| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 2,306,318 | T→A | 100% | intergenic (‑90/‑245) | ompC ← / → micF | outer membrane porin protein C/sRNA antisense regulator affecting ompF expression, Hfq‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,306,318 | 0 | T | A | 100.0% | 108.0 / NA | 31 | intergenic (‑90/‑245) | ompC/micF | outer membrane porin protein C/sRNA antisense regulator affecting ompF expression, Hfq‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (17/14); total (17/14) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
GTCGCCATCTACATCTTTGTTGTCAGAGAAATAGTGCAGGCCGTCTACTTTACCGTACAGATCTAATTTGTTGCCGTCTTTGTTGTAAACTTCAGCAGCGTTTGCTGCGCCTGCTACCAGCAGAGCTGGGACCAGGAGGGACAGTACTTTAACTTTCATGTTATTAACCCTCTGTTATATGCCTTTATTTGCTTTTTTATGCCACTGCATACTGATTAACCCTCATTAATCAGTCGGCAAGTCCATTCTCCCCAAAAATGCAGAATAATCCAACACGAATATGATACTAAAACTTTTAAGATGTTTCATTTATCGCTATAGATGTTTCAAAATGTAAATGCAAGGGAACTTTTTAAGATTATTGCGGAATGGCGAAATAAGCACCTAACATCAAGCAATAATAATTCAAGGTTAAAATCAATAACTTATTCTTAAGTATTTGACAGCACTGAATGTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATAACTCCCGCTATCATCATTAAC > CP009273/2306070‑2306577 | gTCGCCATCTACATCTTTGTTGTCAGAGAAATAGTGCAGGCCGTCTACTTTACCGTACAGATCTAATTTGTTGCCGTCTTTGTTGTAAACTTCAGCAGCGTTTGCTGCGCCTGCTACCAGCAGAGCTGGGACCAGGAGGGACAGTACTTTAANTTTCATGTTATTAACCCTCTGTTATATGCCTTTATTTGCTTTTTTATGCCACTGCATACTGATTAACCCTCATTAATCAGTCGGCAAGTCCATTCACCCCAAAAATACATAATAATCAAaca > 1:603131/1‑275 (MQ=255) cGTCTACTTTACCGTACAGATCTAATTTGTTGCCGTCTTTGTTGTAAACTTCAGCAGCGTTTGCTGCGCCTGCTACCAGCAGAGCTGGGACCAGGAGGGACAGTACTTTAACTTTCATGTTATTAACCCTCTGTTATATGCCTTTATTTGCTTTTTTATGCCACTGCATACTGATTAACCCTCATTAATCAGTCGGCAAGTCCATTCACCCCaaa > 1:657118/1‑215 (MQ=255) cTACTTTACCGTACAGATCTAATTTGTTGCCGTCTTTGTTGTAAACTTCAGCAGCGTTTGCTGCGCCTGCTACCAGCAGAGCTGGGACCAGGAGGGACAGTACTTTAACTTTCATGTTATTAACCCTCTGTTATATGCCTTTATTTGCTTTTTTATGCCACTGCATACTGATTAACCCTCATTAATCAGTCGGCAAGTCCATTCACCCCAAAAATGAAGAATAATCCAACACGAATATGATACTAAAACTTTTAAGAAGTTTAATTTATCGCtat > 1:103225/1‑275 (MQ=255) tACTTTACCGTACAGATCTAATTTGTTGCCGTCTTTGTTGTAAACTTCAGCAGCGTTTGCTGCGCCTGCTACCAGCAGAGCTGGGACCAGGAGGGACAGTACTTTAACTTTCATGTTATTAACCCTCTGTTATATGCCTTTATTTGCTTTTTTATGCCACTGCATACTGATTAACCCTCATTAATCAGTCGGCAAGTCCATTCACCCCAAAAATg < 2:657109/215‑1 (MQ=255) 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ccTCTTTTATATGCCTTTATTTGCTTTTTTATGCCACTGCATACTGATTAACCCTCATTAATCAGTCGGCAAGTCCATTCACCCCAAAAATNCAGAATAATCCAACACGACTATGATACTAAAACTTTTAAGATGTTTCATTTATCGCTATAGATGTTTCAAAATGTAAATGCAAGGGAACTTTTTAAGATTATTGCGGAATGGCGAAATAAGCACCTAACATCAAGCAATAATAATTCAAGGTTAGAATCAATAACTTATTCTTAAGTATTTGa < 1:536024/275‑1 (MQ=255) cTTTATTTGCTTTTTTATGCCACTGCATACTGATTAACCCTCATTAATCAGTCGGCAAGTCCATTCACCCCGAAAATGCAGAATAATCCAACACGAATATGATACTAAAACTTTTAAGATGTTTCAt > 1:453946/1‑127 (MQ=255) cTTTATTTGCTTTTTTATGCCACTGCATACTGATTAACCCTCATTAATCAGTCGGCAAGTCCATTCACCCCAAAAATGCAGAATAATCCAACACGAATATGATACTAAAACTTTTAAGATGTTTCAt > 2:7008/1‑127 (MQ=255) cTTTATTTGCTTTTTTATGCCACTGCATACTGATTAACCCTCATTAATCAGTCGGCAAGTCCATTCACCCCAAAAATGCAGAATAATCCAACACGAATATGATACTAAAACTTTTAAGATGTTTCAt > 1:28131/1‑127 (MQ=255) cTTTATTTGCTTTTTTATGCCACTGCATACTGATTAACCCTCATTAATCAGTCGGCAAGTCCATTCACCCCAAAAATGCAGAATAATCCAACACGAATATGATACTAAAACTTTTAAGATGTTTCATTTATCGCTATAGATGTTTCAAAATGTAAATGCAAGGGAACTTTTTAAGatt > 1:274399/1‑178 (MQ=255) 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aTTAACCCTCATTAATCAGTCGGCAAGTCCATTCACCCCAAAAATGCAGAATAATCCAACACGAATATGATACTAAAACTTTTAAGATGTTTCATTTATCGCTATAGATGTTTCAAAATGTAAATGCAAGGGAACTTTTTAAGATTATTGCGGAATGGCGAAATAAGCACCTCACATCAAGCAATAATAATTCAAGGTTAAAATCAATACATAATTCTTAAGAATTTGACAGCACTAAATATAAAAACAAAACCATCACTCGCACATAGAATAAc > 2:306399/1‑275 (MQ=255) agcgagcagtcaTCAGTCGGCAAGTCCATTCACCCCAAAAATTCAGAATAATCCAACACGAATATGATACTAAAACTTTTAAGATGTTTCATTTATCGCTATAGATGTTTCAAAATGTAAATGAAAGGGAACTTTTTAAGATTAATGCGGAATGACGAAATAAGCACCTAACATCAAGCAATAATAATTCAACGTTAAAATCAATAACTTATTCTTAAGTATTTGACAGCACTGAATGTCAAAACAAAACCTTCACCCGCAACTAGAATAACTcc < 2:103224/264‑1 (MQ=255) cccTCATTAATCAGTCGGCAAGTCCATTCACCCCAAAAATGCAGAATAATCCAACACGAATATGATACTAAAACTTTTAAGATGTTTCATTTATCGCTATAGATGTTTCAAAATGTAAATGCAAGGGAACTTTTTAAGATTATTGCGGAATGGCGAAATAAGCACCTAACATCAAGCAATAATAATTCAAGGTTAAAATCAATAACTTATTCTTAAGTATTTGACAGCACTGAATGTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATAACTcc > 1:113898/1‑273 (MQ=255) gTCGGCAAGTCCATTCACCCCAAAAATGCAGAATAATCCAACACGAATATGATACTAAAACTTTTAAGATGTTTCATTTATCGCTATAGATGt > 1:186011/1‑93 (MQ=255) tCGGCAAGTCCATTCACCCCAAAAATGCAGAATAACCCAACACGAATATGATACTAAAACTTTTAAGATGTTTCATTTATCGCTATAGATGTTTCAAAATGTAAATGCAAGGGAACTTTTTAAGATTATTGCGGAATGGCGAAATAAGCACCTAACATCAAGCAATAATAATTCAAGGTTAAAATCAATAACTTATTATTAAATATTTGAAAGCACTGAATGTAAAAACAAAACCTTCACTCACAACTACAACAACACCCCCTCTCATCATTAAc > 2:336153/1‑275 (MQ=255) gCAAGTCCATTCACCCCAAAAATGCAGAATAATCCAACACGAATATGATACTAAAACTTTTAAGATGTTTCATTTATCGCTATAGATGTTTCa < 2:186008/93‑1 (MQ=255) cATTCACCCCAAAAATGCAGAATAATCCAACACGAATATGATACTAAAACTTTTAAGATGTTTCATTTATCGCTATAGATGTTTCAAAATGTAAATGCAAGGGAACTTTTTAAGATTATTGCGGAATGGCGAAATAAGCACCTAACGTc > 1:622602/1‑149 (MQ=255) | GTCGCCATCTACATCTTTGTTGTCAGAGAAATAGTGCAGGCCGTCTACTTTACCGTACAGATCTAATTTGTTGCCGTCTTTGTTGTAAACTTCAGCAGCGTTTGCTGCGCCTGCTACCAGCAGAGCTGGGACCAGGAGGGACAGTACTTTAACTTTCATGTTATTAACCCTCTGTTATATGCCTTTATTTGCTTTTTTATGCCACTGCATACTGATTAACCCTCATTAATCAGTCGGCAAGTCCATTCTCCCCAAAAATGCAGAATAATCCAACACGAATATGATACTAAAACTTTTAAGATGTTTCATTTATCGCTATAGATGTTTCAAAATGTAAATGCAAGGGAACTTTTTAAGATTATTGCGGAATGGCGAAATAAGCACCTAACATCAAGCAATAATAATTCAAGGTTAAAATCAATAACTTATTCTTAAGTATTTGACAGCACTGAATGTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATAACTCCCGCTATCATCATTAAC > CP009273/2306070‑2306577 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |