCGACCAGCTTCATg > 1:560909/1‑275 (MQ=255) gcacgcgctcccTGGCCGGTGGCGGTCGCGGGCGCGGGCTGGCGGCGGGGGTTGCGTGAATGGGGGATGGCAGCCACCTTGCTTTCAATCTTCGCGATATAGACCCAGTCACGCCCGTCCAGGAATCCCAGATGGGTGGTCTGCCCGGTCCGCCGGGACAGCTCCGTCAGCCAGCCTTTTTCCTTATGCCGAATATCGATGGAGCCCACGACAAAATGGCCGCGGTCGACCAGCTTCATGCCGAGGCGATACTTGCCGTTCTCCGGGTTCTGAt < 2:747448/264‑1 (MQ=255) ggggtggggcgggcgATGCGTGAATAGGGGATGCGGGCCAGCTTGCCTTCTATCTTTTCGATATACAGCCCTGGTCGCCCGTCCAGTCACCCCGGGTGGGGGGTCTGCCCGGTCCGCCGGGACGGCTCCGTCATCCAGCCGGTTGCCTTCTGCGGAATATCGATGGAGCCCACGACAGAATGGCCGCGCTCGACCAGCTGCATGCCGAGGCGATACTTGCCGTTCTCCGGGTTCTGATCGATATAGCCGTGAAGCTGCAGGGTTTTTAGCAGCGa < 2:171743/268‑1 (MQ=255) gCAGGCGGCGGCCGATGCGTGAATAGGCGATGGCGGCCAGCTTGCCTTCAATCTTCTCGATATAGACCCCTTCACGCCCGTCCAGGATCCCCAGATGGGTGGTCTGCCCGGTCCGCCGGGACAGCTCCGTCAGCCAGCCTTTTGCCTTCTGCCGAATATCGATGGAGCCCACGACAAAATGGCCGCGCTCGACCAGCTTCATGCCGAGGCGATACTTGCCGTTCTCCGGGTTCTGATCGATTTAGCCGTGAAGCTGCCGGGCTTTTACCAACGAg > 1:171744/1‑275 (MQ=255) tgggaccggcCTATGCTTTATTAGGCGTTGCCGGCCAGCTTGCCTTCATTCTTCTCTATATAGACCCCTTCACGCCCGTCCCGGATCCCCAGTTGGGTGGTCTGCCCGGTCCGCCGGGACAGCTCCGTCAGCCAGCCTTTTGCCTTCTGCCGAATATCGATGAAGCCCACGACAAAATGGCCGCGCTCGACCAGCTTCATGCCGAGGCGATACTTGCCGTTCTCCGGGTTCTGATCGATATAGCCGTGAAGCTGCAGGGTTTTTAGCAGCGAGTg < 1:351585/269‑1 (MQ=255) gcggcggcCGTTGGTTGAATAGGCGATGGTGGCCAGCTTGCCGTCAATCTTCTCGATATAGACCCCGTCACGCCCGTCCCGGATCCCGAGATGGGTGGTCTGCCCGGTCCGCCGGGACAGCTCCGTCAGCCAGCCTTTTGCCTTCTGCCGAATATCGATGGAGCCCACGACAAAATGGCCGCGCTCGACCAGCTTCATGCCGAGGCGATACTTGCCGTTCTCCGGGTGCTGATCGATATAGCCGTGAAGCTGCAGGGTTTTTAGCAGCGAGTGGa < 1:274028/275‑1 (MQ=255) cggcggcCGATGCGTGAATAGGCGATGGCGGCCAGCTTGCCTTCAATCTTCTCGATATAGACCCCTTCACGCCCGTCCAGGATCCCCAGATGGGTGGTCTGCCCGGTCCGCCGGGACAGCTCCGTCAGCCAGCCTTTTGCCTTCTGCCGAATATCGATGGAGCCCACGACAAAATGGCCGCGCTCGACCAGCTTCATGCCGAGGCGATACTTGCCGTTCTCCGGGTTCTGATCGATATAGCCGTGAAGCTGCAGGGTTTTTAGCAGCGAGTGGa < 1:204948/274‑1 (MQ=255) gcgcgcggtcGTGCATGGGCGGTGGCGGCCACCTTGCCTTCCATCTTCTCGATGTAGACCCCTTCACGCACGTCCAGGATCCCCAGTTGGGTGGTCTGCCCGGTCAGCCGAGACAGCTCCGTCAGCCAGCCTTTTGCCTTCTGCCGAATATCGATGGAGCCCACGACAAAATGGCCGCGCTCGACCAGCTTCATGCCGAGGCGATACTTGCCGTTCTCCGGGTTCTGATCGATATAGCCGTGAAGCTGCAGGGTTTTTAGCAGCGAGTGGAggg < 2:101994/265‑1 (MQ=255) ccGATGCGTGAATAGGCGATGGCGGCCAGCTTGCCTTCAATCTTCTCGATATAGACCCCTTCACGCCCGTCCAGGATCCCCAGATGGGTGGTCTGCTCGGTCAGCCGGGACCGCTCCGTCACCCAGCCTTTTGCCTTCTGCCGAATATCGATGGCGCCCACGCCAAAAGGGCCGCGCGCGACCAGCTGCATGCCCAGGCGAAACTAGCCCATCACCGGGCGCGGAGCGATATAGCCGTGATGAGGCAGGGTTTTTTTGAGCGAGTGggggagata > 2:204945/1‑270 (MQ=255) tGAATAGGCGATTGCGGCCAGCTTGCCTTCAATCTTCTCGCTATAGACCCCTTCACGCCCGTCCAGGATCCCCAGTTGGGTGGTCTGCCCGGTCCGACGCGACAGCTCCGGCAGCCAGCCTTTTGCCTTCTGCCGAATATCGATGGAGCCCACGACAAAATGGCCGCGCTCGACCAGCTTCATGCCGAGGCGATACTTGCCGTTCTCCGGGTTCTGATCGATATAGCCGTGAAGCTGCAGGGTTTTTAGCAGCGAGTGGAGGGTACTCTTGCTc < 1:428188/274‑1 (MQ=255) ggAATAGGCGATGGCGGCCAGCCTGCCTTCAATCTTCTCGATATAGACCCCTGCACGCCCGTCCACGATCCCCAGATGGGTGGTCTGCCCGGTCCGCCGGGACAGCTCCGTCAGCCAGCCTTTTGCCTTCTGCCGAATATCGATGGAGCCCACGACAAAATGGCCGCGCTCGACCAGCTTCATGCCGAGGCGATACTTGCCGTTCTCCGGGTTCTGAt < 1:778668/217‑1 (MQ=255) ttCACGCCCGTCCAGGATCCCCAGATGGGTGGTCTGCCCGGTCCGCCGGGACAGCTCCGTCAGCCAGCCTTTTGCCTTCTGCCGAATCTCGATGGAGCCCACGACAAAATGGCCGCGCTCGACCAGCTTCATCCCGGGGCGATACTTGCCGTTCTCCGGGTTCTGATCGATCTAGCCGTGAAGCTCCAGGGCTTTTAGCAGCGATTGTAGGGTACTCTCGCTCAGCCCCAGCAGTTTGCTGAGTGCGGGGATCTTCGGCTCGGTGTCCtccgggt > 2:222051/1‑269 (MQ=255) ttCACGCCCGTCCAGGATCCCCAGATGGATGGTCTGCCCGGTCCGCCGGGACAGCTCCGTCAGCCAGCCTTTTGCCTTCTGCCGAATATCGATGGAGCCCACGACAAAATGGCCGCGCTCGACCAGCTTCATGCCGAGGCGATACTTGCCGTTATCCGGGTTCTGATCGATATAGCCGTGAAGNGGCAGGGTTTTTAGCAGCGAGTGGAGGGTACTCTTGCTCAGCCCCATCAGTTTGCTGATGTAGGTGATCTTAAGGTCGGTGGCCTGCTCGt > 1:613569/1‑275 (MQ=255) cGCCCGTACAGGCTCCCCAGATGGGTGGTCTGCCCGGTCCGCCGGGACAGCTCCGTCAGCCAGCCTTTTGCCTTCTGCCGAATATCGATGGAGCCCACGACAAAATGGCCGCGCTCGACCAGCTTCATGCCGAGGCGATACTTGCCGTTCTCCGGGTTCTGATCGATATAGCCGTGAAGCTGCAGGGTTTTTAGCAGCGAGTGGAGGGTACTCTTGCTCAGCCCCATCAGTTTGCTGATGTCGGTGATCTTAAGCTCGGTGGCCTGCTCGTTGaa < 1:222054/275‑1 (MQ=255) cGCCCGGTCAGGATCCCCAGATGGGTGGTCTGCCCGGTCCGCCGGGACAGCTCCGTCAGCCAGCCTTTTGCCTGCTGCCGAATATCGATGGAGCCCACGACAAAATGGCCGCGCTCGACCAGCTTCATGCCGAGGCGATACTTGCCGTTCTCCGGGTTCTGATCGATATAGCCGTGAAGCTGCAGGGTTTTTAGCAGCGAGTGGAGGGTACTCTTGCTCAGCCCCATCAGTTTGCTGATGTCGGTGATCTTAAGCTCGGTGGCCTGCTCGTTGaa < 1:332130/275‑1 (MQ=255) ccGTCCTGGGTCCCCAGATGTGTGTTCGGCCCGTTCCGCCGGGACAGCTCCGTCAGCCAGACTTTTCCCTTCGGCCGAAGAGCGATGGAGCCCACGACAAAATGGCCTCGCTCGACCAGCTTCATGCCGAGGCGATACTTGCCGTTCTCCGGGTTCTGATCGATATAGCCGTGAAGCTGCAGGGTTTTTAGCAGCGAGTGGAGGGTACTCTTGCTCAGCCCCATCAGTTTGCTGATGTCGGTGATCTTAAGCTCGGTGGCCTGCTCGTTGAACa < 1:418983/274‑1 (MQ=255) tCCAGGATCCCCAGATGGGTGGTCTGCCCGGTCCGCCGGGACAGCTCCGTCAGCCAGCCTTTTGCCTTCTGCCGAATATCGATGGAGCCCACGACAAAATGGCCGCGCTCGACCAGCTTc > 2:489266/1‑120 (MQ=255) ggATCCCCAGATGGGTGGTCTGCCCGGTCCGCCGGGACAGCTCCGTCAGCCAGCCTTTTGCCTTCTGCCGAATATCGATGGAGCCCACGACAAAATGGCCGCGCTCGAc < 1:275062/109‑1 (MQ=255) ggATCCCCAGATGGGTGGTCTGCCCGGTCCGCCGGGACAGCTCCGTCAGCCAGCCTTTTGCCTTCTGCCGAATATCGATGGAGCCCACGACAAAATGGCCGCGCTCGACCAGCTTCATGc < 1:489269/120‑1 (MQ=255) ggtggtCTGCCCGGTCCGCCGGGACAGCTCCGTCAGCCAGCCTTTTGCCTTCTGCCGAATATCGATGGAGCCCACGACAAAATGGCCGCGCTCGACCAGCTTCATGCCGAGGCGATACTTGCCGTTCTCCGGGTTCTGATCGATATAGCCGTGAAGCTGCAGGGTTTTTAGCAGCGAGTGGTGGGTACTCtt > 2:375848/1‑192 (MQ=255) gtCTGCCCGGTCCGCCGGGACAGCTCCGTCAGCCAGCCTTTTGCCTTCTGCCGAATATCGATGGAGCCCACGACAAAATGGCCGCGCTCGACCAGCTTCATGCCGAGGCGATACTTGCCGTTCTCCGGGTTCTGATCGATATAGCCGTGAAGCTGCAGGGTTTTTAGCAGCGAGTGGAGGGTACTCTTGCTc < 1:375851/192‑1 (MQ=255) cTGCCCGGTCCGCCGGTACAGCTCCGTCAGCCAGCCTTTTGCCTTCTGCCGAATATCGATGGAGCCCACGACAAAATGGCCGCGCTCGACCAGCTTCATGCCGAGGCGATACTTGCCGTTCTCCGGGTTCTGATCGATATAGCCGTGAAGCTGCAGGGTTTTTAGCAGCGAGTGGAGGGTACTCTTGCTCAGCCCCATCAGTTTGCt < 1:319312/207‑1 (MQ=255) cccGGTCAGCCGGGACAGCTCCGTCAGCCAGCCTTTTGCCTTCTGCGGAATATCGAAGAAGCCAACGACAAAATGGCCGCGATAGACCAGCATCATGcc > 2:657921/1‑99 (MQ=255) gTCCTCCGTGACAGCTCCGTCAGCCAGCCTTTTGCCTTCTGCCGAATATCGATGGTGCCCACGACAAAATGGCCGCGCTAGACCAGCTTCATGCCGAgg < 1:657927/99‑1 (MQ=255) aCAGCTCCGTCAGCCAGCCTTTTGCCTTCTGCCGAATATCGATGGAGCCCACGACAAAATGGCCGCGCTCGAc < 2:273360/73‑1 (MQ=255) aCAGCTCCGTCAGCCAGCCTTTTGCCTTCTGCCGAATATCGATGGAGCCCACGACAAAATGGCCGCGCTCGAc < 2:458690/73‑1 (MQ=255) tCAGCCAGCCTTTTGCCTTCTGCCGAATATCGATGGAGCCCACGACAAAATGGCCGCGCTCGACCAGCTTCATGCCGAGGCGATACTTGCCGTTCTCCGGGTTCTGATCGATATAGCCGTGAAGCTGCAGGGTTTTTAGCAGCGAGTGGAGGGTACTCTTGCTCAGCCCCATCAGTTTGCTGATg > 1:116502/1‑185 (MQ=255) ccagccTTTTGCCTTCTGCCGAATATCGATGGAGCCCACGACAAAATGGCCGCGCTCGACCAGCTTCATGCCGAGGCGATACTTGCCGTTCTCCGGGTTCTGATCGATATAGCCGTGAAGCTGCAGGGTTTTTAGCAGCGAGTGGAGGGTACTCTTGCTCAGCCCCATCAGTTTGCTGATGTCgg < 2:116502/185‑1 (MQ=255) ccaactttttGTNTTCTGCCGAATAGCGCGGGAGCCCACGACCATATGCGCGCGCTCGACTAGCGTCATGCCGAGGCGATACTTGCCGTTATCCGGGTTCTGATCGATATAGCCGTGAAGCTGCAGGGTTTTTAGCAGCGAGTGGAGGGTACTCTTGCTCAGCCCCATCAGTTTGCTGATGTCGGTGATCTTAAGCTCGGTGGCCTGCTCGTTGAACAGGTCGAGGATCTGCAACGCACGTTCAACAGACTGAATAATCGGCATAATGCTGGc < 2:613563/267‑1 (MQ=255) ccTTTTGCCTTCTGCCGAATATCGATGGAGCCCACGACAAAATGGCCGCGCTCGACCAGCTTCATGCCGAGGCGATAc > 1:387323/1‑78 (MQ=255) ttGCCTTCTGCCGAATATCGATGGAGCCCACGACAAAATGGCCGCGCTCGACCAGCTTCATGCCGAGGCGATACTTGc < 2:387320/78‑1 (MQ=255) cGATGGAGCCCACGACAAAATGGCCGCGCTAGACCAGCTTCATGCCGAGGCGATACTTGCCGTTCTCCGGGTTCTGATCGATATAGCCGTGAAGc > 1:281686/1‑95 (MQ=255) ggAGCCCACGACAAAATGGCCGCGCTAGACCAGCTTCATGCCGAGGCGATACTTGCCGTTCTCCGGGTTCTGATCGATATAGCCGTGAAGCTGCa < 2:281683/95‑1 (MQ=255) gcgcTCGACCAGTTTCATGCCGAGGGGGTACTTGCCGTTCTCCCGGTTCTGATCGATATAGCCGTGAAGCTGCAGGGTTTTTAGCAGCGAGTGGAGGGTACTCTTGCTCAGCCCCANCAGTTTGCTGACGTCGGTGATCTTAAGCTCGGTGGCCTGCTCGTTGAACAGGTCGAGGATCTGCAACGCACGTTCAACAGACTGAATAATCGGCATAATGCTGGCATGTCCACGCTGGAATTAAGGCGAAAACGTACCTTTTTCGGGATGAAAAATCa < 1:737203/275‑1 (MQ=255) | GATAGCCCTCCAGCAGGGCGTTCAGCTCGGCCTCGCCCAGCCAGGCAATCAACACCTTGCCGATGGCGGTGGCGTGCACCGGCAGGCGGCGGCCGATGCGTGAATAGGCGATGGCGGCCAGCTTGCCTTCAATCTTCTCGATATAGACCCCTTCACGCCCGTCCAGGATCCCCAGATGGGTGGTCTGCCCGGTCCGCCGGGACAGCTCCGTCAGCCAGCCTTTTGCCTTCTGCCGAATATCGATGGAGCCCACGACAAAATGGCCGCGCTCGACCAGCTTCATGCCGAGGCGATACTTGCCGTTCTCCGGGTTCTGATCGATATAGCCGTGAAGCTGCAGGGTTTTTAGCAGCGAGTGGAGGGTACTCTTGCTCAGCCCCATCAGTTTGCTGATGTCGGTGATCTTAAGCTCGGTGGCCTGCTCGTTGAACAGGTCGAGGATCTGCAACGCACGTTCAACAGACTGAATAATCGGCATAATGCTGGCATGTCCACGCTGGAATTAAGGCGAAAACGTACCTTTTTCGGGATGAAAAATCA > CP009273/284396‑284935 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |