New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | 360104 = | 23 (0.830) | 48 (1.740) | 35/274 | NT | 63.6% | intergenic (‑38/+557) | lacZ/lacI | pseudogene, truncated/DNA‑binding transcriptional repressor |
? | CP009273 | = 360286 | 32 (1.160) | intergenic (‑220/+375) | lacZ/lacI | pseudogene, truncated/DNA‑binding transcriptional repressor |
GCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTAATGTCATGGGAAGATCCAGCCGACCAGGCTTTCCACGCCCGCGTGCCGCTCCATGTCGTTCGCGCGGTTCTCGGAAACGCGCTGCCGCGTTTCGTGATTGTCACGCTCAAGCCCGTAGTCCCGTTCGAGCGTCGCGCAGAGGTCAGCGAGGGCGCGGTAGGCCCGATACGGCTCATGGATGGTGTTTCGGGTCG > CP009273/360063‑360536 | ttgcgactggacctttcgtttgatttgcttcctggtgattcATTTCCTTGCATTTCATGCCGGCCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAATCCGCTCACGGCGGATTTGTCCTGCTCCGGAGATCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTATCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTta > 2:253158‑M1/42‑273 (MQ=255) gagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTTGCAACGTTCAAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGGTCACCGCCAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCATTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTATTGAAGACGAAAAGGCCTCGTGATACGCCTAATTTTAACGGTTAATg < 1:253160‑M1/242‑1 (MQ=255) ctttcgttttatttgatgcctgtggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCNCCCGGGCCNTTGCTTCGCAACGTTCAAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTta > 1:374513‑M1/30‑261 (MQ=255) cgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGACTCGTTAAACGCCTATTTTTATAGGTTAATGTCATGGGa < 1:51516‑M1/250‑1 (MQ=255) aTGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTaattcctgg > 1:109975‑M2/1‑201 (MQ=255) cttcCGATCCCCAATTTCTGGCAATTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAATCCGCTCCCGTCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTaattcctggcagtttatggcgggcgtcctgcccgccaccctccgggccgttgcttcgcaacgttcaaatccgctcccgg > 1:7939‑M2/2‑195 (MQ=255) gttgagggctgcgantttctggcggcgGCCCTGCCCGCGACCCTCCGGGCGGTGGCTTCGCAACGTGCAAATCCGCTCCGGGCTGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGCCAGAGAAAAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGGGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTaattcctggcagtttatggcgggcgtcctgcccgccaccctccgggccgttgcttcgcaacgttcaaatccgctcccggcggatttgtc > 2:413445‑M2/14‑186 (MQ=255) attaattcCTTGCAGTTTTTGGCGGGCTTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTaattcctggcagtttatggcgggcgtcctgcccgccaccctccgggccgttgcttcgcaacgttcaaatccgctcccggcggatttgtc > 1:176656‑M2/4‑186 (MQ=255) gCAGTTGATGGCGTGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAATTCCGCGCCCGGCGGATTGGTCCTACGCAGGAGATCGTGCACGGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCGTTCGACTGGGCCTTTCGGTGTATTTGATGCCTGGGTAATTaattcctggcagtttatggcgggcgtcctgcccgccaccctccgggccgttgcttcgcaacgttcaaatccgctcccggcggatttgtcctactcagga > 1:241052‑M2/1‑175 (MQ=255) ggcgTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCACATCCGCCCCCGGCGGCTTCGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGATTTATTTCATGCCTCGTGACTCGGGACTTACTTCTTCAAGACGACAGAGCCTATTGATACGCATAATTTTCTAGGATAATGGCAAGGGAAGAACCAGCCGGCCAGGCTTTCCACGCCGCCGTCCCGCCCCAttta > 2:16356/1‑272 (MQ=17) 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(MQ=255) cGCAACGTTCAAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTaattcctggccgtttatggcgggcgtccttcccccccccctccgt < 2:445152‑M2/173‑46 (MQ=255) aCGTTCAAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGCGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGCGCCTTTCGTTATATTTGATGCCTGGGGAATTaattcctggcagtttatggcgggcgtcctgcc < 1:161545‑M2/156‑33 (MQ=255) aCGTTCAAAGCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTaattcctggcagtttatggcgggcgtcctgcccgccaccctccgggccg > 1:445159‑M2/1‑124 (MQ=255) tCAAATCCGCTCCCCGCGGATTTGTCCTCCTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCATTCTTTCGACTGAGCCTTGCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTaattcctggcagtttatggcgggcgtcctgcccgcc > 2:161544‑M2/1‑120 (MQ=255) cTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGAc > 2:188956/1‑131 (MQ=255) 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tGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTAATGTCATGGGAAGATCCAGCCGACCAGGCTTTCCACGCCcg > 1:350935/1‑106 (MQ=255) gaattgggaattAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTAATGTCATGGGAAGATCCAGCCGACCAGGCTTTCCACGCCCGCGTg < 2:350930/106‑1 (MQ=255) | GCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTAATGTCATGGGAAGATCCAGCCGACCAGGCTTTCCACGCCCGCGTGCCGCTCCATGTCGTTCGCGCGGTTCTCGGAAACGCGCTGCCGCGTTTCGTGATTGTCACGCTCAAGCCCGTAGTCCCGTTCGAGCGTCGCGCAGAGGTCAGCGAGGGCGCGGTAGGCCCGATACGGCTCATGGATGGTGTTTCGGGTCG > CP009273/360063‑360536 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |