| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 3576788 = | NA (NA) | 157 (6.070) | 88/268 | NT | 84.9% | intergenic (+10/‑55) | yrhA/insA | pseudogene, interrupted by IS1E/IS1 repressor TnpA |
| ? | CP009273 | = 4372249 | 28 (1.080) | intergenic (‑114/‑211) | frdA/epmA | fumarate reductase (anaerobic) catalytic and NAD/flavoprotein subunit/Elongation Factor P Lys34 lysyltransferase | |||||
Only 100 of 208 total aligned reads displayed.
CTTCTGCAGCAACGGTATGGCTACGCATCGGGTATACTTTTGAGATTAGTGCGATTTTTGCATTCGGATTTGCCTGCGCGGCAGCAATTGCAGCACGTAATCCCGCGCCACCGGCGCCTACAATGGCAAGATCGGCTTGAAAGGTTTGCACGACATTCCTCCAGATTGTTTTTATCCCACAGCCACGTACTTCAGGGTAAGTACCTGAAAGTTACGGTCTGCGAACGCTATTCCACTGCTCCTTTATAGGTACAACAGTATAGTCTGATGGATAAGTCTGAAATTTGACGAGATCGATTTTTTTAGTGCGCAAGAGGGCTAAATTATCACTGAAGATGATTAATTTAATTACTAAACCATCAGATCGTGCTTTTTTTAGTCACTGCCCACCGCTGTTTGATTCCTGCGTAAAATTTGTCTCGCCGTCGCGTTGCGAGTAGACTTCGTGCCCTTGTCAAAAACTGGAGATTTAACTATGAGCGAAACGGCATCCTGGCAGCCGAGCGCATCCATTCCTAACTTATTAAAACGCGCGGC > CP009273/4371985‑4372521 | tGCAGCAACGGTATGGCTACGCATCGGGTATACTTTTGAGATTAGTGCGATTTTTGCATTCGGATTTGCCTGCGCGGCAGCAATTGCAGCACGTAATCCCGCGCCACCGGCGCCTACAATGGCAAGATCGGCTTGAAAGGTTTGCACGACATTCCTCCAGATTGTTTTTATCCCACAGCCACGTACTTCAGGGTAAGTACCTGAAAGTTACGGTCTGCGAAAGCTATTCCACTGCTCCTTTATCGGTACAACAGTATAGTCggtgatgctgccaa < 1:130883‑M2/275‑15 (MQ=255) cattggtatgGCTATGCCTCGGGTATTCGTTTTGGTTTAGTGCGATTTTTCCATTCGTATTTGCCTGCGCGGCAGCAATTGCAGCACGTANTCCCCCGCCACCGGCGCCTTCAATGGCGAGATCGGCTTGAAAGGTTTGCACGACATTCCTCCAGATTGTTTTTATCCCACAGCCACGTACTTCAGGGTAAGTACCTGAAAGTTACGGTCTGCGAACGCTATTCCACTGCTCCTTTATAGGTACAACAGTATAGTCggtgatgctgccaactta > 1:401767‑M2/5‑256 (MQ=255) caACGGTATGGCTACGCATCGGGTATACTTTTGAGATTAGTGCGATTTTTGCATTCGGATTTGCCTGCGCGGCAGCAATTGCAGCACGTAATCCCGCGCCACCGGCGCCTACAATGGCAAGATCGGCTTGAAAGGTTTGCACGACATTCCTCCAGATTGTTTTTATCCCACAGCCACGTACTTCAGGGTAAGTACCTGAAAGTTACGGTCTGCGAACGCTATTCCACTGCTCCTTTATAGGTACAACAGTATAGTCggtgatgctgccaacttac < 1:291040‑M2/275‑20 (MQ=255) cATCGGGTATACTTTTGAGATTAGTGCGATTTTTGCATTCGGATTTGCCTGCGCGGCAGCAATTGCAGCACGTAATCCCGCGCCACCGGCGCCTACAATGGCAAGATCGGCTTGAAAGGTTTGCACGACATTCCTCCAGATTGTTTTTATCCCACAGCCACGTACTTCAGGGTAAGTACCTGAAAGTTACGGTCTGCGAACGCTATTCCACTGCTCCTTTATAGGTACAACAGTATAGTCggtgatgccgccaacttaatgatttagtgtatgat < 1:281665‑M2/275‑36 (MQ=255) tataCTTTTGAGATTAGTGCGATTTTTGCATTCGGATTTGCCTGCGCGGCAGCAATTGCAGCACGTAATCCCGCGCCACCGGCGCCTACAATGGCAAGATCGGCTTGAAAGGTTTGCACGACATTCCTCCAGATTGTTTTTATCCCACAGCCACGTACTTCAGGGTAAGTACCTGAAAGTTACGGTCTGCGAACGCTATTCCACTGCTCCTTTATAGGTACAACAGTATAGTCggtgatgcttccaacttactgatt < 2:261761‑M2/257‑25 (MQ=255) ataCTTTTGAGATTAGTGCGATTTTTGCATTCGGATTTGCCTGCGCGGCAGCAATTGCAGCACGTAATCCCGCGCCACCGGCGCCTACAATGGCAAGATCGGCTTGAAAGGTTTGCACGACATTCCTCCAGATTGTTTTTATCCCACAGCCACGTACTTCAGGGTAAGTACCTGAAAGTTACGGTCTGCGAACGCTATTCCACTGCTCCTTTATAGGTACAACAGTATAGTCggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgttt > 2:477034‑M2/1‑232 (MQ=255) tGAGATTGGTGCGATTTTTGCATTCGGATTTGCCTGCGCGGCAGCAATTGCAGCACGTAATCCCGCGCCACCGTCGCCTACAATGGCAAGCTCGGCTTGAAAGGTTTGCACGACATTCCTCCAGATTGTTTTCATCCCACCGCCACGTACTTCAGGGTAAGTACCTGAAAGTTACGGTCTGCGAACGCTATTCAACTGCACCTTCATAGGTACAACAGTATAGTCggtgatgctgccaacttactgatttagtggaagatggcgtgttggatgtt < 2:95548‑M2/275‑51 (MQ=255) aGTGCGATTTTTGCATTCGGATTTGCCTGCGCGGCAGCAATTGCAGCACGTAATCCCGCGCCACCGGCGCCTACAATGGCAAGATCGGCTTGAAAGGTTTGCACGACATTCCTCCAGATTGTTTTTATCCCACAGCCACGTACTTCAGGGTAAGTACCTGAAAGTTACGGTCTGCGAACGCTATTCCACTGCTCCTTTATAGGTCCACCAGTATAGTCTGATGGTTACGTCTGAAATTTGACGAGATCGCTTTTTTTAGTGCGCAAGAGTGCTaa > 1:53873/1‑275 (MQ=255) aGTGCGATTTTTGCATTCGGA‑TTGCCTGCGCGGCAGCAATTGCAGCACGTAATCCCGCGCCACCGGCGCCTACAATGGCAAGATCGGCTTGAAAGGTTTGCACGACATTCCTCCAGATTGTTTTTATCCCACAGCCACGTACTTCAGGGTAAGTACCTGAAAGTTACGGTCTGCGAACGCTATTCCACTGCTCCTTTATAGGTACAACAGTATAGTCTGATGGATAAGTCTGAAATTTGACGAGATCGATTTTTTTAGTGCGCAAGAGGGCTaaa > 2:123807/1‑275 (MQ=255) tGCGATTTTTGCATTCGGAATTGCCTGCGCGGCAGCAATTGCAGCACGTAATCCCGCGCCACCGGCGCCTACAATGGCAAGATCGGCTTGAAAGGTTTGCACGACATTCCTCCAGATTGTTTTTATCCCACAGCCACGTACTTCAGGGTAAGTACCTGAAAGTTACGGTCTGCGAACGCTATTCCACTGCTCCTTTATAGGTACAACAGTATAGTCTGATGGATAAGTCTGAAATTTGACGAGATCGATTTTTTTAGTGCGCAAGAGGGCTAAAt > 1:427097/1‑275 (MQ=255) 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aacaGTATAGTCTGATGGATAAGTCTGAAATTTGACGAGATCGATTTTTTTAGTGCGCAAGAGGGCTAAATTATCACTGAAGATGAtta > 2:329640/1‑89 (MQ=255) acaGTATAGTCggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggccaaagcaccgccggacatca < 1:46747‑M2/149‑139 (MQ=255) acaGTATAGTCggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatg > 2:44728‑M2/1‑11 (MQ=255) caGTATAGTCggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacgggg > 1:325425‑M2/1‑10 (MQ=255) caGTATAGTCggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttg > 1:165016‑M2/1‑10 (MQ=255) aGTATAGTCggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacgggg > 1:320177‑M2/1‑9 (MQ=255) gTATAGTCggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatga > 2:189101‑M2/1‑8 (MQ=255) gTATAGTCTGATGGATAAGTCTGAAATTTGACGAGATCGATTTTTTTAGTgcg > 1:122161/1‑53 (MQ=255) tataGTCggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctact < 2:170248‑M2/104‑98 (MQ=255) tataGTCggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtc < 1:116731‑M2/87‑81 (MQ=255) tataGTCTGATGGATAAGTCTGAAATTTGACGAGATCGATTTTTTTAGTGCGCAAGAGGGCTAAATTATCACTGAAGATGATTAATTTAATTACTAAACAATCAGATCGTGCTTTTTTTAGGCACTGCCCACCGCTGTTTGATTCCTGCGTAAAATTTGTCTCGCCGTCGCGTTGCGAGTAGACTTCGTGCCCTTGTCaaaaa > 1:499919/1‑203 (MQ=255) taGTCggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcaccgccggacatcagcgctatctctgacctcactgccgtaaaacatggcaactgcagttcacttacaccgcttctcaacccggtacgcaccagaaaatcattgatatggccatgaatggcgttggatgccgggcaac < 1:184589‑M2/266‑262 (MQ=255) taGTCggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcaccgccggacatcagcgatatctatgctctcactgccgtaaaacatggcaactgcagttcacttacaccgcttctcaacccggtacgcaccagaaacacattgatatggccatgaatggcgttggatgccgggcaccagcccga < 1:461860‑M2/273‑269 (MQ=255) 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tCggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggggctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcaccgccggacatcagcgctatctctgctctcac > 1:262315‑M2/1‑2 (MQ=255) tCTGATGGATAAGTCTGANATTTGACGAGATCGATTTTTTTAGTGCGCAAGAGGGCTAAATTATCACTGAAGATGATTAATTTAATTACTAAACCATCAGATCGTGCTTTTTTTAGTCACTGCCCACCGCTGTTTGATTCCTGCGTAAAATTTGTCTCGCCGTCGCGTTGCGAGTAGACTTCGTGCCCTTGTCAAAAACTgg < 1:399076/202‑1 (MQ=255) tCTGATGGATAAGTCTGAAATTTGACGAGATCGATTTTTTTAGTGCGCAAGAGGGCTAAATTATCACTGAAGATGATTAATTTAATTACTAAACCATCAGATCGTGCTTTTTTTAGTCACTGCCCACCGCTGTTTGATTCCTGCGTAAAATTTGTCTCGCCGTCGCGTTGCGAGTAGACTTCGTGCCCTTGTCAAAAACTGGAGATTTAACTATGAGCGAAACGGCATCCTGGCAGCCGAGCGCATCCATTCCTAACTTATTAAAACGCgcggc > 2:53801/1‑274 (MQ=255) cggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttc > 1:235268‑M2/1‑1 (MQ=255) cggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgtt > 1:104514‑M2/1‑1 (MQ=255) cTGATGGATAAGTCTGAAATTTGACGAGATCGATTTTTTTAGTGCGCAAGAGGGCTAAATTATCACTGAAGATGATTAATTTAATTACTAAACCATCAGATCGTGCTTTTTTTAGTCa < 2:361158/118‑1 (MQ=255) | CTTCTGCAGCAACGGTATGGCTACGCATCGGGTATACTTTTGAGATTAGTGCGATTTTTGCATTCGGATTTGCCTGCGCGGCAGCAATTGCAGCACGTAATCCCGCGCCACCGGCGCCTACAATGGCAAGATCGGCTTGAAAGGTTTGCACGACATTCCTCCAGATTGTTTTTATCCCACAGCCACGTACTTCAGGGTAAGTACCTGAAAGTTACGGTCTGCGAACGCTATTCCACTGCTCCTTTATAGGTACAACAGTATAGTCTGATGGATAAGTCTGAAATTTGACGAGATCGATTTTTTTAGTGCGCAAGAGGGCTAAATTATCACTGAAGATGATTAATTTAATTACTAAACCATCAGATCGTGCTTTTTTTAGTCACTGCCCACCGCTGTTTGATTCCTGCGTAAAATTTGTCTCGCCGTCGCGTTGCGAGTAGACTTCGTGCCCTTGTCAAAAACTGGAGATTTAACTATGAGCGAAACGGCATCCTGGCAGCCGAGCGCATCCATTCCTAACTTATTAAAACGCGCGGC > CP009273/4371985‑4372521 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |