| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 2697456 = | 11 (0.290) | 7 (0.200) | 5/288 | NT | 31.0% | intergenic (‑34/+238) | rnc/lepB | RNase III/leader peptidase (signal peptidase I) |
| ? | CP009273 | 2697550 = | 21 (0.600) | intergenic (‑128/+144) | rnc/lepB | RNase III/leader peptidase (signal peptidase I) | |||||
ATTGCCACGGACCAGCGTGGCGCGCATCCGGCTCATATCGCCTTCATCCACACGAGGGAAACGGTGATAAAGCGCATTGGCGATAACGTAGCTCAGAATAGAGTCGCCTAAAAATTCTAAACGCTCGTTATGTTTACTGCTGGCACTACGATGAGTTAATGCCTGCTGCAACAGTTCCTGATGATTAAAAGTGTAGCCCAGCTTCCGTTGAAGCCGATTAATTACGATGGGGTTCATGCGATACCAATAAATAAATGCGTCAACAATTCAGCACACGAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAACTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGTATATGGGGACCAACGCTGTTTCGTGTGCCGTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATGGATGCCGCCAATG > CP009273/2697186‑2697712 | aTTGCCACGGACCAGCGTTGCGCGCATCCGGCTCATATCGCCTTCATCCACACGAGGGAAACGGTGATAAAGCGCATTGGCGATAACGTAGCGCAGATTAGAGTCGCCTAAAAATTCTAAACGCTCGTTATGTTTACTGCTGGCACTACGATGAGTTAATGCCTGCTGCAACAGTTCCTGATGATTAAAAGTGTAGCCCAGCTTCCGTTGAAGCCGATTAATTACGATGGGGTTCATGCGATACCAATAAATAAATGCGTCAACAATTCAGCACA < 1:378044‑M1/275‑1 (MQ=255) aCCATCGTGGCGCGCATCCGGCTCATATCGCCTGCATCCACACGAGGGAAACGGTGATAAATCGCATTGGCGATAACGTAGCTCAGAATAGAGTCGCCTAAAAATGCTAAACGTTCGTTATGNTTACTGCTGGCATTACGATGAGTTAATGCCTGCTGCAACAGTTCCTGATGATTAAAAGTGTAGCCCAGCTTCCGTTGAAGCCGATTAATTACGATGGGGTTCATGCGATACCAATAAATAAATGCGTCAACAATTCAGCACACGAAACAGAc < 1:618846/275‑1 (MQ=255) cgcgcATCCGGCTCATATCGCCTTCATCCACACGAGGGAAACGGTGATAAAGCGCATTGGCGATAACGTAGCTCAGAATAGAGTCGCCTAAAAATTCTAAACGCTCGTTATGTTTACTGCTGGCACTACGATGAGTTAATGCATGCTGCAACAGTTCCTGATGATCAAAAGTGTAGCCCAGCTTCCGTTGAAGCAGATTAATTACGATGGGGTTCATGCGATACCAATAAATAAAAACGTCAACAATACAGCACAGGAAACAGAcccggccctt > 2:646425/1‑266 (MQ=255) cATCCGGCTCATATAGCCTTCATCAACACAAGGGAAACGGTGATAAAGCGCATTGGCGATAACGTAGCTCAGAATAGAGTCGCCTAAAAGTTNTAAACGCTCGCTATGTTTACTGCTGGCACTACGATGAGTTAATGCCTGCTGCAACAGTTCCTGATGATTAAAAGTGTAGCCCAGCTTCCGTTGAAGCCGATTAATTACGATGGGGTTCATGCGATACCAATAAATAAATGCGTCAACAATTCAGCACA < 1:646434‑M1/251‑1 (MQ=255) cacaCGAGGGAAACGGTAATAAAGCGCATTGGCGATAACGTAGCTCAGAATAGAGTCGCCTAAAAATTCTAAACGCTCGTTATGTTTACTGCTGGCACTACGATGAGTTAATGCCTGCTGCAACAGTTCCTGATGATTAAAAGTGTAGCCCAGCTTCCGTTGAAGCCGATTAATTACGATGGGGTTCATGCGATACCAATAAATAAATGCGTCAACAATTCAGCACACGAAACAGAc < 1:110717/237‑1 (MQ=255) gacaggctcattggtgaTAACGTAGCTCAGAATAGAGTCGCCTAAAAATTCTAAACGCTCGTTATGTTTACTGCTGGCACTACGATGAGTNAATGCCTGCTGCAACAGTTCCTGATGATTAAAAGTGTTGCCCAGCTTCCGTTGGAGCCGATTAA‑TACGATGGGGTTCATGCGATACCAATAAATAAATGCGTCAACAATTCAGCACACGAAACAGcgttggtccccatataccggtaaactgagactgcagcgaagctgttagcagaaccatg < 1:500834‑M1/266‑59 (MQ=255) agaaagcGCATTGGCGATAACGTAGATAAGAATAGAGTCGCCTAAAAATTCTAAACGCTCGTTATGTTTACTGCTGGCACTACGATGAGTTNATGCCTGCTGCAACAGTTCCTGATGATTAAAAGTGTAGCCCAGCTTCCGTTGAAGCCGATTAATTACGATGGGGTTCATGCGATACCAATAAATAAATGCGTCAACAATTCAGCACACGAAACAGcgttggtccccatataccggtaaactgaaactgcagcgaagcagttagcagaaccatg < 1:533958‑M1/273‑59 (MQ=255) caagaaggcgaatggccgcctggtctgatattaattcgcattggcggcatccattaattgccatcttcgttcacgttgtcgccgttatggcgacaaagtgaattatttatgagataaatctcccgtggctaacgacatcccccgtcgttgtgtatagaatattcccccgaagtttaaggttggcacctccaggttgccacgGCACACGAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAACTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGTATATggg > 1:364433‑M1/202‑274 (MQ=255) ttggcggcatccattaatagccatcttcgttcacgttgtcgccgttatggcgacaacgtgaattatttatgagataaatctcccgtggctaacgacatcccccgtcgttgtgtatagaatattcccccgaagtttaaggttggcacctccaggttgccacgGCACACGAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAACTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGta < 1:209698‑M1/67‑1 (MQ=255) cggcatccattaatagccatcttcgttcacgttgtcgccgttatggcgacaacgtgaattatttatgagataaatctcccgtggctaacgacatcccccgtcgttgtgtatagaatattcccccgaagtttaaggttggcacctccaggttgccacgGCACACGAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAACTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGTATATg > 2:209694‑M1/158‑228 (MQ=255) ctgctgGCACTACGATGAGTTAATGCCTGCTGCAACAGTTCCTGATGATTAAAAGTGTAGCCCAGCTTCCGTTGAAGCCGATTAATTACGATGGGGTTCATGCGATACCAATAAATAAATGCGTCAACAATTCAG > 2:51453‑M1/1‑135 (MQ=255) tcacgttgtcgccgttatggcgacaacgtgaattatttatgagataaatctcccgtggctaacgacatcccccgtcgttgtgtatagaatattcccccgaagtttaaggttggcacctccaggttgccacgGCacac < 2:650038‑M1/6‑1 (MQ=255) tgGCACTACGATGAGTTAATGCCTGCTGCAACAGTTCCTGATGATTAAAAGTGTAGCCCAGCTTCCGTTGAAGCCGATTAATTACGATGGGGTTCATGCGATACCAATAAATAAATGCGTCAACAATTCAGCACACGAAACAGcgttggtcaccatataccggtaaactgaaactgcagcgaagcagttagcagaac > 2:486139‑M1/1‑143 (MQ=255) tgGCACTACGATGAGTTAATGCCTGCTGCAACAGTTCCTGATGATTAAAAGTGTAGCCCAGCTTCCGTTGAAGCCGATTAATTACGATGGGGTTCATGCGATACCAATAAATAAATGCGTCAACAATTCAGCACA < 1:51453‑M1/135‑1 (MQ=255) gttgtcgccgttatggcgacaacgtgaattatttatgagataaatctcccgtggctaacgacatcccccgtcgttgtgtatagaatattcccccgaagtttaaggttggcacctccaggttgccacgGCACACGaaa > 1:650047‑M1/128‑137 (MQ=255) gttgtcgccgttatggcgacaacgtgaattatttatgagataaatctcccgtggctaacgacatcccccgtcgttgtgtatagaatattcccccgaagtttaaggttggcacctccaggttgccacgGCACACGAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAACTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGta < 1:592272‑M1/67‑1 (MQ=255) aCTACGATGAGTTNATGCCTGCTGCAACAGTTCCTGATGATTAAAAGTGTAGCCCAGCTTCCGTTGAAGCCGATTAATTACGATGGGGTTCATGCGATACCAATAAATAAATGCGTCAACAATTCAGCACACGAAACAGcgttggtccccatataccggtaaactgacgctgtagtgaagctgttagcagaaccatg < 1:486146‑M1/197‑59 (MQ=255) tcgccgttatggcgacaacgtgaattatttatgagataaatctcccgtggctaacgacatcccccgtcgttgtgtatagaatattcccccgaagtttaaggttggcacctccaggttgccacgGCACACGAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAACTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGTATATg > 2:592263‑M1/124‑194 (MQ=255) aCGATGAGTTAATGCCTGCTGCAACAGTTCCTGATGATTAAAAGTGTAGCCCAGCTTCCGTTGAAGCCGATTAATTACGATGGGGTTCATGCGATACCAATAAATAAATGCGTCAACAATTCAGCACACGAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAACTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGTATATGGGGACCaa > 2:399873/1‑202 (MQ=255) tGAGTTAATGCCTGCTGCAACAGTTCCTGATGATTAAAAGTGTAGCCCAGCTTCCGTTGAAGCCGATTAATTACGATGGGGTTCATGCGATACCAATAAATAAATGCGTCAACAATTCAGCACACGAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAACTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGTATATGGGGACCAACGct > 1:399880‑M2/1‑200 (MQ=255) gacaacgtgaattatttatgagataaatctcccgtggctaacgacatcccccgtcgttgtgtatagaatattcccccgaagtttaaggttggcacctccaggttgccacgGCACACGAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAACTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGta < 2:408683‑M1/67‑1 (MQ=255) tgctgcAACAGTTCCTGATGATTAAAAGTGTAGCCCAGCTTCCGTTGAAGCCGATTAATTACGATGGGGTTCATGCGATACCAATAAATAAATGCGTCAACAATTCAGCACAC > 1:552004‑M1/1‑113 (MQ=255) acgtgaattatttatgagataaatctcccgtggctaacgacatcccccgtcgttgtgtatagaatattcccccgaagtttaaggttggcacctccaggttgccacgGCACACGAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAACTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGTATATg > 1:408690‑M1/107‑177 (MQ=255) gcAACAGTTCCTGATGATTAAAAGTGTAGCCCAGCTTCCGTTGAAGCCGATTAATTACGATGGGGTTCATGCGATACCAATAAATAAATGCGTCAACAATTCAGCACACGAAA < 2:551995‑M1/113‑1 (MQ=255) gTTCCTGATGATTAAAAGTGTAGCCCAGCTTCCGTTGAAGCCGATTAATTACGATGGGGTTCATGCGATACCAATAAATAAATGCGTCAACAATTCAGCACACGAAACAGcgttggtccccatataccggtaaactgaaactgcagcgaagcagttagcagaac > 2:554538‑M1/1‑110 (MQ=255) cTGATGATTAAAAGTGTAGCCCAGCTTCCGTTGAAGCCGATTAATTACGATGGGGTTCATGCGATACCAATAAATAAATGCGTCAACAATTCAGCACACGAAACAGcgttggtccccatataccggtaaactgaaactgcagcgaagcagttagcagaaccatg < 1:554547‑M1/164‑59 (MQ=255) tAGCCCAGCTTCCGTTGAAGCCGATTAATTACGATGGGGTTCATGCGATACCAATAAATAAATGCGTCAACAATTCAGCACACGAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAACTGCTTCGCTGcagtttcag > 2:454589/1‑134 (MQ=255) ccAGCTTCCGTTGAAGCCGATTAATTACGATGGGGTTCATGCGATACCAATAAATAAATGCGTCAACAATTCAGCACACGAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAACTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTa < 1:454596/134‑1 (MQ=255) aTGGGGTTCATGCGATACCAATAAATAAATGCGTCAACAATTCAGCACACGAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAACTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGTATATGGGGACCAACGCTGTTTCGTGTGCCGTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCgg > 1:448691/1‑173 (MQ=255) ggTTCATGCGATACCAATAAATAAATGCGTCAACAATTCAGCACACGAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAACTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGTATATGGGGACCAACGCTGTTTCGTGTGCCGTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGa < 2:448684/173‑1 (MQ=255) gTTCATGCGATACCAATAAATAAATGCGTCAACAATTCAGCACACGAAACAG > 1:117482‑M1/1‑52 (MQ=255) aTGCGATACCAATAAATAAATGCGTCAACAATTCAGCACACGAAACAGcgtt < 2:117481‑M1/52‑5 (MQ=255) aataaataAATGCGTCAACAATTCAGCACACGAAACAGcgttggtccccatataccggtaaactgaaactgcagcgaagcagttagcagaac > 1:558905‑M1/1‑38 (MQ=255) aataaatGCGTCAACAATTCAGCACACGAAACAGcgttggtccccatataccggtaaactgaaactgcagcgaagcagttagcagaaccatg < 2:558896‑M1/92‑59 (MQ=255) aataaatGCGTCAACAATTCAGCACACGAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAACTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGTATATGGGGACCAACGCTGTTTCGTGTGCCGTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGAt > 2:520125/1‑199 (MQ=255) aatGCGTCAACAATTCAGCACACGAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAACTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGTATATGGGGACCAACGCTGTTTCGTGTGCCGTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGTGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTAt < 1:520132/199‑1 (MQ=255) aatGCGTCAACAATTCAGCACACGAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAACTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGTATATGGGGACCAACGCTGTTTCGCGTGCCGTGTCAACCTGGAGTTTCCAACCTTAAACTTCGCGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGTGAGATTTATCTCATAAGTAATTCACGTTGTCGCCTTAACGGCGACAACGTGAACTAAAATGTCTATTAATGTATGCCACCAATg > 1:282489/1‑274 (MQ=255) | ATTGCCACGGACCAGCGTGGCGCGCATCCGGCTCATATCGCCTTCATCCACACGAGGGAAACGGTGATAAAGCGCATTGGCGATAACGTAGCTCAGAATAGAGTCGCCTAAAAATTCTAAACGCTCGTTATGTTTACTGCTGGCACTACGATGAGTTAATGCCTGCTGCAACAGTTCCTGATGATTAAAAGTGTAGCCCAGCTTCCGTTGAAGCCGATTAATTACGATGGGGTTCATGCGATACCAATAAATAAATGCGTCAACAATTCAGCACACGAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAACTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGTATATGGGGACCAACGCTGTTTCGTGTGCCGTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATGGATGCCGCCAATG > CP009273/2697186‑2697712 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |