Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 277,149 | Δ1 bp | 10.0% | coding (546/1155 nt) | yagA ← | CP4‑6 prophage; putative DNA‑binding transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 277,149 | 0 | T | . | 10.0% | 91.2 / 7.1 | 40 | coding (546/1155 nt) | yagA | CP4‑6 prophage; putative DNA‑binding transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (20/14); new base . (2/2); total (22/18) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.49e-02 |
TTCAGGCTGCGGTGAAAACGCTCCAGCTTCCCCTGCGTCTGCGGATGATAAGGCCGGGAGTGCCCCACCCGGATACCCAGGCGCATCAGCCACAGCTCCAGCGCCGTCCAGGTGCCGGTGGTGTCGCCCCACGGTGAGCCGTTATCCATGGTCATCCGGTCCGGCAGGCCGTAACGCTCAAACACGCTGACCAGCTGCTGCTGCACGGTCTCGCGCCGTTCATCGGTACAGTGCGCCAGGCACAGGGAAAAACGGGAGTGGTCGTCCAGCAGGGTGAGCGGATGGCAGCGTCCACCGCCAAAAGGAAAGTGGCCCTTAAAATCCATCTGCCAGAGGCGGTTCGGCGCGTCGTGTTCGAACCGGCCCGTGGCGGGAATGCCCGGTGAAGCGCCCGGCAGCAGGCCATGGCGGGCCATCAGGTTATGGACGGTGCTGAAGGCGGGCATGGTGTGCCCCTGGTCCTCGAGCCAGCGCTTAATCTTGCGGGCTCCCC > CP009273/276931‑277423 | ttCAGGCTTCGGTGAAAACGCTACCTCTTCCCCTGCTTCTGCGGATGATAAGGCCGTGTGTGCCCCACCCTGATACCCAGGCGCATCAGCCACAGCTCCCGCGCCGTCCAGGTGCCGGTGGTGTCGCCCCACGGTGATCCTTTATCCATGGTCATCCGGTCCGGCAGGCCGTAACGCTCAAACACGCTGACCAGCTGCTGCTGCACGGTCTCGCGCCGTTCATCGGTACAGTGCGCCAGGCACAGGGAAAAACGGGAGTGGTCGTCCAGCAGGGt < 1:136032/275‑1 (MQ=255) cGGTGAAAACGCTCCAGCTTCCCCTGCGTCTGCGGATGATAAGGCCGGGAGTGCCCCACCCGGATACCCAGGCGCATCAGCCACAGCTCCAGCGCCGTCCAGGTGCCGGTGGTGTCGCCCCACGGTGAGCCGTTATCCATGGTCATCCGGTCCGGCAGGCCGTAACGCTCAAACACGCTGCCCAGCTGCTGCTGCACGGTCTCGCGCCGTTCATCGGTACAGTGCGCCAGGCACAGGGAAAAACGGGAGTGGTCGTCcagcctgtctcttatac > 1:246003/1‑261 (MQ=255) ccTGCGTCTGCGGATGATAAGGCCGGGAGTGCCCCACCCGGATACCCAGGCGCATCAGCCACAGCTCCAGCGCCGTCCAGGTGCCGGTGGTGTCGCCCCACGGTGAGCCGTTATCCATGGTCATCCGGTCCGGCAGGCCGTAACGCTCAAACACGCTGACCAGCTGCTGCTGCACGGTCTCGCGCCG‑TCATCGGTACAGTGCGCCa > 1:523403/1‑206 (MQ=255) cGTCTGCGGATGATAAGGCCGGGAGTGCCCCACCCGGATACCCAGGCGCATCAGCCACAGCTCCAGCGCCGTCCAGGTGCCGGTGGTGTCGCCCCACGGTGAGCCGTTATCCATGGTCATCCGGTCCGGCAGGCCGTAACGCTCAAACACGCTGACCAGCTGCTGCTGCACGGTCTCGCGCCG‑TCATCGGTACAGTGCGCCAGGca < 2:523395/206‑1 (MQ=255) tGCGGATGATAAGGCCGGGAGTGCCCCACCCGGATACCCAGGCGCATCAGCCACAGCTCCAGCGCCGTCCAGGTGCCGGTGGTGTCGCCCCACGGTGAGCCGTTATCCATGGTCATCCGGTCCGGCAGGCCGTAACGCTCAAACACGCTGACCAGCTGCTGCTGCACGGTCTCGCGCCGTTCATCGGTACAGTGCGCCAGGCACTGGGAAAAACGGGAGTGGTCGTCCAGCAGGGTGAGCGGCTGGCAGCGGCCACCGCCacacggcacgtg > 2:534597/1‑261 (MQ=255) tgatAAGGCCGGGAGTGCCCCACCCGGATACCCAGGCGCATCAGCCACAGCTCCAGCGCCGTCCAGGTGCCGGTGGTGTCGCCCCACGGTGAGCCGTTATCCATGGTCATCCGGTCCGGCAGGCCGTAACGCTCAAACACGCTGACCAGCTGCTGCTGCACGGTCTCGCGCCGTTCATCGGTACAGTGCGCCAGGCACAGGGAAAAACGGGa > 2:344583/1‑212 (MQ=255) aaGGCCGGGAGTGCCCCACCCGGATACCCAGGCGCATCAGCCACAGCTCCAGCGCCGTCCAGGTGCCGGTGGTGTCGCCCCACGGTGAGCCGTTATCCATGGTCATCCGGTCCGGCAGGCCGTAACGCTCAAACACGCTGACCAGCTGCTGCTGCACGGTCTCGCGCCGTTCATCGGTACAGTGCGCCAGGCACAGGGAAAAACGGGAGTgg < 1:344588/212‑1 (MQ=255) cccAGGCGCATCAGCCACAGCTCCAGCGCCGTCCAGGTGCCGGTGGTGTCGCCCCACGGTGAGCCGTTATCCATGGTCATCCGGTCCGGCAGGCCGTAACGCTCAAACACGCTGACCAGCTGCTGCTGCACGGTCTCGCGCCGt > 1:182660/1‑144 (MQ=255) cccAGGCGCATCAGCCACAGCTCCAGCGCCGTCCAGGTGCCGGTGGTGTCGCCCCACGGTGAGCCGTTATCCATGGTCATCCGGTCCGGCAGGCCGTAACGCTCAAACACGCTGACCAGCTGCTGCTGCACGGTCTCGCGCCGTTCATCGGTACAGTGCGCCAGGCACAGGGAAAAACGGGAGTGGTCGTCCAGCAGGGTGAGCGGATGGCAGCGTCCACCGCCAACAGGAAAGTGGCCCTTAAAATCCATCTGCCAGAGGCGGTTCGGCGcgt < 1:534605/274‑1 (MQ=255) ggCGCATCAGCCACAGCTCCAGCGCCGTCCAGGTGCCGGTGGTGTCGCCCCACGGTGAGCCGTTATCCATGGTCATCCGGTCCGGCAGGCCGTAACGCTCAAACACGCTGACCAGCTGCTGCTGCACGGTCTCGCGCCGTTCAt < 2:182659/144‑1 (MQ=255) aTCAGCCACAGCTCCAGCGCCGTCCAGGTGCCGGTGGTGTCGCCCCACGGTGAGCCGTTATCCATGGTCATCCGGTCCGGCAGGCCGTAACGCTCAAACACGCTGACCAGCTGCTGCTGCACGGTCTCGCGCCGTTCATCGGTACAGTGCGCCAGGCACAGGGAAAAACGGGAGTGGTCGTCCAGCAGGGTGAGCGGATGGCAGCGTCCACCGCCAAAAGGAAAGTGGCCCTTAAAATCCATCTGCCAGAGGCGGTTCGGCGCGTCGTGTTCGaa > 1:258744/1‑275 (MQ=255) 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gCTCCAGCGCCGTCCAGGTGCCGGTGGTGTCGCCCCACGGTGAGCCGTTATCCATGGTCATCCGGTCCGGCAGGCCGTAACGCTCAAACACGCTGACCAGCTGCTGCTGCACGGTCTCGCGCCGTTCATCGGTACAGTGCGCCAGGCACAGGGAAAAACGGGAGTGGTAGTCCAGCAGGGTGAGCGGATGGCAGCGTCAACCGCCAAAAGGAAAGTGGCCCTTAAAATCCATCTGCCAGAGGCGGTTCGGCGCGGCGTGTTCAAACCGGCCCggc > 1:142423/1‑273 (MQ=255) cTCCAGCGCCGTCCACGTCCCGGTGGTGTCGCCCCACGGTGAGCCGTTCTCCCCTGTCCGCCGCTCCGGCAGGCCGTATCGATCAAACACGCTGACCACCTGCCGCCGCACGCTCCCGCTCCGGTCATCGTTACAGTGTGCCAGGCACTGGGAAAAACTGGAGTGctc < 2:162633/168‑1 (MQ=255) gTGCCGGTGGTGTCGCCCCACGGTGAGCCGTTATCCATGGTCATCCGGTCCGGCAGGCCGTAACGCTCAAACACGCTGACCAGCTGCTGCTGCACGGTCTCGCGCCGTTCATCGGTACAGTGCGCCAGGCACAGGGAAAAACGGGAGTGGTCGTCcagca > 1:343350/1‑160 (MQ=255) cGGTGGTGTCGCCCCACGGTGAGCCGTTATCCATGGTCATCCGGTCCGGCAGGCCGTAACGCTCAAACACGCTGACCAGCTGCTGCTGCACGGTCTCGCGCCGTTCATCGGTACAGTGCGCCAGGCACAGGGAAAAACGGGAGTGGTCGTCCAGCAGGGt < 2:343345/160‑1 (MQ=255) ggtggtGTCGCCCCACGGTGAGCCGTTATCCATGGTCATCCGGTCCGGCAGGCCGTAACGCTCAAACACGCTGACCAGCTGCTGCTGCACGGTCTCGCGCCGTTCATCGGTACAGTGCGCCAGGCACAGGGaaaa > 2:314692/1‑135 (MQ=255) ggtggtGTCGCCCCACGGTGAGCCGTTATCCATGGTCATCCGGTCCGGCAGGCCGTAACGCTCAAACACGCTGACCAGCTGCTGCTGCACGGTCTCGCGCCGTTCATCGGTACAGTGCGCCAGGCACAGGGAAAAACgg > 1:460608/1‑139 (MQ=255) ggtggtGTCGCCCCACGGTGAGCCGTTATCCATGGTCATCCGGTCCGGCAGGCCGTAACGCTCAAACACGCTGACCAGCTGCTGCTGCACGGTCTCGCGCCGTTCATCGGTACAGTGCGCCAGGCACAGGGAAAAACGGGa > 2:484502/1‑141 (MQ=255) gtgtCGCCCCACGGTGAGCCGTTATCCATGGTCATCCGGTCCGGCAGGCCGTAACGCTCAAACACGCTGACCAGCTGCTGCTGCACGGTCTCGCGCCGTTCATCGGTACAGTGCGCCAGGCACAGGGAAAAACgg < 1:314696/135‑1 (MQ=255) gtgtCGCCCCACGGTGAGCCGTTATCCATGGTCATCCGGTCCGGCAGGCCGTAACGCTCAAACACGCTGACCAGCTGCTGCTGCACGGTCTCGCGCCGTTCATCGGTACAGTGCGCCAGGCACAGGGAAAAACGGGAGt < 2:460601/139‑1 (MQ=255) gtgtCGCCCCACGGTGAGCCGGTATCCATGGTCATCCGGTCCGGCAGGCCGTAACGCTCAAACACGCTGACCAGCTGCTGCTGCACGGTCTCGCGCCGTTCATCGGTACAGTGCGCCAGGCACAGGGAAAAACGGGAGTGGTCGTCCAGCAGGGt < 1:24794/155‑1 (MQ=255) gcgcgcccACGGAGCGCCGTCACCCATGGTCCCCCCGTCCGACCGGCCGTCACGCTCCAACACGCTGACCAGCTGCTGCTGCGCGGTCTCGCGCCG‑TCAGCGGTACAGGGCGCCAGGAACAGGGAAAAACGGGAGTGGTCGTCCAGCAGGGTGAGCGGATGGCAGCGTCCACCGCCAAAAGGAAAGTGGCCCTTAAAATCCATCTGCCAGAGGCGGTTCGGCGCGTCGTGTTCGAACCGGCCCGTGGCGGGAATGCCCGGTGAAGCGCCCGgcag < 2:33365/270‑1 (MQ=255) aGCCGTTATCCATGGTCATCCGGTCCGGCAGGCCGTAACGCTCAAACACGCTGACCAGCTGCTGCTGCACGGTCTCGCGCCGTTCATCGGTACAGTGCGCCAGGCACAGGGAAAAACGGGAGTGGTCGTCcag > 1:527795/1‑133 (MQ=255) gTTATCCATGGTCATCCGGTCCGGCAGGCCGTAACGCTCAAACACGCTGACCAGCTGCTGCTGCACGGTCTCGCGCCGTTCATCGGTACAGTGCGCCAGGCACAGGGAAAAACGGGAGTGGTCGTCCAGCAgg < 2:527787/133‑1 (MQ=255) tccggtccggCAGGCCGTAACGCTCAAACACGCTGACCAGCTGCTGCTGCACGGTCTCGCGCCGTTCATc > 2:42459/1‑70 (MQ=255) tccggtccggCAGGCCGTAACGCTCAAACACGCTGACCAGCTGCTGCTGCACGGTCTCGCGCCGTTCATCGGTACAGTGCGCCAGGCACAGGGAAAAACGGGAGTGgtcgtc > 2:506934/1‑112 (MQ=255) tccggtccggCAGGCCGTAACGCTCAAACACGCTGACCAGCTGCTGCTGCACGGTCTCGCGCCGTTCATCGGTACAGTGCGCCAGGCACAGGGAAAAACGGGAGTGGTCGTCCAGCAGGGTGAGCGGATGGCAGCGTCCACCGCCAAAAGGCAAGTGGCCCTTAAAATCCATCTGCCAGAGGCGGTTCGGCGCGTCGTGTTCGAACCGGCCCGTGGCGGGAATGCCCGGTGAAGCGCCCGGCAGCAGGCCATGGCGGGCCATCAGGTTATGGAc > 1:127389/1‑274 (MQ=255) gtccggCAGGCCGTAACGCTCAAACACGCTGACCAGCTGCTGCTGCACGGTCTCGCGCCGTTCATCGGTa < 1:42459/70‑1 (MQ=255) gtccggCAGGCCGTAACGCTCAAACACGCTGACCAGCTGCTGCTGCACGGTCTCGCGCCGTTCATCGGTACAGTGCGCCAGGCACAGGGAAAAACGGGAGTGGTCGTCcagc < 1:506941/112‑1 (MQ=255) cGTAACGCTCGAACACGCTGACCAGCTGCTGCTGCACGGTCTCGCGCCGTTCATCGGTACAGTGCGCCAGGCACAGGGAAAAACGGGAGTGGTCGTCCAGCAGGGTGAGCGGATGGCAGCGTCCACCGCCAAAAGGAAAGTGGCCCTTAAAATCCATCTGCCAGAGGCGGTTCGGCGCGTCGTGTTCGAACCGGCACGTGGCGGGAATGCCCGGTGAAGCGCCCGGCAGCAGGCCATGGCGGGCCATCAGGTTATGGACGGTGCTGAAGGCGGGc > 1:550382/1‑275 (MQ=255) cGTAACGCTCAAACACGCTGACCAGCTGCTGCTGCACGGTCTCGCGCCGTTCATCGGTACAGTGCGCCAGGCACAGGGAAAAACGGGAGTGGTCGTCCAGCAGGGTGAGCGGATGGCAGAGTCCACCGCCAAAAGGAAAGTAGCCCTTAAAATCCATCTGCCAGAGGCGGTTCGGCGCGTCGTGTTCGAACCGGCCCGTGGCGGGAATGCCCGGTGAAGCGCCCCGCCGCAGGCCCGGGCGGGACCTCCGGTGCTGGACGTTGATGAAGGCGGGc > 2:501744/1‑275 (MQ=255) cGTAACGCTCAAACACGCTGACCAGCTGATGCTGCACGGTCTCGCGCCGTTCATCGGTACAGTGCGCCAGGCACAGGGAAAAACGGGAGTGGTCGTCCAGCAGGGTGAGCGGATGGCAGCGTCCACCGCCAAAAGGAAAGTGGCCCTTAAAATCCATCTGCCAGAGGCGGTTCGGCGCGTCGTNTTCGAACCGGCCCGTGGCGGGAATGCCCGGTGAAGCGCCCGGCAGCAGGCCATGGCGGGCCATCAGGTTATGGACGGTGCTGAAGGCGGGc > 1:424709/1‑275 (MQ=255) gCTCAACCACGCTGCCCAGCTGCTGCTGCACGGTCTCGCGCCGTTCATCGGTTGAGGGCGCCAGGCACAGGGAAAAACGGGAGTGGTCGTCCAGCAGGGTGAGCGGATGGCAGCGTCCACCGTCAAAACGAAAGTGGCCCTTAAAATCCATCTGCCAGAGGCGGTTCGGCGCGTCGTGTTCGAACCGGCCCGTGGCGGGAATGCCCGGTGAAGCGCCCGGCAGCAGGCCATGGCGGGCCATCAGGTTATGGACGGTGCTGAAGGCGGGCATGgtg < 1:501751/275‑1 (MQ=255) tCAAACACGCTGACCAGCTGCTGCTGCACGGTCTCGCGCCGTTCATCGGTACAGTGCGCCAGGCACAGGGAAAAACGGGAGTGGTCGTCCAGCAGGGTGAGCGGATGGCAGCGTCCACCGCCAAAAGGAAAGTGGCCCTTAAAATCCATCTGCCAGAGGCGGTTCGGCGCGTCGTGTTCGAACCGGCCCGTGGCGGGAATGCCCGGTGAAGCGCCCGGCAGCAGGACATGGCGGGCCAACAGGTTATGGACGGGGCTGAAAGCGGGCATGGggtg > 1:182193/1‑275 (MQ=255) aacggggcccggcngctgctGCAGGGTCCCGCGCCGTTCATCGGGACAGGGCGCCAGGCACAGGGAAAAACGGGAGTGGTCGTCCAGCAGGGTGAGAGGATGGCGGCGTCCACCGCCAAAAGGAAAGTGGCCCTTAAAATCCATCTGCCAGAGGCGGTTCGGCGCGTCGTGTTCGAACCGGCCCGTGGCGGGAATGCCCGGTGAAGCGCCCGGCAGCAGGCCATGGCGGGCCATCAGGTTATGGACGGTGCTGAAGGCGGGCATGGTGTGcccc < 2:424702/263‑1 (MQ=255) agggcggcggcACGGTCTCGCGCCGTTGGTCGGTACGGGGGGCCAGGGCAGGGGAAAAACGGGAGTGGTCGGCCAGCAGGGGGGGCGGATGGCAGCGTCCACCGCCAAAAGGAAAGTGGCCCTTAAAATCCATCTGCCAGAGGCGGTGCGGCGCGTCGTGTTCGAACCGGCCCGTGGCGGGAATGCCCGGTGAAGCGCCCGGCAGCAGGCCATGGCGGGCCATCAGGTTATGGACGGTGCTGAAGGCGGGCATGGTGTGCCCCTGGTCCTCGAGc < 2:550374/266‑1 (MQ=255) gagaccggcACGGTCTCGCGCCGGTCATCGGTACAGTGCGCCAGGCACAGGGAAAAACGGGAGTGGTCGTCCAGCAGGGTGAGCGGATGGCNGCGTCCACCGCCAAAAGGGAAGTGGCCCTTAAAATCCATCTGCCAGAGGCGGTTCGGCGCGTCGTGTTCGAACCGGCCCGTGGCGGGAATGCCCGGTGAAGCGCCCGGCAGCAGGCCATGGCGGGCCATCAGGTTATGTACGGTGCTGAAGGCGAGCATGGTGTGCCCCTGGTCCTCGAGCCa < 1:416327/268‑1 (MQ=255) cgcCGTTCATCGGTACAGTGCGCCAGGCACAGGGAAAAACGGGAGTGGTCGTCCAGCAGGGTGAGCGGATGGCAGCGTCCACCGCCAAACGGAAAGTGGCCCTTAAAATCCATCTGCCAGAGGCGGTTCGGCGCGTCGTGTTCGAACCGGCCCGTGGCGGGAATGCCCGGTGAAGCGCCCGGCAGCAGGCCATGGCGGGCCACCCGGTTATGGACGGTGCTGAAGGCGGGGAGGGGGTGCCCCTGCGCCTCGCGCCCGCGNttcccccctgtct > 2:416320/1‑263 (MQ=255) ttCATCGGTACAGTGCGCCAGGCCCAGGGAAAAACGGGAGTGgtcgtc > 2:223220/1‑48 (MQ=255) ttCATCGGTACAGTGCGCCAGGCACAGGGAAAAACGGGAGTGGTCGTCCAGCAGGGTGAGCGGATGGCAGCGTCCACCGCCAAAAGGAAAGTGGCCCTTAAAATCCATCTGCCAGAGGCGGTTCGGCGCGTCGTGTTCGAACCGGCCCGTGGCGGGAATGCCCGGTGAAGCGCCCGgcagc > 1:415167/1‑181 (MQ=255) ttCATCGGTACAGTGCGCCAGGCACAGGGAAAAACGGGAGTGGTCGTCCAGCAGGGTGAGCGGATGGCAGCGTCCACCGCCAAAAGGAAAGTGGCCCTTAAAATCCATCTGCCAGAGGCGGTTCGGCGCGTCGTGTTCGAACCGGCCCGTGGCGGGAATGCCCGGTGAAGCGCCCGGCAGCAGGCCATGGCGGGCCATCAGGTTATGGACGGCGCTGAAGGCGGGCATGGTGTGCCCCTGGTCCTCGAGCCAGCGCTTAATCTTGCGGGCTcccc > 1:409/1‑275 (MQ=255) | TTCAGGCTGCGGTGAAAACGCTCCAGCTTCCCCTGCGTCTGCGGATGATAAGGCCGGGAGTGCCCCACCCGGATACCCAGGCGCATCAGCCACAGCTCCAGCGCCGTCCAGGTGCCGGTGGTGTCGCCCCACGGTGAGCCGTTATCCATGGTCATCCGGTCCGGCAGGCCGTAACGCTCAAACACGCTGACCAGCTGCTGCTGCACGGTCTCGCGCCGTTCATCGGTACAGTGCGCCAGGCACAGGGAAAAACGGGAGTGGTCGTCCAGCAGGGTGAGCGGATGGCAGCGTCCACCGCCAAAAGGAAAGTGGCCCTTAAAATCCATCTGCCAGAGGCGGTTCGGCGCGTCGTGTTCGAACCGGCCCGTGGCGGGAATGCCCGGTGAAGCGCCCGGCAGCAGGCCATGGCGGGCCATCAGGTTATGGACGGTGCTGAAGGCGGGCATGGTGTGCCCCTGGTCCTCGAGCCAGCGCTTAATCTTGCGGGCTCCCC > CP009273/276931‑277423 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |