| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 177,709 | G→T | 7.4% | L113L (CTG→CTT) | degP → | serine endoprotease (protease Do), membrane‑associated |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 177,709 | 0 | G | T | 7.4% | 174.1 / 3.6 | 56 | L113L (CTG→CTT) | degP | serine endoprotease (protease Do), membrane‑associated |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (28/23); new base T (2/2); total (31/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.52e-01 | |||||||||||
TGCAACGGCGGCTGAGACTTCTTCAGCAACGACAGCCCAGCAGATGCCAAGCCTTGCACCGATGCTCGAAAAGGTGATGCCTTCAGTGGTCAGCATTAACGTAGAAGGTAGCACAACCGTTAATACGCCGCGTATGCCGCGTAATTTCCAGCAGTTCTTCGGTGATGATTCTCCGTTCTGCCAGGAAGGTTCTCCGTTCCAGAGCTCTCCGTTCTGCCAGGGTGGCCAGGGCGGTAATGGTGGCGGCCAGCAACAGAAATTCATGGCGCTGGGTTCCGGCGTCATCATTGATGCCGATAAAGGCTATGTCGTCACCAACAACCACGTTGTTGATAACGCGACGGTCATTAAAGTTCAACTGAGCGATGGCCGTAAGTTCGACGCGAAGATGGTTGGCAAAGATCCGCGCTCTGATATCGCGCTGATCCAAATCCAGAACCCGAAAAACCTGACCGCAATTAAGATGGCGGATTCTGATGCACTGCGCGTGGGTGATTACACCGTAGCGATTGGTAACCCGTTTGGTCTGGGCGAGACGGTAA > CP009273/177439‑177980 | tGCAACGGCGGCTGAGACTTCTTCAGCAACGACAGCCCAGCAGATGCCAAGCCTTGCACCGATGCTCGAAAAGGTGATGCCTTCAGTGGTCAGCATTAACGTAGAAGGTAGCACAACCGTTAATACGCCGCGTATGCCGCGTAATTTCCAGCAGTTCTTCGGTGATGATTCTCCGTTCTGCCAGGAAGGTTCTCCGTTCCAGAGCTCTCCGTTCTGCCAGGGTGGCCAGGGCGGTAATGGTGGCGGCCAGCAACAGAAATTCATGGCGCTGGGtg > 1:315895/1‑274 (MQ=255)tGCAACGGCGGCTGAGACTTCTTCAGCAACGACAGCCCAGCAGATGCCAAGCCTTGCACCGATGCTCGAAAAGGTGATGCCTTCAGTGGTCAGCATTAACGTAGAAGGTAGCACAACCGCTAATACGCCGCGTATGCCGCGTAATTTCCAGCAGTTCTTCGGTGATGATTCTCCGTTCTGCCAGGAAGGTTCCCCGTTCCGGAGCTCTCCGTTCTGCCAGGGTGGCCAGGGCGGTAATGGTGGCGGCCCGCACCAGAACTTCATGGGGCTCGGtg > 2:154476/1‑274 (MQ=255) cggcTGAGACTTCTTCATCAACGACACTCCAGCAGAGGTCAAGCCTTGCACCGATGCTCGATAATGTGATGCCTTCAGTGGTCAGCATTAACGTAGAAGTTAGCACAACCGTTAATACGCCGCGTATGCCGCGTAATTTCCAGCAGTTCTTCGGTGATGATTCTCCGTTCTGCCAGGAAGGTTCTCCGTTCCAGAGCTCTCCGTTCTGCCAGGGTGGCCAGGGCGGTAATGGTGGCGGCCAGCAACAGAAATTCATGGCGCTGGGTTCCGGCGtc < 1:295706/275‑1 (MQ=255) cggcTGAGACTTCTTCAGCAACGACAGCCCAGCAGATGCCAAGCCTTGCACCGATGCTCGAAAAGGTGATGCCTTCAGTGGTCAGCATTAACGTAGAAGGTAGCACAACCGTTAATACGCCGCGTATGCCGCGTAATTTCCAGCAGTTCTTCGGTGATGATTCGCCGTTCTGCCAGGAAGGTTNTCCGTTCCAGAGCTCTCCGTTCTGCCAGGGTGGCCAGGGCGGTAATGGTGGCGGCCAGCAACAGAAATTCATGGCGCTGGGTTCCGGCGtc > 1:543049/1‑275 (MQ=255) cttcttGAGCACCGACAGCCCATGAGATGCCAAGCCTTGCACTGATGCTCGAAAAGGGGATGCCTTCAGTGGTCAGCATTAACGTAGAAGGTAGCACAACCGTTCATACGCCGCTTATGCCGCGTAATTTCCAGCAGTTCTGCGGTGATGATTCTCCGTTCTGCCAGGAAGGTTCTCCGTTCCAGAGCTCTCCGTTCTGCCAGGGTGGCCAGGGCGGTAATGGTGGCGGCCAGCAACAGAAATTCATGGCGCTGGGTTCCGGCGTCATCATTGAt < 1:440619/275‑1 (MQ=255) aataagaaatagcAGCCCAGCAAATGCCCAGCCTTGCCCCGATGCTCGAAAAGGTGATGCCTTCAGTGGTCAGCATTAACGTAGAAGGTAGCACAAACGTTAATACGCCGCGTATGCCGCGTAATTTCCAGCAGTTCTTCGGTGATGATTCTCCGTTCTGCCAGGAAGGTTCTCCGTTCCAGAGCTCTCCGTTCTGCCAGGGTGGCCAGGGCGGTAATGGTGGCGGCCAGCAACAGAAATTCATGGCGCTGGGTTCCGGCGTCATCATTGATg < 2:496856/261‑1 (MQ=255) cGACAGCCCAGCAGATGCCAAGCCTTGCACCGATGCTCGAAAAGGTGATGCCTTCAGTGGTCAGCATTAACGTAGAAGGTAGCACAACCGTTAATACGCCGCGTATGCCGCGTAATTTCCAGCAGTTCTTCGGTGATGATTCTCCGTTCTGCCAGGAAGGTTCTCCGTTCCAGAGCTCTCCGTTCTGCCAGGGTGGCCAGGGCGGTAATGGTGGCGGCCAGCAACAGAAATTCATGGCGCTGGGTGCCGGCGTCATCATTGATGCCGATACAgg > 1:226437/1‑274 (MQ=255) 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gAAGGTAGCACAACCGTTAATACGCCGCGTATGCCGCGTAATTTCCAGCAGTTCTTCGGTGATGATTCTCCGTTCTGCCAGGAAGGTTCTCCGTTCCAGAGCTCTCCGTTCTGCCAGGGTGGCCAGGGCGGTAATGGTGGCGGCCAGCAACAGAAATTCATGGCGCTGGGTTCCGGCGTCATCATTGATGCCTATAAAGGCTATGTCGTCACCAACAACCACGTTGTTGATaa > 1:101069/1‑233 (MQ=255) gAAGGTAGCACAACCGTTAATACGCCGCGTATGCCGCGTAATTTCCAGCAGTTCTTCGGTGATGATTCTCCGTTCTGCCAGGAAGGTTCTCCGTTCCAGAGCTCTCCGTTCTGCCAGGGTGGCCAGGGCGGTAATGGTGGCGGCCAGCAACAGAAATTCATGGCGCTGGGTTCCGGCGTCATCATTGATGCCGATAAAGGCTATGTCGTCACCAACAACCACGTTGTTGATAAcgc > 1:266471/1‑236 (MQ=255) gAAGGTAGCACAACCGTTAATACGCCACGTATGCCGCGTAATTTCCAGCAGTTCTTCGGTGATGATTCTCCGTTCTGCCAGGAAGGTTCTCCGTTCCAGAGCTCTCCGTTCTGCCAGGGTGGCCAGGGCGGTAATGGTGGCGGCCAGCAACAGAAATTCATGGCGCTGGGGTCCGGCGTCATCNTTGATGCCNAGAAAGGCAATGTCGTCACCAACAACCACGTTGTTGATAAAGCGACGGGCATTAAAGTTCAACTAAGCGATGGCAGAAAgct > 1:478346/1‑273 (MQ=255) gTAGCACAACCGTTAATACGCCGCGTATGCCGCGTAATTTCCAGCAGTTCTTCGGTGATGATTCTCCGTTCTGCCAGGAAGGTTCTCCGTTCCAGAGCTCTCCGTTCTGCCAGGGTGGCCAGGGCGGTAATGGTGGCGGCCAGCAACAGAAATTCATGGCGCTGGGTTCCGGCGTCATCATTGATGCCTATAAAGGCTATGTCGTCACCAACAACCACGTTGTTGATAAcgcg < 2:101068/233‑1 (MQ=255) ccGTTAATACGCCGCGTATGCCGCGTAATTTCCAGCAGTTCTTCGGTGATGATTCTCCGTTCTGCCAGGAAGGTTCTCCGTTCCAGAGCTCTCCGTTCTGCCAGGGTGGCCAGGGCGGTAATGGTGGCGGCCAGCAACAGAAATTCATGGCGCTGGGTTCCGGCGTCATCATTGATGCCGATAAAGGCTATGTCGTCACCAACAACCACGTTGTTGATAACGCGACGGTCATTAAAGTTCAACTGAGCGATGGCAGTAAGTTCTACGCAAAGATg > 1:263906/1‑275 (MQ=255) aCGCCGCGTATGCCGCGTAATTTCCAGAAGTTCTTCGGTGATGATTCTCCGTTCTGCCAGGAAGGTTCTCCGTTCCAGAGCTCTCCGTTATGGCAGGGTGGCCAGGACGGTACTGGTGGCGGGAAGAAACAGAAATTCATGGCGCTGGGTTCCGGCGTCAGAATTTATGACGATCAAGGCTATGTCGTAACCAACAACAACGTTATTGATACAGCGACGTTCATAAAAGTTAAACTGAGCGATGGCCGTAAGTAGGACGCGaaagaggttgtaaa > 2:148113/1‑263 (MQ=255) 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gTAATTTCCAGCAGTTCTTCGGTGATGATTCTCCGTTCTGCCAGGAAGGTTCTCCGTTCCAGAGCTCTCCGTTCTGCCAGGGTGGCCAGGGCGGTAATGGTGGCGGCCAGCAACAGAAATTCATGGCGCTGGGTTCCGGCGTCATCATTGATGCCGATAAAGGCTATGTCGTCACCAACAACCACGTTGTTGATAACGCGACGGTCATTAAAGTTCAACTGAGCGATGGCCGTAAGTTCGACGCGAAGATGGTTGGCAAAGATACGCGCTCTGat > 1:366575/1‑275 (MQ=255) gcgcaattgcttcGGTGATGGTTTCCCGTTCTGCCAGGAAGGTTCTCCGTTCCAGACGTATCCGTGCTGCCAGGGTGGCCAGGGCGGTAATGGTGGCGGCCAGCAACAGAAATTCATGGCGCTGGGTTCCGGCGTCATCATTGATGCCGATAAAGGCTATGTCGTCACCAACAACCACGTTGTTGATAACGCGACGGTCATTAAAGTTCAACTGAGCGATGGCCGTAAGTTCGACGCGAAGATGGTTGGCAAAGATCCGCGCTCTGATATcgcg < 2:86384/265‑1 (MQ=255) ccagTTCTTCGGTGCTGATTGTCCGTTCTGCCAGGAGTGTGCTCCGTGCCAGAGCTCTCCGTGCTGCCAGGGTGGCAAGGGCTGTAAGGGTGGCGGCCAGCAACAGAAATTCATGGCGCTGGGTTCCGGCGTCATCATTGATGCCGATAAAGGCTATGTCGTCACCAACAACCACGTTGTTGATAACGCGACGGTCATTAAAGTTCAACTGAGCGATGGCCGTAAGTTCGACGCGAAGATGGTTGGCAAAGATCCGCGCTCTGATATCGCGCt < 2:315889/272‑1 (MQ=255) 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2:411225/1‑116 (MQ=255) tcCGTTCCAGAGCTTTCCGTTCTGCCAGGGTGTCCAGGGCGTGAAGGGTGGCGGCCAGCAACAGAAATTCATGGCGCTGGGTTCCTGCGTCATCATTGATGCCGATAAAGGCTATGTCGTCACCAACAACCACGTTTTTGATAACGCGACGGTCATTAAAGTTCAACTGAGCGATGGCCGTAAGTTCGACGCGAAGATGGTTGGCAAAGATCCGCGCTCTGATATCGCGCTGATCCAAATCCAGAACCCGAAAAACCTGACCGCAATTAAGATgg < 1:148114/275‑1 (MQ=255) cGTTCCAGAGCTCTCCGTTCTGCCAGGGTGGCCAGGGCGGTAATGGTGGCGGCCAGCAACAGAAATTCATGGCGCTGGGTTCCGGCGTCATCATTGATGCCGAt < 1:183637/104‑1 (MQ=255) gTTCCAGAGCTCTCCGTTCTGCCAGGGTGGCCAGGGCGGTAATGGTGGCGGCCAGCAACAGAAATTCATGGCGCTGGGTTCCGGCGTCATCATTGATGCCGATAAAGGCTATgtcg < 1:411232/116‑1 (MQ=255) gTTCCAGAGCTCTCCGTTCTGCCAGGGTGGCCAGGGCGGTAATGGTGGCGGCCAGCAACAGAAATTCATGGCGCTGGGTTCCGGCGTCATCATTGATGCCGATAAAGGCTATGTCGTCACCAACAACCACGTTGTTGATAACGCGACGGTCATTAAAGTTCAACTGAGCGATGGCCGTAAGTTCGACGCGAAGATGGTTGGCAAAGATCcgc > 1:42150/1‑212 (MQ=255) 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tCTGCCAGGGTGGCCAGGGCGGTAATGGTGGCGGCCAGCAACAGAAATTCATGGCGCTTGGTTCCGGCGTCATCATTGATGCCGATAAAGGCTAt > 1:471668/1‑95 (MQ=255) tCTGCCAGGGTGGCCAGGGCGGTAATGGTGGCGGCCAGCAACAGAAATTCATGGCGCTGGGTTCCGGCGTCATCATTGATGCCGATAAAGGCTATGTCGTCACCAACAACCACGTTGTTGATAACGCGACGGTCATTAAAGTTCAACTGAGCGATGGCCGTAAGTTCGACGCGAAGATGGTTGGCAAAGATCCGCGCTCTGATATCGCGCTGATCCAAATCCAGAACCCGAAAAAACTGACCGCAATTAAGATGCGGGGTTCTGAttgccccttg > 2:595131/1‑266 (MQ=255) tGCCAGGGTGGCCAGGGCGGTAATGGTGGCGGCCAGCAACAGAAATTCATGGCGCTGGGTTCCGGCGTCATCATTGATGCCGATAAAGGCTATGTCGTCACCAACAAcc > 1:139962/1‑109 (MQ=255) ccAGGGTGGCCAGGGCGGTAATGGTGGCGGCCAGCAACAGAAATTCATGGCGCTTGGTTCCGGCGTCATCATTGATGCCGATAAAGGCTATgtcg < 2:201628/95‑1 (MQ=255) ccAGGGTGGCCAGGGCGGTAATGGTGGCGGCCAGCAACAGAAATTCATGGCGCTTGGTTCCGGCGTCATCATTGATGCCGATAAAGGCTATgtcg < 2:471661/95‑1 (MQ=255) gagggggNCAGTGCGGTAAGGGTGTCGGCCAGCAAATGAAATTGATGCGGCTGGGTTCCGGCGACATCATTTATGCCGATAAAGGCTATGTAGTCACCAACAACCACGTTGTTGATAACGCGACGGTCATTAAAGTTCAACTGAGCGATGGCCGTAAGTTCGACACGAAGATGGTTGGCAAAGATCCGCGCTCTGATATCGCGCTGATCCAAATCCAGAACCCGAAAAACCTGACCGCAATTAAGATGGCGGATTCTGATGCACTGCGCGTgg < 2:263901/268‑1 (MQ=255) aGGGTGGCCAGGGCGGTAATGGTGGCGGCCAGCAACAGAAATTCATGGCGCTGGGTTCCGGCGTCATCATTGATGCCGATAAAGGCTATGTCGTCACCAACAACCACgt < 2:139961/109‑1 (MQ=255) gTGGCCAGGGCGGTAATGGTGGCGGCCAGCAACAGAAATTCATGGCGCTGGGTTCCGGCGTCATCATTGATGCCGATAAAGGCTATGTCGTCACCAACAACCACGTTGTTGATAACGCGACGGTCATTAAAGTTCAACTGAGCGATGGCCGTAAGTTCGACGCGAAGATGGTTGGCAAAGa > 2:66619/1‑181 (MQ=255) ccAGGGCGGTAATGGTGGCGGCCAGCAACAGAAATTCATGGCGCTGGGTTCCGGCGTCATCATTGATGCCGATAAAGGCTATGTCGTCACCAACAACCACGTTGTTGATAACGCGACGGTCATTAAAGTTCAACTGAGCGATGGCCGTAAGTTCGACGCGAAGATGGTTGGCAAAGATCcg < 1:66620/181‑1 (MQ=255) 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ggcCAGCAACAGAAATTCATGGCGCTGGGTTCCGGCGTCATCATTGATGCCGATAAAGGCTATGTCGTCa < 1:681795/70‑1 (MQ=255) aGCAACAGAAATTCATGGCGCTGGGTTCCGGCGTCATCATTGATGCCGATAACGGCTATGTCGTCACCAACAACCACGTTGTTGATAACGCGACGGTCATTAAAGTTCAACTGAGCGATGGCCGTAAGTTCGACGCGAAGATGGTTGGCAAAGATCCGCGCTCTGATATCGCGCTGATCCAAATCCAGAACCCGAAAAACCTGACCGCAATTAAGATGGCGGATTCTGATGCACTGCGCGTGGGTGATTACACCGTAGAGAATGGTAACACGatt > 1:240764/1‑275 (MQ=255) cgcTGGGTTCCGGCGTCATCATTGATGCCGATAAAGGCTATGTCGTCAc > 2:152532/1‑49 (MQ=255) gccgggTTCGGGCGTCATCATTGATGCCGATTAAGGCTATTTCGTAACCAAAAACCCCGTGGTTTATAACGCGACGGTCATTAAAGTTCAACTGAGCGATGGCCGTAAGTTCGACGCGAAGATGGTTGGCAAAGATCCGCGCTCTGATATCGCGCTGATCCAAATCCAGAACCCGAAAAACCTGACCGCAATTAAGATGGCGGATTCTGATGCACTGCGCGTGGGTGATTACACCGTAGCGATTGGTAACCCGTTTGGTCTGGGCGAGACGGt < 2:291733/270‑1 (MQ=255) tGGGTTCCGGCGTCATCATTGATGCCGATAAAGGCTATGTCGTCACCAACAACCACGTTGTTGATAACGCGACGGTCATTAAAGTTCAACTGAGCGATGGCCGTAAGTTCGACGCGAAGATGGTTGGCAAAGATCCGCGCTCTGATATCGCGCTGATCCAAATCCAGAACCCGAAAAACCTGACCGCAATTAAGATGGCGGATTCTGATGCACTGCGCGTGGGTGATTACACCGTAGCGATTGGTAACCCGTTTGGTCTGGGCGAGACGGTaa > 1:291739/1‑273 (MQ=255) gggTTCCGGCGTCATCATTGATGCCGATAAAGGCTATGTCGTCACcaac < 1:152535/49‑1 (MQ=255) | TGCAACGGCGGCTGAGACTTCTTCAGCAACGACAGCCCAGCAGATGCCAAGCCTTGCACCGATGCTCGAAAAGGTGATGCCTTCAGTGGTCAGCATTAACGTAGAAGGTAGCACAACCGTTAATACGCCGCGTATGCCGCGTAATTTCCAGCAGTTCTTCGGTGATGATTCTCCGTTCTGCCAGGAAGGTTCTCCGTTCCAGAGCTCTCCGTTCTGCCAGGGTGGCCAGGGCGGTAATGGTGGCGGCCAGCAACAGAAATTCATGGCGCTGGGTTCCGGCGTCATCATTGATGCCGATAAAGGCTATGTCGTCACCAACAACCACGTTGTTGATAACGCGACGGTCATTAAAGTTCAACTGAGCGATGGCCGTAAGTTCGACGCGAAGATGGTTGGCAAAGATCCGCGCTCTGATATCGCGCTGATCCAAATCCAGAACCCGAAAAACCTGACCGCAATTAAGATGGCGGATTCTGATGCACTGCGCGTGGGTGATTACACCGTAGCGATTGGTAACCCGTTTGGTCTGGGCGAGACGGTAA > CP009273/177439‑177980 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |