Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 960,678 | G→T | 100% | W301C (TGG→TGT) | ycaI → | ComEC family inner membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 960,678 | 0 | G | T | 100.0% | 95.3 / ‑6.7 | 32 | W301C (TGG→TGT) | ycaI | ComEC family inner membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base T (14/17); total (15/17) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
CGCATTTAATGGCGATATCGGGATTGCACATCGCTTTTGCGGCGTT‑GCTGGCTGCCGGACTCATTCGCA‑GTGGACAAATTTTTCTGCCTGGGCGCTGGATCCACTGGCAAATACCATTAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTTTCCCTCATCCATCTGCAACTGGGAATCACACTTCTGCTTATGCCCGTGCAAATCGTCATATTTCATGGCATTAGTCTGACCTCGTTTA > CP009273/960440‑960940 | cgcATTGAATGGCGATATCGGGATTGCACATCGCTTTTGCGGCGTT‑GCTGGCTGCCGGACTCATTCGCA‑GTGGACAAATTTTTCTGCCTGGGCGCTGGATCCACTGGCAAATACCATTAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCCTGGTGGCGCTTGCTAGGTGGGGAATGACTAAGTTAAGTTGGCGAGAGTGGGGGGGCTGGGATGGAGGGATGtggtgtgttgggagc > 2:226512/1‑266 (MQ=255) ccggcggcgttGCGGCGTTGGCTGG‑GGCCGGACGCCTTTGCAGGTGGAC‑AATTTTTCTTGCATGGTGCCGGGACCACTGGCCAATAGCAATAATTGGAGCAATATGGGGGGGTGCTTTTTGTGCCTGGTGGTCGGCAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTGAGTGGGCGACAGTGTAGTTGGTGGGATGTGTGGGTAGGTTGTCTGGCAGAAATATAGCTGATGGATCCTGTTGCCAtt < 2:700540/266‑1 (MQ=255) gggggctgggtgCCGGACTCATTCGAA‑GTGGACAAATTTTTCTGCTTGGGGGCTGTATCCACTGGAAAATGCCTTTAATTTGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGTAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTa < 2:770379/271‑1 (MQ=255) tCTGCCTGGGCGCTGGATCCACTGGCAAATACCATTAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGTAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAg > 2:137804/1‑231 (MQ=255) ccTGGGCGCTGGATCCACTGGCAAATACCATTAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGTAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTa < 1:137805/231‑1 (MQ=255) cTGGCAAATACCATTAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGTGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAATTGGGCGACAGTTTAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTg < 1:675966/275‑1 (MQ=255) ggCAAATACCATTAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTGCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGTAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGa < 1:226515/274‑1 (MQ=255) cGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGTAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATgg > 1:292760/1‑164 (MQ=255) aTCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGTAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATcc < 2:292757/164‑1 (MQ=255) ctgctTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGTAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAAt > 2:157118/1‑139 (MQ=255) ctttgtgttccttGGTTG‑CGGGAGTGCCACTTTCTTCTTTTCGTACCTTGGTGGGGTTTTTTATGTTGGGAATCTGTAGTTTAGGGGGGCGACAGTGTAGTGGCTGGGATGTATGTATTTGTTGTCTGTCGGCAATTTTGCTGATGTCTCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTGATGGCTCTCTGCAGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGTTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTTTcc < 2:753671/263‑1 (MQ=255) tttttATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACTTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGTAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTg < 1:157119/139‑1 (MQ=255) gTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGTAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTNGCAACGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCa > 1:714004/1‑207 (MQ=255) aCGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGTAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTgg < 2:713998/207‑1 (MQ=255) aaTGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGTAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCg > 1:248252/1‑172 (MQ=255) cAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGTAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTcg < 2:248249/172‑1 (MQ=255) tGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTTAGTTAAGTGGGCGACAGTGTAGTGGCTGGGa > 2:151968/1‑75 (MQ=255) ttGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTTAGTTAAGTGGGCGACAGTGTAGTGGCTGGGATGTa < 1:151969/75‑1 (MQ=255) tttgcgcGTGTTATGTGGGGAGGGCTTAGGTTGAGTGGGGTACTGTGTAGTGGCTGGGTTGTATTGTTTTGTTTTATTGCGGAAATGTTGCTGTTGGAGCCTGTTGCCATTCTCTCTCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCTGCATTGATAGTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCATGAGTGGCAACTGCCGCCCGTAGTGCGTGCAGTTGTTTCCCGCATACAACTGGAACTGGGAATCACACTTCTGCTTATGCCCGTGCaaa < 2:220043/271‑1 (MQ=255) gcgcTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGTAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTg > 2:417107/1‑90 (MQ=255) cTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGTAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTg > 1:44457/1‑192 (MQ=255) ttGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGTAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATgg < 1:417110/90‑1 (MQ=255) gCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGTAGTGGCTGGGATGTCTGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATCGATATTTTAGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTTTACCTCATTCATCTGCAACTGGTAATCACACTTCTGCTTATGCCCGTg > 1:220046/1‑261 (MQ=255) cTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGTAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTgccgc < 2:44457/192‑1 (MQ=255) aagtGGGCGACAGTGTAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATtctct > 2:324790/1‑83 (MQ=255) gtGGGCGACAGTGTAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATtctct > 1:84548/1‑81 (MQ=255) tGGGCGACAGTGTAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGAATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAACGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATCTTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTCAGTGGCAACGACCGCCGGTATTGCGTGCAGGTGTTTCCCTCATCAATCTGCCACTAGGACGCACACGTATGCTTATGCACGTGCAAAGCGAAATCGTTCATGGCCTGAGTGTGACTTCttttc > 2:305092/1‑274 (MQ=255) gggCGACAGTGTAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCa < 1:324793/83‑1 (MQ=255) ggCGACAGTGTAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATtctct > 2:296498/1‑78 (MQ=255) ggCGACAGTGTAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGTGTTGCAACTACCGCCGGTCTTGCTTGCAGTTGTTTCCCTCATCCATCTGCAACTGGGAATcac > 1:317038/1‑214 (MQ=255) gCGACAGTGTAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCa < 2:84548/81‑1 (MQ=255) aCAGTGTAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCa < 1:296501/78‑1 (MQ=255) | CGCATTTAATGGCGATATCGGGATTGCACATCGCTTTTGCGGCGTT‑GCTGGCTGCCGGACTCATTCGCA‑GTGGACAAATTTTTCTGCCTGGGCGCTGGATCCACTGGCAAATACCATTAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTTTCCCTCATCCATCTGCAACTGGGAATCACACTTCTGCTTATGCCCGTGCAAATCGTCATATTTCATGGCATTAGTCTGACCTCGTTTA > CP009273/960440‑960940 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |