New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | 2697552 = | 22 (0.570) | 9 (0.250) | 7/290 | NT | 26.3% | intergenic (‑130/+142) | rnc/lepB | RNase III/leader peptidase (signal peptidase I) |
? | CP009273 | 2697894 = | 30 (0.850) | coding (775/975 nt) | lepB | leader peptidase (signal peptidase I) |
AATAGAGTCGCCTAAAAATTCTAAACGCTCGTTATGTTTACTGCTGGCACTACGATGAGTTAATGCCTGCTGCAACAGTTCCTGATGATTAAAAGTGTAGCCCAGCTTCCGTTGAAGCCGATTAATTACGATGGGGTTCATGCGATACCAATAAATAAATGCGTCAACAATTCAGCACACGAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAACTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGTATATGGGGACCAACGCTGTTTCGTGTGCCGTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATGGATGCCGCCAATGCGACTTAAGCGCAGACCAGTCGGCCATTCGCCTTCTTGCTTATCGAAGCTCATCCAGATAGCCGTTGCCCGACCGACCAGATTCGCTTCC > CP009273/2697282‑2697802 | cgggatgcagttccggccaggcgtgtgaaaacgcgctgccggtcacctacgcaaacgtggaaccgagcgatttcgttcagaccttctcacgccgtaatggtggggaagcgaccagcggattctttgaagtgccgaaaaacgaaaccaaagaaaatggaattcgtctttccgagcgtaaagagacactgggtgatgtgacgcaccgcattctgacagtgccgattgcgcaggatcaggtggggatgtattaccagcagccagggcaacaacTgg > 1:148007‑M1/271‑273 (MQ=255) gacagcatttccggccaggcgtgtgaaaacgcgctgccggtcacctactcaaacgtggaaccgagcgatttcgttcagaccttctcacgccgtaatggtggggaagcgaccagcggattctttgaagtgacgaaaaacgaaaccaaagaaaatggaattcgtctttccgagcgtaaagagacactgggtgatgtgacgcaccgcattctgacagtgccgattgcgcaggatcaggtggggatgtattaccagcagccagggcaacaacTGGCaa > 1:174389‑M1/269‑274 (MQ=255) aggcgtgtgaaaacgagctgccggtcacctactcaaacgcggaaccgagcgatttcgttcagaccttctcacgcagtagtggtggggaagcgacccgcggattctttgaagtgccgacaaacgaaaccaaagaaaatggaattcgtctttccgagcgtaaagagacactgggtgatgtgacgcaccgcattatgacagtgccgattgcacaggaacagggggggatgtataaccagaagccagggcaaaaacTGGCAACATGGAggtgccggtc < 2:174386‑M1/22‑5 (MQ=255) aaacgtggaaccgagcgatttcgttcagaccttctcacgccgtaatggtggggaagcgaccagcggattctttgaagtgccgaaaaacgaaaccaaagaaaatggaattcgtctttccgagcgtaaagagacactgggtgatgtgacgcaccgcattctgacagtgccgattgcgcaggatcaggtggggatgtattaccagcagccagggcaacaacTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACATCGGGGGAATATTCTATACACAacgacg < 1:11831‑M1/57‑1 (MQ=255) accagcggattctttgaagtgccgaaaaacgaaaccaaagaaaatggaattcgtctttccgagcgtaaagagacactgggtgatgtgacgcaccgcattctgacagtgccgattgcgcaggatcaggtggggatgtattaccagcagccagggcaacaacTGGCAAcc < 1:684094‑M1/8‑1 (MQ=255) gcggattctttgaagtgccgaaaaacgaaaccaaagaaaatggaattcgtctttccgagcgtaaagagacactgggtgatgtgacgcaccgcattctgacagtgccgattgcgcaggatcaggtggggatgtattaccagcagccagggcaacaacTGGCAACCTGGa > 2:684085‑M1/157‑168 (MQ=255) aTGGGGTTCATGCGATACCAATAAATAAATGCGTCAACAATTCAGCACACGAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAACTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGTATATGGGGACCAACGCTGTTTCGTGTGCCGTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCgg > 1:448691/1‑173 (MQ=255) ggTTCATGCGATACCAATAAATAAATGCGTCAACAATTCAGCACACGAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAACTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGTATATGGGGACCAACGCTGTTTCGTGTGCCGTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGa < 2:448684/173‑1 (MQ=255) agaaaatggaattcgtctttccgagcgtaaagagacactgggtgatgtgacgcaccgcattctgacagtgccgattgcgcaggatcaggtggggatgtattaccagcagccagggcaacaacTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCAAAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAAAGAAGATGGATATTAATGGATgc < 1:219971‑M1/153‑1 (MQ=255) aataaatGCGTCAACAATTCAGCACACGAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAACTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGTATATGGGGACCAACGCTGTTTCGTGTGCCGTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGAt > 2:520125/1‑199 (MQ=255) tgtaattcggctttccgagcgtacagtgacacggggtgatgtgccgctccgcattctgacagtgccgattgcgcaggatcaggtggggaggtattaccagccgccagggcaacaacTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTCATCTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGGCGGGGGATGTCGTTAGCCCCGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGGAGATGGCTATTAATGGATGCCGCCaa > 2:293781‑M1/117‑275 (MQ=255) tggaattcgtctttccgagcgtaaagagacactgggtgatgtgacgcaccgcattctgacagtgccgtttgcgcaggagcaggtggggatgtattaccagcagccagggcaaccacNGGCAACCTGGAAGTGCCAAGCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATGGATGCCGCCaa > 1:665904‑M1/117‑275 (MQ=255) aatGCGTCAACAATTCAGCACACGAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAACTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGTATATGGGGACCAACGCTGTTTCGTGTGCCGTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGTGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTAt < 1:520132/199‑1 (MQ=255) aatGCGTCAACAATTCAGCACACGAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAACTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGTATATGGGGACCAACGCTGTTTCGCGTGCCGTGTCAACCTGGAGTTTCCAACCTTAAACTTCGCGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGTGAGATTTATCTCATAAGTAATTCACGTTGTCGCCTTAACGGCGACAACGTGAACTAAAATGTCTATTAATGTATGCCACCAATg > 1:282489/1‑274 (MQ=255) tcgtctttccgagcgtaaagagacactgggtgatgtgacgcaccgcattctgacagtgccgattgcgcaggatcaggtggggatgtattaccagcagccagggcaacaacTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGGCGCCATAACGGCGACCAAGTGAACGAAAACGGcaattaatggatgcagacaaagagac < 1:293787‑M1/165‑13 (MQ=255) CACACGAAACAGACCTGATATACATGGGTCTGCTAACTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGTATATGGGGACCAACGCTGTTTCGTGTGCCGTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATGGATGCCGCCAATGCGACTTAAGCGAagacaag < 1:410092‑M1/275‑4 (MQ=255) ggtggcactgggtgatgtgacgctccgcattctgacagtgccgattgcgcaggctcagttggggatgtagtaccagcagccagggcaacaacTGGCAACCTGGAGGTTCCATCCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTAAACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGACACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATGGATGCCGCCAATGCGACTTAAGCGCAGACCAGTc > 2:219966‑M1/93‑274 (MQ=255) cccatataccggtaaactgaaactgcagcgaagcagttagcagaaccatgtatatcaggtctgtttcgtgtgcCGTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACTTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCAATTAATGGATGCCGCCAATGCGAATTAATATCAGACCAGGCGGCCATTCGCCTTCTTg > 1:364433‑M2/74‑274 (MQ=255) catataccggtaaactgaaactgcagcgaagcagttagcagaaccatgtatatcaggtctgtttcgtgtgcCGTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGt > 1:408690‑M2/72‑177 (MQ=255) catataccggtaaactgaaactgcagcgaagcagttagcagaaccatgtatatcaggtctgtttcgtgtgcCGTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGa > 2:592263‑M2/72‑194 (MQ=255) catataccggtaaactgaaactgcagcgaagcagttagcagaaccatgtatatcaggtctgtttcgtgtgcCGTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATGGATgccg > 2:209694‑M2/72‑228 (MQ=255) taccggtaaactgaaactgcagcgaagcagttagcagaaccatgtatatcaggtctgtttcgtgtgcCGTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTc < 2:408683‑M2/110‑1 (MQ=255) taccggtaaactgaaactgcagcgaagcagttagcagaaccatgtatatcaggtctgtttcgtgtgcCGTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAAc < 1:592272‑M2/127‑1 (MQ=255) taccggtaaactgaaactgcagcgaagcagttagcagaaccatgtatatcaggtctgtttcgtgtgcCGTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATGGATGCCGCCaa < 1:209698‑M2/161‑1 (MQ=255) ttCTGCTAACTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGTATATGGGGACCAACGCTGTTTCGTGTGCCGTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGt > 1:356586/1‑133 (MQ=255) cTGCTAACTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGTATATGGGGACCAACGCTGTTTCGTGTGCCGTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCgg > 2:572378/1‑99 (MQ=255) tGCTAACTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGTATATGGGGACCAACGCTGTTTCGTGTGCCGTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCgggg > 1:218469/1‑100 (MQ=255) gCTAACTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGTATATGGGGACCAACGCTGTTTCGTGTGCCGTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGtt < 2:356580/133‑1 (MQ=255) tAACTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGTATATGGGGACCAACGCTGTTTCGTGTGCCGTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGa < 1:572387/99‑1 (MQ=255) aaCTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGTATATGGGGACCAACGCTGTTTCGTGTGCCGTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAat < 2:218464/100‑1 (MQ=255) cagtgccgattgcgcaggatcaggtggtgatgtattaccagcagccagggcaacaacTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATGGATgccg < 1:410547‑M1/155‑1 (MQ=255) gccgattgcgcaggatcaggtggggatgtattaccagcagccagggcaacaacTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATGGATGCCGCCaa > 2:410540‑M1/54‑212 (MQ=255) cGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGTATATGGGGACCAACGCTGTTTCGTGTGCCGTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAatat > 2:664544/1‑94 (MQ=255) cGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGTATATGGGGACCAACGCTGTTTCGTGTGCCGTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAatat > 2:92161/1‑94 (MQ=255) gCAGTTTCAGTTTACCGGTATATGGGGACCAACGCTGTTTCGTGTGCCGTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCta < 1:92162/94‑1 (MQ=255) gCAGTTTCAGTTTACCGGTATATGGGGACCAACGCTGTTTCGTGTGCCGTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCta < 1:664553/94‑1 (MQ=255) gtttACCGGTATATGGGGACCAACGCTGTTTCGTGTGCCGTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCgg > 2:436923/1‑73 (MQ=255) aCCGGTATATGGGGACCAACGCTGTTTCGTGTGCCGTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGa < 1:436930/73‑1 (MQ=255) aCCGGTATATGGGGACCAACGCTGTTTCGTGTGCCGTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACaa > 2:394644/1‑88 (MQ=255) gTATATGGGGACCAACGCTGTTTCGTGTGCCGTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAacgac < 1:394651/88‑1 (MQ=255) ggACCAACGCTGTTTCGTGTGCCGTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCa > 1:560652/1‑125 (MQ=255) ggACCAACGCTGTTTCGTGTGCCGTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATGGATGCCGCCAATGCGACTTAAGCGCAGACCAGTCGGCCATTCGCCTTCTTTCTTATCGACGCTCATCCAGATAGCCGTTGCCCGAACGACCAGATACGCTTcc > 1:568442/1‑275 (MQ=255) cAACGCTGTTTCGTGTGCCGTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGtt < 2:560643/125‑1 (MQ=255) tttcgtgtgcCGTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAAc > 1:650047‑M2/11‑137 (MQ=255) gtgtgcCGTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGa < 2:650038‑M2/131‑1 (MQ=255) | AATAGAGTCGCCTAAAAATTCTAAACGCTCGTTATGTTTACTGCTGGCACTACGATGAGTTAATGCCTGCTGCAACAGTTCCTGATGATTAAAAGTGTAGCCCAGCTTCCGTTGAAGCCGATTAATTACGATGGGGTTCATGCGATACCAATAAATAAATGCGTCAACAATTCAGCACACGAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAACTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGTATATGGGGACCAACGCTGTTTCGTGTGCCGTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATGGATGCCGCCAATGCGACTTAAGCGCAGACCAGTCGGCCATTCGCCTTCTTGCTTATCGAAGCTCATCCAGATAGCCGTTGCCCGACCGACCAGATTCGCTTCC > CP009273/2697282‑2697802 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |