New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | = 3202572 | 38 (1.110) | 4 (0.120) | 4/304 | 2.4 | 11.0% | coding (1190/1464 nt) | ttdT | L‑tartrate/succinate antiporte |
? | CP009273 | = 3202615 | 29 (0.900) | coding (1233/1464 nt) | ttdT | L‑tartrate/succinate antiporte | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
GTGGCACTGATGCTGCTTCTGCGCATTATCAGTTGGGACGACATTGTCAGTAATAAAGCGGCGTGGAACGTTTTCTTCTGGCTGGCCTCGCTTATCACCCTCGCCACCGGACTCAACAACACCGGTTTTATTAGCTGGTTTGGCAAACTGTTAGCAGGCAGCTTAAGCGGTTATTCGCCAACGATGGTGATGGTGGCGTTGATTGTGGTGTTTTATCTACTGCGCTACTTTTTCGCCAGCGCCACGGCGTATACCTCCGCTCTCGCACCGATGATGATTGCTGCTGCGCTGGCGATGCCGGAAATCCCGCTGCCGGTGTTCTGCCTGATGGTTGGTGCGGCAATTGGTCTGGGGAGCATTCTTACACCATACGCCACCGGCCCCAGTCCGATTTACTACGGCAGTGGTTATCTGCCAACGGCGGATTACTGGCGACTGGGGGCGATTTTTGGGCTGATATTCCTCGTATTGCTGGTGATTACCGGCTTACTGTGGATGCCCGTGGTGTTGCT > CP009273/3202331‑3202842 | gtggCACTGATGCTGCTGCTGCGCATTATCAGTTGGGACGACATTGTCAGTAATAAAGCGGCGTGGAACGTTTTCTTCTGGCTGGCCTCGCTTATCACCCTCGCCACCGGACTCAACAACACCGGTTTTATTAGCTGGTTTGGCAAACTGTTAGCAGGCAGCTTAAGCGGTTATTCGCCAACGATGGTGATGGTGGCGTTGATTGTGGTGTTTTATCTACTGCGCTACTTTTTCGCCAGCTCCACGGCGTATACCTCCGCTCTCGCACCgatg > 1:418816/1‑273 (MQ=255) gacgacATTGTCAGTAATAAAGCGGCGTGGAACGTTTTCTTCTGGCTGGCCTCGCTTATCACCCTCGCCACCGGACTCAACAACACCGGTTTTATTAGCTGGTTTGGCAAACTGTTAGCAGGCAGCTTAAGCGGTTATTCGCCAACGATGGTGATGGTGGCGTTGATTGTGGTGTTTTATCTACTGCGCTACTTTTTCGCCAGCGCCACGGCGACTACCTCCGCTCTCGCACCGATGATAATTTCTGCTGCGCTGCCTATGCCGTAACTCCCGc > 1:20813/1‑274 (MQ=255) aGCGGCGTGGAACGTTTTCTTCTGGCTGGCCTCGCTTATCACCCTCGCCACCGGACTCAACAACACCGGTTTTATTAGCTGGTTTGGCAAACTGTTAGCAGGCAGCTTAAGCGGTTATTCGCCAACGATGGTGATGGTGGCGTTGATTGTGGTGTTTTATCTACTGCGCTACTTTTTCGCCAGAGCCACGGCGTATACCGCCGCTCTCGAACCGGTGATGATTGCTGCTGCGCCGGCGATGCCGGAAATCCCGCTGCCGGTGTTCTGcatactgg > 1:267580/1‑268 (MQ=255) aGCGGCGTGGAACGTTTTCTTCTGGCTGGCCTCGCTTATCACCCTCGCCACCGGACTCAACAACACCGGTTTTATTAGCTGGTTTGGCAAACTGTTAGCAGGCAGCTTAAGCGGTTATTCGCCAACGATGGTGATGGTGGCGTTGATTGTGGCGTTTTATCTACTGCGCTACTTTTTCGCCAGCGCCAAGGCGTATACCTCCGCTCTCGCACCGATGATGGTTGTTGCTGCGCTGCCGAAGCAGGAAACCCCGCTGCCGGTGTTCTGCGTgtggg > 1:580872/1‑271 (MQ=255) gcgTGGAACGTTTTCTTCTGGCTGGCCTCGCTTATCACCCTCGCCACCGGACTCAACAACACCGGTTTTATTAGCTGGTTTGGCAAACTGTTAGCAGGCAGCTTAAGCGGTTATTCGCCAACGATGGTGATGGTGGCGTTGATTGTGGTGTTTTATCTACTGCGCTACTTTTTCGCCAGCGCCACGGCGTATACCTCCGCTCTCGCACCGATGATGATTGCTGCTGCGCTGGCGATGCCGGAAATCCCGCGGCCGGTGTTCTTCCTGAtgggggt > 2:235916/1‑271 (MQ=255) gcgTGGAACGTTTTCTTCTGGCTGGCCTCGCTTATCACCCTCGCCACCGGACTCAACAACACCGGTTTTATTAGCTGGTTTGGCAAACTGTTAGCAGGCAGCTTAAGCGGTTATTCGCCAACGATGGTGATGGTGGCGTTGATTGTGGGGTTTTATCTACTGCGCTACTTTTTCGCCAGCGCCACGGCGTATACCTCCGCTCTCGCACCGATGCTGATTGCTGCTGCGCTGGCGATGCCGGAAATCCCGCCGCCGGTGTTTTGCCTAAtgtttgg > 2:251685/1‑275 (MQ=255) cGTTTTCTTCTGGCTGTCCTCGTTTATCTCCCTCGCCACCGGACTCATCAACACCGGTTTTATTAGCTGGTTGGGCAAACTGTTAGCAGGCAGCTTAAGCGGTTATTCGCCAACGATGGTGATGGTGGCGTTGATTGTTGTGTTTTATCTCCTGCGCTACTTTTTCGCCAGCGCCTCGGCGTATACCTCCTCTCTCGCACCGATGATGATTGCTGCTGCTCTGGCGATGCCTTAAATCCCGCTGCCGGTGTTCTGCCTAATGGTTGGTGCGGCaa < 1:251689/275‑1 (MQ=255) tttCTTCTGGCTGGCCTCGCTTATCACCCTCGCCGCCGGACTCAACAACACCGGTTTTATTAGCTGGTTTGGCAAACTGTTAGCAGGCAGCTTAAGCGGTTATTCGCCAACGATGGTGATGGTGGCGTTGATTGTGGTGTTTTATCTACTGCGCTACTTTTTCGCCAGCGACACGGCGTATACNTCCGCTCTNGCACCGATGATGATTGCTGCTGCGCTGGCGATGCCGGAAATCCCGCTGCCGGTGTTCTGCCTGATGGTTGTTGCGGCAAtt > 1:452810/1‑274 (MQ=255) gctggcCTCGCTTATCACCCTCGCCACCGGACTCAACAACACCGGTTTTATTAGCTGGTTTGGCAAACTGTTAGCAGGCAGCTTAAGCGGTTATTCGCCAACGATGGTGATGGTGGCGTTGATTGTGGTGTTTTATCTACTGCGCTACTTTTTCGCCAGCGCCACGGCGTATACCTCCGCTCTCGCa > 1:214957/1‑187 (MQ=255) ctggcCTTGCTTATGACCCTCGCCACCGGACTCAACAACACCTGTTTTATTAGCTGGTTTGGCAAACTGTTAGCAGGCAGCTTAAGCGGTTATTCGCCAACGATGGTGATGGTGGCGTTGATTGTGGTGTTTTATCTACTGCGCTACTTTTTCGCCAGCGCCACGGCGTATACCTCCGCTCTCGCACCGATGATGATTGCTGCTGCGCTGGCGATGCCGGAAATCCCGCTGCCGGTGTTCTGCCTGATGGTTGGTGCGGCAATTGGTCTGGGGAg < 1:235919/275‑1 (MQ=255) cgggtcttgCTTATCACCCTCGCCACCGGACTCAATCACACCGGTTTTATTAGCTGGTTTGGCAAGCTGTTAGCAGGCAGCTTAAGCGGTTATTCGCCAACGATGGTGATGGTGGCGTTGATTGTGGTGTTTTATCTACTGCGCTACTTTTTCGCCAGCGCCACGGCGTAGACCTCCGCTCTCGCACCGATGATGATTGCTGCTGCGGTGGCGGTGCCGGAAATCCAGCTGCCGGTGTTCTGCCTGATGGTTGGTGCGGCAATTGGTCTGGGGAg < 2:176489/267‑1 (MQ=255) gcCTCGCTTATCACCCTCGCCACCGGACTCAACAACACCGGTTTTATTAGCTGGTTTGGCAAACTGTTAGCAGGCAGCTTAAGCGGTTATTCGCCAACGATGGTGATGGTGGCGTTGATTGTGGTGTTTTATCTACTGCGCTACTTTTTCGCCAGCGCCACGGCGTATACCTCCGCTCTCGCACCga < 2:214955/187‑1 (MQ=255) tCGCTTATCACCCTCGCCACCGGACTCAACAACACCGGTTTTATTAGCTGGTTTGGCAAACTGTTAGCAGGCAGCTTAAGCGGTTATTCGCCAACGATGGTGATGGTGGCGTTGATTGTGGTGTTTTATCTACTGCGCTACTTTTTCGCCAGCGCCACGGCGTATACCTCCGCTCTCGCAcc > 2:606405/1‑182 (MQ=255) ttATCACCCTCGCAACCGGACTCAACAACACCGGTTTTATTCGCTGGTTTGGCAAACTGTTAGCAGGCAGCTTAAGCGGTTATTCGCCAACGATGGTGATGGTGGCGTTGATTGTGGTGTTTTATCTACTGCGCTACTTTTTCGCCAGCGCCACGGCGTATACCTCCGCTCTCGCACCgatg < 1:606414/182‑1 (MQ=255) cACCCTCGCCACCGGACTCAACAACACCGGTTTTATTAGCTGGTTTGGCAAACTGTTAGCAGGCAGCTTAAGCGGTTATTCGCCAACGATGGTGATGGTGGCGTTGATTGTGGTGTTTTATCTACTGCGCTACTTTTTCGCCAGCGCCACGGCGTATACCTCCGCTCTCGCACCGATGATGATTGCTGCTGCGCTGGCGCTGCCGGAAATCCCGCTGCCGGTGTTCTGCCGGAGGGTTGGTGCGGCCGTTGGTCTGGGGATCAGTCTTACAcct > 2:564296/1‑273 (MQ=255) tcccTCGCCACCGGACTCAACGACCGCGGTTTTATTGGCTTGTTGGGCAACCTGTGTGCAGGTGGTTTATGCGTTTTTTCGCTAACGTTGGTGATGGTGGCGTTTATTTTGGTGTTTTCTCTTCTGCGCTACGTTTTCGCCAGCTCCGCGGCGTATACCTCCGCTCTCGCACCGATGATGATTGCTGCTGCGCTGGCGATGCCGGAAATCCCGCTGCCGGTGTTCTGCCTGATGGTTGGTGCGGCAATTGGTCTGGGGAGCATTCTTACACCATa < 2:20812/274‑1 (MQ=255) aacaacACCGGTTTTATTAGCTGGTTTGGCAAACTGTTAGCAGGCAGCTTAAGCGGTTATTCGCCAACGATGGTGATGGTGGCGTTGATTGTGGTGTTTTATCTACTGCGCTACTTTTTCGCCAGCGC > 2:493425‑M1/1‑128 (MQ=255) acacCGGTTTTATTAGCTGGTTTGGCAAACTGTTAGCAGGCAGCTTAAGCGGTTATTCGCCAACGATGGTGATGGTGGCGTTGATTGTGGTGTTTTATCTACTGCGCTACTTTTTCGCCAGCGCCACg < 1:493432/128‑1 (MQ=255) gTTTTATTAGCTGGTTTGGCAAACTGTTAGCAGGCAGCTTAAGCGGTTATTCGCCAACGATGGTGATGGTGGCGTTGATTGTGGTGTTTTATCTACTGCGCTACTTTTTCGCCAGCGCCACGGCGtata > 2:450093/1‑129 (MQ=255) gTTTTATTAGCTGGTTTGGCAAACTGTTAGCAGGCAGCTTAAGCGGTTATTCGCCAACGATGGTGATGGTGGCGTTGATTGTGGTGTTTTATCTACTGCGCTACTTTTTCGCCAGCGCCACGGCGTATACCTCCGCTCTCGCa > 1:267059/1‑143 (MQ=255) tttgtgcgggTTTGGCAAACTGTTAGCAGGCAGCTTATGCGGTTATTCGCCTACGATGGTGAGGGTGGCGTTGATTGTGGTGTTTTATCTACTGCGCTACTTTTTCGCCAGCGCCACGGCGTATACCTCCGCTCTCGCACCGATGATGATTGCTGCTGCGCTGGCGATGCCGGAAATCCCGCTGCCGGTGTTCTGCCTGATGGTTGGTGCGGCAATTGGTCTGGGGAGCATTCTTACACCATACGCCACCGGCCCCAGTCCGATTTACTACGGCa < 2:580863/267‑1 (MQ=255) tattaGCTGGTTTGGCAAACTGTTAGCAGGCAGCTTAAGCGGTTATTCGCCAACGATGGTGATGGTGGCGTTGATTGTGGTGTTTTATCTACTGCGCTACTTTTTCGCCAGCGCCACGGCGTATACCTc < 1:450098/129‑1 (MQ=255) tattaGCTGGTTTGGCAAACTGTTAGCAGGCAGCTTAAGCGGTTATTCGCCAACGATGGTGATGGTGGCGTTGATTGTGGTGTTTTATCTACTGCGCTACTTTTTCGCCAGCGCCACGGCGTATACCTCCGCTCTCGCACCga < 2:267055/143‑1 (MQ=255) aggtaGCTGNTTTGGCAAACTGTTAGCAGGCAGCTTAAGCGGTTATTCGCCAACGTTGGTTATGGTGGCGTTGATTGTGGTGTTTTATCTACTGCGCTACTTTTTCGCCAGCGCCACGGCGTATACCTCCGCTCTCGCACCGATGATGATTGCTGCTGCGCTGGCGATGCCGGAAATCCCGCTGCCGGTGTTCTGCCTGATGGTTGGTGCGGCAATTGGTCTGGGGAGCATTCTTACACCATACGCCACCGGCCCCAGTCCGATTTACTACGGCa < 2:267576/272‑1 (MQ=255) attaGCTGGTTTGGCAAACTGTTAGCAGGCAGCTTAAGCGGTTATTCGCCAACGATGGTGATGGTGGCGTTGATTGTGGTGTTTTATCTACTGCGCTACTTTTTCGCCAGCGCCACGGCGTATACCTCCGCTCTCGCACCGATGATGATTGCTGCTGCGCTGGCGATGCCGGAAATCCCGCTGCCGGTGTTCTGCCTGATGGTTGGTGCGGCAATTGGTCTgg > 1:361283/1‑223 (MQ=255) gCTGGTTTGGCAAACTGTTAGCAGGCAGCTTAAGCGGTTATTCGCCAACGATGGTGATGGTGGCGTTGATTGTGGTGTTTTATCTACTGCGCTACTTTTTCGCCAGCGCCACGGCGTATACCTCCGCTCTCGCACCGATGCTGATTGCTGCTGCGCTGGCGATGCCGGAAATCCCGCTGCCGGTGTTCTGCCTGCTGGTTGGTGCGGCAGTTGGTCTGGGGGGCATTCTTACCCCGTACGCACCCGGCACCCGTCCGATTTGCTCCGGccgggg > 2:219727/1‑269 (MQ=255) gCTGGTTTGGCAAACTGTTAGCAGGCAGCTTAAGCGGTTATTCGCCAACGATGGTGATGGTGGCGTTGATTGTGGTGTTTTATCTACTGCGCTACTTTTTCGCCAGCGCCACGGCGTATACCTCCGCTCTCGCACCGATGATGATTGCTGCTGCGCTGGCGATGCCGGAAATCCCGCTGCCGGTGTTCTGCCTGATGGTTGGTGCGGCAATTGGTCTGGGGAg < 2:361279/223‑1 (MQ=255) ggtcggCAATCTGTTCGCAGGCAGCTTAAGCGGTTATTCGCTAACGATGGTGATTGTGGCGTTGATTGTGGTGTTTTATCTACTGCGCTACTTTTTCGCCAGCGCCACGGCGTATACCTCCGCTCTCGCACCGATGATTATTGCTGCTGCGCTGGCGATGCCGGAAATCCCGCTGCCGGGGTTCTGCCTGATGGTTGGTGCGGCAATTGGTCTGGGGAGCAGTCTTACACCATACGCCACCGGCCCCAGTCCGATTTACTACGGCAGTGGTTAt < 1:219729/270‑1 (MQ=255) tATTCGCCAACGATGGTGATGGTGGCGTTGATTGTGGTGTTTTATCTACTGCGCTACTTTTTCGCCAGCGCCACGGCGTATACCTCCGCTCTCGCACCGATGATGATTGCTGCTGCGCTGGCGATGCCGGAAATCCCGCTGCCGGTGTTCTGCCTGATGGTTGGTGCGGCAATTGGTCTgg > 1:249369/1‑181 (MQ=255) cGCCAACGATGGTGATGGTGGCGTTGATTGTGGTGTTTTATCTACTGCGCTACTTTTTCGCCAGCGCCACGGCGTATACCTCCGCTCTCGCACCGATGATGATTGCTGCTGCGCTGGCGATGCCGGAAATCCCGCTGCCGGTGTTCTGCCTGATGGTTGGTGCGGCAATTGGTCTGGGGAg < 2:249365/181‑1 (MQ=255) aCGATGGTGATGGTGGCGTTGATTGTGGTGTTTTATCTACTGCGCTACTTTTTCGCCAGCGCagcagcaatcatcatcggtgcgagagcgg > 1:395613‑M1/1‑62 (MQ=255) tggtgatggtgGCGTTGATTGTGGTGTTTTATCTACTGCGCTACTTTTTCGCCAGCGCagcagcaatcatcatcggtgcgagagcggaggt < 2:395609‑M1/91‑34 (MQ=255) tggtgatggtgGCGTTGATTGTGGTGTTTTATCTACTGCGCTACTTTTTCGCCAGCGCCACGGCGTATACCTCCGctct > 1:276727/1‑79 (MQ=255) gatggtgGCGTTGATTGTGGTGTTTTATCTACTGCGCTACTTTTTCGCCAGCGCCACGGCGTATACCTCCGCTCTCGCa < 2:276723/79‑1 (MQ=255) gatggtgGCGTTGATTGTGGTGTTTTATCTACTGCGCTACTTTTTCGCCAGCGCCACGGCGTATACCTCCGCTCTCGCACCGATGATGATTGCTGCTGCGCTGGCGATGCAGGAAATCCCGCTGCCGGTGTTCTGCCTGATGGTTGGTGCGGCAAt > 1:137505/1‑156 (MQ=255) gtggCGTTGATTGTGGTGTTTTATCTACTGCGCTACTTTTTCGCCAGCGCagcagcaatcatcatcggtgcgagagcggagg > 1:92238‑M1/1‑50 (MQ=255) gtggCGTTGATTGTGGTGTTTTATCTACTGCGCTACTTTTTCGCCAGCGCCACGGCGTATACCTCCGCTCTCGCACCGATGATGATTGCTGCTGCGCTGGCGATGCCGGAAATCCCGCTGCCGGTGTTCTGCCTGATGGTTGGTGCGGCCATTGGTCTGGGGAGCATTCTTACACCATACGCCACCGGCCCCAGTCCGATTTACTACGGCAGTGGTTATCTGCCAACGGCGGATTACGGGCGACTCGGGGCGATTTTTGGGCTGCTATTcccgg > 2:188356/1‑271 (MQ=255) gtggCGTTGATTGTGGTGTTTTATCTACTGCGCTACTTTTTCGCCAGCGCCACGGCGTATACCTCCGCTCTCGCACCGATGATGATTGCTGCTGCGCTGGCGATGCCGGAAATCCCGCTGCCGGTGTTCTGCCTGATGGTTGGTGCGGCAATTGGt < 2:137504/156‑1 (MQ=255) cGTTGATTGTGGTGTTTTATCTACTGCGCTACTTTTTCGCCAGCGCagcagcaatcatcatcggtgcgagagcggaggtata < 2:92237‑M1/82‑37 (MQ=255) tGCGCTACTTTTTCGCCAGCGCCACGGCGTATACCTCCGCTCTCGCACCGATGATGATTGCTGCTGCGCTGGCGATGCCGGAAATCCCGCTGCCGGTGTTCTGCCTGATGGTTGGTTCGGCAATTGGTCTGGGGAGCATTCTTACACCATACGCCACCGGCCCCAGTCCGATTTACTACGGCAGTGGTTATCTGCCa > 2:415/1‑197 (MQ=255) cTACTTTTTCGCCAGCGCCACGGCGTATACCTCCGCTCTCGCACCGATGATGATTGCTGCTGCGCTGGCGATGCCGGAAATCCCGCTGCCGGTGTTCTGCCTGATGGTTGGTGCGGCAATTGGTCTGGGGAGCATTCTTACACCATACGCCACCGGCCCCAGTCCGATTTACTACGGCAGTGGTTATCTGCCAAcgg < 1:415/197‑1 (MQ=255) cTACTTTTTCGCCAGCGCCACGGCGTATACCTCCGCTCTCGCACCGATGATGATTGCTGCTGCGCTGGCGATGCCGGAAATCCCGATGCCGGTGTTCTGCCTGATGGTTGGTGCGGCAATTGGTCTGGGGAGCATTCTTACACCATACGCCACCGGCCCCAGTCCGATTTACTACGGCAGTGGTTATCTGCCAACGGCGGATTACTGGCGACTGGGGGCGAtttt < 1:305235/225‑1 (MQ=255) aGCGCCACGGCGTATACCTCCGCTCTCGCACCGATGATGATTGCTGCTGCGCTGGCGATGCCGGCAATCCCGCTGCCGGTGTTCTGCCCGATGGTCGGTGCGGCTATTGGTCTGGGGAGCATTCTTACACCATACGCCACCGGCCCCAGTCCGATTTACTCCGGCAGTGGTTATCTGCCAACGGCGGATTACCGGCGACTGGGGGAGATTTTTGGTCTGATATTCCTCGTATTTCTGGTGTTGACGGGCTTTCTGTGTCTGCTCGTGCTGTGGCt > 2:223485/1‑275 (MQ=255) | GTGGCACTGATGCTGCTTCTGCGCATTATCAGTTGGGACGACATTGTCAGTAATAAAGCGGCGTGGAACGTTTTCTTCTGGCTGGCCTCGCTTATCACCCTCGCCACCGGACTCAACAACACCGGTTTTATTAGCTGGTTTGGCAAACTGTTAGCAGGCAGCTTAAGCGGTTATTCGCCAACGATGGTGATGGTGGCGTTGATTGTGGTGTTTTATCTACTGCGCTACTTTTTCGCCAGCGCCACGGCGTATACCTCCGCTCTCGCACCGATGATGATTGCTGCTGCGCTGGCGATGCCGGAAATCCCGCTGCCGGTGTTCTGCCTGATGGTTGGTGCGGCAATTGGTCTGGGGAGCATTCTTACACCATACGCCACCGGCCCCAGTCCGATTTACTACGGCAGTGGTTATCTGCCAACGGCGGATTACTGGCGACTGGGGGCGATTTTTGGGCTGATATTCCTCGTATTGCTGGTGATTACCGGCTTACTGTGGATGCCCGTGGTGTTGCT > CP009273/3202331‑3202842 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |