Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 1,076,947 | C→T | 9.5% | pseudogene (32/726 nt) | efeU → | ferrous iron permease (pseudogene) |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 1,076,947 | 0 | C | T | 9.5% | 108.2 / 4.1 | 42 | pseudogene (32/726 nt) | efeU | ferrous iron permease (pseudogene) |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (20/18); new base T (2/2); total (22/20) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.66e-01 |
CTTTGTTTACATTCCAACATCATTTTATAAACATTCCGCTTGTGTTTTTCTTTGCCGTAATGATAATCGCTATCACTGCGATTTACTTTTCTTTGCATAGATTGACTCAGAAAAACGTTTAAGGGTGGGTGGCATGTTTGTTCCGTTTCTCATTATGTTGCGCGAAGGACTTGAAGCCGCGCTGATTGTCAGTTTGATTGCCAGCTATCTTAAGCGTACCCAGCGAGGCCGATGGATTGTGTGATGTGGATTGGCGTGTTGCTTGCCGCTGCGTTGTGCCTGGGCTTGGGTATCTTCATTAACGAAACCACCGGCGAATTTCCGCAAAAAGAACAGGAACTGTTTGAAGGTATCGTGGCGGTGATCGCCGTGGTGATCCTTACCTGGATGGTTTTCTGGATGCGCAAAGTGTCGCGCAACGTCAAAGTGCAACTGGAACAGGCAGTCGATAGCGCATTGCAGCGTGGAAATCATCATGGCTGGGCGCTGGTGATGATGGTCTTTTTTGCCGTTGCAAGGGAAGGGCTGG > CP009273/1076679‑1077207 | ctTTGTTTACATTCCAACATCATTTTATAAACATTCCGCTTGTGTTTTTCTTTGCCGTAATGATAATCGCTATCACTGCGATTTACTTTTCTTTGCATAGATTGACTCAGAAAAACGTTTAAGGGTGGGTGGCATGTTTGTTCCGTTTCTCATTATGTTGCGCGAAGGACTTGAAGCCGCGCTGCTTGTCAGTTTGATTGCCAGCTATCTTAAGCGTACCCAGCGAGGCCGATGGATGGTGTGATGTGTTTTGGCGTGTTTCTTTCCTCTgtttt > 2:491720/1‑271 (MQ=255) tataagatacatTTTATAATCATTCCGTTTTTTTTTTTCTTTTCCGTAATGATAATCGCTATCACTGCGATTTACTTTTCTTTGCATAGATTGACTCAGAAAAACGTTTAAGGGTGGGTGGCATGTTTGTTCCGTTTCTCATTATGTTGCGCGAAGGACTTGAAGCCGCGCTGATTGTCAGTTTGATTGCCAGCTATCTTAAGCGTACCCAGCGAGGCTGATGGATTGTGTGATGTGGATTGGCGTGTTGCTTGCCGCTGCGTTGTGCCTGGGCt < 2:662440/266‑1 (MQ=255) tCCGCTTGTGTTTTTCTTTGCCGTAATGATAATCGCTATCACTGCGATTTACTTTTCTTTGCATAGATTGACTCAGAAAAACGGTTAAGGGTGGGTGGCATGTTTGTTCCGTTTCTCATTATGTTGCGCGAAGGACTTGAAGCCGCGCTGATTGTCAGNTTGATTGCCAGCTATCTTAAGCGTACCCAGCGAGGCCGATGGATTGTGTGATGTGGATTGGCGTGTTGCTTGCCGCTGCGTTGTGCCTg > 1:662449/1‑248 (MQ=255) tgtTTTTCTTTGCCGTAATGATAATCGCTATCACTGCGATTTACTTTTCTTTGCATAGATTGACTCAGAAAAACGTTTAAGGGTGGGTGGCATGTTTGTTCCGTTTCTCATTATGTTGCGCGAAGGACTTGAAGCCGCGCTGATTGTCAGTTTGATTGCCAGCTATCTTAAGCGTACCCAGCGAGGCCGATGGATTGTGTGATGTGGATTGGCGTGTTGCTTGCCGCTGCGTTGTGCCTGGGCTTGGGTATCTTCATTAACGAAACCACCGGCGa > 2:302155/1‑275 (MQ=255) aTCGCTATCACTGCGATTTACTTTTCTTTGCATAGATTGACTCAGAAAAACGTTTAAGGGTGGGTGGCATGTTTGTTCCGTTTCTCATTATGTTGCGCGAAGGACTTGAAGCCGCGCTGATTGTCAGTTTGATTGCCAGCTATCTTAAGCGTACCCAGCGAGGCCGATGGATTGTGTGATGTGGATTGGCGTGTTGCTTGCCGc > 1:542227/1‑204 (MQ=255) cTATCACTGCGATTTACTTTTCTTTGCATAGATTGACTCAGAAAAACGTTTAAGGGTGGGTGGCATGTTTGTTCCGTTTCTCATTATGTTGCGCGAAGGACTTGAAGCCGCGCTGATTGTCAGTTTGATTGCCAGCTATCTTAAGCGTACCCAGCGAGGCCGATGGATTGTGTGATGTGGATTGGCGTGTTGCTTGCCGCTGCg < 2:542218/204‑1 (MQ=255) tGCATTGATTGACTCAGAAAAACGTTTATGGGTGGGTGGCATGTTTGTTCCGTTTCTCATTATGTTGCGCGAAGGACTTGAAGCCGCGCTNATTGTCAGTTTGATTGCCAGCTATCTTAAGCGTACCCAGCGAGGCCGATGGATTGTGTGATGTGGATTGGCGTGTTGCTTGCCGCTGCGTTGTGCCTGGGCTTGGGTATCTTCATTAACGAAACCACCGGCGAATTTCCGCAAAAAGAACAGGCTCTGTTTGAAGGTATCGTGGCGGTGATCg < 1:491727/274‑1 (MQ=255) cTCAGAAAAACGTTTAAGGGTGGGTGGCATGTTTGTTCCGTTTCTCATTATGTTGCGCGAAGGACTTGAAGCCGCGCTGATTGTCAGTTTGATTGCCAGCTATCTTAAGCGTACCCAGCGAGGCCGATGGATTTTGCGGTGTGGATTGGCGTGTTGCTcgccgc > 1:15637/1‑164 (MQ=255) 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aTTGCCAGCTATCTTAAGCGTACCCAGCGAGGCCGATGGATTGTGTGATGTGGATTGGCGTGTTGCTTGCCGCTGCGTTGTGCCTGGGCTTGGGTATCTTCa < 2:552304/102‑1 (MQ=255) taGCTTACCCGGCGATGCCGATGGATTGTATGATGTTGATTGGCGTGTTGCTTGCCGCTGCGTTGTGCCTGGGCTTGGGTATCTTCATTAACGAAACCACCGGCGAATTTCCGCAAAAAGAACAGGAACTGTTTGAAGGTATCGTGGCGGTGATCGCCGTGGTGATCCTTACCTGGATGGTTTTCTGGATGCGCAAAGTGTCGCGCAACGTCAAAGTGCAACTGGAACAGGCAGTCGATAGCGCATTGCAGCGTGGAAATCATCATGGCTGGgcg < 1:576968/274‑1 (MQ=255) aCCCAGCGAGGCCGATGGATTGTGTGATGTGGATTGGCGTGTTGCTTGCCGCTGCGTTGTGCCTGGGCTTGGGTATCTTCATTAACGAAACCACCGGCGAATTTCCGCAAAAAGAACAGGAACTGTTTGAAGGTATCGTGGCGGTGATCGCCGTGGTGATcc > 2:621394/1‑162 (MQ=255) aCCCAGCGAGGCCGATGGATTGTGTGATGTGGATTGGCGTGTTGCTTGCCGCTGCGTTGTGCCTGGGCTTGGGTATCTTCATTAACGAAACCACCGGCGAATTTCCGCAAAAAGAACAGGAACTGTTTGAAGGTATCGTGGCGGTGATCGCCGTGGTGATCCTTACCTGGATGGTTTTCTGGATGCGCAAAGTGTCGCGCAACGTCAAAGTGCAACTGGAACAGGCAGTCGATAGCGCATTGCAGCGTGGAAATCATCATGGCTGGGCGCTGGtg > 1:15122/1‑275 (MQ=255) ccAGCTAGGCCGATGGATTGTGTTATGTGTATTGGCGTGTTGCTTGCCTCTGCGTTGTGCCGGGGCTTGGGTATCTTCATTAACGAAACCACCGGCGAATTTCCGc > 2:460591/1‑106 (MQ=255) aGCGAGGCCGATGGATTGTGTGATGTGGATTGGCGTGTTGCTTGCCGCTGCGTTGTGCCTGGGCTTGGGTATCTTCATTAACGAAACCACCGGCGAATTTCCGCAAAAAGAACAGGAACTGTTTGAAGGTATCGTGGCGGTGATCGcc > 1:334697/1‑148 (MQ=255) aGCGAGGCCGATGGATTGTGTGATGTGGATTGGCGTGTTGCTTGCCGCTGCGTTGTGCCTGGGCTTGGGTATCTTCATTAACGAAACCACCGGCGAATTTCCGCAAAAAGAACAGGAACTGTTTGAAGGTATCGTGGCGGTGATCGCCGTGGTGATCCTTAc < 1:621403/162‑1 (MQ=255) cGAGGCCGATGGATTGTGTGATGTGGATTGGCGTGTTGCTTGCCGCTGCGTTGTGCCTGGGCTTGGGTATCGTCATTAAAGAAACCACCGGCGAATTTCCGCaaaa < 1:460598/106‑1 (MQ=255) aGGCCGATGGATTGTGTGATGTGGATTGGCGTGTTGCTTGCCGCTGCGTTGTGCCTGGGCTTGGGTATCTTCATTAACGAAACCACCGGCGAATTTCCGCAAAAAGAACAGGAACTGTTTGAAGGTATCGTGGCGGTGATCGCCgtgg < 2:334691/148‑1 (MQ=255) ccGATGGATTGTGTGATGTGGATTGGCGTGTTGCTTGCCGCTGCGTTGTGCCTGGGCTTGGGTATCTTCATTAACGAAACCACCGGCGAATTTCCGCAAAAAGAACAGGAACTGTTTGAAGGTATCGTGGCGGTGATCGCCGTGGTGATCCTTACCTGGATGGTTTTCTGGATGCGCTAAGTGTCGCGCAACGTCAAAGTGCAACTGGAACAGGCAGTCGATAGCGCATTGCAGCGTGGAAATCATCATGGCTGGGCGCTGGTGATGATGGTCtt > 1:386370/1‑275 (MQ=255) tgtgtgATGTGGATTGGCGTGTTGCTTGCCGCTGCGTTGTGCCTGGGCTTGGGTATCTTCATTAACGAAACCACCGGCGAATTTCCGCAAAAAGAACAGGAACTGTTTGAAGGTATCGTGGCGGTGATCGCCGTGGTGATCCTTACCTGGATGGTTTTCTGGATGCGCAAAGTGTCGCGCAACGTCAAAGTGCAACTGGa > 1:365303/1‑200 (MQ=255) tgATTTGGAGTGGCGTGTAGCTTGCCGCTGCGTTGTGCCTGGGGTTGGGTATCTTCATTAACGAAACCACCGGCGAATTTCCGCAACAAGAACAGGAACTGTTTGCAGGTATCGTGGCGGTGAGAGCCGTGGTGATCCTTACCTGGACGGTTTTCTGGCTGCGCCAACTGTCGAGCAACGTCAACAGGCAACTGGAACAGGCCGTCGACAGCGCACTGCAGCGTTGAAGTCATCATGGCGGGGAGCTGGGGCTCGGGGTCTGTCTTGCCGCTGCa > 2:138627/1‑275 (MQ=255) tgATGTGGATTGGCGTGTTGCTTGCCGCTGCGTTGTGCCTGGGCTTGGGTATCTTCATTAACGAAACCACCGGCGAATTTCCGCAAAAAGAACAGGAACTGTTTGAAGGTATCGTGGCGGTGATCGCCGTGGTGATCCTTACCTGGATGGTTTTCTGGATGCGCAAAGTGTCGCGCAACGTCAAAGTGCAACTGGAACAg < 2:365297/200‑1 (MQ=255) gATGTGGATTGGCGTGTTGCTTGCCGCTGCGTTGTGCCTGGGCTTGGGTATCTTCATTAACGAAACCACCGGCGAATTTCCGCAAAAAGAACAGGAACTGTTTGAAGGTATCGTGGCGGTGATCGCCGTGGTGATCCTTACCTGGATGGTTTTCTGGATGCGCAAAGTGTCGCGCAACGTCAAAGTGCAACTGGAACAGGCAGTCGATAGCGCATTGCAGCGTGGAAATCATCATGGCTGGGCGCTGGTGATGATGGTCTTTTTTGCCGTTGCa < 1:293737/274‑1 (MQ=255) tgtgGATTGGCGTGTTGCTTGCCGCTGCGTTGTGCCTGGGCTTGGGTATCTTCATTAACGAAACCACCGGCGAATTTCCGCAAAAAGAACAGGAACTGTTTGAAGGTATCGTGGCGGTGATCGCCGTGGTGATCCTTACCTGGATGGTTCTCTGGATGCGCAAAGTGTCGCGCAACGACAAAGTGCAACTg > 1:388922/1‑191 (MQ=255) gATTGGCGTGTTGCTTGCCGCTGCGTTGTGCCTGGGCTTGGGTATCTTCATTAACGAAACCACCGGCGAATTTCCGCAAAAAGAACAGGAACTGTTTGAAGGTATCGTGGCGGTGATCGCCGTGGTGATCCTTACCTGGATGGTTCTCTGGATGCGCAAAGTGTCGCGCAACGTCAAAGTGCAACTGGAAc < 2:388916/191‑1 (MQ=255) cGTGTTGCTTGCCGCTGCGTTGTGCCTGGGCTTGGGTATCTTCATTAACGAAACCACCGGCGAATTTCCGCAAAAAGAACAGGAACTGTTTGAAGGTATCGTGGCGGTGATCGCCGTGGTGATCCTTACCTGGATGGTTTGCTGGATGCGTAAAGTGTCGCGCAACGTCAAAGTGCAACTGGAACAGGCAGTCGATAGCGCATTGCAGCGTGGAAATCATCATGGCTGGGAGCTGGTGAGGATGGTGTTGTTTGCCGTTGCgagttggatgcggg > 2:580108/1‑264 (MQ=255) ttgcactttgaCGTTGCGTTGTGCCTGGGCTTGGGTATCTTCATTAACGAAACCACCGGCGAATTTCCGCAAAAAGAACAGGAACTGTTTGAAGGTATCGTGGCGGTGATCGCCGTGGTGATCCTTACCTGGATGGTTTTCTgg > 1:354727/8‑144 (MQ=255) ttgcactttgaCGTTGCGTTGTGCCTGGGCTTGGGTATCTTCATTAACGAAACCACCGGCGAATTTCCGCAAAAAGAACAGGAACTGTTTGAAGGTATCGTGGCGGTGATCGCCGTGGTGATCCTTACCTGGATGGTTTTCTgg > 1:368992/8‑144 (MQ=255) actttgaCGTTGCGTTGTGCCTGGGCTTGGGTATCTTCATTAACGAAACCACCGGCGAATTTCCGCAAAAAGAACAGGAACTGTTTGAAGGTATCGTGGCGGTGATCGCCGTGGTGATCCTTACCTGGATGGTTTTCTGGATgc < 2:368986/141‑1 (MQ=255) actttgaCGTTGCGTTGTGCCTGGGCTTGGGTATCTTCATTAACGAAACCACCGGCGAATTTCCGCAAAAAGAACAGGAACTGTTTGAAGGTATCGTGGCGGTGATCGCCGTGGTGATCCTTACCTGGATGGTTTTCTGGATgc < 2:354721/141‑1 (MQ=255) tgcCGCTGCGTTGTGCCTGGGCTTGGGTATCTTCATTAACGAAACCACCGGCGAATTTCCGCaaaa > 1:149130/1‑66 (MQ=255) gCTGCGTTGTGCCTGGGCTTGGGTATCTTCATTAACGAAACCACCGGCGAATTTCCGCAAAAAGaa < 2:149129/66‑1 (MQ=255) | CTTTGTTTACATTCCAACATCATTTTATAAACATTCCGCTTGTGTTTTTCTTTGCCGTAATGATAATCGCTATCACTGCGATTTACTTTTCTTTGCATAGATTGACTCAGAAAAACGTTTAAGGGTGGGTGGCATGTTTGTTCCGTTTCTCATTATGTTGCGCGAAGGACTTGAAGCCGCGCTGATTGTCAGTTTGATTGCCAGCTATCTTAAGCGTACCCAGCGAGGCCGATGGATTGTGTGATGTGGATTGGCGTGTTGCTTGCCGCTGCGTTGTGCCTGGGCTTGGGTATCTTCATTAACGAAACCACCGGCGAATTTCCGCAAAAAGAACAGGAACTGTTTGAAGGTATCGTGGCGGTGATCGCCGTGGTGATCCTTACCTGGATGGTTTTCTGGATGCGCAAAGTGTCGCGCAACGTCAAAGTGCAACTGGAACAGGCAGTCGATAGCGCATTGCAGCGTGGAAATCATCATGGCTGGGCGCTGGTGATGATGGTCTTTTTTGCCGTTGCAAGGGAAGGGCTGG > CP009273/1076679‑1077207 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |