| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,228,094 | Δ1 bp | 5.9% | coding (533/2097 nt) | yjbH → | DUF940 family extracellular polysaccharide protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,228,094 | 0 | A | . | 5.9% | 212.3 / 6.4 | 68 | coding (533/2097 nt) | yjbH | DUF940 family extracellular polysaccharide protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (29/34); new base . (2/2); total (31/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.69e-01 | |||||||||||
CTCTGGCGATCAAACGTATAAAGATAAAGCCTTCGATCTCAAACTGCGTTTGTGGGAAGAGAGTTACTGGCTGCCGCAAGTGGCGGTTGGTGCGCGGGATATCGGCGGTACGGGGCTGTTTGATGCGGAATATCTTGTTGCCAGCAAAGCCTGGGGGCCGTTCGATTTTACGCTCGGCCTGGGCTGGGGGTATTTGGGCACCAGCGGTAATGTGAAAAATCCGCTCTGTTCAGCCAGTGATAAATATTGCTAT‑‑CGCGATAACAGCTACAAACAGGCGGGATCTATCGACGGTAGCCAGATGTTCCACGGTCCTGCCTCACTGTTTGGCGGCGTGGAATACCAGACGCCCTGGCAACCGCTGCGCCTGAAACTGGAGTATGAAGGCAATAATTATCAGCAGGATTTTGCCGGGAAGCTGGAGCAAAAAAGTAAGTTTAACGTCGGTGCGATTTATCGCGTTACCGATTGGGCCGACGTTAACCTTAGCTATGAACGTGGCAACACCTTTATGTTTGGC > CP009273/4227849‑4228365 | ctctGGCGATCAAACGTTTAAAGATAAGGCCTTCGATCTCAAACTGGGTTTGTGGGAAGGGAGTTACTGGCTGCCGCAAGTGGCGGTTGGTGCGCGGGATATCGGCGGTACGGGGCTGNTTGATGCGGAATATCTTGTTGCCAGCAAAGCCTGGGGGCCGTTCGATTTTACGCTCGGCCTGGGGTGGGGGTATTTGGGCAACAGCGGTAATGTGAAAAATCCGCTCTGTTCAGCCAGTGATAAATATTGCTAT‑‑CGCGATAACAGCTACaaa < 1:607016/271‑1 (MQ=255) aaaCGTATAAAGATAAAGCCTTCGATCTCAAACTGCGTTTGTGGGAAGAGAGTTACTGGCTGCCGCAAGTGGCGGTTGGTGCGCGGGATATCGGCGGTACGGGGCTGTTTGATGCGGAATATCTTGTTGCCAGCAAAGCCTGGGGGCCGTTCGATTTTACGCTCGGCCTGGGCTGGGGGTATTTGGGCACCAGCGGTAATGTGAAAAATCCGCTCTGTTCAGCCAGTGATAAATATTGCTAT‑‑CGCGAt > 2:40118/1‑248 (MQ=255) aaaCGTATAAAGATAAAGCCTTCGATCTCAAACTGCGTTTGTGGGAAGAGAGTTACTGGCTGCCGCAAGTGGCGGTTGGTGCGCGGGATATCGGCGGTACGGGGCTGTTTGATGCGGAATATCTTGTTGCCAGCAAAGCCTGGGGGCCGTTCGATTTTACGCTCGGCCTGGGCTGGGGGTATTTGGGCACCAGCGGTAATGTGAAAAATCCGCTCTGTTCAGCCAGTGATAAATATTGCTAT‑‑CGCGAt < 1:40118/248‑1 (MQ=255) taaagtgaaggCCTTCTATCTCAAAGTGCGTTTTTGGGTAGAGAGTTACGGGCTGCCGCAAGTGGCGGTTGGTGCGCGGGATAGCGGCGGTACGGGGCTGTTTGATGCGGAATATCTTGTTGACAGCAAAGCCTGGGGGCCGTTCGATTTTACGCTCGGCCTGGGCTGGGGGTATTTGGGCACCAGCGGTAATGTGAAAAATCCGCTCTGTTCAGCCAGTGATAAATCTTGCTAT‑‑CGCGATAACAGCTACAAACAGGCGGGATCTATCGACGGTa < 1:693913/275‑1 (MQ=255) 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cGGTAATGTGAAAAATCCGCTCTGTTCAGCCAGTGATAAATATTGCTAT‑‑CGCGATAACAGCTACAAACAGGCGGGATCTATCGACGGTAGCCAGATGTTCCACGGTCCTGCCTCACTGTTTGGAAGCGTGGAATACCAGACGCCCTGGCAACCGCTGCGCCTGAAACTGGAGTATGAAGGCAATAATTATCAGCAGGATTTTGCCGGGAAGCTGGAGCAAAAAAGTAAGTTTAACGTCGGTGCGATTTATCGCGTTACCGATTGGGCCGACGtt < 1:572280/274‑1 (MQ=255) gtgAAAAATCCGCTCTGTTCAGCCAGTGATAAATATTGCTAT‑‑CGCGATAACAGCTACAAACAGGCGGGATCTATCGACGGTAGCCAGATGTTCCACGGTCCTGCCTCACTGTTTGGCGGCGTGGAATACCAGACGCCCTGGCAACCGCTGCGCCTGAAACTGGAGTATGAAGGCAATAATTATCAGCAGGATTTTGCCGGGAAGCTGGAGCAAAAAAGTAAGTTTAACGTCGGTGCGATTTATCGCGTTACCGATTGGGCCGACGTTAACCTTAg > 1:36807/1‑275 (MQ=255) aacgTTAAGACAGTGATACATATTGTTAT‑‑CGCGATAACAGCTACANACAGGCGGGATCTATCGACGGTAGCCAGATGTTCCACGGTCCTGCCTCACTGTTTGGCGGCGTGGAATACCAGACTCCCTGGCAACCGCTGCGCCTGAAACTGGAGTATGAAGGCAATAATTATCAGCAGGATTTTGCCGGGAAGCTGGAGCAAAAAAGTAAGTTTAACGTCGGTGCGATTTATCGCGTTACCGATTGGGCCGACGTTAACCTTAGCTATGAACGTgg < 2:448291/271‑1 (MQ=255) gTGATAAATATTGCTAT‑‑CGCGATAACAGCTACAAACAGGCGGGATCTa > 2:139837/1‑48 (MQ=255) gTGATAAATATTGCTAT‑‑CGCGATAACAGCTACAAACAGGCGGGATCTATCGACGGTAGCCAGATGTTCCACGGTCCTGCCTCACTGTTTGGCGGCGTGGAATACCAGACGCCCTGGCAACCGCTGCGCCTGAAACTGGAg > 2:85778/1‑140 (MQ=255) gATAAATATTGCTAT‑‑CGCGATAACAGCTACAAACAGGCGGGATCTATCGACGGTAGCCAGATGt > 1:410095/1‑64 (MQ=255) gATAAATATTGCTAT‑‑CGCGATAACAGCTACAAACAGGCGGGATCTATCGACGGTAGCCAGATGTTCCACGGTCCTGCCTCACTGTTTGGCGGCGTGGAATACCAGACGCCCTGGCAACCGCTGCGCCTg > 1:515332/1‑129 (MQ=255) gATAAATATTGCTAT‑‑CGCGATAACAGCTACAAACAGGCGGGATCTATCGACGGTAGCCAGATGTTCCACGGTCCTGCCTCACTGTTTGGCGGCGTGGAATACCAGACGCCCTGGCAACCGCTGCGCCTGAAACTGGAGTATGAAGGCAATAATTATCAGCAGGATTTTGCCGGGAAGCTGGAGCAAAAAAGTAAGTTTAACGTCGGTGCGATTTATCGCGTTACCGATTGGGCCGACGTTAACCTTAGCTATGAAc > 1:448298/1‑256 (MQ=255) tAAATATTGCTAT‑‑CGCGATAACAGCTACAAACAGGCGGGATCTATCGa < 1:139838/48‑1 (MQ=255) tAAATATTGCTAT‑‑CGCGATAACAGCTACAAACAGGCGGGATCTATCGACGGTAGCCAGATGTTCCACGGTCCTGCCTCACTGTTTGGCGGCGTGGAATACCAGACGCCCTGGCAACCGCTGCGCCTGAAACTGGAGTATg < 1:85779/140‑1 (MQ=255) aaTATTGCTAT‑‑CGCGATAACAGCTACAAACAGGCGGGATCTATCGACGGTAGCCAGATGTTCCa < 2:410088/64‑1 (MQ=255) aaTATTGCTAT‑‑CGCGATAACAGCTACAAACAGGCGGGATCTATCGACGGTAGCCAGATGTTCCACGGTCCTGCCTCACTGTTTGGCGGCGTGGAATACCAGACGCCCTGGCAACCGCTGCGCCTGAAAc < 2:515325/129‑1 (MQ=255) aaTATTGCTAT‑‑CGCGATAACAGCTACAAACAGGCGGGATCTATCGACGGTAGCCAGATGTTCCACGGTCCTGCCTCACTGTTTGGCGGCGTGGAATACCAGACGCCCTGGCAACCGCTGCGCCTGAAACTGGAGTATGAAGGCAATAATACACCGCAGGATTTTGCCGGGAAGCTGGAGCacaa > 2:456437/1‑184 (MQ=255) atatTGCTAT‑‑CGCGATAACAGCTACAAACAGGCGGGATCTATCGACGGTAGCCAGATGTTCCACGGTCCTGCCTCACTGTTTGGCGGCGTGGAATACCAGACGCCCTGGCAACCGCTGCGCCTGAAACTGGAGTATGAAGGCCATAATTATCAGCAGGATTTTGCCGGTACGCTGGAGCAAAAACGTAAGTTTAACGTCGGTGCGATTTATCGCGTTACCGCTTGGGCCGACGTTAACCTTAGCTATGAACGTGGCAACACCTTTATGTTTGGc > 1:122992/1‑274 (MQ=255) | CTCTGGCGATCAAACGTATAAAGATAAAGCCTTCGATCTCAAACTGCGTTTGTGGGAAGAGAGTTACTGGCTGCCGCAAGTGGCGGTTGGTGCGCGGGATATCGGCGGTACGGGGCTGTTTGATGCGGAATATCTTGTTGCCAGCAAAGCCTGGGGGCCGTTCGATTTTACGCTCGGCCTGGGCTGGGGGTATTTGGGCACCAGCGGTAATGTGAAAAATCCGCTCTGTTCAGCCAGTGATAAATATTGCTAT‑‑CGCGATAACAGCTACAAACAGGCGGGATCTATCGACGGTAGCCAGATGTTCCACGGTCCTGCCTCACTGTTTGGCGGCGTGGAATACCAGACGCCCTGGCAACCGCTGCGCCTGAAACTGGAGTATGAAGGCAATAATTATCAGCAGGATTTTGCCGGGAAGCTGGAGCAAAAAAGTAAGTTTAACGTCGGTGCGATTTATCGCGTTACCGATTGGGCCGACGTTAACCTTAGCTATGAACGTGGCAACACCTTTATGTTTGGC > CP009273/4227849‑4228365 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |