New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | 133621 = | 61 (1.590) | 4 (0.110) | 4/294 | NT | 7.7% | coding (52/1551 nt) | cueO | multicopper oxidase (laccase) |
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TTTGCGCAGACGGCCATCAGGCTGCCGAATAACACTGTTCTGAAAAACGTCTTCATTGCTTCTACCAGGGGCTTAAAGAAGATAAACGTTAGCACACTGCGAGCGAGGCGACGACCATTATTGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCGCCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTAAAATATTCCGTCGCGCTGGGTGTGGCTTCGGCTTTGCCGCTGTGGAGCCGCGCAGTATTTGCGGCAGAACGCCCAACGTTACCGATCCCTGATTTGCTCACGACCGATGCCCGTAATCGCATTCAGTTAACTATTGGCGCAGGCCAGTCCACCTTTGGCGGGAAAACTGCAACTACCTGGGGCTATAACGGCAATCTGCTGGGGCCGGCGGTGAAATTACAGCGCGGCAAAGCGGTAACGGTTGATATCTACAACCAACTGACGGAAGAGACAACGTTGCACTGGCACGGGCTGGAAGT > CP009273/133349‑133889 | actgttttggcagcattaatttcaggatctcgtcatcttcaatcaccaccagcccagccagccccatcgccacctgtcgcccggttttgccgtgctgatgcggatggaaccagcaggtagcggcaggttgatcaacgttcaacgtcaccgagcgcttgccacctggcggaataattccctgcgggccgccgtcgacttcacccggtacttccagcccgtgccagttcaacgttgtctcttccgtcagttgatggtagatatcaaccgttaccGCt < 1:300080‑M1/3‑1 (MQ=255) tggcagcattaatttcaggatctcgtcatcttcattcaccaccagcccagccagccccatcgccacctgtcgcccggttttgccgtgctgatgcggatggaaccagcaggtagcggcaggttgatcaacgttcaacgtcaccgagcgcttgccacctggcggaataattctctgcgggccgccngcgacttcncccggtacttccagcccgtgccagtgaaacgttgtctcttccgtcagttggttgtagatatcaaccgttaccGCTTTGACGc < 1:480946‑M1/10‑1 (MQ=255) ggCTGCAGAATAACTCTGTTCTGAAAACCGTCTTCATTGCTTCTACCAGGGGCTTAAAGAAGATAAAAGTTAGCACACTGCGAGCGAGGCGACGACCTTTATTGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCGCCTTCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTAAAATATTCCGTCGCGCTGGGTGTGGCTTCGGCTTTGCCGCTGTGGAGCcgcg < 1:378961/275‑1 (MQ=255) tGAAAAACGGCGTCAGTGCTTCTACCAGGGGCTTAAAGAAGATAAACGTTAGCACAATGCGAGCGAGGCGACGACCATTATTGTCGATTAAATTGGGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCGCCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTAAAATATTCCGTCGCGCTGGGTGTGGCTTCGGCTTTGCCGCTGTGGAGCCGCGCAGTATTTGCGGCAGAACGcc < 2:251585/275‑1 (MQ=255) aaaaaCGTCTTCATTGCTTTTACCAGGGGCTTAAAGAAGATAAACGTTAGCACACTGCGAGCGAGGCGACGACCATTATTGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCGCCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTAAAATATTCCGTCGCGCTGGGTGTGGCTTCGGCTTTGCCGCTGTGGAGCCGCGCAGTATTTGCGGCAGAACGccc > 1:570404/1‑274 (MQ=255) ttGCTTCTACCAGGGTCTTAAAGAAGATAAGCGTTAGCACACTGCGAGCGTGGCGACTACCATTATTGTCGATTAAAGTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCTACGTTTGATTTTGTTTCGCCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTAAAATATTCCGTCGCGCTGGGTGTGGCTTCGGCTTTGCCGCTGTGGAGCCGCGCAGTATTTGCGGCAGAACGCCCAACGTTACCGATcc < 1:681410/275‑1 (MQ=255) gggCTTAAAGAAGATAAACGTTAGCACACTGCGAGCGAGGCGACGACCATTATTGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCGCCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTAAAATATTCCGTCGCGCTGGGTGTGGCTTCGGCTTTGCCGCTGTGGAGCCGCGCAGTATTTGCGGCAGAACGCCCAACGTTACCGATCACTGATTTGCTCAc > 1:130597/1‑275 (MQ=255) cacTTAAAGAATATAAACGTTAGCACACTCCGAGCGAGGCGACGACCGGTATTGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGTTTGACGTTCACCTAAGGGGAAGCACTATGCTCAACGTTTTCTTTTGTTTCCCCTGCTAAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTAAAATATTCCGTCTCGCTGGGTGTGGCTTCGGCTTCGCCGCTGCGGCGCAGCGCAATCTTTTCGGCAGAACGCCCAACCTTTCCTATCCCTTAtttttttctc > 2:385535/3‑268 (MQ=255) ttAAAGAAGATAAACGTTAGCACACTGCGAGCGAGGCGACGACCATTATTGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCGCCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTAAAATATTCCGTCGCGCTGGGTGTGGCTTCGGCTTTGCCGCTGTGGAGCCGCGCAGTATTTGCGGCAGAACGCCCAACGTTACCGATccc > 1:285211/1‑259 (MQ=255) agaagaTAAACGTTAGCACACTGCGAGCGAGGCGACGACCATTATTGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCGCCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTAAAATATTCCGTCGCGCTGGGTGTGGCTTCGGCTTTGCCGCTGTGGAGCCGCGCAGTATTTGCGGCAGAACGCCCAACGTTACCGATCCCTGAt < 2:285206/259‑1 (MQ=255) 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ggtgtGGGTGTGGCTTCGGCTTTGCCGCTGTGGGGCCGGGCCGTTTTTGCGGCATAACTCCCAACGTTACCGATCCCTGATTTTCGCACGACCGATGCCCGTAATCGCATTCAGTTAACTATTGGCGCAGGCCAGTCCCCCTTTGGCGGGAAAACTGCAACTACCTGGGGCTATAACGGCAATCTGCTGGGGCCGGCGGTGAAATTACAGCGCGGCAAAGCGGTAACGGTTGATATCTACAACCAACTGACGGAAGAGACAACGTTGCACTGGCa < 2:695750/271‑1 (MQ=255) ctggggTGTGG‑TTCGGGTTTGCCGGTTTGGAGCCGGGCAGTATTGGCGGCAGAACGCCCAACGTTACCGGTCCCTGATTTGCTCACGAGCGATGGCCGTAATCGCATTCAGTTAACTATTGGCTCAGGCCAGGCCACCTTTGGCGGGAAAACTGAAACTACCTGGGGCTATAACGGCAATCTGCTGGGGCCGGCGGTGAAATTACAGCGCGGCAAAGCGGTAACGGTTGATATCTACAACCAACTGACGGAAGAGACAACGTTGCACTGGCACgg < 1:410740/272‑1 (MQ=255) tgtgGCTTCGGCTTTGCCGCTGTGGAGCCGCGCAGTATTTGCGGCAGAACGCCCAACGTTACCGATCCCTGATTTGCTCACGACCGATGCCCGTAAt > 1:467570/1‑97 (MQ=255) gCTTCGGCTTTGCCGCTGTGGAGCCGCGCAGTATTTGCGGCAGAACGCCCAACGTTACCGATCCCTGATTTGCTCACGACCGATGCCCGTAATCGCa < 2:467563/97‑1 (MQ=255) cGGCTTTGCCGCTGTGGAGCCGCGCAGTATTTGCGGCAGAACGCCCAACGTTACCGATCCCTGAtt > 2:106001/1‑66 (MQ=255) cGGCTTTGCCGCTGTGGAGCCGCGCAGTATTTGCGGCAGAACGCCCAACGTTACCGATCCCTGATTTGCTCACGACCGCGGCCCGTAATCGCATTCAGTTAACTATTGTCGCAGGCCAGTCCACCCTTGGCGGGAAAACTTCAACTACGTGGGGCTATAACGGCCATCTGCTGAGTGAGGCGGTGAAAGTACAGCGCGCCACAGAGCGAACGGATGCTATCTACAACCAACTGACGGAAAAGAAAAAGTGGACCTCGGACGGGcgtgaatt > 2:316081/1‑264 (MQ=255) GCTTTGCCGCTGTGGAGCCGCGCAGTATTTGCGGCAGAACGCCCAACGTTACCGATCCCTGATTTGCTCACGACCGATGCCCGTAATCGCATTCAGTTAACTATTGGCGCAGGCCAGTCCACCTTTGGCGGGAAAACTGCAACTACCTGGGGCTATAACGGCAATCTGCTGGGGCCGGCGGTGAAATTACAgcgc < 2:673313‑M1/195‑1 (MQ=255) | TTTGCGCAGACGGCCATCAGGCTGCCGAATAACACTGTTCTGAAAAACGTCTTCATTGCTTCTACCAGGGGCTTAAAGAAGATAAACGTTAGCACACTGCGAGCGAGGCGACGACCATTATTGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCGCCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTAAAATATTCCGTCGCGCTGGGTGTGGCTTCGGCTTTGCCGCTGTGGAGCCGCGCAGTATTTGCGGCAGAACGCCCAACGTTACCGATCCCTGATTTGCTCACGACCGATGCCCGTAATCGCATTCAGTTAACTATTGGCGCAGGCCAGTCCACCTTTGGCGGGAAAACTGCAACTACCTGGGGCTATAACGGCAATCTGCTGGGGCCGGCGGTGAAATTACAGCGCGGCAAAGCGGTAACGGTTGATATCTACAACCAACTGACGGAAGAGACAACGTTGCACTGGCACGGGCTGGAAGT > CP009273/133349‑133889 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |