New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | = 2821800 | 47 (1.220) | 10 (0.270) | 8/300 | NT | 22.8% | coding (705/780 nt) | srlD | sorbitol‑6‑phosphate dehydrogenase |
? | CP009273 | = 2822162 | 23 (0.630) | coding (183/360 nt) | srlM | sorbitol‑responsive srl operon transcriptional activator |
TAGAATGCCTGATGCGCTACGCTCATCAGGCATACAGGACTTCCGCCACTACATTAAGGAAAAGTTATGGTATCCGCACTCATCACCGTCGCCGTTATCGCCTGGTGTGCGCAACTGGCCTTAGGCGGCTGGCAAATTTCTCGTTTTAACCGTGCCTTCGACACACTATGCCAGCAAGGGCGGGTTGGCGTGGGCCGTTCCAGCGGGCGCTTTAAACCGCGGGTCGTGGTCGCCATCGCGCTGGACGATCAGCAGCGCATCGTCGACACCTTGTTTATGAAAGGACTGACCGTCTTCGCCCGACCGCAAAAAATTCCCGCAATTACCGGTATGCATGCGGGTGATTTACAGCCCGATGTGATCTTTCCCCATGATCCACTATCACAGAATGCTCTATCATTGGCGCTTAAACTGAAACGTGGATAATTTCGTTGTGAATGTTACTTGCTTGCGAAGTTATCATTTTGAAACCTAAATCAGGTAATCACG > CP009273/2821914‑2822402 | taGAATGCCTGTTGCGCTACGTTTATCTGGCATACAGGACGTCCGCCACTACATTAAGGAAAAGTTATGGTATCCTCAATCATCACCGTGGCCGTTATCGCCTGGTGTGCGCAACTGGCCTTAGTCGGCTGGCAAATTTCTCGTTTTAACCGTGCCTTCGACACACTATGCCAGCAAGGGCGCGTTGGCGTGGGCCGTTCCAGCGGGCGCTTTAAACCGCGGGTCGTGGTCGCCATCGCGCTGGACGATCAGCAGCGCATCGTCGACACCTTGtt < 1:588375/275‑1 (MQ=255) gCATACAGGACTTCCGCCACTACATTAAGGAAAAGTTATGGTATCCGCACTCATCACCGTCGCCGTTATCGCCTGGTGTGCGCAACTGGCCTTAGGCGGCTGGCAAATTTCTCGTTTTAACCGTGCCTTCGACACACTATGCCAGCAAGGGCGGGTTGGCGTGGGCCGTTCCAGCGGGCGCTTTAAACCGCGGGTCGTGGTCGCCATCGCGCTGGACGATCAGCAGCGCATCGTCGACACCTTGTTTATGAAAg > 2:128138/1‑254 (MQ=255) aCAGGACTTCCGCCACTACATTAAGGAAAAGTTATGGTATCCGCACTCATCACCGTCGCCGTTATCGCCTGGTGTGCGCAACTGGCCTTAGGCGGCTGGCAAATTTCTCGTTTTAACCGTGCCTTCGACACACTATGCCAGCAAGGGCGGGTTGGCGTGGGCCGTTCCAGCGGGCGCTTTAAACCGCGGGTCGTGGTCGCCATCGCGCTGGACGATCAGCAGCGCATCGTCGACACCTTGTTTATGAAAGGACt < 1:128139/254‑1 (MQ=255) aCTTCCGCCACTACATTAAGGAAAAGGTATGGTATCAGCACTCATCACCGTCGACGTTATCGCATGGTNTGCGCAACTGGCCTTAGGCGGCTGGCAAATTTCTAGTTTTAACCGTGCCTTCGACACACTATGCCAGCAAGGGCGGGTTGGCGTGGGCCGTTCCAGCGGGCGCTTTAAACCGCGGGTCGTGGTCGCCATCGCGCTGGACGATCAGCAGCGCa < 1:596630/221‑1 (MQ=255) ttCCGCCACTACATTAAGGAAAAGTTATGGTATCCGCACTCATCACCGTCGCCGTTATCGCCTGGTGTGCGCAACTGGCCTTAGGCGGCTGGCAAATTTCTCGTTTTAACCGTGCCTTCGACACACTATGCCAGCAAGGGCGGGTTGGCGTGGGCCGTTCCAGCGGGCCCTTTAAACCGCGGGTCGTGGTCGCCATCGCGCTGGCCGATcagcagcaaattccgcacaccttgataatcgcagccgggtttgagcggtactttgtcggtgttat < 2:701223‑M2/274‑66 (MQ=255) aaGTTATGGTATCCGCACTCATCACCGTCGCCGTTATCGCCTGGTGTGCGCAACTGGCCTTAGGCGGCTGGCAAATTTCTCGTTTTAACCGTGCCTTCGACACACTATGCCAGCAAGGGCGGGTTGGCGTGGGCCGTTCCAGCGGGCGCTTTAAACCGCGGGTCGTGGTCGCCATCGTGCTGGACGATCAGCAGCGCATCGTAGACACCCTGTTTATGCAAGGACTGACCGTCTTCGCCAGACCGCAACAAATTCCCGCAATTACCGGAatgcat > 1:381779/1‑275 (MQ=255) tcaCCGTCGCCGTTATCGCCTGGTGTGCGCAACTGGCCTTAGGCGGCTGGCAAATTTCTCGTTTTAACCGTGCCTTCGACACACTATGCCAGCAAGGGCGGGTTGGCGTGGGCCGTTGCAGCGGGCGCTTTAAACCGCGGGTCGTGCTCGCCATCGCGCTGGACGATCAGCAGCGCATCGTCGACACCTTGTTGATGAAAGGACTGACCGTCTTCGCCCGACCGCAAAAAATTCCCGCAATTACCGGTATGCATGCGGGTGATTTACAGCCCGa > 1:630373/1‑274 (MQ=255) aCCGTCGCCGTTATCGCCTGGTGTGCGCAACTGGCCTTAGGCGGCTGGCAAATTTCTCGTTTTAACCGTGCCTTCGACACACTATGCCAGCAAGGGCGGGTTGGCGTGGGCCGTTCCAGCGGGCGCTTTAAACCGCGGGTCGTGGTCGCCATCGCGCTGGACGATCAGCAGCGCATCGTCGa < 1:289697/182‑1 (MQ=255) tgtgCGCAACTGGCCTTAGTCGGCTGGCAAATTTCTCGTTTTAACCGTGCCTTCGACACACTATGCCAGCAAGGGCGGGTTGGCGTGGGCCGTTCCAGCGGGCGCTTTAAACCGCGGGTCGTGGTCGCCATCGCGCTGGACGATCAGCAGGGCATCGTCGACACCATGTTTATGAAAGGACTGACCGTATTCGCCCGACCGCAAAAAATTCCCGCAATTACCGGTATGCCTTAGGGTGATTTACAGCACGAAGTGATGTTTccccctttcccct > 1:566614/1‑265 (MQ=255) cgcAACTGGCCTTAGGCGGCTGGCAAATTTCTCGTTTTAACCGTGCCTTCGACACACTATGCCAGCAAGGGCGGGTTGGCGTGGGCCGTTCCAGCGTGCGCTTTAAACCGCGGGTCGTGGTCGCCATCGCGCTGGACGATCAGCAGCGCATCGTCGACACCTTGTTTATGAAAGGACTGACCGTCTTCGCCCGACCGCAAAAAATTCCCGCAATTACCGGTATGCATGCGGGTGATTTACAGCCCGATGTGATCTTTCCCCATGATCCACTATc < 1:379759/274‑1 (MQ=255) tGGCCTTAGGCGGCTGGCAAATTTCTCGTTTTAACCGTGCCTTCTACACACTATGCCAGCAAGGGCGGGTTGGCGTGGGTCGTTCCAGCGGGCGCTTTAAACCGCGGGTCGTGGTCGCCATCGCGCTGGACGATcagcagcatattcagcacatcttgataatcgcagccgcgtttgagcggtactttgtcgatgtaatactgctcgacttgatccggtttgatacccagcttggtcgcgtattgtggcaacagtgactggaacatcggcgattt > 1:701232‑M2/1‑134 (MQ=255) tGGCCTTAGGCGGCTGGCAAATTTCTCGTTTTAACCGTGCCTTCGACACACTATGCCAGCAAGGGCGGGTTGGCGTGGGCCGTTCCAGCGGGCGCTTTAAACCGCGGGTCGTGGTCGCCATCGCGCTGGACGATcagcagcatattcagcacatcttgataatcgcagccgcgtttgagcggtactttgtcgatgtaatactgctcgacttgatccggtttgatacccagcttggtcgcgtattgtggcaacagcgactggaacatcggcgattt < 2:133007‑M2/275‑142 (MQ=255) gCCTTAGGCGGCTGGCAAATTTCTCGTTTTAACCGTGCCTTCGACACACTATGCCAGCAAGGGCGGGTTGGCGTGGGCCGTTCCAGCGGGCGCTTTAAACCGCGGGTCGTGGTCGCCATCGCGCTGGACGATCAGCAGCGCATCGTCGACACCTTGTTTATGAAAGGACTGACCGTCTTCGCCCGACCGCAAAAAATTCCCGCaa > 2:163375/1‑205 (MQ=255) tAGGCGGCTGGCAAATTTCTCGTTTTAACCGTGCCTTCGACACACTATGCCAGCAAGGGCGGGTTGGCGTGGGCCGTTCCAGCGGGCGCTTTAAACCGCGGGTCGTGGTCGCCATCGCGCTGGACGATCAGCAGCGCATCGTCGACACCTTGTTTATGAAAGGACTGACCGTCTTCGCCCGACCGCAAAAAATTCCCGCAATTAc < 1:163378/205‑1 (MQ=255) aaCCGTGCCTTCGACACACTATGCCAGCAAGGGCGGGTTGGCGTGGGCCGTTCCAGCGGGCGCTTTAAACCGCGGGTCGTGGTCGCCATCGCGCTGGACGATcagcagcatattcagcacatcttgataatcgcagccgcgtttgagcggtactttgtcgatgtaatactgctcgacttgatccggtttgatacccagcttggtcgcgtattgtggcaacagtgactggaacatcggcgatttcagcaggttaccgagcatcagtgaatgcaccg > 1:133008‑M2/1‑102 (MQ=255) ggcaaaggaTGCCAGAGAGGGCGGGTGGGCGTGCGCCGTTCCAGCGGGCGCTTTAAACCGCGGGTAGTGGTCGCCATCGCGCTGGACGATCAGCAGCGCATCGTCGACACCTTGTTTATGAAAGGACTGACCGTCTTCGCCCGACCGAAAAAAATTCCCGCAATTACCGGTATGCATGCGGGTGATTTACAGCCCGATGTGATCTTTCCCCATGATCCACTATCACAGAATGCTCTATCATTGGCGCTTAAACTGAAACGTGGATAATTTCGtt < 2:89452/266‑1 (MQ=255) acTATGCCAGCAAGGGCGGGTTGGCGTGGGCCGTTCCAGCGGGCGCTTTAAACCGCGGGTCGTGGTCGCCATCGCGCTGGACGATCAGCAGCGCATCGTCGACACCTTGTTTATGAAAGGACTGACCGTCTTCGCCAGACCGCAAAAAATTCCCGCAATTACCAGTATGCATGCGGGTTATTTACAGcc > 1:150138/1‑189 (MQ=255) tGCCAGCAAGGGCGGGTTGGCGTGGGCCGTTCCAGCGGGCGCTTTAAACCGCGGGTCGTGGTCGCCATCGCGCTGGACGATCAGCAGCGCATCGTCGACACCTTGTTTATGAAAGGACTGACCGTCTTCGCCCGACCGCAAAAAATTCCCGCAATTACCGGTATGCATGCg > 2:545569/1‑171 (MQ=255) tGCCAGCAAGGGCGGGGTGGCGTGGGCCGTTCCAGCGGGCGCTTTAAACCGCGGGTCGTGGTCGCCATCGCGCTGGACGATCAGCAGCGCATCGTCGACACCTTGTTTATGAAAGGACTGACCGTCTTCGCCCGACCGCAAAAAATTCCCGCAATTACCGGTatgcatgc > 1:529005/1‑170 (MQ=255) aGCAAGGGCGGGTTGGCGTGGGCCGTTCCAGCGGGCGCTTTAAACCGCGGGTCGTGGTCGCCATCGCGCTGGACGATCAGCAGCGCATCGTCGACACCTTGTTTATGAAAGGACTTACCGTCTTCGCCCGACCGCAAAAAATTCCCGCAATTACCGGTATGCATGCGGGTg < 1:545578/171‑1 (MQ=255) aGCAAGGGCGGGTTGGCGTGGGCCGTTCCAGCGGGCGCTTTAAACCGCGGGTCGTGGTCGCCATCGCGCTGGACGATCAGCAGCGCATCGTCGACACCTTGTTTATGAAAGGACTGACCGTCTTCGCCCGACCGCAAAAAATTCCCGCAATTACCGGTATGCATGCGGGt < 2:528997/170‑1 (MQ=255) cAAGGGCGGGTTGGCGTGGGCCGTTCCAGCGGGCGCTTTAAACCGCGGGTCGTGGTCGCCATCGCGCTGGACGATCAGCAGCGCATCGTCGACACCTTGTTTATGAAAGGACTGACCGTCTTCGCCCGACCGCAAAAAATTCCCGCAATTACCGGTATGCATGCGGGTGATTTACAGCCCGATGTGATCTTTCCCCAt > 2:263684/1‑198 (MQ=255) cAAGGGCGGGTTGGCGTGGGCCGTTCCAGCGGGCGCTTTAAACCGCGGGTCGTGGTCGCCATCGCGCTGGACGATCAGCAGCGCATCGTCGACACCTTGTTTATGAAAGGACTGACCGTCTTCGCCCGACCGCAAAAAATTCCCGCAATTACCGGGATGCATGAGGGTGATTTACAGCCCGATNTGATCTTTCCCCATGATCCACTATCACAGAATGCTCTATCATTGGCGCTTAAAc > 1:550930/1‑238 (MQ=255) ggCGGGTTGGCGTGGGCCGTTCCAGCGGGCGCTTTAAACCGCGGGTCGTGGTCGCCATCGCGCTGGACGATCAGCAGCGCATCGTCGACACCTTGTTTATGAAAGGACTGACCGTCTTCGCCCGACCGCAAAAAATTCCCGCAATTACCGGTATGCATGCGGGTGATTTACAGCCCGATGTGATCTTTCCCCATGATc < 1:263689/198‑1 (MQ=255) ttGGCGTGGGCCGTTCCAGCGGGCGCTTTAAACCGCGGGTCGTGGTCGCCATCGCGCTGGACGATcagcagcatattcagcacatcttgataatcgcagccgcgtttgagcggtactttgtcgatgtaatactgctcgacttgatccggtttgatacccagcttggtcgcgtattgtggcaacagtgactggaacatcggcg < 1:9017‑M2/202‑138 (MQ=255) ttGGCGTGGGCCGTTCCAGCGGGCGCTTTAAACCGCGGGTCGTGGTCGCCATCGCGCTGGACGATcagcagcatattcagcacatcttgataatcgcagccgcgtttgagcggtactttgtcgatgtaatactgctcgacttgatccggtttgatacccagcttggtcgcgtattgtggcaacagtgactggaacataggcgatttcag < 2:218818‑M2/209‑145 (MQ=255) cGTGGGCCGTTCCAGCGGGCGCTTTAAACCGCGGGTCGTGGTCGCCATCGCGCTGGACGATcagcagcatattcagcacatcttgataatcgcagccgcgtttgagcggtactttgtcgatgtaatactgctcgacttgatccggtttgatacccagcttggtcgcgtattgtggcaacagtgactggaacatcggcgatttcagcagg > 1:218823‑M2/1‑61 (MQ=255) cGTGGGCCGTTCCAGCGGGCGCTTTAAACCGCGGGTCGTGGTCGCCATCGCGCTGGACGATcagcagcatattcagcacatcttgataatcgcagccgcgtttgagcggtactttgtcgatgtaatactgctcgacttgatccggtttgatacccagcttggtcgcgtattgtggcaacagtgactggaacatcggcgattt > 2:9017‑M2/1‑61 (MQ=255) aaaCCGCGGGTCGTGGTCGCCATCGCGCTGGACGATcagcagcatattcagcacatcttgataatcgcagccgcgtttgagcggtactttgtcgatgtaatactgctcgacttgatccggtttgatacccagcttggtcgcgtattgtggcaacagtgactggaacat < 2:200484‑M2/168‑133 (MQ=255) aaCCGCGGGTCGTGGTCGCCATCGCGCTGGACGATCAGCAGCGCATCGTCGACACCTTGTTTATGAAAGGACTGACCGTCTTCGCCCGACCNCAAAAAATTCCCGCAATTACCGGTATGCATGCGGGTGATTTACAGCCCGATGTGATCTTTCCCCATGATCCACTATCACAGAATGCTCTATCATTGGCGCTTAAACTGAAACGTGGATAATTTCGTTGTGAATGTTACTTGCTTGCGAAGTTATCATTTTGAAACCTAAATCAGGTAATCACg < 1:524424/275‑1 (MQ=255) cgcgGGTCGTGGTCGCCATCGCGCTGGACGATcagcagcatattcagcacatcttgataatcgcagccgcgtttgagcggtactttgtcgatgtaatactgctcgacttgatccggtttgatacccagcttggtcgcgtattgtggcaacagtgactggaacatcggc > 1:200487‑M2/1‑32 (MQ=255) gggTCGTGGTCGCCATCGCGCTGGACGATcagcag < 2:138928‑M2/35‑7 (MQ=255) gggTCGTGGTCGCCATCGCGCTGGACGATCAGCAGCGCATCGTCGACACCTTGTTTATGAAAGGACTGACCGTCTTCGCCCGACCGCAAAAAATTCCCGCAATTACCGGTATGCATGCGGGTGATTTACAGCCCGATGTTATCTTTCCCCAt > 1:221458/1‑152 (MQ=255) cGTGGTCGCCATCGCGCTGGACGATCAGCAGCGCa < 1:138929/35‑1 (MQ=255) cGTGGTCGCCAGCGCGCTGGACGATCAGCAGCGCATCGTCGACACCTTGTTTATGAAAGGACTGACCGTCTTCGCCCGACCGCAAAAAATTCCCGCAATTACCGGTATGCATGCGGGTGATTTACAGCCCGATGTGATCTTTCCCCATGagc < 2:221453/152‑3 (MQ=255) gACGATCAGCAGCGCATCGTCGACACCTTGTTTATGAAAGGACTGACCGTCTTCGCCCGACCGCAAAAAATTCCCGCAATTACCGGTATGCATGCGGGTGATTTACAGCCCg > 2:696238/1‑112 (MQ=255) aTCAGCAGCGCATCGTCGACACCTTGTTTATGAAAGGACTGACCGTCTTCGCCCGACCGCAAAACATTCCCGCAATTACCGGTATGCATGCGGGTGATTTACAGCCCGAtgt < 1:696247/112‑1 (MQ=255) | TAGAATGCCTGATGCGCTACGCTCATCAGGCATACAGGACTTCCGCCACTACATTAAGGAAAAGTTATGGTATCCGCACTCATCACCGTCGCCGTTATCGCCTGGTGTGCGCAACTGGCCTTAGGCGGCTGGCAAATTTCTCGTTTTAACCGTGCCTTCGACACACTATGCCAGCAAGGGCGGGTTGGCGTGGGCCGTTCCAGCGGGCGCTTTAAACCGCGGGTCGTGGTCGCCATCGCGCTGGACGATCAGCAGCGCATCGTCGACACCTTGTTTATGAAAGGACTGACCGTCTTCGCCCGACCGCAAAAAATTCCCGCAATTACCGGTATGCATGCGGGTGATTTACAGCCCGATGTGATCTTTCCCCATGATCCACTATCACAGAATGCTCTATCATTGGCGCTTAAACTGAAACGTGGATAATTTCGTTGTGAATGTTACTTGCTTGCGAAGTTATCATTTTGAAACCTAAATCAGGTAATCACG > CP009273/2821914‑2822402 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |