| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 360104 = | 9 (0.230) | 48 (1.250) | 36/314 | NT | 75.6% | intergenic (‑38/+557) | lacZ/lacI | pseudogene, truncated/DNA‑binding transcriptional repressor |
| ? | CP009273 | = 360286 | 22 (0.570) | intergenic (‑220/+375) | lacZ/lacI | pseudogene, truncated/DNA‑binding transcriptional repressor | |||||
AGCGCCACCATCCAGTGCAGGAGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTAATGTCATGGGAAGATCCAGCCGACCAGGCTTTCCACGCCCGCGTGCCGCTCCATGTCGTTCGCGCGGTTCTCGGAAACGCGCTGCCGCGTTTCGTGATTGTCACGCTCAAGCCCGTAGTCCCGTTCGAGCGTCGCGCAGAGGTCAGCGAGGGCGCGGTAGGCCCGATACGGCTCATGGATGGTGTTTCGGGTCGGGTGAATCTTGTTGATGG > CP009273/360041‑360554 | gtgtagaccctccggcGCAGGACCTCAGCTGATAAGCTGTCAGACATGAGATTTCCCCTCCCCATTTCCTGGCAGTTTATGGCGTGCGCCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCACATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTaattcctggcagtttatggcgggcgtcct > 2:227416‑M2/7‑246 (MQ=255) aacgaaaggcccagtctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCCGGCCGTTGCTTCCCAACGTTCAAATCCGCTCCCGGCGGCTTTGTCCTCCTCAGGAGAGCGGTCACCGACAAACAACAGAAAAAACGAAAAGCCCAGGCTTTCGACTGAGCCTTTCAGTTCATTTTATGCCTGGGGAAATGGGAATGAATTTTTGAAAGCGAAAGGGCCTcgttt < 2:709439‑M1/218‑3 (MQ=255) agatcCAGTGCAGGAGCTACGATGATAAGCTGTCAAACATGATAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTaattcctggcagtttatggcgggcgtcctgcccgcc > 1:106711‑M2/3‑239 (MQ=255) cAGGAGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTaattcctggaagtttatggagggcggcctgtccgccccccctgcc < 1:227421‑M2/274‑46 (MQ=255) tttttcgactgggcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACACCTATTTTta > 1:709449‑M1/44‑275 (MQ=255) tcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATGCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTAATGTCATggg > 1:409694‑M1/27‑275 (MQ=255) gaATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCCGGAGAGCGTTCACCGACACACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGTCTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTaattcctggccgtttatggcgggcgtcctgcccgccaccccccgggccgcttcttcgcaacgatcaaatccgccccc < 1:622846‑M2/274‑78 (MQ=255) ctctcccCCATTCCTGGCATTTTTCGGCGGGCGTCCTGCCCCCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTaattcctggcagtttatggcgggcgtcctgcccgccaccctccgggccgttgcttcgcaacgttcaaatccgctcccggcggat > 1:141321‑M2/4‑191 (MQ=255) aattaattccTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGGCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCTCAACGTTCAAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAACACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTTGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTaattcctggc > 1:395820‑M2/5‑187 (MQ=255) ccTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTTATTCCTGGGGAATTTGGAATTAATTTTTTAAGACGAAAAGGCCTCGGTATAAGCCTATTTTTATAGGTTAATGTAAAGGGAAGATCCATCCGACCAACCttttttcctcc > 2:583966/1‑267 (MQ=17) 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cTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTaattcctggcagtttatggcgggcgtcctgcccgccaccctccgggccgttgcttcgcaacgttcaaatccgctcccggcggatttgtcctactcaggagagcgttcaccgacaaacaacagataaaacgaaaggcccagtctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctgg > 1:42995‑M2/1‑29 (MQ=255) cTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTaattcctggcagtttatggcgggcgtcctgcccgccaccctccgggccgttgcttcgcaacgttcaaatccgctcccggcggatttgtc > 2:608365‑M2/1‑29 (MQ=255) cTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTaattcctggcagtttatggcgggcgtcctgcccgccaccctccgggccgttgcttcgcaacgttcaaatccgctcccggcggatttgtc > 1:228913‑M2/1‑29 (MQ=255) cTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTaattcctggcagtttatggcgggcgtcctgcccgccaccctccgggccgttgcttcgcaacgttcaaatccgctcccggcggat > 1:336785‑M2/1‑29 (MQ=255) cTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTa < 1:233049/85‑1 (MQ=255) tCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTaattcctggcagtttatggcgggcgtcctgcccgccaccctccgggccgttgcttcgcaacgttcaaatccgctcccggcggatttgtcctactcaggagagcgttcaccgacaaacaacagataaaacgaaaggcccagtctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattgggaattaatgcttgaagacgaaagggcctcgtgatacgcctatttttataggttaatgtcatggg > 1:409694‑M2/1‑26 (MQ=255) tATTTGATGCCTGGGGAATTaattcctggcagtttatggcgggcgtcctgcccgccaccctccgggccgttgcttcgcaacgttcaaatccgctcccggcggatttgtcct > 1:594566‑M2/1‑20 (MQ=255) tATTTGATGCCTGGGGAATTaattcctggcagtttatggcgggcgtcctgcccgccaccctccgggccgttgcttcgcaacgttcaaatccgctcccggcggatttgtcct < 2:594557‑M2/111‑92 (MQ=255) tATTTGATGCCTGGGGAATTaattcctggcagtttatggcgggcgtcctgcccgccaccctccgg < 2:203160‑M2/65‑46 (MQ=255) tATTTGATGCATGGGGAATTaattcctggcagtttatggcgggcgtcctgcccgccaccctccgggccgttgcttcgcaacgttaaaatccgctcccggcggatttgtcctactcaggagagcgttcaccgacaaacaacagataaaacgaaaggcccattctttcgactgagccttt < 1:715141‑M2/178‑159 (MQ=255) tGATGCCTGGGGAATTaattcctggcagtttatggcgggcgtcctgcccgccaccctccgggccg > 1:203164‑M2/1‑16 (MQ=255) 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(MQ=255) | AGCGCCACCATCCAGTGCAGGAGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTAATGTCATGGGAAGATCCAGCCGACCAGGCTTTCCACGCCCGCGTGCCGCTCCATGTCGTTCGCGCGGTTCTCGGAAACGCGCTGCCGCGTTTCGTGATTGTCACGCTCAAGCCCGTAGTCCCGTTCGAGCGTCGCGCAGAGGTCAGCGAGGGCGCGGTAGGCCCGATACGGCTCATGGATGGTGTTTCGGGTCGGGTGAATCTTGTTGATGG > CP009273/360041‑360554 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |