| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 292,852 | G→T | 100% | intergenic (‑45/‑65) | intF ← / → ptwF | CP4‑6 prophage; putative phage integrase/tRNA‑OTHER |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 292,852 | 0 | G | T | 100.0% | 28.3 / NA | 10 | intergenic (‑45/‑65) | intF/ptwF | CP4‑6 prophage; putative phage integrase/tRNA‑OTHER |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base T (4/6); total (4/6) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
ATCCCAAAGAAAAGTTTGTTTTTTCCCTTCCGGTAAGGTGAATCTGCGAAGTCTTTCGAAGGTAAATTTTTGTCTTGAAAGCGCCATTTTTCGGCTCCAGTTGAGAATTGCTGTCTTACAATAATGTAACTGCTGGTGTAAGTAAATGGAGGGAATAAACATCAACTTTTGTTAATTTCAATCAACGGGTTTATTGCTATAACTTGGTGTTTTATAATATAAAGTATGTTGTTTTGATTGATTGCTCAAGTAGTTAAAAATGCATTAACATCGCATTCGTAATGCGAAGGTCGTAGGTTCGACTCCTATTATCGGCACCATTAAAATCAAAGAGTTACCC > CP009273/292646‑292985 | aTCCCAAAGAAAAGTTTGTTTTTTCCCTTCCGGTAAGGTGAATCTGCGAAGTCTTTCGAAGGTAAATTTTTGTCTTGAAAGCGCCATTTTTCGGCTCCAGTTGAGAATTGCTGTCTTACAATAATGTAACTGCTGGTGTAAGTAAATGGAGGGAATAAACATCAACTTTTGTTAATTTCAAGAAACGGGTTTATTGCTATAACTTGTTGTTTTATAATATAAAGTATGTTGTTTTGATTGATTGCTCAATTGGTTAAAAAAATATTAACATCTCa > 2:573369/1‑275 (MQ=255) cGAAGTCTTTCGAAGGTAAATTTTTGTCTTGAAAGCGCCATTTTTCGGCTCCAGTTGAGAATTGCTGTCTTACAATAATGTAACTGCTGGTGTAAGTATATGGAGGGAATAAACATCAACTTTTGTTAATTTCAATCAACGGGTTTATTGCTATAACTTgttgtt > 2:347392/1‑165 (MQ=255) gTCTTTCGAAGGTAAATTTTTGTCTTGAAAGCGCCATTTTTCGGCTCCAGTTGAGAATTGCTGTCTTACAATAATGTAACTGCTGGTGTAAGTAAATGGAGGGAATAAACATCAACTTTTGTTAATTTCAATCAACGGGTTTATTGCTATAACTTGTTGTTTtat < 1:347395/165‑1 (MQ=255) tttttGTCTTGAAAGCGCCATTTTTCGGCTCCAGTTGAGAATTGCTGTCTTACAATAATGTAACTGCTGGTGTAAGTAAATGGATGGAATNAACATCAACTTTTGTTAATTTCAATCAACGGGTTTATTGCTATAACTTGTTGTTTTATAATATAAAGTATGTTGTTTTGATTGATTGCTCAAGTAGTTAAAAATGCATTAACATCGCATTCGTAATGCGAAGGTCGTAGGTTCGACTCCTATTAACGGTACCATTAATATCAAAGAGTTAccc < 1:573372/274‑1 (MQ=255) tGAAAGCGCCATTTTTCGGCTCCAGTTGAGAATTGCTGTCTTACAATAATGTAACTGCTNGTGTAAGTAAATGGAGGGAATAAACATCAACTTTTGTTAATTTCAATCAACGGGTTTATTGCTATAACTTGTTGTTTTATAATATAAAGTATGTTGTTTTGATTGATTGCTCAAGTAGTTAAAAATGCATTAACATCGCATTCGTAATGCGa < 1:694253/212‑1 (MQ=255) atGTAACTGCTGGTGTAAGTAAATGGAGGGAATAAACATCAACTTTTGTTAATTTCAATCAACGGGTTTATTGCTATAACTTGTTGTTTTATAATATAAAGTATGTTGTTTTGATTGATTGCTCAAGTAGTTAAAAATGCATTAACATCGCATTCGTAATGCGAAGGTCGTAGGTTCGACTCCTATTATCGGCACCATTaaa > 1:7861/1‑202 (MQ=255) tAACTGCTGGTGTAAGTAAATGGAGGGAATAAACATCAACTTTTGTTAATTTCAATCAACGGGTTTATTGCTATAACTTGTTGTTTTATAATATAAAGTATGTTGtttt > 1:380155/1‑109 (MQ=255) aaCTGCTTGTGTAAGTAAATGGAGGGAATAAACATCAACTTTTGTTAATTTCAATCAACGGGTTTATTGCTATAACTTGTTGTTTTATAATATAAAGTATGTTGTTTTGATTGATTGCTCAAGTAGTTAAAAATGCATTAACATCGCATTCGTAATGCGAAGGTCGTAGGTTCGACTCCTATTATCGGCACCATTAAAATCa < 2:7861/202‑1 (MQ=255) tgctgGTGTAAGTAAATGGAGGGAATAAACATCAACTTTTGTTAATTTCAATCAACGGGTTTATTGCTATAACTTGTTGTTTTATAATATAAAGTATGTTGTTttgatt < 2:380152/109‑1 (MQ=255) ctgGTGTAAGTAAATGGAGGGAATAAACATCAACTTTTGTTAATTTCAATCAACGGGTTTATTGCTATAACTTGTTGTTTtataata > 1:3167/1‑87 (MQ=255) tgtAAGTAAATGGAGGGAATAAACATCAACTTTTGTTAATTTCAATCAACGGGTTTATTGCTATAACTTGTTGTTTTATAATATaaa < 2:3167/87‑1 (MQ=255) cATCAACTTTTGTTAATCTCAATCATCGGGTTTATTGCTATAACTTgttgtt < 1:545033/52‑1 (MQ=255) | ATCCCAAAGAAAAGTTTGTTTTTTCCCTTCCGGTAAGGTGAATCTGCGAAGTCTTTCGAAGGTAAATTTTTGTCTTGAAAGCGCCATTTTTCGGCTCCAGTTGAGAATTGCTGTCTTACAATAATGTAACTGCTGGTGTAAGTAAATGGAGGGAATAAACATCAACTTTTGTTAATTTCAATCAACGGGTTTATTGCTATAACTTGGTGTTTTATAATATAAAGTATGTTGTTTTGATTGATTGCTCAAGTAGTTAAAAATGCATTAACATCGCATTCGTAATGCGAAGGTCGTAGGTTCGACTCCTATTATCGGCACCATTAAAATCAAAGAGTTACCC > CP009273/292646‑292985 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |